Peuplée depuis près de deux millénaires, les différentes îles des Comores ont connu une histoire très voisine avec plusieurs vagues de migrations. Ces îles étaient connues depuis longtemps des pirates arabes, elles sont même citées dans les contes des Mille et Une Nuits. Un passage décrit la population autochtone qui y vit. Puis c'est la France, puissance coloniale, qui unit administrativement les îles. L'histoire des îles se sépare à nouveau après la formation en 1976 de la République fédérale islamique des Comores et le souhait de la population mahoraise de rester française.

Voir également : Grande Comore, Anjouan, Mohéli, Mayotte Histoire de Mayotte, Territoire des Comores (1946-1975), Histoire des Comores (pays) (depuis 1975)

Préhistoire L’archipel des Comores, d’origine volcanique, s’est formé au cours du Cénozoïque. Les données de sismique réflexion acquises lors de la campagne SISMAORE indiquent que Mayotte est l’édifice le plus ancien, avec un début du volcanisme vers 26,5 Ma ; à l’autre extrémité, la Grande Comore demeure active, portée par le Karthala et un champ tectono-volcanique récent mis en évidence en mer autour de l’archipel.

Avant les premières implantations humaines, l’archipel ne comptait vraisemblablement aucun mammifère terrestre autochtone en dehors des chauves-souris frugivores du genre Pteropus et d’autres chiroptères, colonisateurs naturels des îles océaniques.

Premiers peuplements et migrations Des études génétiques fondées sur des marqueurs uniparentaux indiquent que la population comorienne possède une ascendance tri-continentale, africaine, austronésienne insulaire et moyen-orientale, résultant de métissages précoces dès le premier millénaire apr. J.-C.

Peuplement austronésien (VIIIe–XIIIe siècles) Divers indices montrent que les Comores ont d’abord été peuplées par des navigateurs austronésiens, probablement originaires d’Asie du Sud-Est insulaire, entre le VIIIe et le XIIIe siècle apr. J.-C., parallèlement à la colonisation de Madagascar.

Les découvertes archéobotaniques de sites précoces comme Sima (Anjouan) révèlent la prédominance de cultures asiatiques (riz indica et japonica, haricot mungo, coton) par rapport aux espèces africaines, ce qui confirme une origine austronésienne.

Les analyses génomiques mettent en évidence une contribution austronésienne d’environ 20 % dans les populations comoriennes, avec des variations selon les îles.

Phase de Dembeni et premiers indices d’islamisation (IXe–XIIe siècles) L’archéologie met en évidence un horizon culturel dit de Dembeni (Mayotte et îles voisines), avec de nombreux sites des IXe–Xe et XIe–XIIe siècles impliqués dans les échanges à longue distance de l’océan Indien.

On y retrouve des céramiques chinoises et persanes ainsi que du cristal de roche malgache, témoignant de la richesse et de l’intégration aux circuits commerciaux abbassides puis fatimides ; les sépultures orientées vers La Mecque indiquent une islamisation précoce dès les XIe–XIIe siècles.

Le peuplement bantou Les auteurs et navigateurs antiques (égyptiens puis grecs et latins) ne semblent pas bien connaître la région au sud de la Somalie. Pline l'Ancien mentionne au sud de l'Erythrée une ville appelée dans laquelle certains chercheurs comme N. Chittick croient reconnaître Domoni, mais aucune preuve archéologique n'atteste ce rapprochement. Il semble cependant que les navigateurs de l'antiquité ne tenaient pas à dépasser le Cap Delgado (à la frontière Tanzanie-Mozambique), au-delà duquel la navigation est alors plus complexe et le retour non assuré. Le Canal du Mozambique semble donc être resté relativement à l'écart du commerce international jusqu'au . Les proto-malgaches, venus de la région malaise ont pour leur part pu atteindre Madagascar dès le , suivis par les néo-indonésiens à partir du .

Les premières traces de peuplement datent du , il s'agit probablement de Bantous provenant de la côte africaine, appelé Antalotes (abusivement dénommés bushmen par les Européens). Ces premiers habitants mettent en place une organisation politique et sociale proprement africaine. Mayotte et Anjouan, plus difficiles d'accès du fait de leurs barrières de corail, ont été occupées apparemment plus tardivement, et les deux îles se différencient de l'ensemble des Comores par une évolution linguistique spécifique. On suppose que les Austronésiens qui contribuent au peuplement de l’île de Madagascar sont passés par les Comores entre le mais ne s’y sont principalement installés qu'à Mayotte.

Cependant, des recherches archéologiques menées par le professeur Felix A. Chami dans l'île de la Grande Comore suggèrent que l'île aurait été habitée bien plus tôt qu'on ne le pense « environ 3000 ans avant Jésus-Christ » (AEC).

Initialement, les villages sont régis par les doyens que sont les chefs des familles les plus influentes ou les chefs de villages. Ils portent le titre de mafé, mfaume ou mafani à Anjouan ou Mohéli (Mfalume en kiunguja). Les mafés laissent la place assez rapidement à des Mabedja qui forment une chefferie dirigeante dans chaque village.

650-800 : islamisation des Comores

Une islamisation dès le ? L'archéologue Felix A. Chami s'est préoccupé de l'histoire de l'islam dans ce pays. En attendant la validation de ses travaux par la communauté scientifique, le , à en croire le professeur, des fouilles archéologiques menées dans une ancienne mosquée comorienne ont révélé trois fondations superposées au sous-sol. La première fondation est celle d'une mosquée qui date du . La seconde dont les traces de la niche (mihrab) et de la chaire (minbar) sont nettement visibles, a fourni des matériaux datant du , notamment des écritures gravées sur des poteries et autres objets déterrés à ce niveau. Si cela devait se confirmer, la thèse de l'islamisation des Comores remonterait au .

D'après le professeur Mohamed Bajrafil : .

L’élément important, dans cette donnée nouvelle, est que l’islam serait dans ce pays aussi ancien que l’instauration des premières populations. Cependant, la présence de tombes médiévales non orientées vers la Mecque (notamment à Mayotte) indiquerait des rites non-islamiques jusqu'à une période plus tardive : l'islam serait ainsi longtemps demeuré la religion des élites (souvent d'origine étrangère : persane, puis omanaise et zanzibarienne), tandis que le peuple et surtout les esclaves serait demeuré dans des religions primitives progressivement teintées de syncrétisme.

900-1000 : arrivée des Perses Les sépultures de rite musulman découvertes à Mayotte dans la nécropole de Bagamoyo témoignent de l'arrivée des marchands persans de passage, originaires de Chiraz, dont la chute a provoqué une vague d'émigrationLa chronique de Kilwa, un sultanat formé en 975 et dirigé par un prince perse de Chiraz, fait remonter la venue des premiers arabo-chiraziens au à Anjouan. dans le sud de l'Iran actuel, qui constituent les premières communautés musulmanes de l'archipel. Ces lignées princières chiraziennes, les Qabilas, originaires de la côte swahili fondent en effet les premiers sultanats, s'établissant dans les villes côtières fortifiées (Mutsamudu et Domoni à Anjouan, Fomboni à Mohéli, Moroni, Mitsamiouli, Itsandra et Iconi à la Grande Comore), unifiant sous leur autorité les communautés villageoises alors commandées par des Mafani (Anjouan, Mohéli et Mayotte) et Bedja (Grande Comore). Ils font main basse sur les terres des cultivateurs autochtones, les Walatsa, qui sont alors contraints de travailler pour eux. Ceux qui s'y refusent sont refoulés à l'intérieur des terres.

C'est surtout au contact de ces dynasties chiraziennes que les élites comoriennes vont progressivement s'islamiser. On considère le comme l'époque pendant laquelle l'aristocratie comorienne est totalement islamisée. En parallèle, la chute de Chiraz et de son influence maritime ouvre la voie aux commerçants indiens (en particulier les kharimis), dont la présence va s'intensifier dans la région entre les , laissant d'importants témoignages archéologiques sous la forme de poteries typiques de la côte indienne.

En 1154, le géographe arabe Al Idrissi réalise pour le roi Roger II de Sicile un travail carthographique appelé Tabula Rogeriana, dans lequel il décrit ainsi ce qui semble être les Comores : Les Comores demeurent cependant encore marginales dans le commerce arabe, car situées au-delà de la zone dans laquelle on peut naviguer en fonction des constellations arabo-persanes : l'archipel n'apparaît donc quasiment pas dans les (routiers nautiques) arabes de l'époque, dont les plus importants pour l'océan Indien sont ceux d'Ibn Mâgid () et Soulayman al-Mahri (début du ).

Al Idrissi détaille également les produits de l'archipel (qui semble dominé à l'époque par Anjouan) : bananes (les plus nutritives de la région d'après lui), sorgho, riz, bovins, canne à sucre, coco, camphre, santal. Il est cependant probable que le commerce des esclaves fut la principale source de revenu des habitants des Comores pendant de nombreux siècles.

La plus ancienne mosquée de l'archipel se situe à Anjouan, sur le site du vieux Sima et daterait du . L'islam pratiqué à cette date est fort influencé par le chiisme persan dont on retrouve notamment l'écho dans la présence de sépultures dans l'axe du mihrab de nombreuses mosquées anciennes (culte du saint fondateur). . Sima devient la première capitale du sultanat chirazi d'Anjouan. De cette époque date la mosquée chirazienne, ses ruines sont encore visibles aujourd'hui. Domoni abrite une autre mosquée chirazienne de la fin du . Une inscription présente dans la mosquée du Vendredi de Moroni date sa construction de 1427, tandis qu'à Mbéni, une inscription date la mosquée du Vendredi de 1470.

1500 : installation du chaféisme thumb|Zone actuelle des langues swahilies.|alt= En 1506, une flotte chirazienne commandée par Mohamed ben Haïssa aborde l’archipel et en bouleverse la vie économique et sociale. Dès lors, des manuscrits en caractères arabes notent l'arabe, le comorien ou le swahili, et permettent de reconstituer les généalogies des clans et des sultanats, au demeurant particulièrement complexes. Par la subjugation et par le jeu d'alliances, ils contribuent ainsi à l'établissement de nouveaux lignages matrimoniaux, surtout à la Grande Comore et à l’île d’Anjouan. L'installation des sultanats chiraziens contribue à l'adoption puis à la généralisation de la doctrine chafiite aux Comores comme en témoigne la description de l'archipel par l'amiral turc Piri Reis en 1521..

La mosquée chirazie de Tsingoni à Mayotte, longtemps interprétée comme la plus ancienne, date en réalité de 1538 comme en témoigne l'inscription conservée dans son mihrab.

Cependant, le caractère élitiste de l'islam aux Comores et l'existence d'une écrasante majorité d'esclaves dans la population expliquent la faible diffusion de l'islam dans les sociétés comoriennes jusqu'au . On comprendra pourquoi les mosquées, notamment les mosquées royales chirazies, sont faites pour abriter un petit nombre de fidèles. L'abolition de l'esclavage et le succès des Tariqa (confréries soufies) à partir de la fin du expliquent la large conversion des comoriens à l'islam à cette date.

Durant cette époque, le pouvoir est aux mains des nombreux sultans locaux dit batailleurstitre d’un ouvrage d'Urbain Faurec publié en 1942., du fait de la rivalité entre sultanats et des nombreux conflits qui en ont découlé. Finalement Anjouan, qu'on dit la plus arabe des îles, finit par prendre contrôle, peu ou prou, de Mohéli, et tentera régulièrement d'étendre son pouvoir sur Mayotte jusqu'au .

Liste des sultans d'Anjouan, liste des sultans de Mohéli, liste des sultans de Mayotte, liste des sultans de Grande Comore

Structure sociale