thumb|Territoires contrôlés par les protestants lors des guerres de Religion (1562-1598) sur les frontières en 1685.
Les huguenots sont les protestants des royaumes de France et de Navarre pendant les guerres de Religion (1562-1598), au cours desquelles ils s'opposaient aux catholiques. À partir du , les huguenots sont appelés religionnaires dans les actes royaux, qui appellent le protestantisme Voir la discussion de Jean-Louis Guez de Balzac dans le Socrate Chrestien, (1623) sur la meilleure façon de nommer les protestants..
Le mot huguenot est également attaché aux protestants émigrés hors de France à la suite des troubles religieux ou des persécutions, d'abord lors du « premier Refuge », dans les années 1560 , puis lors d'une deuxième vague, déclenchée le par la révocation de l'édit de Nantes et les dragonnades.. à quittent alors la France. Une troisième vague d'émigration a lieu au moment de la guerre de Succession d'Espagne (1701-1714).
Le terme huguenot qualifie parfois le refuge wallon : les protestants des Pays-Bas espagnols méridionaux (soit l'actuelle Belgique et le département français du Nord), férocement persécutés entre 1567 et 1585, se sont massivement réfugiés en Angleterre et aux Provinces-Unies (Pays-Bas actuels)., où ils ont fondé les Églises wallonnes qui ont accueilli par la suite les réfugiés huguenots français.
Lexicologie Étymologie thumb|Villes réformées en 1685 (carte en espagnol). Le mot huguenot apparaît en français au début du dans les textes ou bien dans la correspondance du pouvoir royal, où ce sobriquet donné par les catholiques français a d'abord, comme celui de papiste ou de parpaillot, une signification péjorative avant que les protestants ne l'adoptent avec fierté dans un sens de supériorité. Il remplace celui de « luthérien », utilisé jusqu'alors, et désigne des calvinistes. Théodore de Bèze, proche collaborateur de Calvin, utilise ce sobriquet dans une lettre parlant du tumulte d'Amboise, écrite de Genève le , et propose une étymologie populaire évoquant un légendaire et hérétique roi « Hugonet » . Dans Jérôme Delandine de Saint-Esprit, Histoire des conjurations (1508-1589) : branche des seconds Valois Mallet, 1843 (Livre numérique Google)..
Cette hypothèse n'est plus retenue. De nombreuses recherches plus ou moins fantaisistes ont depuis tenté d'en trouver l'origine : de Hugues Capet, de la porte Hugon, à Tours, près de laquelle les protestants faisaient leur assemblée. L'Encyclopédie catholique. propose cette étymologie : .
thumb|upright=2|Campagnes de dans le Midi (1621-1622).
L'hypothèse qui a le plus de défenseurs considère que ce terme est issu du suisse alémanique Eidgenossen, signifiant « camarades liés par un serment » (membres d'une ligue) désignant des confédérés suisses ()Pour la première fois par le père Maimbourg, jésuite, dans son Histoire de la Réforme, origine reprise par Voltaire et Sismondi avec citation d'autorité.Ce mot est encore aujourd'hui une des appellations officielles des Suisses dans la partie germanophone du pays. Ce mot se réfère à la rencontre supposée de trois délégués de régions de Suisse centrale qui auraient fait, le (date hypothétique), un serment qui aurait mené au Pacte suisse, acte fondateur de la Suisse. ou de la corruption de ce mot à Genève Eidgnots, utilisé aussi par les partisans des Guises. Dans une déclaration de 1562, le prince de Condé emploie les mots Aignos et Aignossen. Au sein du Petit-Conseil de Genève, Eidguenots fut le nom donné aux partisans des Cantons suissesEidguenots, dans le Dictionnaire historique de la Suisse., ceux du duc de Savoie étant les Mammelus, par analogie avec les Mamelouks.
Un mot international vignette|Jean Calvin. En raison de l'émigration massive des protestants français, le mot huguenot est connu internationalement pour désigner les protestants français, mais aussi, particulièrement dans les pays du Refuge, émigré ou descendant d'émigré protestant français : les dictionnaires anglais connaissent deux sens au mot : un protestant français des , ou un protestant français en général (ou relatif à l'église protestante française s'il s'agit d'un adjectif). ; le dictionnaire allemand donne les deux significations suivantes au mot allemand : soit un calviniste de France, soit un descendant d'un calviniste français émigré de France à l'époque des persécutions. ; le dictionnaire néerlandais se borne à dire du mot néerlandais qu'il . ; en espagnol, est défini comme ..
Symboles vignette|upright=1.0|La croix huguenote.
La croix huguenote Les protestants français restent très attachés à la croix huguenote. Ressemblant de très près à la décoration française de l'Ordre du Saint-Esprit, elle est apparue dans des conditions mystérieuses, sans doute à Nîmes. Chargée de symboles, elle regroupe une croix de Malte boutonnée, qui évoque la croix du Languedoc, quatre fleurs de lys formant en creux un cœur entre chacune des branches de la croix, et enfin un symbole du Saint-Esprit, soit un petit oiseau soit « une larme » (censée représenter une langue de feu). Elle reste au début du un signe de reconnaissance discret entre protestants et un bijou qu'ils prisent.
La marguerite vignette|Marguerite de Valois-Angoulême. Les huguenots réfugiés aux Amériques adoptèrent en l'honneur de Marguerite d'Angoulême une marguerite comme symbole, c'est-à-dire huit pétales en étoile, réminiscence des huit béatitudes du martyre évoquées dans le Sermon sur la MontagneN. W., Bulletin historique et littéraire XLIV, , Société de l'histoire du protestantisme français, Paris, 1895.Matthieu, Évangile V 3-10 : ..
L'écharpe ou le panache blanc
Durant les guerres de Religion, les partisans d'un camp ou de l'autre se reconnaissaient à l'étendard du régiment de leur parti. La coutume militaire était de les cravater d'une écharpe distinctive. La Ligue portait une cravate verte, couleur que le pape avait donnée à l'occasion de la conférence de Gisors le aux Flamands partant en croisade. Elle était revenue à l'Espagne, championne du catholicisme Ferdinand d'Aragon et Isabelle la Catholique ont donné à Christophe Colomb un étendard à la croix verte.
De même, les ducs de Guise, feudataires de l'Empire et champions de la Ligue, portaient de sinople leur croix de Lorraine. Les huguenots mirent à la bataille d'Ivry une cravate blanche aux étendards. Le blanc étant la couleur du roi, c'était une surenchère légitimiste, qui ajouta à la confusion, les ligueurs portant ce jour-là la même couleur. Par la suite, les huguenots portèrent durant les combats, en plus de l'écharpe blanche, une casaque blancheN. W., Bulletin historique et littéraire XLIV, , Société de l'histoire du protestantisme français, Paris, 1895.. L'enseigne « nette » resta celle de Coligny. L'expression prêtée à Henri IV était une invitation adressée aux partisans huguenots à se rallier à leur ancien chef de guerre converti, aux catholiques à renoncer au parti espagnol et aux deux à la paix.
Prédécesseurs vignette|Jacques Lefèvre d'Étaples. Les catholiques gallicans et réformistes, dits « évangéliques », comme Jacques Lefèvre d'Étaples, furent parmi les prédécesseurs des huguenots. Ils suivirent le mouvement débuté par Martin Luther en Saxe et formèrent les Églises réformées en France, appelées dédaigneusement « religion prétendue réformée » dans les textes officiels.
Les vaudois furent d'autres prédécesseurs des huguenots, avec lesquels ils ont décidé de fusionner en 1532 lors du synode de Chanforan, dans les Dolomites. Les vaudois, comme les protestants après eux, critiquaient l'idolâtrie, le culte de la Vierge, l'enrichissement d'une partie du clergé, accusé de mentir sur la religion pour pratiquer le commerce des indulgences, et prêchaient une religion respectant les écrits de l'Évangile, qu'ils incitaient les populations à lire dans leur propre langue. Les prédicateurs vaudois se déplaçaient de villages en villages avec une Bible manuscrite rédigée en provençal, cachée dans leurs vêtements.
Persécutions en France
Persécution des huguenots vignette|Le Massacre de la Saint-Barthélemy, de François Dubois, musée cantonal des Beaux-Arts de Lausanne. Pour l'historien Patrick Cabanel, les traces de la persécution dont ils ont été victimes en France sont encore constitutives de l'identité même des huguenots : . Ce poids de l’histoire est particulier au protestantisme français en Europe, victime de persécutions , qui n'a connu d'équivalent en Europe qu'à l'encontre des Covenanters écossais, ou, au , contre les baptistes dans l’URSS stalinienne ».
vignette|Un huguenot, le jour de la Saint-Barthélemy, qui refuse de se protéger du danger en portant le signe catholique.
En France, les huguenots ont connu durant près d'un siècle de vives persécutionsVoir Guerres de Religion, Guerre des Gueux. La mise en place s'est faite tout d'abord par les dragonnades dans les années 1680Voir révocation de l'édit de Nantes et édit de Fontainebleau. Puis l'influence de l'Église catholique a été telle que l'État, dirigé par , a officialisé la persécution par la révocation de l'édit de Nantes en 1685. Dès lors, la répression fut d'autant plus sévère. Torturés, emprisonnés et mis au ban de la sociétéVoir Camisard, de nombreux huguenots ont été obligés de fuir (on compte plus de ) dans des terres étrangères plus hospitalièresVoir Pays du Refuge et Oscar LaFontaine (selon le principe cujus regio, ejus religioVoir Paix d'Augsbourg). L'Angleterre, la Hollande, la Suisse et les États protestants du Saint-Empire romain germanique (Palatinat, Brandebourg, Wurtemberg, Hesse, par exemple) et plus tard États-Unis et l'Afrique du Sud sont des exemples des pays du « Refuge ».
La France a perdu un grand nombre de ses meilleurs ouvriers et industriels. Pourtant, la persécution a continué, ce qui déclencha la guerre des Cévennes, une guérilla menée par un petit peuple, désormais privé de pasteurs. La tolérance ne fut rétablie qu'en 1787, avec l'édit de tolérance de , marquant ainsi l'arrêt de la persécution des huguenots, puis, en 1789, la Révolution française accordant la liberté de religionCet arrêt ne fut pas définitif comme le montre la Haine oubliée de Valentine Zuber et Jean Baubérot, qui montre une reprise de la persécution sous la Restauration.. La publication des « articles organiques » par Napoléon Bonaparte en 1801 confirme la liberté de religion : le catholicisme ne sera plus religion d'État mais sera reconnue comme celle .
Le et les guerres de Religion Les dragonnades vignette|Dragonnades, Jules Girardet. vignette|upright=1.0|Vassili Polenov, Arrestation d'une femme huguenote, 1875, peinture.|gauche
Avant même la révocation de l'édit de Nantes, des huguenots fuient le royaume à cause des pressions et des brimades de plus en plus violentes exercées par le pouvoir royal. Dès 1680, ils sont victimes de persécutions dans le cadre des dragonnades, du nom d'un corps d'armée, les dragons. Les dragonnades obligeaient les protestants à loger les compagnies de dragons, charge dont les catholiques et les nouveaux convertis étaient exemptés. La méthode, avec conversions forcées dans le Haut-Poitou, arracha en , à Madame de Maintenon, célèbre petite-fille du calviniste Théodore Agrippa d'Aubigné, ce cri d'enthousiasme : .