vignette|Vue aérienne de l'estuaire de l'Elbe. vignette|alt=Image satellitaire de l'estuaire du Río de la Plata et de son bouchon vaseux|Image satellitaire de l'estuaire du río de la Plata et de son bouchon vaseux.
Un estuaire (du latin aestus, « marée », substantif du verbe aesto « je bouillonne ») est l'embouchure d'un fleuve important qui s'évase vers l'aval et dans laquelle pénètre profondément la marée. Lorsque l'embouchure est dominée par les apports sédimentaires dans les mers à courants côtiers et de marée importants sur une côte à faible relief, il se forme un estuaire. Des sédiments surtout fins, d'origine fluviale (argiles, limons et sables) et marine (sables et graviers), se déposent sur les berges par le processus d'accrétion ou dans la basse vallée par le processus de colmatage (ensablement, envasement). Ces processus contraignent le cours d'eau à emprunter des chenaux primaires et secondaires bordés par ces accumulations sédimentaires (vasières latérales et bancs sableux médians).
Cette forme littorale fluvio-marine se distingue de celle dues à l'ennoyage par la mer de vallées continentales sans apport sédimentaire important (rias, calanques et fjords). Zones d'accumulation sédimentaire privilégiée, elle se distingue aussi des deltas qui se forment dans les mers à faibles marées ou lorsque la charge sédimentaire du fleuve est trop importante
L'effet de la mer ou de l'océan est perceptible dans toute la zone estuarienne. Pour certains, il correspond à toute la portion du fleuve — semi-close — où l'eau est salée ou saumâtre ; pour d’autres, c'est la présence de l’effet dynamique de la marée sur les eaux fluviales qui le définit ou encore un assemblage faunistique ou écologique typiquement « estuarien ». Il est dit microtidal, mésotidal ou macrotidal respectivement selon que son amplitude de marée est faible, moyenne ou forte.. Selon Pritchard (1967), par convention on ne parle pas d'estuaires pour les fleuves qui se jettent dans des mers fermées qui n'ont pas de marée..
L’estuaire est un écotone mouvant dont les limites sont d’appréciation délicate. Elles se définissent généralement d'après l'analyse du mouvement des masses d’eau douce et salée, sur la base du flot principal ou moyen de la marée.
Chaque estuaire est un système physique et écologique dynamique et unique, incluant des zones humides, des méandres sans cesse remodelés par les vents et courants, des charges de matières en suspension apportées par le fleuve et, selon la nature du contexte géologique et du bassin versant, le climat, les vents et les interventions humaines historiques et contemporaines. L’estuaire est aussi le lieu où la force du fleuve est ralentie. Certains polluants s’y sédimentent préférentiellement et peuvent s’y concentrer.
Pour des besoins commerciaux, militaires, maritimes, agricoles, halieutiques ou sécuritaires, depuis des temps millénaires ou séculaires, des ports, des chenaux, des canaux, des aménagements de stabilisations, de drainage et d’assèchement, des atterrissements ou des aménagements conchylicoles ou cynégétiques en ont modifié les volumes et les profils transversaux et esur la longeur.
L’être humain a cherché à maîtriser les estuaires en fixant les berges et les chenaux, en y construisant de coûteuses digues, parfois immergées. Pour ce faire il a mobilisé les sciences naturalistes, comme les mathématiques (modélisation) et la physique (dynamique des fluides et des matériaux). Depuis quelques décennies, les sciences sociales et économiques sont également appelées par les aménageurs, notamment pour y résoudre les conflits d’usages (chasse, pêche, tourisme, promenade, loisirs, nautisme, plongée sous-marine, pêche à pied, activités portuaires, etc.).
C’est le seul écosystème où la modification altimétrique de la ligne d’eau biquotidienne varie dans le temps et dans l’espace, en même temps que la salinité et la turbidité. On y trouve des espèces marines, des espèces d’eau douces et des espèces endémiques aux estuaires. Quand la pollution et la surpêche ne la surexploitent pas, la biomasse produite y est exceptionnellement élevée, notamment en zone tempérée (en Europe notamment.). Les estuaires sont à l’origine de nombreuses chaînes alimentaires (mysidae.) et poissons.. notamment). Ceci en fait une zone de reproduction et de nourrissage irremplaçable pour nombre d’espèces.
Tous travaux d’aménagement en aval ou amont peuvent avoir un impact différé dans l’espace et dans le temps, sur les flux, sur les courants, sur les vasières, sur la sédimentation, sur le mouvement et l’importance ou la qualité du bouchon vaseux et parfois sur la sécurité des usagers.
Étymologie
Issu du latin classique aestuarium « endroit inondé par la mer à marée montante, lieu où le flux pénètre », mais aussi « lagune, étang maritime où l'on nourrissait du poisson », dérivé de aestus (« flux de la mer »), substantif du verbe aesto « je bouillonne ». Le mot est un emprunt savant comme en témoignent ses attestations tardives (, mais il ne figure dans les dictionnaires qu’au ) et le maintien du /s/ de Es-. De la même racine latine procède étier., sans doute par l'intermédiaire d'une forme gasconne ou du sud ouest du domaine d'oïl, d'où également le dérivé français étiage.
Bouchon vaseux thumb|Les eaux des estuaires sont généralement turbides, caractérisées par un bouchon vaseux (estuaire de la Gironde, Sud-Ouest de la France). L'envasement et la formation du bouchon vaseux résultent de la rencontre des eaux douces chargées de matière en suspension et de nutriments en solution, et des eaux marines salées. Les particules les plus fines (particules d'argiles et colloïdes organiques notamment)L'état dispersé de ces colloïdes est à l'origine de l'opalescence des eaux vaseuses, donnant une boue blanchâtre, ou ochracée en raison de la présence de colloïdes organique. qui sont chargées négativement s'agglomèrent en flocons (processus de floculation) sous l'action des cations de l'eau de mer qui neutralisent ces charges négatives..
Zone de turbidité maximale, le bouchon migre au rythme des marées. Sa taille et sa position évoluent selon les conditions hydrosédimentologiques propre à l'estuaire et selon des facteurs tels que température, ensoleillement, débits, cycles de marée, pollutions, et en fonction des pratiques humaines ou de l'évolution naturelle du bassin hydrographique, très en amont (fonte des neiges, pluies intenses, renaturation ou au contraire imperméabilisation, pratiques agricoles érosives et forestières (labours, désherbage, coupes rases…), pollutions, travaux de curage… qui exacerbent la teneur de l'eau en nutriments, matière organiques, matières en suspension, etc.).
Le bouchon vaseux constitue un (éco)système tout à fait particulier, souvent gravement perturbé par les activités humaines, en raison d'une quantité excessive d'eutrophisants, de matière organiques, de pesticides et d'autres polluants adsorbés sur les particules en suspension ou solubilisés dans l'eau, pour partie protégés d'une décomposition rapide par la lumière ou l'oxygène natif produit par le phytoplancton.
Le bouchon vaseux a été peu étudié jusque dans les années 1980. Depuis, de nombreuses études ont montré qu'il était naturellement important pour la productivité biologique des estuaires, très élevée, mais qu'en raison de perturbations humaines notamment, il peut devenir une zone dégradée et contribuer aux zones mortes marines, et devenir une source très importante d'émission de et de , deux gaz à effet de serre d'importance majeure.
Des écosystèmes particuliers vignette|Roselière de Pauillac sur l'estuaire de la Gironde. Les estuaires regroupent généralement une mosaïque de milieux tels que roselières, marais salés, vasières, bancs coquilliers et éventuels bancs de sable, de gravier ou cordon de galet... La qualité du cours d'eau et sa teneur naturelle en oxygène et nutriments va influencer l'aval de l'estuaire sur le plateau continentalHickey, B., R. McCabe, S. Geier, E. Dever, and N. Kachel (2009) Three interacting freshwater plumes in the northern California Current System. J. Geophys. Res., 114, C00B03, doi:10.1029/ 2008JC004907. ——, and Coauthors, 2010: River influences on shelf ecosystems: Introduction and synthesis. J. Geophys. Res., 115, C00B17, doi:10.1029/2009JC005452., parfois à des dizaines à centaines de kilomètres dans le cas des grands fleuves. Les milieux estuariens sont caractérisés par des marnages importants, des courants parfois violents. Ils sont néanmoins riches en biomasse (ex : jusqu’à 1 million de larves de coques par mètre carré en baie de Somme) et une productivité globale estimée à au moins par hectare pour les petits estuaires en climat tempéré. Ils sont donc des sources importantes de services écosystémiquesMuchiut S., Susperregui N., Soulier L. (2008), Valorisation des services rendus par les écosystèmes estuariens et côtiers en regard de l’activité de pêche professionnelle – exemple du littoral Aquitain, 81p. mais qui peuvent être dégradés par diverses pollutions qui y dégradent les ressources (Les polluants sont par exemple des pesticides, résidus d'antifoolings, métaux lourds ou nitrates par exemple).
La protection des estuaires implique une gestion quantitative et qualitative de l’eau à l’échelle des bassins versants entiers. Certaines activités y ont été interdites (exemple : le pétardage des armes chimiques, non explosées ou stockées des deux premières guerres mondiales). Plusieurs dizaines de petits estuaires européens sont concernés par la proximité de dépôts anciens de munitions immergées susceptibles de les polluer par les nitrates, le mercure, le plomb, le cuivre, etc., si ce n’est pas des toxiques de guerre de type ypérite, chloropicrine.
Les milieux intertidaux sont des écotones particuliers, dont la slikke et le schorre sont les deux principales composantes dans les milieux tempérés ou continentaux, remplacées par la mangrove en zone tropicale. thumb|Exemple caractéristique de slikke (vasière d'estuaire) La slikke est l’étage le plus bas : exposée à la mer, zone vaseuse immergée à chaque marée, apparemment pauvre, elle abrite une vie intense, essentiellement des macroinvertébrés et micro-organismes. La basse-slikke, gorgée d’eau, accueille des plantes phanérogames rare (réduite aux zostères). La haute-slikke est, elle, couverte de salicornes et de spartines (graminées dures résistantes au sel). Le schorre n’est submergé qu’aux grandes marées et lors des tempêtes, mais il est exposé aux embruns. Il abrite des graminées constituant les prés salés et une végétation d’autant plus variée que l’eau douce est présente. Le bas-schorre est un milieu de transition accueillant encore des espèces de la haute slikke qui se mélangent à la glycérie maritime (Puccinellia maritima) et à l’aster maritime.Le moyen-schorre accueille l’obione faux-pourpier (sous-arbrisseau aux feuilles persistantes) évoluant vers le haut schorre enrichi de statice maritime (lavande de mer), plantain maritime, avec encore l’aster et la glycérie maritime. Coléoptères, diptères, collemboles complètent la faune des crustacés des bords de slikke, qui nourrissent de nombreux oiseaux (laridés (mouettes et goélands), limicoles, oies bernaches, canards, hérons à marée basse et oiseaux plongeurs piscivores (grèbes) ou malacophages (eiders, macreuses) à marée haute.
Habitats spécifiques thumb|Euphorbia portlandica, l'euphorbe des estuaires.