vignette|Image satellite du Malawi.
L'histoire du Malawi à la période préhistorique demeure encore relativement méconnue. On trouve au Malawi des restes du genre Homo parmi les plus anciens de la planète. La vague d'expansion bantoue atteint la zone au début de l'ère chrétienne. Une seconde vague bantoue arrive au . Aux entités politiques bantoues succèdent l'exploration portugaise, l'établissement de comptoirs arabes puis la colonisation britannique sous forme de protectorat.
Après l'échec de la fédération de Rhodésie et du Nyassaland, le Nyassaland colonial devient le Malawi en 1964.
Préhistoire
Liste de sites archéologiques en Afrique australe vignette|gauche|Peinture rupestre du complexe de Chongoni.
On a retrouvé au Malawi, sur le site d'Uraha, des restes d’hominidés datant de 2,5 à , parmi les plus anciens fossiles du genre Homo connus à ce jour , appartenant à Homo rudolfensis... et des outils en pierre datant de plus d’un million d’années. La présence humaine est attestée au bord du lac Malawi il y a à . Des restes humains retrouvés sur un site daté de présentent des caractéristiques physiques similaires aux personnes peuplant actuellement la corne de l'Afrique. Un autre site daté de abrite des restes présentant des similitudes avec les Bochimans (peuple San). Petits et à la peau couleur de cuivre, ces hommes, désignés sous le nom d’Akufula ou de Batwa, ont réalisé les peintures rupestres trouvées dans le complexe de Chongoni, un ensemble de 127 sites couvrant du haut plateau central : art rupestre de Chongoni, éventuellement d'origine Twa de la région des Grands Lacs.
Protohistoire : migrations bantoues Des peuples bantouphones s'installent dans la zone entre le Progressivement, jusque vers , le mode de vie bantou se développe, travail du métal et culture sur brûlis notamment. L'identité de ces premiers habitants bantouphones est incertaine. Selon la tradition orale, des noms tels que Kalimanjira, Katanga et Zimba leur sont associés. Une seconde vague de peuplement bantoue, venue du nord, débute au et s'étend jusqu'au . Ce sont les débuts de l'histoire écrite, grâce à la consignation en anglais et en portugais des traditions orales.
Empire maravi (1450c-1891) vignette|Lac Malawi. vignette|Royaume maravi en 1650.
Les Amaravi arrivent à la fin du , venus des territoires de l’actuel Katanga dans la République démocratique du Congo. Ils livrent des combats avec les Akufula, qui vivent en petits clans familiaux sans système de défense unifié. Le clan des Phiri, qui domine le peuple Amaravi et dont descendent les Chewas actuels, fonde alors un royaume (ou plusieurs) qui devient l’Empire maravi.
Cet empire (1480-1891) s’étend depuis les rives sud-ouest du lac Malawi et englobe la plus grande partie du Malawi actuel, ainsi qu’une partie du Mozambique et de la Zambie. L’empire est gouverné depuis la ville de Mankhamba par le kalonga, qui nomme des lieutenants pour gouverner les provinces nouvellement annexées. L’empire commence à décliner au début du , lorsque des conflits entre gouverneurs provinciaux affaiblissent son autorité.
L’économie de l’Empire maravi dépend largement de l’agriculture, principalement du millet et du sorgho. Les Chewa ont alors accès à la côte de l’actuel Mozambique, ce qui leur permet de faire commerce d’ivoire, de fer et d’esclaves avec les Portugais et les Arabes. Les Portugais entrent dans les territoires du futur Malawi via le port mozambicain de Tete au et rapportent les premiers témoignages écrits sur l'empire Maravi. Ils apportent le maïs, qui remplace le sorgho dans l’alimentation de base des Malawites, et achètent des esclaves qu’ils emploient principalement dans leurs plantations du Mozambique et du Brésil.
La chute de l’Empire maravi, au , coïncide avec l’arrivée de deux groupes puissants. Les Nguni originaires du Natal (actuelle Afrique du Sud), emmenés par leur chef Zwangendaba, arrivent au Malawi après avoir fui l’Empire zoulou (1816-1897) et l’empereur Chaka (1787-1828). Cet important mouvement de populations, appelé Mfecane, qui englobe bien d’autres peuples que les Nguni, a un profond impact sur le sous-continent austral. Tout en fuyant Chaka Zulu, les Nguni du chef Zwangendaba (1785c-1848) adoptent une grande partie de ses tactiques militaires et les emploient contre les Maravites. Installés dans des régions rocheuses, ils lancent des raids annuels contre leurs voisins Chewa pour ramener esclaves et nourriture.
Le deuxième groupe qui gagne en influence à cette époque est celui des Ayao (ou Yao), venus du nord du Mozambique pour échapper à la famine et aux conflits avec la tribu Makua. Ils attaquent les Chewa et les Nguni pour revendre les prisonniers comme esclaves. Les Ayao sont les premiers, et restent longtemps les seuls, à employer des armes à feu dans leurs conflits avec d’autres tribus. Convertis à l’Islam au contact des commerçants arabes, ils bénéficient du soutien des cheikhs, qui financent des écoles et des moquées. Les Arabes introduisent également la culture du riz, qui devient prépondérante dans la région lacustre.
Forts de leur alliance avec les Ayao, les Arabes établissent plusieurs comptoirs le long du lac Malawi. Le plus grand de ces comptoirs est fondé en 1840 à Nkhotakota par Jumbe Salim bin Abdala (de la dynastie Jumbes de Nkhotakota). Au sommet de son pouvoir, Jumbe fait transiter entre et esclaves par Nkhotakota par an. Les esclaves sont ensuite acheminés vers l’île de Kilwa Kisiwani, au large de l’actuelle Tanzanie. La fondation de ces comptoirs déplace le centre du commerce des esclaves vers Zanzibar.
Les Ayao et les Angoni se livrent d’incessants combats sans qu’il en ressorte un vainqueur définitif. Les derniers représentants de l’Empire maravi succombent cependant aux attaques des deux clans. Certains chefs chewa subsistent en nouant des alliances avec les Swahili, eux-mêmes alliés avec les Arabes.
Arrivée des Britanniques (1855) 160px|thumb|David Livingstone thumb|Cecil Rhodes, symbole de l'impérialisme britannique en Afrique australe et président de la British South Africa Company.
En 1616, le voyageur portugais Gaspar Bocarro est le premier européen à avoir signalé son passage au lac Malawi. En 1660, le Jésuite portugais Frère Manuel Barretto décrit la richesse de la confédération Maravi.
En 1855, l’explorateur écossais David Livingstone (1813-1873) descend le Zambèze depuis les chutes Victoria jusqu'à Tete. En 1856, il décide de remonter le grand fleuve jusqu'à son embouchure. Arrêté par les chutes de Quebrabasa, il oblique le long du fleuve Shire et en 1859, parvient sur les rives du lac Malawi qu'il baptise Nyassa (nyasa signifie « lac » en chiayo). Dans son sillage surviennent ensuite des missionnaires, des chasseurs et des trafiquants d'esclaves.
Des Églises presbytériennes écossaises installent alors des missions dans la région, avec entre autres objectifs l’intention de mettre fin au commerce d’esclaves vers le golfe Persique. Ainsi, en 1876, la mission de Blantyre est fondée, avec pour nom de baptême celui du village natal de Livingstone.
En 1878, des commerçants majoritairement originaires de Glasgow fondent la Compagnie des lacs africains pour ravitailler les missionnaires en biens et en services. Elle surclasse alors les quelques comptoirs portugais. D’autres missionnaires suivent encore ainsi que des commerçants, des chasseurs et des planteurs.
En conflit avec les marchands d'esclaves, les négociants en appellent à la Couronne britannique. En 1883, la Grande-Bretagne nomme le diplomate Harry Johnston (1858-1927) consul auprès des rois et chefs d’Afrique centrale afin de signer des traités d'amitié avec les chefs locaux. Il se heurte alors à un sérieux rival, l'explorateur portugais Serpa Pinto (1846-1900) qui essaye de convaincre Lisbonne de faire relier la colonie portugaise d'Angola à celle du Mozambique. Pinto ne parvient pas à convaincre finalement sa métropole. Muni de fournies par Cecil Rhodes, Johnston négocie le ralliement des chefs locaux et en 1891, les deux puissances européennes s'accordent pour placer le Nyasaland dans la sphère d'influence britannique.
Harry Johnston est nommé haut commissaire au Nyassaland et la gestion financière du territoire est alors confiée à la British South Africa Company de Cecil Rhodes qui vient de se voir remettre par charte royale l'exploitation de la Zambézie du Sud et de la Zambézie du Nord (les futures Rhodésies).
Le territoire est pacifié autant par la force que par la diplomatie.
Protectorat du Nyassaland (1907-1964)
220px|thumb|Drapeau colonial du Nyassaland C'est cependant seulement en juillet 1907 que le protectorat britannique d'Afrique centrale (1891-1907) devient officiellement le protectorat britannique du Nyassaland.
Les colons ne se précipitent pas au Nyassaland, lui préférant le Kenya ou la Rhodésie du Sud pour développer les plantations de tabac et d'arachides : les plantations de tabac, la principale culture du Nyassaland, sont lentes à se développer.
La plus sérieuse rébellion contre l'ordre établi (discrimination, travail forcé, pénuries alimentaires, etc.) a lieu en janvier 1915. Les fidèles de l'Église évangélique du pasteur baptiste John Chilembwe (1871-1915), adversaire de la colonisation, tentent de prendre d'assaut le dépôt d'armes de Blantyre et de s'attaquer aux plantations. Après quinze jours de rébellion, le mouvement est réprimé et Chilembwe est abattu lors de sa fuite.
En 1927, le recensement dénombre alors seulement Blancs pour Africains (99,6 %). La discrimination raciale existe peu en comparaison avec les autres colonies ou protectorats britanniques voisins. Si les Africains doivent présenter un laissez-passer lors de leurs déplacements, ils ne sont pas soumis à de mesures discriminatoires dans les banques, les administrations, les bureaux de poste ou dans les magasins de Blantyre et de Zomba, les deux plus importantes villes du protectorat. En conséquence de ce peu d'attrait du Nyassaland sur les immigrants européens, la politique indigène diffère des colonies voisines. Les chefs traditionnels constituent un relais et un appui essentiel du colonisateur. En 1933, les responsables administratifs locaux sont à leur tour intégrés dans un conseil des chefs afin d'être associés aux prises de décisions.
Au lendemain de la Seconde Guerre mondiale, une élite africaine, formée en Europe et aux États-Unis, commence néanmoins à se montrer active sur le plan politique. En 1944, le Congrès africain du Nyasaland est fondé, regroupant des intellectuels sur une base pluriethnique.
Le territoire reste sous-développé par rapport aux colonies voisines et de nombreux ressortissants partent chercher du travail dans les Rhodésies ou en Afrique du Sud. La famine de 1949 au Nyassaland, en partie due à la sécheresse de 1948-1949, souligne les inégalités sociales et le sous-développment.
En 1949, les Africains obtiennent leur droit de représentation au Conseil législatif du Nyassaland (ils étaient jusque-là représentés par les missionnaires) mais celui-ci n'est effectif qu'en 1953, année où entre en fonction la fédération de Rhodésie et du Nyassaland, largement rejetée par les Africains du Nyassaland.
Fédération de Rhodésie et du Nyassaland (1953-1963) En 1953, les protectorats du Nyassaland, de Rhodésie du Nord et la colonie de Rhodésie du Sud s'unissent pour former la Fédération de Rhodésie et du Nyassaland, renforçant malgré elle les aspirations à la décolonisation et à l'indépendance.