La philosophie chrétienne est née de la rencontre intellectuelle et spirituelle, dès l’époque romaine, de la tradition philosophique antique avec le monothéisme chrétien. Sur le plan philosophique, le grand débat sur la possibilité d'une philosophie chrétienne a eu lieu en France au cours des années 1930.
L’entrée du Dieu chrétien dans la philosophie a eu plusieurs conséquences capitales, telles que : la doctrine de la création ex nihilo qui se substitue à la croyance en l’éternité du monde ; l’affirmation de la liberté humaine et la conviction que le mal est le mauvais usage de cette liberté ; l’affirmation que l’âme humaine est créée par Dieu au moment de la conception et qu’elle est conservée éternellement par lui après la mort physique.
Ces trois points centraux ont modifié en profondeur la théologie rationnelle, la cosmologie et l’anthropologie philosophiques. Ils ont introduit dans la philosophie la notion de toute-puissance divine, une onto-théologie qui repose sur l’équivocité de l’être (contre les doctrines affirmant son univocité) : dépendance radicale de l’être créé à l’égard de l’Incréé, séparation de l’ordre naturel et de l’ordre surnaturel, et un dualisme subtilement renouvelé dans la “symbiose” « corps-esprit » ; ainsi que la croyance en l’unicité de la personne humaine, induisant sa responsabilité morale en raison de sa destinée surnaturelle.
Bien que toutes ces vérités premières se soient fixées progressivement, la tradition chrétienne considère qu’elles étaient théoriquement accessibles à la raison humaine (d’où leur légitimité philosophique), mais que concrètement et peut-être à cause de la corruption de la raison par le péché originel, il aura fallu attendre l’apport de la Révélation pour que ceci se produise effectivement.
Pères de l'Église Au début de son histoire, le christianisme se trouva en face de deux exigences complémentaires : d'une part, approfondir la foi, en saisir la vérité et le sens profond, trouver une formulation claire et précise organisée en corps de doctrine — de là est née la théologie. D'autre part, défendre la nouvelle foi contre les attaques de ses adversaires, voir contre tout le monde païen incrédule. Ce fut l’œuvre de l’apologétique. La tournure d’esprit de l’apologétique risquait d’entraîner la nouvelle religion à dénoncer et à diaboliser la civilisation païenne dans son ensemble et de maintenir à l’écart les fidèles, de les isoler du paganisme. Cette tournure d’esprit sectaire fut à l’origine du premier monachisme et domina l’Église primitive. On en trouve le brillant témoignage chez Tertullien.
Le Tertullien condamne tous les philosophes, oppose Athènes et Jérusalem, l’Académie et l’Église. Les philosophes sont les patriarches des hérétiques. Le refus de la philosophie entraîne chez lui des conséquences paradoxales. La mort du Fils de Dieu est très croyable, puisqu'insensée, la résurrection est certaine, puisqu'impossible, etc. Ces paradoxes s’éclairent dès qu’on considère la démarche de Tertullien. Il s’agit d’opposer la Sagesse divine aux sagesses humaines et on ne peut le faire qu’en niant ces dernières.
Pourtant, avant lui, une tendance inverse avait vu le jour. Justin de Naplouse soutenait l’idée que la venue des Sages, avant le Christ, participait déjà du Verbe de Dieu. Par conséquent, tous ceux qui avaient vécu selon le Logos parmi les barbares, étaient des chrétiens avant la lettre. Pour Justin de Naplouse, la Révélation des Écritures était le prolongement de la révélation naturelle. C’est cette attitude conciliatrice qui finit par s’imposer finalement et aboutir à une synthèse, celle de la pensée grecque et de l’esprit chrétien. Cette synthèse, qu’on peut nommer philosophie chrétienne, a pour caractère essentiel d’aboutir à une forme d’humanisme religieux et à donner à l’humanisme occidental des valeurs et un horizon spirituel chrétiens.
Le Au , l’école d’Alexandrie joua un grand rôle dans l’élaboration de cette synthèse.
Selon Clément d'Alexandrie, « la foi est greffée sur l’arbre de la philosophie, et quand le vaccin est parfait, alors le bourgeon de la foi se substitue à celui de l’arbre, il grandit dans l’arbre et fait que celui-ci porte des fruits ». Pour réaliser ce projet, Clément décide de se servir de notions philosophiques pour interpréter les mythes bibliques. La philosophie grecque est au service d’une rationalisation de la démarche herméneutique. Elle permet le passage de la foi à la connaissance (d’où le nom de gnose orthodoxe donné à cette école).
C’est cette démarche qu’Origène approfondit pour interpréter le texte sacré dans son triple sens charnel, psychique, spirituel. Cette méthode est en rapport direct avec la doctrine de la tripartition de l’homme en corps/âme/esprit ainsi qu’avec l’élan ascensionnel de l’âme qui caractérise la pensée chrétienne. Par un chemin qui lui est propre, Origène fait pénétrer au cœur du christianisme la méthode allégorique déjà utilisée par les juifs hellénisés (voir Philon d'Alexandrie) et avant eux les stoïciens.
Origène, en usant d’une grande liberté d’interprétation à l’intérieur de la Révélation et en n’hésitant pas à se servir de la philosophie pour convertir la foi en connaissance, est l’artisan majeur de l’introduction de la démarche philosophique au sein du christianisme : utiliser les ressources de la raison pour formuler ce qui n’est pas encore des dogmes tout en éliminant au maximum le subjectivisme et l’anthropomorphisme des philosophes païens.
À la méthode allégorique, qui vise l’esprit, Lucien d'Antioche préfèrera la méthode grammatico-historique, plus scientifique et objective, mais qui vise surtout la lettre. C’est du rationalisme de l’école d’Antioche, qui s’interdit de saisir le sens mystique des Écritures que naîtront les grandes hérésies d’Arius, Nestorius, Eunomius, qui en sont les adeptes.
Le Au , les cappadociens poursuivent l’œuvre d’Origène en approfondissant la théologie apophatique et en intégrant de nombreux éléments de la physique stoïcienne (voir Grégoire de Nysse). À cette époque où les dogmes ne sont pas encore fixés, la confrontation entre la foi et la raison n’est pas encore considérée comme un rapport entre théologie et philosophie. Ce qui prédomine, c’est l’idée d’une philosophie née de la révélation. Selon les cappadociens, il y a une philosophie païenne désignée parfois comme « philosophie du dehors » et une philosophie chrétienne désignée par les expressions suivantes : philosophie spirituelle, vie philosophique, vraie philosophie. Le monastère lui-même est nommé « chœur philosophique ». Grégoire de Nysse dit de David qu’il « enseigne la voie de la vraie philosophie ».
Le Après les cappadociens, les écrits du pseudo-Denys forment une étape décisive dans la synthèse définitive du néoplatonisme et du christianisme : approfondissement et prééminence de la théologie apophatique situant Dieu au-delà de l’être et de l’essence, complémentarité des théologies positive et négative, utilisation du schéma de l’émanation plotinienne au service d’une angélologie triadique et systématique (influence de Proclus).
Dans le monde latin, c’est la pensée de saint Augustin qui forme une étape décisive dans la constitution d’une véritable philosophie chrétienne. On a souvent dit que l’augustinisme est une synthèse du platonisme et du christianisme. On peut ajouter que, jusqu’au , cette synthèse domine la philosophie chrétienne. Mais, à partir du , malgré la persistance d’un fort courant augustinien, c’est la synthèse de l’aristotélisme et des Pères de l’Église opérée par Thomas d'Aquin qui va désormais guider la destinée philosophique du christianisme.
Le Moyen Âge Le Moyen Âge étant une période très longue, on peut la diviser en deux grandes époques : le haut Moyen Âge et le bas Moyen Âge.
Le Haut Moyen Âge Pendant cette période s’élaborent les Arts libéraux, et le comput ecclésiastique (Bède le Vénérable). Ces connaissances permettent de créer les écoles à l’époque carolingienne. La philosophie s’appuie essentiellement sur les méthodes de la dialectique et de la rhétorique (questions-réponses).
Dans cette période, une partie de l'œuvre de Platon est connue en Occident, et de nombreuses thèses néoplatoniciennes circulent dans les milieux intellectuels chrétiens. L'œuvre d'Aristote n'est pas encore parvenue en Occident.
Le Bas Moyen Âge
Aux , le principal débat philosophique au sein du christianisme concerne la lutte âpre entre dialecticiens et anti-dialecticiens.
Les dialecticiens sont les partisans de la philosophie. Ils pensent qu'il est possible d'éclaircir et même de rationaliser les mystères du christianisme. Le plus grand d'entre eux, Abélard, utilise des arguments logiques et dialectiques pour donner une explication rationnelle du mystère de la Trinité. C'est peut-être la première expression radicale du rationalisme chrétien et médiéval.
À l'opposé, les anti-dialecticiens (Lanfranc, Bernard de Clairvaux) se méfient de la raison qui risque de dissoudre les mystères chrétiens dans la philosophie. La lutte qui en résulte n'est pas uniquement intellectuelle : Abélard y perdra ses testicules.
Au sein de ce vaste débat, Anselme de Cantorbéry occupe une position particulière, à mi-chemin entre les deux. C'est lui qui met au point la fameuse preuve ontologique, qui est dans le monde chrétien, la plus ancienne preuve de l'existence de Dieu entièrement rationnelle. Il est considéré comme un des premiers scolastiques en tant qu'il a tenté de "rationaliser" la foi. Il met notamment en place la distinction entre les raisons nécessaires et les raisons suffisantes de la foi.
Pendant cette seconde période, la pensée philosophique d’Aristote et les sciences et la philosophie arabo-musulmanes furent introduites en Occident, d’abord au par le page Sylvestre II, puis aux et s dans une grande période de traduction des ouvrages en grec et en arabe, qui couvrit les années 1120-1190. À partir de cette époque, l'arrivée massive de traductions arabes d'œuvres grecques à nouveau traduites en latin enclenche le vaste courant qui aboutira à la synthèse d'Aristote et du christianisme en la personne de Thomas d'Aquin. Cette synthèse correspond à l’apogée de la scolastique, phase appelée parfois grande scolastique ou âge d'or de la scolastique. La philosophie d'Aristote fut introduite dans les universités d'Occident, et notamment à l'université de Paris, par Albert le Grand, le maître de Thomas d'Aquin. Jusqu'à cette époque, la philosophie chrétienne, essentiellement platonisante avait été préservée d'Aristote par simple ignorance. On ne connaissait guère de son œuvre que les Analytiques commentées par Boèce. L'arrivée des œuvres complètes du Stagirite dans le monde chrétien fut un bouleversement dont il est aujourd'hui difficile de mesurer l'ampleur. Contrairement au platonisme dont l'idéalisme et le spiritualisme semblait à beaucoup d'auteurs chrétiens (Augustin y compris) une véritable anticipation du christianisme, la pensée d'Aristote présentait une forme de paganisme irréductible dont les points essentiels semblaient incompatibles avec la doctrine chrétienne : éternité de la matière (en opposition avec le dogme de la création), Dieu d'Aristote indifférent et sans influence sur le monde (en opposition avec la doctrine de la providence divine), disparition des idées platoniciennes, archétypes du monde sensible, au profit d'une doctrine de la matière et de la forme purement immanentes aux espèces sensibles, immortalité universelle de l'esprit, mais disparition des âmes individuelles, tout cela ne pouvait que choquer en profondeur l'esprit chrétien.