Les premières traces d'occupation humaine au Gabon remontent à ans .
Les premiers habitants du Gabon, Pygmées puis peuples bantous, ne sont connus que par transmission orale de l'information.
Avec l'arrivée des navigateurs portugais, au , on commence à disposer de témoignages écrits sur les populations côtières. Pendant trois siècles, la vie du Pongo fut rythmée par la traite des esclaves entre tribus côtières et marchands européens (Portugais et Hollandais, notamment).
Au , la France occupe progressivement le pays, à partir de l'estuaire du Komo et de l'embouchure de l'Ogooué, à la suite de l'action d'explorateurs tels que Victor de Compiègne, Alfred Marche, Pierre Savorgnan de Brazza.
Le Gabon fut une colonie de l'Afrique-Équatoriale française jusqu'à son indépendance en 1960. De 1967 à 2009, il est dirigé par un même président, Omar Bongo, qui bénéficie de l'exploitation des diverses ressources naturelles du pays.
Avant 1500 : les anciens Africains Préhistoire On peut attester d'un peuplement préhistorique du Gabon . . .. Des pierres travaillées ont été découvertes dans la région de la Lopé, datées de . Des haches et des pointes de flèches datant de l'âge de pierre, environ avant notre ère, ont également été trouvées dans le Moyen-Ogooué et dans le sud. Des dessins gravés sur roche près du cap Lopez ont été datés de plus de ans. Des traces d'activités humaines de l'âge du fer montrent la continuité du peuplement de la zone.
Protohistoire Les chasseurs-cueilleurs de la forêt tropicale (souvent désignés sous le nom de Pygmées, parmi lesquels les Babongo, les Baka et les Bakoya) comptent parmi les plus anciens occupants connus de la région, leur présence étant attestée dès le Pléistocène supérieur (environ 43 000–13 000 av. J.-C.). Les recherches archéologiques menées dans la vallée de l'Ogooué révèlent des occupations du Néolithique antérieures à l'adoption de l'agriculture, tandis que les études génétiques mettent en évidence des divergences anciennes entre groupes forestiers et populations agricoles. Des communautés bantouphones apparaissent à l'Âge du fer ancien, au moins entre les 3e et 2e siècles av. J.-C., et se diffusent au cours du premier millénaire apr. J.-C..
Dans la moyenne vallée de l'Ogooué, cette présence se traduit par le remplacement des occupations du Néolithique final par des établissements de l'Âge du fer ancien vers 2400–2300 BP (env. 400–300 av. J.-C.), notamment à Lalara et Otoumbi. Les données paléoenvironnementales indiquent par ailleurs une fragmentation de la forêt tropicale entre 2500 et 2000 BP (env. 550–50 av. J.-C.) en Afrique centrale, créant des mosaïques savane-forêt propices à l'installation de ces populations. Ces transformations concordent avec les modèles généraux de l'expansion bantoue, qui insistent sur des déplacements suivant les couloirs écologiques et une progression plus lente en milieu forestier dense.
La métallurgie de l'Âge du fer ancien est attestée par des fours de réduction et des amas de laitier sur des sites comme Oveng (province de l'Estuaire), témoignant d'une production locale et de son rôle dans la diffusion des locuteurs bantous en Afrique centrale.
Avant les premiers contacts côtiers, l'organisation sociale et politique reposait sur des communautés lignagères et des chefferies flexibles intégrées dans des réseaux d'échanges fluviaux, un modèle couramment appliqué au Gabon précolonial, en particulier le long du corridor de l'Ogooué.
L’histoire du pays avant l’arrivée des Européens est une panoplie de récits de chasse, de pêche, de cueillette mais aussi d’agriculture et de guerre des différentes ethnies. Les Mpongwés et les Oroungous occupent les côtes tandis que les Lumbus exploitent le sel et que les Ungom (Akélé) et les Nzebi (Bandjabi) sont connus pour être de hardis chasseurs d’éléphants. Les dernières vagues migratoires sont faites par les Fang (M’fan) qui constituent aujourd'hui le tiers de la population gabonaise.
Étudier le Gabon ancien n'est pas facile, faute de témoignage écrit. Les traditions orales des différents peuples ne sont pas faciles à interpréter, notamment quant à déterminer la part de la réalité et de l'imagination dans les divers mythes. En outre, le climat équatorial et la nature des sols ne permettent pas une bonne conservation des restes humains et des traces de leurs activités. Néanmoins, il reste probablement des découvertes à faire.
De 1472c à 1840c : commerce, esclavage et traite vignette|Denys, roi de la rive gauche du Gabon Les Portugais Joao de Santarem et Pedro Escobar et Don Henrique (fils du roi du Portugal) furent les premiers Européens à accoster au Gabon, en 1472, sur les bords du Komo. L'estuaire de ce fleuve en forme de caban, un manteau de marin, en portugais gabâo, donna son nom au Gabon. En 1473, Lopo Gonçalves touche la pointe extrême de l'île Mandji, l'actuelle Port-Gentil, région à laquelle il donne son nom, le Cap Lopez. Lopo ou Lopez Gonçalvez, Fernan Vaz, Diego Cam reconnurent le rivage du Gabon. Lopo Gonçalves continue l'exploration du Gabon vers le Sud. Il est suivi par d'autres Portugais dont Fernao Vaz, qui donne son nom à la lagune Nkomi dans l'actuel département d'Etimbwé (Ogooué-Maritime). À leur suite, plusieurs autres nations européennes établissent des comptoirs sur les côtes. Des activités commerciales s'y développent et aussi bientôt, comme sur les autres côtes occidentales africaines, la traite des noirs mais aussi le commerce de l’ivoire ou du bois d’ébène. Les premiers esclaves capturés par les Portugais, dès le début du , sont employés dans les plantations de canne à sucre de Sao Tomé avant que le commerce vers l'Amérique ne devienne prépondérant.
À cause des migrations internes en cours, le Gabon est à cette époque sur la voie d'un équilibrage démographique qui se trouve perturbé par les Européens. Ces derniers, pour alimenter la traite des noirs, capturent et achètent des esclaves à des chefs côtiers, lesquels assoient ainsi leur prédominance sur d'autres ethnies de l'intérieur du pays : période faste pour les ethnies côtières comme les Mpongwe et surtout les Oroungou qui se constituent un royaume dans les premières décennies du . Ce commerce perdure, même après son interdiction, jusqu'au milieu du .
Pendant cette période, les Européens ne cherchent pas à occuper le pays. Ils se contentent d'avoir des comptoirs permettant à leurs navires de mouiller en sécurité, d'embarquer les esclaves et les marchandises. Quand un pays européen installe un fortin, c'est davantage pour se protéger de ses concurrents que pour coloniser la région. À la fin du , les Hollandais supplantent les Portugais. Mais ils ont un grave différend avec les chefs mpongwés de l'estuaire qui détruisent le fortin construit sur l'île de Corisco (1601). En 1698, une nouvelle querelle pousse les Hollandais à détruire plusieurs villages mpongwés.
Le royaume de Loango, fief du Manikongo, qui s'étend du Shiloango dans l'actuelle République du Congo à la pointe Kouango, dans l'actuelle province de la Nyanga, est alors un grand pourvoyeur d'esclaves. Une partie de ces infortunés est embarquée à bord des navires européens sur le site actuel de Mayumba.
Le centre de ce trafic est l'île de Pongo, du nom des Mpongwés, qui ferme l'embouchure du Como et que les occidentaux nomment Isle du Roi parce que le roi des Mpongwés y siègeA. A. Bruzen de la Martinière, Le Grand Dictionnaire Géographique et Critique, t. 4, I, C. van Lom & P. de Hondt, La Haye, 1732, p. 7.. Par métonymie, toute la région pourvoyeuse correspondant au Gabon actuel est également appelée Pongo sans pour autant avoir été jamais explorée par les navigateurs eux-mêmes.
De 1839 à 1960 : colonisation française
De la conquête à l'indépendance
Le , le ministère français de la Marine prescrit au commandant de la station extérieure d'Afrique d'envoyer la canonnière-brick La Malouine, commandée par le lieutenant de vaisseau Louis Édouard Bouët-Willaumez, sur les côtes comprises entre la Gambie et l'estuaire du Gabon afin d'en reconnaitre les possibilités pour le commerce et de poursuivre les négriers. Bouët, secondé par le capitaine Broquant, délégué de la chambre de commerce de Bordeaux, embarquent dans La Malouine le . Le est signée dans l'estuaire du Gabon la convention entre Bouët-Willaumez et Broquant d'une part et, de l'autre, le souverain mpongwe Denis Rapontchombo (1780c-1876), dit « le roi Denis », signant d'une croix et d'un rond en présence des princes Petit Denis et Dolingua. La convention prévoit une alliance défensive et offensive entre Denis et la France ainsi que la cession à la France de deux lieues de terres en partant de la pointe Sandy sur la rive gauche de l'estuaire du Gabon en échange de marchandises.
Un fortin, le poste d'Okolo, est établi en 1843 sur l'emplacement cédé par le souverain mpongwe Louis Ré-Dowé (?-1867) dit le « Roi Louis », établissant ainsi une présence française permanente à l'emplacement de la future capitale Libreville. Le , le roi Glass (?-1848) signe un traité avec le lieutenant de vaisseau Rodolphe Darricau. Le est signé au poste français d'Okolo le traité général avec les chefs de l'estuaire, le roi Denis Rapontchombo (1780c-1876), Quaben, Georges, Louis, François (de l'île de Coniquet), Kringer, Datyngha, Petit-Denis et Quavène. Le poste d'Okolo reçoit probablement à cette date le nom de Fort d'Aumale. Enfin sont signés, par Rodolphe Darricau, les traités avec les chefs Cobangoï et Buschy le et le roi Passol le , qui se mettent sous la protection de la France, et avec les chefs de l'estuaire de Muni le . Il est avéré que les rois sont loin de se rendre compte de la portée de leur engagement.
La création de Libreville (1849) est liée à l'incident du navire négrier brésilien Elizia. À la suite de la capture de ce navire négrier plein d'esclaves au large des côtes de Loango, les autorités françaises décident de les regrouper dans un village, un peu à l'image de ce qui a eu lieu à Freetown. Ainsi, Libreville, nom choisi pour exprimer la liberté acquise par ces esclaves, est constituée à l'origine sur la base d'un peuplement de trente esclaves et constituera le fer de lance du processus d'occupation du territoire gabonais par les Français. À la suite de l'action d'explorateurs tels que le marquis Victor de Compiègne, son ami Alfred Marche, ou encore Pierre Savorgnan de Brazza, les accords avec les groupes de population intérieure se multiplient ainsi que les missions catholiques. En 1886, le Gabon fait partie intégrante de l'empire colonial français par le décret du 26 juillet.
Voici comment le Bulletin de la Société de géographie envisage la présence française au Gabon, en 1889 : « Pour les Européens, il ne saurait être question d’un long séjour dans la Gabonie. Les fatigues, les marches y sont dangereuses. Cette contrée ne peut donc pas devenir une colonie de peuplement ; tout au plus restera-t-elle une colonie de commerce. Actuellement le nombre de Français résidant au Gabon ne dépasse pas le chiffre de cinquante, abstraction faite, bien entendu, des marins et des fonctionnaires. »
La fixation des frontières du Gabon s'est faite progressivement, d'une part à cause de différends avec le Cameroun allemand, puis d'autre part du fait que, dans le cadre de l'Afrique-Équatoriale française, le Gabon a d'abord été rattaché au Congo français dont Libreville a été la capitale avant de céder la place à Brazzaville en 1910.
La population du Gabon travaille pour la puissance coloniale afin d'exploiter principalement ses ressources forestières. Lors de la construction de la ligne de chemin de fer Congo-Océan, les conditions de travail sont si dures qu'elles provoquent les premières grandes révoltes. Vient ensuite l'exploitation minière qui fut la cause du va-et-vient de la province du Haut-Ogooué entre le Congo et le Gabon en 1925 et 1946.