L'histoire de l'histoire naturelle brosse un tableau de l'évolution de la conception du monde et de la nature par les hommes de science. Le terme histoire naturelle recouvre plusieurs disciplines actuelles: la biologie, la géologie, la zoologie, la botanique, la médecine mais aussi la paléontologie, l'astronomie, la physique et la chimie. De l'Antiquité à la Renaissance, tous les domaines de l'histoire naturelle étaient confondus sous l'appellation de Scala naturæ (ou grande chaîne de la vie) , sur le site du Dictionnaire de l'histoire des idées de l'Université de Virginie. La Naturphilosophie (ou philosophie de la nature) et la théologie naturelle se sont étendues aux bases conceptuelles de la vie animale et végétale en s'efforçant de répondre à la question de l'existence des organismes et en tentant d'en expliquer le fonctionnement.

Définitions de l’histoire naturelle On appelle histoire naturelle la connaissance des choses, qui sont produites dans l’Univers, et que les hommes peuvent découvrir par les sens. Entre toutes les sciences qui ont été cultivées par l’industrie des hommes celle-ci a toujours passé avec raison pour une des principales. C’est la définition qu’en donne Herman Boerhaave (1668-1738) dans la préface du Botanicon Parisiense de Sébastien Vaillant (1669-1722)Vaillant (1757)..

Dans leur plaidoyer pour la nature publié en 2017, les membres du Comité d’histoire naturelle du Muséum déclarent : .Bruno David & Philippe Taquet, « L’histoire naturelle, un outil précieux contre l’obscurantisme », Le Monde, supplément « Science & médecine », Mercredi 5 Juillet 2017, p.7.

Préhistoire L'histoire naturelle débute peut-être avec les premières collections de fossiles réalisées par les Hommes de Néandertal au Paléolithique moyen. L'art pariétal du Paléolithique supérieur traduit dès ses premières expressions, comme à la grotte Chauvet ( avant le présent), un sens aigu de l'observation de l'anatomie des espèces animales. Il se manifestera à travers certaines œuvres plus récentes comme celles de Lascaux (Solutréen ?) ou d'Altamira (Magdalénien) entre et avant le présent.

La connaissance de la nature se développe également en fonction de ses applications dans la vie quotidienne (en particulier pour l'alimentation et les soins), notamment par l'accumulation d'un savoir sur les plantes qui conviennent à l'alimentation ou à la pharmacopée ou présentent des risques de toxicité, puis avec l'invention de l'agriculture, la domestication des premiers animaux et l'apparition de la médecine del Hoyo J., Elliott A. & Sargatal J. (1996). Handbook of the Birds of the World, Volume 3, Hoatzin to Auks. BirdLife International, Lynx Edicions, Barcelona, 821 p. .

Autres cultures scientifiques Chine, Amérique latine et andine, peuples dits premiers, etc.

Les débuts de l'ornithologie ne peuvent être datés avec précision mais des textes parmi les plus anciens citent certains aspects du comportement des oiseaux. C'est notamment le cas du Yi King chinois (grand classique déjà considéré comme extrêmement ancien à l'époque de Confucius au ) qui évoque les fauconsYi King : hexagramme 40, 190. et les oiesYi King : hexagramme 53, 243-245. et des Chants védiques indiens (dont certaines parties pourraient remonter au voire au-delà) qui mentionnent le parasitisme du coucou.

Par leurs connaissances en matière de plantes et d'agriculture intensive, les Papous sont parvenus à faire subsister la société densément peuplée des hautes terres de Nouvelle-Guinée pendant des millénaires sans en détruire l'environnement ni provoquer de déforestation irrémédiable. Pour y parvenir, ils ont notamment développé des techniques élaborées en matière de paillis, d'irrigation, de rotation des cultures et de sylvicultureDiamond J. (2006): chapitre 9, 336-345..

Les Incas avaient aussi une bonne connaissance des plantes. À Moray, dans l'actuel Pérou, on a retrouvé des terrasses artificielles disposées en cercle concentriques, conçues pour donner à chaque niveau une température particulière et vraisemblablement utilisées pour étudier l'effet des variations climatiques sur les céréales, tubercules et autres plantes servant à l'alimentation. Les études entreprises à Moray auraient permis aux incas de prévoir les rendements agricoles, ainsi que de croiser et d'améliorer de nombreuses espèces de plantes.

Shen Kuo (1031–1095) fut un érudit et scientifique chinois qui s'intéressa notamment aux fossiles, utilisant ses observations en la matière pour justifier une théorie géologique de la formation des continents.

Li Shizhen (1518-1593) fut un médecin, herboriste et naturaliste chinois notamment connu comme l'auteur du Grand Traité de Matière Médicale, une vaste encyclopédie médicale illustrée comportant la description de 1094 espèces de plantes, de 444 espèces animales et de 275 minéraux.

Antiquité occidentale L'approche scientifique de la nature fait son apparition avec le philosophe grec Aristote (384 av. J.-C.-322 av. J.-C.) qui consacre de nombreux traités au monde animal, notamment Parties des animaux où il aborde la question de la classification des animaux par genre et par espèce. Après Aristote, d'autres travaux scientifiques deviennent possibles dans les domaines qui relèvent de l'histoire naturelle.

Théophraste (v.372 av. J.-C.–Av.287 av. J.-C.) : philosophe grec et grand spécialiste des plantes. Il est le premier à faire de la botanique une discipline à part entière. Son Histoire des plantes traite de la morphologie et de la classification des végétaux. Un autre de ses ouvrages, Causes des plantes, aborde des questions de physiologie végétale, comme la croissance et la reproduction.

Lucrèce (v.98 av. J.-C.-v.55 av. J.-C.) : poète et philosophe romain qui aborde les prémices de la notion d'évolution du vivant, dans son poème philosophique De rerum natura, en touchant à l'idée de sélection dans l'œuvre de la nature par des allusions à la compétition entre animaux et à la survivance du plus apte.

Pline l'Ancien (23-79) : naturaliste romain dont l’Histoire naturelle marque les véritables débuts de la discipline du même nom. Cet ouvrage, monumentale encyclopédie en 37 volumes, est longtemps restée la référence en matière de connaissances scientifiques et techniques. Pline y a compilé le savoir de son époque sur des sujets aussi variés que les sciences naturelles, l'astronomie, l'anthropologie, la psychologie ou la métallurgie.

Dioscoride (v. 40-v. 90) : médecin grec dont le De materia medica décrit les propriétés de nombreuses plantes médicinales, mais également quelques préparations à partir de composés animaux et minéraux.

Le Physiologus est un bestiaire grec remontant probablement au , qui traite des propriétés des bêtes, des oiseaux, des plantes et des pierres.

Élien (v. 175-v. 235) : orateur et naturaliste romain de langue grecque. Les 17 livres de ses Caractéristiques des animaux (Περὶ Ζῴων Ἰδιότητος / Perì Zôiôn Idiótêtos) compilent des anecdotes sur 70 espèces de mammifères, 109 espèces d’oiseaux, une cinquantaine de reptiles et environ 130 poissons.

Moyen Âge Le voit la redécouverte d'Aristote et de ses traités consacrés aux animaux, notamment par le biais des commentaires du philosophe arabe Averroès (1126-1198) et des traductions du philosophe scolastisque Michael Scot (v. 1175-v. 1236). Ce sera le point de départ d'un regain d'intérêt pour le monde animal.

Abu Muhammad Ibn al-Baitar (v. 1190-1248) est un médecin et botaniste arabe qui a consacré plusieurs ouvrages aux connaissances pharmaceutiques de son temps. Il a notamment décrit les propriétés de plus de 1400 espèces de plantes.

Vincent de Beauvais (v. 1190-v. 1267) est l'auteur du Speculum Naturale ou Miroir de la nature dans lequel il résume les connaissances de ses contemporains en histoire naturelle.

Frédéric II du Saint-Empire (1194-1250) rédige un manuel de fauconnerie et d'ornithologie illustré, le De arte venandi cum avibus, dans lequel il décrit plus de 900 espèces d'oiseaux. Il consigne de très précises observations sur le comportement des oiseaux, très en avance sur son temps. Il n'hésite à critiquer Aristote auquel il reproche de n'avoir qu'une connaissance théorique des oiseauxWalters (2003) : 20-23..

Albert le Grand (v. 1200-1280) est l'auteur de vastes traités d'histoire naturelle, non seulement le De animalibus, consacré à la faune, mais aussi De vegetabilis et plantis consacré à la flore et De mineralibus consacré aux minéraux. Cet auteur a donné une importance particulière à la reproduction et la sexualité des plantes et des animaux. Comme Roger Bacon (1214-1294), son contemporain, Albert le Grand a intensivement étudié la nature, en utilisant de manière poussée la méthode expérimentale. En termes d'étude de la botanique, ses œuvres sont comparables en importance à celles de Théophraste.

Thomas de Cantimpré (1201-1272), dont le De Naturis Rerum est une compilation du savoir de l'époque en histoire naturelle.

Konrad von Megenberg (1309-1374), dont l'ouvrage le plus connu, Das Buch der Natur, est le premier texte sur l'histoire naturelle rédigé en langue allemande.

Renaissance L'un des facteurs les plus importants dans la diffusion et les progrès de la science au est la mise au point de l'imprimerie par Gutenberg vers 1450. La première impression d'un livre consacré à l'histoire naturelle remonte au moins à 1475. Elle concerne une version illustrée du Buch der Natur rédigé par Konrad von Megenberg au siècle précédent.

La naissance de la botanique Otto Brunfels (v. 1488-1534), que Carl von Linné surnomme le père de la botanique, fait paraître en 1530 et 1536 son Herbarum vivae icones. Dans cet ouvrage, illustré de très bonnes gravures sur bois, Brunfels décrit toutes les plantes qu'il connaît. Il commence ses descriptions de la liste de nom de la place en différentes langues, suivi de citations d'auteurs anciens. Il finit par donner son propre jugement sur la plante et sur ses pouvoirs, l'ouvrage ayant, ainsi que tous les livres de botanique de l'époque, une vocation thérapeutique. L'organisation de son livre est très proche de celui de Conrad Gessner (1516-1565) sur les animaux. Fuchs n'adopte pourtant aucun système de classification et il commence par le plantain « parce qu'il est commun et parce plus que n'importe quelle autre plante il porte le témoignage de l'omnipotence divine ».

Leonhart Fuchs (1501-1566) fait paraître, en 1542, son important ouvrage Historia Stirpium où il décrit plus de 400 espèces. Ses superbes illustrations seront très souvent reprises par la suite. Il décrit chaque plante suivant un schéma prédéfini : il évoque sa forme, puis son habitat, sa saisonnalité (à quelle époque la plante doit être cueillie), son tempérament, ses pouvoirs. Les espèces présentées le sont suivant un strict ordre alphabétique. Il décrit des plantes décoratives qui n'ont aucun usage thérapeutique.

En Angleterre, William Turner (1508-1568) et John Gerard (1545-1612) ont écrit aussi des ouvrages sur la botanique. Également les Français Jacques Daléchamps (1513-1588) et Mathias de l'Obel (1538-1616) ont apporté leur contribution à l'apparition d'ouvrages sur la botanique.