vignette|250px|Un technical à Mogadiscio.
La nouvelle phase de la guerre civile somalienne, en cours depuis 2006, est un conflit armé qui oppose principalement le gouvernement fédéral, présidé de 2004 à 2008 par Abdullahi Yusuf Ahmed, à divers groupes, islamistes ou claniques. Elle a opposé un temps le gouvernement fédéral de transition à l'Union des tribunaux islamiques, dans un cadre d'affrontements claniques qui a cours depuis le début de la guerre civile somalienne en 1991. Cette dernière, qui a conduit à la fragmentation du pays et à l'autonomie voire l'indépendance autoproclamée de plusieurs régions (Puntland, Somaliland), a abouti en 2003 à la proclamation d'une Charte prévoyant un État fédéral, et à la mise sur pied d'institutions fédérales de transition, visant à reconstruire l'État somalien.
L'Éthiopie a elle-même officiellement envahi la Somalie le afin de rétablir l'ordre et lutter contre les divers groupes islamistes, l'Union des tribunaux islamiques n'étant que la fédération la plus organisée de ces groupes. Toutefois, cette union, hétérogène, inclut aussi bien des radicaux, tels que Hassan Dahir Aweys, que des modérés, dont Sharif Ahmed, qui a été élu président du gouvernement de transition en janvier 2009. Depuis 2007, Al-Shabaab, qui a introduit la tactique des attentats-suicides en 2008, est le principal groupe radical qui lutte contre les institutions de transitions. Il est allié à la coalition Hizbul Islam, formée en et qui comprend l'Alliance pour la relibération de la Somalie de Hassan Dahir Aweys, et qui a déclaré la guerre au gouvernement de Sharif Ahmed.
La détérioration de la situation en Somalie, dont les institutions sont décrites comme symptomatiques d'un État en déliquescence, a aussi conduit à l'aggravation de la piraterie autour de la Corne de l'Afrique, affectant le commerce international. Depuis le coup d'État de 1991 ayant déposé Mohamed Siad Barre, la Somalie est en effet la proie de conflits internes et des seigneurs de guerre. Un ordre relatif avait été établi en 2006 par l'Union des tribunaux islamiques, mais les dissensions internes dans cette coalition, la guerre déclarée au gouvernement transitionnel par les islamistes radicaux, et les conflits inter-claniques ou entre seigneurs de guerre ont depuis repris. Depuis 2007, l'Union africaine a mis en place une force de maintien de la paix, appelée Mission de l'Union africaine en Somalie (AMISOM).
La mise sur pied de nouvelles institutions fédérales de transition
Après l'échec de l'opération Restore Hope en 1992, les Américains se retirent, suivis par les Français. L'ONU met alors en place l'opération des Nations unies en Somalie (ONISOM) jusqu'en 1995 afin de convoyer l'aide alimentaire pour lutter contre la famine ; celle-ci échoua. Les Casques bleus s'en vont en alors que le pays est la proie de plusieurs factions en guerre les unes contre les autres : le centre et le sud-est est contrôlé par , le nord-ouest par Mohamed Ibrahim Egal, élu de la République autoproclamée du Somaliland en 1997.
En , un accord de gouvernement, patronné par l'Éthiopie et le Kenya, échoue à ouvrir la voie à la reconstruction de l'État« La Somalie, cinquante ans de violence et de guerre », Le Monde.. Le nord-est se déclare autonome en 1998 sous le nom de Puntland.
Après diverses tentatives infructueuses de conciliation, une conférence de réconciliation aboutit en à un projet de charte nationale prévoyant le fédéralisme et mettant sur pied des institutions fédérales de transition.
En 2004, le Parlement fédéral de transition de la République de Somalie, exilé au Kenya en raison des affrontements entre seigneurs de la guerre à Mogadiscio, et formé en nombres égaux de représentants de chacun des quatre grands clans somalis, élit en tant que président intérimaire Abdullahi Yusuf Ahmed, président de la région du Puntland. À la tête du Gouvernement fédéral de transition, celui-ci nomme Ali Mohamed Gedi, un vétérinaire de profession, en tant que Premier ministre.
Déroulement Chute de Mogadiscio et intervention éthiopienne vignette|gauche|Positions occupées fin , offensive contre les Tribunaux islamiques maîtres de Mogadiscio depuis juin de la même année ; au nord, Somaliland et Puntland.
En , des seigneurs de la guerre se sont alliés à Mogadiscio dans l'Alliance pour la restauration de la paix et contre le terrorisme, soutenue par Washington, pour combattre l'Union des tribunaux islamiques. Les deux coalitions rivales se sont durant l'année 2006. En , les tribunaux islamiques s'emparent de la capitale puis du dernier bastion de l'alliance des chefs de guerre, Jowhar, à .
Après un accord trouvé entre les et l'Union des tribunaux islamiques, à Khartoum, en , la situation s'est aggravée. Le , les Tribunaux islamiques ont déclaré « la guerre sainte » contre le gouvernement et l'Éthiopie, accusée d'ingérence militaire. Dès novembre, la rupture est consommée entre les Tribunaux islamiques et les institutions fédérales de transition. Le Puntland, qui avait été touché par le tsunami de décembre 2004, et présidé depuis 2004 par Mohamud Muse Hersi (alias « Adde »), fait face à une offensive des Tribunaux islamiques, refoulée avec succès.
Début décembre, le Conseil de sécurité des Nations unies autorise le déploiement d'une force de maintien de la paix, composée de , sous l'égide de l'Union africaine (résolution 1725).
Le , le Premier ministre éthiopien Meles Zenawi annonce que son pays est en guerre contre les islamistes somaliens, officialisant l'intervention déjà en cours depuis plusieurs semaines.
En quelques jours, les forces de l'Union des tribunaux islamiques sont mises en déroute : les troupes éthiopiennes, alliées au gouvernement de transition, entrent dans Mogadiscio le , boutant dehors les tribunaux islamiques. Des , dans le sud-ouest, firent aussi plus d'un millier de morts au même moment. Cependant, depuis 2007, une guérilla et des actes de terrorisme ont lieu contre le gouvernement de jure de la Somalie et les forces éthiopiennes.
Envoi de l'AMISOM Le , le président Abdullaï Youssouf Ahmed réclame « l'application immédiate du déploiement d'une force de paix africaine » dans son pays, lors de la réunion à Nairobi (Kenya) du Groupe de contact international sur la Somalie. Il s'appuie pour ceci « sur les bases » de la résolution 1725, qui autorise le déploiement d'une « mission de protection et de formation en Somalie » par les États membres de l'Union africaine et de l'Autorité intergouvernementale pour le développement (IGAD, qui regroupe la Somalie, l'Éthiopie, le Kenya, l'Ouganda, le Soudan, l'Érythrée et Djibouti) pour « protéger les membres des institutions fédérales de transition », former leurs forces de sécurité et « suivre les progrès réalisés par les institutions fédérales de transition et l’Union des tribunaux islamiques dans l’application des accords issus » de la déclaration de Khartoum de Résolution 1725 du Conseil de sécurité de l'ONU.. De plus, la résolution « approuve les dispositions du plan de déploiement de l’IGAD selon lesquelles les États limitrophes de la Somalie ne déploieraient pas de troupes dans ce pays », excluant de fait les forces éthiopiennes.
Le , un AC-130 de l'armée américaine bombarde en Somalie un bastion de terroristes affiliés à Al-Qaïda, la première intervention revendiquée par Washington sur le territoire somalien depuis son départ de 1993. Les cibles seraient des combattants islamistes soupçonnés d'avoir participé aux attentats contre les ambassades des États-Unis au Kenya et en Tanzanie en 1998.
Le , l'Union africaine décide de déployer une force de maintien de la paix d'environ , l'AMISOM. Le premier avion de troupes est touché par une roquette et le déploiement des troupes de l'UA est suspendu.
Le , les troupes éthiopiennes commencent officiellement leur retrait de Somalie. Mais la reprise des attaques dans Mogadiscio, tombée aux mains des insurgés, conduit au maintien en place de l'armée éthiopienne. En mars-, celle-ci se bat contre les islamistes d'Al-Shabaab, alliés à des combattants du clan . Si le gouvernement de transition, appuyé par l'Éthiopie, est victorieux, les font un millier de morts. Les combats ont également poussé à l'exode un tiers de la population de la ville. La ville elle-même a beaucoup souffert des tirs d'artillerie échangés entre les belligérants.
Une conférence de « réconciliation nationale », à Mogadiscio, rassemble sans succès plus d'un millier de chefs de guerre et représentants de clans en . Le refus des islamistes d'y participer lui enlève en effet toute portée. Le même mois, une nouvelle région, le Maakhir, situé dans le nord entre le Somaliland et le Puntland, s'autoproclame indépendant.
En , lors d'une rencontre en Érythrée, des chefs de l'opposition au gouvernement soutenu par l'Éthiopie s'allient aux chefs des Tribunaux islamiques pour former l'Alliance pour la nouvelle libération de la Somalie « New Somali alliance threatens war », BBC, 12 septembre 2007.. Outre le chef de l'Union des tribunaux islamiques, le sheikh Hassan Dahir Aweys, et le modéré Sharif Ahmed, la coalition inclut , l'ancien président du Parlement transitionnel, et , fondateur du , formé en 2001 pour s'opposer aux institutions fédérales de transition, que Farrah accusait d'abriter des islamistes. L'Alliance obtient du parlement de transition d'étendre sa composition et de lui accorder des sièges.
Novembre 2007 à novembre 2008 Les combats reprennent à l'automne et, en , une nouvelle fait 91 morts à Mogadiscio.
vignette|Sharif Ahmed, président du gouvernement de transition depuis , lors du sommet de l'Union africaine à Addis-Abeba. Ancien chef de l'Union des tribunaux islamiques, il est considéré comme un modéré.
Une nouvelle a lieu à Mogadiscio les 19 et , faisant de cent à deux cents morts, avec notamment le massacre de la mosquée Al-Hidaya.
Peu fréquents auparavant, les attentats-suicides s'y sont multipliés à partir de 2008« Recrudescence des violences », RFI, 25 mai 2009.. Une bonne partie d'entre eux ont été revendiqués par le groupe islamiste al-Shabaab. Ainsi, cinq attentats-suicides ont eu lieu le , qui ont été attribués au groupe al-Shabaab. L'un des kamikazes, Shirwa Ahmed, était un étudiant américain de 27 ans, venant de Minneapolis« Somali Americans Recruited by Extremists », Washington Post, publié le 11 mars 2009 ; page A01.. Un autre attentat-suicide a eu lieu le à Mogadiscio, faisant 14 morts« Un attentat-suicide fait 14 morts à Mogadiscio », Journal du dimanche, 24 janvier 2009.. L'attentat, qui échoua, visait les forces de l'Amisom (force africaine de la paix)« Jean Ping condamne l'attentat-suicide contre les Casques bleus en Somalie », Xinhua, 25 janvier 2009.. Les Shebabs en ont revendiqué un autre, le , qui a fait au moins 7 morts (dont six soldats et un civil)« Attentat-suicide meurtrier contre une base militaire de Mogadiscio », France 24, 24 mai 2009.. Le candidat au suicide visait une caserne militaire près de Mogadiscio.
Les , revendiquées par des groupes divers, islamistes ou criminels, se sont aussi répandues à ce moment. Parmi celles-ci, on peut citer : le journaliste Gwenlaouen Le Gouil enlevé par des miliciens d'un clan du port de Bosasso, dans le Puntland, en . Il a été libéré au bout de huit jours« Le journaliste Gwen Le Gouil est rentré à Paris », AFP sur Libération, 25 décembre 2007. ; le ministère des Affaires étrangères français remercia pour l'occasion le président du Puntland Mohamud Muse Hersi« Somalie : libération du journaliste Gwen Le Gouil. Communiqué du ministre des affaires étrangères. (24 décembre 2007) », communiqué du Ministère des Affaires étrangères de France. ; deux employées de Médecins sans frontières, moins de 48 heures après la libération de Le Gouil, en « Deux employées de MSF kidnappées en Somalie », Le Figaro (avec AFP et AP), 27 décembre 2007. ; deux employés travaillant pour les Nations unies en (toujours disparus) ;