Étant donné l'immensité territoriale du pays et les variétés climatiques dues à des facteurs divers comme l'extension longitudinale de l'Argentine du nord au sud, les grandes différences d'altitude, le niveau des précipitations et de l'évaporation, les types de sols, etc. le territoire de l'Argentine possède une grande quantité de biomes et de biotopes, ce qui revient à dire une importante variété dans la flore et la faune autochtone.
Introduction L'Argentine, à la différence de beaucoup d'autres pays, se trouve aux confins de l'Amérique, et donc du monde vivant. Ce n'est donc pas un endroit de passage pour les espèces, mais pour ainsi dire un lieu de destination. En effet la grande majorité des espèces animales autochtones actuelles sont arrivées il y a des milliers ou des millions d'années après avoir traversé toutes les Amériques depuis l'Eurasie, généralement après avoir franchi le détroit de Béring. De ce fait, peu d'animaux supérieurs actuels procèdent de l'ancien continent de Gondwana, qui réunissait il y a d'années les continents actuels du sud de la planète (l'Amérique du Sud, l'Afrique, l'Australie, l'Inde et l'Antarctique entre autres). Parmi ceux-ci citons les singes (tous platyrhiniens), quelques marsupiaux comme l'opossum didelphis marsupialis, le colocolo et la belette mustela nivalis (ou comadreja), ainsi bien sûr qu'une grande quantité de reptiles et d'amphibiens.
D'autre part, comme toute l'Amérique du Sud, l'Argentine possède une avifaune exubérante.
Traditionnellement le territoire argentin se divise en régions naturelles classiques (du nord au sud): Puna et Andes du nord-ouest, Chaco, Mésopotamie, Pampa, Cuyo, région andinopatagonique, patagonique extraandine, océanique, subantarctique et antarctique. Cette découpe des régions naturelles ne reçoit pas toujours l'assentiment de tous les spécialistes en sciences naturelles, mais elle a le mérite d'être claire et de correspondre à la répartition de beaucoup d'espèces animales plus ou moins liées à certains biomes, plus qu'à d'autres. Certaines espèces, comme le Puma, se rencontrent sur l'ensemble du territoire argentin, mais d'autres au contraire sont naturellement liées à des climats et des territoires particuliers. Par exemple les singes se rencontrent exclusivement dans les zones selvatiques ou boisées les plus chaudes du pays. Ou encore les caïmans occupent les régions les plus humides et les plus chaudes, essentiellement cours d'eau et marécages des régions du nord-est.
Deux facteurs principaux fixent une espèce animale dans une région déterminée : la base du réseau trophique, spécialement les végétaux qui servent d'aliment aux herbivores et le climat auquel chaque espèce animale est spécialement adaptée. Il est clair que les espèces aquatiques doivent avoir des quantités suffisantes d'eau et un type de milieu humide et aquatique, comme facteur conditionnant leur présence donc leur distribution géographique.
. . Dans cet article le sujet est essentiellement centré sur les mammifères et on ne peut aborder que la présence des espèces animales les plus caractéristiques et les plus connues voire célèbres ; il y aura forcément des milliers d'espèces non mentionnées.
Puna et nord-ouest argentin
Le désert de la Puna est caractérisé par d'extrêmes variations thermiques entre le jour et la nuit et entre l'été et l'hiver, avec des chaleurs torrides et d'autres glaciales selon la période. On y rencontre le chinchilla, la vigogne, le chat des Andes, le condor des Andes. Dans les lacs et lagunes salées et très alcalines, on peut voir d'énormes groupes de flamants. Ici le superprédateur absolu et exclusif est le puma.
Cependant à l'est de la zone "punienne", les terres deviennent doucement plus basses, plus humides et plus fertiles et la faune rencontrée augmente en diversité. Le puma se maintient mais doit céder son rôle de superprédateur au jaguar.
L'ours à lunettes ou ucumari a été celui qui a le plus diminué du fait de l'action des hommes sur le milieu. On n'en rencontre plus aujourd'hui que quelques exemplaires dans les yungas (forêts humides des versants orientaux des Andes) des provinces de Salta et de Jujuy. Il y a cinq siècles son aire de diffusion allait bien plus au sud, jusqu'à la sierra d'Ancasti dans la province de Catamarca.
Dans les zones de vallées et de ravins secs (quebradas), on trouve des auquénidés comme le lama et l'alpaca. C'est aussi le domaine de la buse tricolore ou aguilucho, et de bien d'autres rapaces.
Parmi les oiseaux c'est le nandou ou surí qui se signale surtout. Dans les forêts touffues de la yunga on trouve des écureuils roux (sciurus ignitus ou nueceros), des singes capucins ou caís (ou tití), des cracidés "pavas" (dinde en espagnol, appellation erronée due à leur ressemblance extérieure) comme les cassiques huppés (ou yacús), des charatas (ou ortalis canicollis), et de plus les plus grands aigles de la planète : les majestueux aigles harpies (ou aigles féroces - Harpia harpyja).
Dans la région du nord-ouest jouxtant celle du Chaco on peut rencontrer le cerf appelé taruca (ou hippocamelus antisensis). Comme dans toute l'Argentine continentale, les renards sont ici bien fréquents ainsi que divers types de tatous, spécialement le quirquincho.
Région du Chaco
Cette région a été victime d'innombrables déprédations de la part de l'être humain tout au long du . Elle possède un biome de parc et de forêt-galerie, avec deux saisons liées surtout à la grande inégalité des précipitations, saison sèche hivernale et saison des pluies estivale.
Naturellement dans cette région les félins prédateurs abondent : les jaguars, les pumas, les ocelots, les jaguarondis, les margays, les oncilles.
On y trouve quantité de pécaris, tapirs, jabirus et fourmiliers et fourmiliers géants, tamanduas (ou osos mieleros), coendous et paresseux ou bradypes tridactyles, des singes comme le singe hurleurs ou alouates, le miriquiñá, et le capucin ou caí. Parmi les canidés autochtones il faut souligner la présence du loup à crinière ou aguará guazú et des renards comme l'aguarachay. Les tatous (armadillos) y abondent et spécialement le tatou géant, ou tatou carreta (Priodontes maximus), les cerfs comme le cerf des marais ou guazú pucú, le daguet gris ainsi que le mustélidé appelé grison.
Dans les eaux il y a abondance de caimans et de capybaras ainsi que de poissons comme le dorado (salminus maxillosus ou brasiliensis), etc. La région du Chaco argentin possède parmi les spécimens de sa faune le guanaco et le cerf des pampas ou guazú tí (ozotoceros bezoarticus leucogaster à ventre blanc). Sont également autochtones les maras appelés maras du chaco ou tapetís, ou les tout grands rongeurs comme le paca et l'agouti, ainsi que divers gallinacés cracidés appelés "pavas" (traduction littérale : dinde), par exemple le yacú pevá et le Charata (Ortalis canicollis).
Dans le Chaco humide (région orientale en bordure du Río Paraguay on trouve aussi des oiseaux comme le râle ypécaha, le nandou et la cariama huppé ou chuña (sorte de grue de couleur grise); toutes ces espèces ont la particularité de posséder de longues extrémités qui leur permettent de se déplacer facilement dans les hautes savanes de graminées et dans les zones inondées.
Les milieux aquatiques sont habités par des cigognes, des hérons, des spatules rosées et des canards.
Des poissons de ces eaux possèdent une adaptation qui leur permet de survivre en période de sècheresse, comme le hoplosternum (ou tamboatá ou cascarude), qui peut arriver à respirer de l'air atmosphérique et à changer de mare en marchant au moyen de ses nageoires pectorales.
Quant aux reptiles, toujours dans ces zones humides, il y a divers serpents comme l'anaconda curiyú ou jaune encore appelé Constrictor constrictor, et des serpents aquatiques parmi lesquels Hydrodynastes gigas ou ñacaniná, prédateur inoffensif pour l'homme.
De plus on y trouve deux espèces de caïmans, le caïman noir ou caiman yacaré et le caïman overo ou caiman latirostris.
Mésopotamie argentine
Du fait de son climat souvent chaud et pluvieux ce qui nourrit une flore abondante, la faune est souvent identique à celle de la région du Chaco humide (oriental), mais s'en distingue surtout par la grande richesse de l'ichtyofaune et principalement celle des grands cours d'eau, le río Paraná et son important affluent le Paraguay.
Les poissons les plus typiques sont le pacú ou Piaractus mesopotamicus, le surubi ou Pseudoplatystoma (un pimelodidae), le manguruyú ou Paulicea huetkeni (un pimelodidae également), le patí, le dorado (un Characidae), le boga (ou Leporinus obtusidens) , l'armado (un doradidae), le tararira (ou Hoplias malabaricus de la famille des erythrinidae).
Notons aussi la présence de dangereux piranhas ou pirañas, des espèces Serrasalmus aureus et Serrasalmus marginatus (appelés localement palometas). Les pirañas aiment les eaux chaudes et on les rencontre au printemps et en été dans le Paraná moyen. À cette époque on en voit beaucoup en bordure des îles du fleuve où on a enregistré quelques attaques isolées contre des baigneurs qui ne respectaient pas les limites des plages. Ils migrent en automne et passent l'hiver dans le haut Paraná ou dans le río Paraguay.
L'avifaune est elle aussi plus variée et plus abondante que dans le Chaco voisin. Le nandou est ici plus fréquent qu'ailleurs, de même que les lechuzas, les buhos (comme le ñacurutú), les perroquets et spécialement les guacamayos et les papagayos. Il y a aussi quantités d'oiseaux-mouches et, dans la forêt-galerie qui borde le río Paraná, le toucan (toucan toco ou ramphastos toco et ramphastos dicolorus), et l'aigle harpie (le plus grand des aigles de la planète).
Étant donné l'abondance de cours d'eau et de marécages et d'étangs, les carpinchos ou capybaras abondent dans la région mésopotamienne, ainsi d'ailleurs que les tapirs, les pseudo-loutres ragondins appelées quillá dans le nord et coypú ou coipo dans le sud de la région.
Parfaitement adaptés à la forêt dense et humide de la région, on trouve une série de mammifères de petite taille comme les coatis, les agoutis, les pacas et les tamanduas.
La fréquence des caïmans grands amateurs d'eau et de chaleur est aussi plus élevée. Il y en a de deux espèces, le caïman dit overo (caïman à museau large ou caiman latirostris) et le jacara ou yacaré negro, à ne pas confondre avec le caïman noir de l'Amazonie, qui par ailleurs ne fait pas partie du genre caïman, mais bien du genre melanosuchus.
Les reptiles abondent d'une manière générale surtout au nord. Les anacondas sont loin d'être rares. La province de Misiones héberge pas moins de six espèces de très dangereux bothrops à savoir le bothrops jararaca, le bothrops jararacussu, le yarará grande, le yarará chica, le bothrops cotiara et le bothrops moojeni. Notons aussi quatre serpents corail du genre micrurus ; le microcurus corallinus, l'allirostris, le frontalis mesopotamicus et le balyocoryphus.
Les loups à crinière ou aguaraguazu, et les cerfs des marais ne sont pas rares, mais le guanaco est quasi inexistant. Bien que terriblement en danger et en voie d'extinction à cause d'une chasse indiscriminée, on trouve encore dans les cours d'eau et les zones humides (humedals) la loutre géante ou ariray (lariray est probablement le même animal qui était connu auparavant sous le nom de yaguaruí; ce qui est certain c'est que cette grande loutre a été presque complètement exterminée tout au long du ).
Région pampéenne
C'est la région de l'Amérique du Sud qui a été la plus modifiée par l'homme et la civilisation moderne. De ce fait, il reste peu de choses de la faune et de la flore autochtone originelle.