Le Comtois est une race de chevaux de trait de taille moyenne, propre à la Franche-Comté. D'origine germanique et peut-être bourguignonne, elle est surtout présente en France et en Suisse. Réputé sous l'Ancien Régime, le Comtois est le premier exemple d'élevage florissant d'un cheval de traction lourde en France. Décimé durant les guerres napoléoniennes, il se confond alors, sous le nom de « cheval du Jura », avec le futur cheval des Franches-Montagnes suisse. Côté français, son élevage est relancé au début du .
Sélectionné pour les travaux des champs, le Comtois devient un cheval de trait rustique, capable de vivre à l'extérieur toute l'année. Alors qu'il était de robe baie, il acquiert après la Seconde Guerre mondiale sa robe particulière aux crins de couleur claire, qui participe désormais à son succès, avec son tempérament calme, son format moyen et sa rusticité. Face à la concurrence du tracteur, le Comtois est reconverti en animal de boucherie. Dans les années 1980, il devient ainsi la seule race de trait française dont les effectifs connaissent une légère augmentation.
Le Comtois est désormais la race de chevaux de trait la plus présente en France, grâce à la rentabilité de son élevage extensif en zone montagneuse. Bien que la viande constitue, et de loin, le premier débouché de la race, le Comtois est aussi utilisé dans les loisirs, le spectacle et les travaux attelés.
Histoire Comme tous les chevaux domestiques modernes, le Comtois provient de la lignée DOM2, qui a émergé dans les steppes eurasiennes vers selon une vaste étude génomique publiée dans Nature..
Le cheval est élevé depuis environ en Franche-Comté. Le berceau historique de la race du cheval de trait Comtois (prononcé [] ) se situe dans le centre du Jura, limitrophe de la Suisse.. Si l'on ne peut forcément parler de « race » sur toute cette période, il est certain qu'une population de chevaux y existe au moins depuis l'époque Burgonde.. D'après la thèse de Cécile Blanchard, Le Comtois d'avant le est très différent de celui qui est décrit au .
Origine vignette|gauche|Les Burgondes auraient amené leurs chevaux dans la région franc-comtoise vers le .|alt=Carte géographique montrant la région franc-comtoise au L'origine exacte du Comtois est lointaine et imprécise. Il existe des différences de points de vue, les éleveurs franc-comtois rejetant l'influence bourguignonne et suisse. Génétiquement, le Comtois est très proche de l'Ardennais, et relativement proche du Breton, qui sont deux autres races de chevaux de trait françaises..
L'hypothèse la plus répandue veut que les ancêtres du Comtois soient germaniques, et aient été importés par les Burgondes au , ou , dans les montagnes jurassiennes du Doubs, à l'actuelle frontière entre la France et la Suisse. Marcel Mavré cite en faveur de cette origine germanique une ordonnance de Charles Quint le , disant que le comté de Bourgogne devrait être peuplé .
Selon le vétérinaire Pierre-André Poncet, le Comtois provient d'un tronc commun avec le cheval des Franches-Montagnes suisse. Ces deux races se séparent au milieu du en prenant des orientations différentes, le Franches-Montagnes évoluant vers le trait léger demi-sang et le Comtois vers le trait lourd, par croisement avec des Ardennais. Une parenté avec le Haflinger du Tyrol est aussi souvent évoquée.
Selon la thèse de Patrick Wadel consacrée à l'élevage des paysans francs-comtois sous l'Ancien Régime, au moins une partie au moins de ces chevaux ne remonte pas aux races germaniques, mais est issue du cheval bourguignon, .
Selon le vétérinaire Jacques Sevestre, le Comtois possède peut-être une ascendance arabe en raison de son profil de tête rectiligne. Les croisements éventuels avec des étalons orientaux et espagnols restent controversés. L'inventaire des chevaux du comte de Cantecroix, en 1608, montre une forte présence de chevaux de selle d'origine espagnole..
De l'Antiquité au Peu de sources anciennes citent le cheval Comtois avant le Moyen Âge. Les chevaux de Séquanie servent de montures aux Gaulois, puis aux Germains. Plusieurs auteurs d'encyclopédies estiment qu'ils sont montés comme destriers par des chevaliers médiévaux lors de joutesIl est peu probable que les montures des chevaliers médiévaux ont ressemblé aux chevaux de trait actuels. Voir les articles cheval au Moyen Âge et destrier.. Pour l'autrice régionaliste Marie Lucie Cornillot (1950), le cheval Comtois a ..
Les chevaux Comtois du sont d'un modèle différent de l'actuel. Plus petits, ils portent une robe noire ou baie. L'écuyer Antoine de Pluvinel cite le « cheval bourguignon », et « surtout le Comtois », comme un animal excellent pour la traction et le harnais, mais peu fin « et sujet à devenir aveugle ». Sous l'Ancien Régime, l'élevage paysan franc-comtois joue un grand rôle dans l'économie du pays. La monarchie place ses espoirs dans la production de ces animaux. En 1695, des étalons royaux sont envoyés aux garde-haras francs-comtois. Les chevaux de Franche-Comté sont fortement réquisitionnés pour les guerres de Louis XIV, dont une saisie de en 1696.
Martin Haller identifie le comme un âge d'or pour le Comtois. Il sert d'animal de guerre et en particulier de cheval d'artillerie. C'est essentiellement un animal de transport et d'artillerie, peu réputé sous la selle, cité par .. Il arrive qu'il soit monté par la cavalerie, et notamment les dragons, servant d'animal militaire depuis l'époque de Louis XIV et jusqu'à celle de Napoléon .
Deux types sont distingués, le cheval de plaine et le cheval de montagne, le second étant plus réputé que le premier. Le haras national de Besançon est établi en 1754. Le marquis de Voyer met en place, jusqu'en 1759, une réforme qui permet de se rendre compte de la nécessité d'élever le cheval de trait. Elle permet à l'élevage paysan de s'épanouir. La race franc-comtoise, dont l'élevage s'organise durant tout ce siècle, annonce le développement des chevaux de travail du siècle suivant dans les autres régions françaises. L'organisation entre les naisseurs des montagnes, les paysans rouliers, les garde-étalons et les marchands de chevaux, est en effet précoce. La zone de diffusion et d'influence de ces animaux est telle qu'ils sont trouvés jusque dans la Puisaye (où a lieu une tentative de naturalisation de la race, d'après O. Delafond) et le Donziais (où des juments comtoises sont introduites et gagnent tout le plateau nivernais), deux régions géographiquement plus proches de l'influence du Poitou et du Perche, qui possèdent aussi des races de chevaux de trait. En 1770, la majorité des étalons répartis dans les haras de Franche-Comté sont de race comtoise locale.
En Lorraine, les animaux de trait sont probablement issus d'un mélange entre les races ardennaise et comtoise.. Une source de 1715 atteste que des chevaux francs-comtois sont élevés jusque dans le Berry. Ces chevaux, dont la réputation est , restent populaires dans leur berceau d'origine. Les rouliers d'Orgelet, dans le Jura, achètent à bas prix les juments poulinières de réforme pour transporter à moindre coût leur fromage et d'autres denrées de la région.
Il existe une opposition historique entre l'administration des haras et l'élevage paysan, ces derniers refusant les croisements préconisés par les autorités du pays, et préférant sélectionner leurs chevaux dans l'indigénat. Les discours « partisans » des auteurs de la fin du en révèlent les enjeux. Le but des administrateurs est d'ôter toute possibilité de choix et d'initiative aux éleveurs paysans pour leur faire produire des chevaux de guerre, mais ces derniers recherchent un « cheval de paix » pour travailler la terre. Alfred Gallier parle des « petits chevaux du Jura » tirant les diligences et les charrois à la fin du , particulièrement dans la vallée du Rhône.
thumb|left|Illustration du cheval Comtois dans l'encyclopédie pratique de l'agriculteur, publiée par Firmin-Didot et Cie, tome 5, 1877. Le modèle est beaucoup plus léger que le Comtois actuel, les crins sont foncés. Le cheval du Jura est largement mis à contribution lors de la Révolution française, puis durant les guerres du consulat, de l'Empire, et du Second Empire. La campagne de Russie, en particulier, est un désastre pour la race. Il reste très peu d'animaux en Franche-Comté après les réquisitions des armées. Le cheval Comtois connaît ainsi une période de recul au . D'après Bernadette Lizet, il a peut-être souffert à cette époque de ne pas être élevé près de Paris. La documentation atteste en parallèle de la progression des races du Percheron et du Boulonnais, soutenues par une excellente réputation et très présentes dans la capitale de France, tandis que les chevaux Flamands, Poitevins et Comtois sont décrits comme des chevaux .
L'itinéraire d'une famille du Bazois, qui a diffusé le cheval Comtois dans sa région entre 1800 et 1830, est connu grâce à un vétérinaire, M. Delafond. Il s'agit d'une des premières grandes dynasties d'éleveurs de chevaux de trait. Les juments comtoises sont, d'après lui, bien supérieures aux populations équines traditionnelles du Bazois, mais elles perdent du terrain face à l'émergence de la race percheronne sur la même période. Entre les années 1830 et 1850, les chevaux du Nivernais sont de plus en plus métissés Comtois-Percheron. Les éleveurs de Comtois sont ensuite repoussés vers le sud.
Le cheval Comtois est confondu, sous le nom de « cheval du Jura », avec le futur Franches-Montagnes de Suisse. Ces deux races possèdent à l'époque un modèle comparable. Les croisements entre elles sont fréquents. Il n'est pas rare que des marchands de chevaux suisses s'approvisionnent en France puis revendent leurs animaux comme étant des chevaux des Franches-MontagnesRapport de la commission bernoise d'élevage chevalin, 1873, cité par .. Inversement, des chevaux suisses font souvent la monte en Franche-Comté, comme l'attestent de nombreux rapports d'inspecteurs des haras. Un étalon suisse figure parmi les 25 reproducteurs répertoriés à Besançon en 1811. Dès 1840, le croisement entre la jument comtoise et l'étalon suisse des Franches-Montagnes est courant parmi les éleveurs. Cependant, ces croisements sont souvent opérés avec des étalons suisses de mauvaise qualité.
thumb|Le chariot comtois tracté par le cheval du pays, vers 1850 Au milieu du , les poulains de trait franc-comtois se vendent tout de même entre à l'âge de quinze à dix-huit mois, selon l'hippologue Eugène Gayot. Ils ont une excellente réputation pour les travaux des champs et les charrois. Il ajoute que tout le monde, dans la première partie du , connait le chariot comtois de tracté par le cheval du même pays, et détaille la morphologie jadis avantageuse de l'animal, à la robe baie ou grise pour une taille de , avant de regretter « le délaissement de la race ». Les chevaux francs-comtois sont en effet croisés avec des chevaux Normands, Boulonnais, Percherons et Ardennais sans contrôle, si bien que vers 1850 , la population équine de la région étant devenue très hétéroclite, notamment à cause des croisements avec des chevaux de sang. Un ancien type de ce cheval, assez proche du Poitevin mulassier selon certains observateurs, disparaît à cette époque..
En 1863, le conseil général du Jura souhaite l'envoi d'étalons « améliorateurs » dans le pays comtois. Eugène Gayot sélectionne reproducteurs issus de diverses races françaises. La guerre franco-allemande de 1870 entraîne une fermeture temporaire puis une réorganisation du dépôt d'étalons de Besançon. Pour Edmond Lavalard, qui s'exprime en 1894, .. Les éleveurs français sont contraints de s'approvisionner en reproducteurs à Porrentruy et dans les Franches-Montagnes suisses, en raison du peu de bons étalons restants en Franche-Comté. L'ingénieur agronome Paul Diffloth estime que .
Première moitié du thumb|Des chevaux Comtois à Maîche, berceau de la race.