thumb|300px|Bas-relief de la mosquée de Mantingan près de Jepara (côte nord de Java) représentant un éléphant à partir de motifs floraux
L'islam est l'une des six religions officiellement reconnues par l'État indonésien, avec le bouddhisme, le catholicisme, le confucianisme, l'hindouisme et le protestantismePierre-Yves Manguin, "Southeast Sumatra in Protohistoric and Srivijaya Times: Upstream-Downstream Relations and the Settlement of the Peneplain", From Distant Tales: Archaeology and Ethnohistory in the Highlands of Sumatra (Dominik Bonatz, John Miksic, J. David Neidel et Mai Lin Tjoa-Bonatz éds.), Cambridge Scholars Publishing, Newcastle upon Tyne (2009), p. 440.
Selon le recensement officiel de 2010, 87,5 % des Indonésiens sont musulmans, 7 % protestants, 2,8 % catholiques, 1,7 % hindouistes, 1 % autres ou sans réponse, ce qui inclut le bouddhisme, le judaïsme et le christianisme orthodoxe Muslim 207176162 (87.18%), Christian 16528513 (6.96), Catholic 6907873 (2.91), Hindu 4012116 (1.69), Buddhist 1703254 (0.72), Khong Hu Chu 117091 (0.05), Other 29917 (0.13), Not Stated 139582 (0.06), Not Asked 757118 (0.32), Total 237641326.
Diffusion La diffusion de l'islam en Indonésie s'est faite dans le cadre de réseaux marchands. Ce mode de diffusion avait déjà été le cas auparavant pour le bouddhisme et le vishnouismePierre-Yves Manguin, "Southeast Sumatra in Protohistoric and Srivijaya Times: Upstream-Downstream Relations and the Settlement of the Peneplain", From Distant Tales: Archaeology and Ethnohistory in the Highlands of Sumatra (Dominik Bonatz, John Miksic, J. David Neidel et Mai Lin Tjoa-Bonatz éds.), Cambridge Scholars Publishing, Newcastle upon Tyne (2009), p. 438.
Des marchands musulmans étrangers commerçaient avec l'Indonésie et la Chine depuis des siècles. On trouve, dans un mausolée islamique à Leran dans l'est de Java, une pierre tombale portant une date correspondant à 1082
Ce sont surtout les sources étrangères, notamment chinoises mais aussi européennes, qui donnent des éléments permettant d'établir les jalons d'une histoire de la diffusion de l'islam en Asie du Sud-Est insulaire. On peut distinguer deux processus, liés mais distincts :
La diffusion à partir de Sumatra vers la péninsule Malaise, la cité-État de Malacca jouant un rôle essentiel, La diffusion sur la côte nord de Java, qu'on appelle Pasisir, et de là vers les Moluques.
Le contexte de cette diffusion est l'essor du commerce international entre d'une part, les Moluques et la Chine et d'autre part, l'Inde et le Moyen-Orient. Ce commerce passe nécessairement par le détroit de Malacca. Situé au point le plus étroit de ce détroit, Malacca devient vite une escale obligée de ce commerce florissant, dominé par les marchands musulmans. À Java, située sur la route des Moluques, c'est aussi l'essor du commerce international qui amène des marchands musulmans à faire escale dans les ports du Pasisir.
On peut attribuer le succès de l'islam auprès des souverains et des classes dirigeantes des cités portuaires de l'archipel par plusieurs facteurs :
Nombre des marchands étrangers étaient liés à des confréries soufies, dont la spiritualité présentait un attrait et pouvait se couler dans les conceptions religieuses traditionnelles des habitants de l'archipel. L'islam apportait une conception individualiste des rapports sociaux et la notion de protection des intérêts par le contrat, ce qui ne pouvait manquer de séduire les milieux marchandsOn retrouve cet avis chez Bertrand Russell, qui dans ses Essais sceptiques attribue le grand succès dans le Pacifique des commerçants chinois et l'échec relatif des commerçants japonais au fait que les premiers travaillaient par des contrats entre personnes et les seconds selon un code de commerce préétabli plus rigide.. Religion prosélyte, l'islam encourageait les nouveaux musulmans à promouvoir leur foi. Enfin, la menace que représentait l'expansionnisme portugais a favorisé l'émergence d'une conscience commune chez les souverains musulmans.
Les habitants de l'archipel deviennent en fait musulmans sans s’en rendre compte. Un indice est le mot adat, qui désigne la coutume et les traditions antérieures à l'arrivée de l'islam et distinctes de lui. Ce mot est d'origine arabe. On peut donc penser qu'à un moment, les gens aient éprouvé le besoin de nommer quelque chose qui était intrinsèque à leur existence et dont ils n'avaient pas conscience, et qu'ils n'aient pu le faire qu'avec un mot étranger.
Situation contemporaine Ce processus explique le fait que jusqu'à aujourd'hui, l'islam (mais c'est le cas des autres « grandes religions » en Indonésie) cohabite, aussi bien dans la société qu'au niveau des individus, avec des croyances et des pratiques antérieures. Le cas le plus manifeste est celui du kebatinan javanais (mot tiré de l'arabe bathin, « intérieur », « spirituel »), qu'on appelle dans les langues occidentales « javanisme » Le mot « javanisme » est en fait une traduction du javanais kejawen, qui signifie « javanité , le fait d'être javanais». Le concept de kejawen englobe l’ensemble des éléments de la culture javanaise considérés comme essentiellement javanais. Ceci inclut les aspects spirituels et les pratiques rituelles qu'on appelle kebatinan. Mais pour les musulmans indonésiens orthodoxes, le kejawen désigne avant tout cette spiritualité et les pratiques qui lui sont liées.
En 1945, beaucoup de musulmans voulaient un État islamique où les musulmans seraient obligés de respecter la charia. La Charte de Jakarta, adoptée le , prévoyait l'obligation de suivre la charia pour les musulmans. La Charte de Jakarta a servi de base à la Pancasila, philosophie de base de l'État indonésien et soutenue par le futur président Sukarno pour rassembler les divers archipels. Mais les pères de la Constitution ont finalement supprimé la phrase relative à la charia. Par la suite, la neutralité religieuse de l’État sera l’objet d’intenses conflits entre le courant laïque, comprenant entre autres des musulmans, et les divers courants islamistes, qu’ils soient modérés ou radicauxAgnès de Féo, préambule au numéro 92 des Cahiers de l'Orient, L’islam en Indonésie, 2008 .
L'ex-président Soeharto, qui a dirigé l'Indonésie de 1966 à 1998, était un adepte du kejawen. L'évolution de la société indonésienne, caractérisée par une accélération de la modernisation et de l'urbanisation provoquée par le décollage économique et la croissance des années 1970 et 1980, se traduit par un recul du kejawen et un essor de conceptions plus orthodoxes de l'islam dans les nouvelles classes moyennes urbaines. Soeharto est conscient de cette évolution de la société et du rôle grandissant des milieux musulmans dans la vie, aussi bien économique que politique, du pays. Il pousse donc à la création de l'Association des intellectuels musulmans (Ikatan Cendekiawan Muslim Indonesia ou ICMI) en 1990. Lui-même fait pour la première fois de sa vie le pèlerinage à La Mecque en 1991 et prend ensuite le nom honorifique de « Muhammad », comme c'est souvent l'usage à Java.
Le journaliste note que depuis une vingtaine d'années l'islam indonésien a subi une radicalisation marquée qu'il attribue à l'influence exercée par l'Arabie saoudite qui s'efforcerait d'imposer son interprétation wahhabite. Il rappelle ainsi que pour avoir formulé en période de campagne électorale un commentaire apparemment anodin sur le coran Basuki Tjahaja Purnama s'est vu destitué de son poste de gouverneur de Jakarta, a perdu les élections qui devaient le reconduire à son poste et s'est fait condamner à deux ans de prison ferme pour blasphème contre l'islam.. En , une série d'attentats islamistes sont commis contre trois églises à SurabayaJean-Marc Gonin, « L'Indonésie sous la menace du djihadisme », Le Figaro Magazine, semaine du 18 mai 2018, p. 26..
Cette radicalisation se manifeste notamment dans les codes vestimentaires imposés aux femmes et aux filles. Depuis 2001, les autorités locales ont émis plus de 60 ordonnances locales et provinciales destinées à faire observer ce qu'elles définissent comme des règles « d’habillement islamique pour les filles et les femmes musulmanes. » La plupart des quelque écoles publiques que compte l’Indonésie, réparties tout particulièrement dans les 24 provinces à majorité musulmanes, exigent que les filles musulmanes portent le hidjab dès l’école primaire. En 2014, le ministère de l’Éducation et de la Culture émet une directive relative à un uniforme national pour les écoles publiques, dans laquelle un dessin décrit « l’habillement musulman » composé d'une jupe longue, d'un chemisier à manches longues et d'un hidjab, suggérant qu'il s’agissait de la seule option possible pour les filles musulmanes. Même quand les responsables scolaires ont reconnu que la règlementation nationale n’impose pas légalement le hidjab, la seule existence de cette règlementation a permis aux écoles de faire pression sur les filles pour qu’elles le portentIndonésie : Des codes vestimentaires discriminatoires envers les femmes et les filles, hrw.org, 18 mars 2021 .
Néanmoins, après qu’une plainte déposée par le père d’une élève d’une école secondaire de Padang, dans la province du Sumatra occidental, a été largement commentée sur les réseaux sociaux, le ministre de l’Éducation et de la Culture, Nadiem Makarim, le ministre de l’Intérieur, Tito Karnavian, et le ministre des Affaires religieuses, Yaqut Cholil Qoumas, ont signé le un décret qui autorise toute élève ou enseignante à choisir comment s’habiller pour aller à l’école, avec ou sans « attributs religieux. »
Les groupes de défense des droits dénoncent régulièrement un usage détourné de la loi concernant le blasphème pour viser des minorités religieusesElle poste une vidéo où elle prie et mange du porc: incarcérée, lematin.ch, 20 septembre 2023.
Sumatra et le monde malais
En 1282, le roi de Samudra, situé dans l'actuel Aceh, envoie en Chine deux émissaires portant des noms arabes. Dans son voyage de retour de la cour de Kubilai Khan à Venise en 1292, Marco Polo fait escale à Perlak, voisin de Samudra, et note que le souverain de ce port est musulman, ce qui n'est pas le cas de Basma et Samara. On a essayé d'identifier, sans certitude, Samara à Samudra et Basma à Pasai, une autre principauté voisine.
Le voyageur nord-africain Ibn Battûta fait escale à Samudra à l'aller et au retour de son voyage en Chine en 1345-1346. Il note que le souverain est musulman de l'école chaféite.
Deux pierres tombales musulmanes à Minye Tujuh en Aceh témoignent de la transition en train de s'opérer dans le pays. Toutes deux rédigées en malais, l'une est écrite dans un alphabet d'origine indienne qualifié de « proto-sumatranais », l'autre en arabe. Elles signalent le décès d'une fille du sultan Malik al Zahir. Les deux inscriptions portent une date en ère Saka et en ère de l'Hégire, mais diffèrent d'une dizaine d'années, l'une mentionnant l'équivalent de 1380 et l'autre, 1389.
On peut identifier les jalons historiques suivants :
1290 : le souverain de Pasai devient musulman. 1303 : la "pierre de Terengganu" (Batu Bersurat terengganu) sur la côte est de la péninsule Malaise porte un fragment de texte juridique rédigé en malais mais en écriture arabe. vers 1410 : le souverain de Malacca se convertit à l'islam. vers 1500 : celui de Brunei se convertit. vers 1520 : celui de Patani se convertit.
Tomé Pires, un apothicaire de Lisbonne qui séjourne à Malacca de 1512 à 1515, note que tous les rois de Sumatra sont musulmans mais que ce n'est pas le cas de leurs sujets.
La route de la soie maritime, contrôlée par des marchands musulmans, passe par l'archipel indonésien. Les princes des cités portuaires trouvent avantage à se convertir à l'islam, ce qui leur permet d'entrer dans ce réseau marchand. 300px|thumb|left|Une mosquée javanaise à Surakarta
Java thumb|200px|Une mosquée javanaise vers 1900