La Confédération des III cantons désigne la première étape de formation par les Waldstätten de l'ancienne Confédération suisse, entre 1291 et 1332 ; elle est suivie par la Confédération des VIII cantons.
En avril 1291, l'empereur romain germanique Rodolphe de Habsbourg rachète les droits sur la ville de Lucerne, située à l'extrémité du lac de Lucerne, dans le but de rétablir l'autorité de sa famille dans la région. Après sa mort le et en prévision d'éventuels troubles de succession, les hommes libres des vallées d'Uri, de Schwytz et de NidwaldPacte fédéral du août 1291 sur Admin.ch "vallée inférieure d'Unterwald" signifie NidwaldPacte fédéral du août 1291 sur Cliotexte renouvellent au début du mois d'août (la date précise est inconnue) un pacte d'alliance juridique et défensive éternelle, qui marque la fondation de la Confédération des III cantons. En réaction, les Habsbourg augmentent leur pression sur la région afin de faire reconnaître leurs droits. Lors de la bataille de Morgarten, le , la cavalerie lourde du duc Léopold d'Autriche, suivie d'un corps d'infanterie, s'engage dans un défilé coincé entre la montagne et le lac d'Ägeri, ils sont surpris par les Schwytzois aidés par quelques Uranais qui les attaquent à coup de hallebardes et de pierres, causant un massacre. L'événement fait forte impression sur la population, provoque une prise de conscience politique et amène à un renouvellement du pacte trois semaines plus tard à Brunnen (pacte de Brunnen).
Saint-Empire romain germanique
Après les incursions des Sarrasins et des Hongrois, l'Europe centrale connaît dès le milieu du un calme relatif de 200 ans ; les bouleversements politiques se déroulent dans l'est, en Italie et en Terre sainte, où les croisades se succèdent. Économiquement et socialement, la féodalité se développe sous les derniers Carolingiens. Sur le territoire de la future Suisse, les premières sources faisant mention de vassaux datent du et les décrivent comme les représentants de la noblesse (en allemand ) qui constituent une aristocratie intermédiaire tout d'abord peu rattachée à un lieu particulier. En parallèle, l'Église (en allemand ) se voit également confier des territoires de plus en plus étendus, les évêques faisant ainsi fréquemment partie des élites sociales.
En 962, Otton le Grand devient le premier dirigeant du Saint-Empire romain germanique, qui englobe la totalité du territoire helvétique alors morcelé en une multitude de petites seigneuries et de possessions épiscopales. Dès le début du deuxième millénaire et jusqu'en 1250, quatre familles vassales des empereurs romains germaniques augmentent progressivement leur influence dans la région, en particulier en cherchant à obtenir la couronne du royaume de Bourgogne-Provence ou de ses dépouilles. Les troubles politiques, couplés à une ère de prospérité économique et à l'ouverture d'un nouveau passage à travers les Alpes, poussent villes et campagnes, où l'esprit de famille prévaut encore sur des lois générales, à nouer des alliances.
Zähringen
vignette|Sculpture de Berthold II de Zähringen sur le couvent de abbaye Saint-Pierre dans la Forêt-Noire.
Originaire de Souabe, la maison de Zähringen se voit contester le territoire qui s'étend sur l'actuel Bade-Wurtemberg par les Hohenstaufen, qui la repoussent sur la rive gauche du Rhin. En 1098, Berthold II de Zähringen renonce officiellement à toute prétention sur le duché, mais reçoit en contrepartie la suzeraineté de Lenzburg et le bailliage de Zurich, alors décrite comme , tout en étant affranchi de la suzeraineté ducale. Il peut ainsi créer un duché de Zähringen qui s'étend progressivement vers l'ouest à partir de 1100 : d'importants territoires des bassins de l'Aar et de l'Emme puis du pays de Vaud vont y être inclus. Mais une coalition menée par les comtes de Genève, les évêques de Lausanne et surtout la maison de Savoie finit par briser politiquement l'élan de Conrad de Zähringen, le fils de Berthold, qui tentait de se faire couronner duc de Bourgogne.
La famille Zähringen cesse alors ses conquêtes vers l'ouest pour améliorer l'exploitation des terres du duché familial, particulièrement en fondant les villes de Fribourg en 1157 et de Berne en 1191, mais aussi Rheinfelden, Berthoud, Morat et Thoune. Une tentative d'expansion vers le sud, en passant par le col du Grimsel à travers les Alpes, échoue en 1211 face aux Valaisans. Dans le même temps cependant, une nouvelle voie s'ouvre à travers les Alpes et change l'histoire de la région : le col du Saint-Gothard reliant directement la Lombardie à la vallée de la Reuss, dans la région d'Uri. La date exacte de l'ouverture du col n'est pas connue, bien qu'elle soit généralement située vers 1200. Il n'est pas certain non plus que les Zähringen aient participé activement à ce développement, bien que ce territoire se trouve au sein de leur duché.
Bertold V, le dernier des ducs de Zähringen, s'éteint en 1218. Son héritage est âprement disputé, mais une importante partie en revient finalement à la famille des Kybourg. Cependant, alors en lutte contre le pape et certains de ses vassaux, l'empereur Frédéric II accorde à plusieurs villes du duché, dont Berne, Soleure et Zurich, le statut de ville libre par « immédiateté impériale », privant ainsi les seigneuries locales de profits. Le conflit entre l'empereur et le pape, qui atteint son paroxysme lors du premier concile de Lyon en 1245, connaît également des répercussions sur le plateau suisse, entre gibelins, qui soutiennent l'empereur, et guelfes, qui soutiennent le pape. Ainsi, Lucerne, du côté du pape, entre en guerre contre Berne, tenant de l'empereur. Cette crise prend fin avec la mort de Frédéric II en 1250.
Kibourg thumb|left|Gravure de 1740 représentant le château de Kybourg. Les premières mentions concernant la famille des Kibourg (parfois écrit ou ) les situent dans le haut Danube avant qu'ils n'acquièrent, par mariage et par héritage, des terres en Suisse orientale, dans la région entre Zurich et l'actuelle Thurgovie. Ils tirent leur nom du château de Kybourg, situé dans l'actuel canton de Zurich, sur le territoire de la commune homonyme.
Héritier de la partie du domaine située dans le nord de la Suisse, le comte Hartmann III de Kibourg est admis, à la suite de son mariage avec Richenza de Lenzbourg-Baden en 1172, comme héritier avec les Hohenstaufen et les Zähringen des territoires de la maison comtale des Lenzbourg. Si on ne connaît pas précisément les détails de la répartition du territoire, on sait qu'elle entraîne de nombreux litiges jusqu'en 1254 lorsqu'Élisabeth de Chalon revendique Lenzburg pour son époux, Hartmann V de Kibourg dit « le Jeune ». De son côté, Ulrich III de Kibourg, marié à la fille de Bertold V de Zähringen, devient le principal héritier des Zähringen et entre en possession des villes de Laupen, Fribourg, Thoune et Berthoud, ainsi que de nombreux territoires situés dans les actuels cantons d'Argovie et de Zurich. La famille de Kibourg ne parvient toutefois pas à contrôler la ville de Zurich, puis l'abbaye de Saint-Gall, principalement par manque d'appui de la famille alliée des Hohenstaufen.
À son apogée, l'influence des Kibourg s'étend donc, de 1218 à 1277, du lac de Constance jusqu'à la Nuithonie et même jusqu'à Fribourg et Laupen. La maison va toutefois à son tour s'éteindre, le dernier représentant mâle des Kibourg mourant en 1263 et ne laissant qu'une fille mineure ; ses terres vont être distribuées entre les deux familles héritières de Savoie et de Habsbourg.
Savoie
La maison de Savoie, originaire de la région de Vienne (Isère) et de Grenoble, hérite du royaume de Bourgogne pour les cols alpins. Dès le , elle s'empare de la Maurienne et de la vallée d'Aoste, étendant son influence jusqu'à la plaine du Pô et Turin. Elle s'assure également le contrôle du Chablais et du bailliage de Saint-Maurice. La maison de Savoie met alors en œuvre une politique de promotion du culte de saint Maurice, ajoutant ainsi une dimension religieuse à son autorité.
thumb|270px|right|Vue du château de Chillon sur le lac Léman et des Dents du Midi.
Au siècle suivant, les Savoyards contrôlent également l'Entremont et le Bas-Valais, et tiennent sous leur autorité l'évêque de Sion, qui leur cède le château de Chillon comme fief. Devant cette position de force, la tentative effectuée en 1189 par le de rattacher le Valais à l'autorité directe de l'empereur échoue. À la fin du siècle, la maison de Savoie contrôle le passage nord du col du Grand-Saint-Bernard, ainsi que les défilés de Chillon et de Saint-Maurice, assurant ainsi sa mainmise sur les deux versants du col.
Au cours du , les Savoie concentrent leurs efforts au nord du lac Léman, où ils se heurtent aux comtes de Genève, alors en possession du Genevois, et sont successivement en conflit avec l'évêque de Genève qui finit par les écarter de la ville de Genève, avec les Zähringen à la suite de leur incursion dans le pays de Vaud dès le , et avec l'évêque de Lausanne. Thomas I de Savoie reçoit en 1207 outre le titre de seigneur de Piémont, le fief de Moudon, marquant ainsi le début de la fin des conquêtes genevoises en pays de Vaud. Son fils Pierre II de Savoie, surnommé le « petit Charlemagne », poursuivra quant à lui cette extension en achetant successivement Morat, Fribourg et Berne grâce à l'appui financier de l'Angleterre. Finalement, le comté de Genève sera à son tour absorbé au début du .
Habsbourg La famille des Habsbourg, originaire d'Alsace et qui tire son nom du château de Habsbourg en Argovie, ne possède au que peu de terres sur le territoire de la Suisse, à l'exception de quelques terres dans la basse vallée de l'Aar. Ce n'est qu'en 1173 et surtout en 1218 que l'empereur, pour qui la famille combat, lui attribue plusieurs bailliages dont celui d'Uri, en héritage des possessions des familles disparues des Lenzbourg et des Zähringen. En 1264, lors de la disparition de la famille Kybourg, alliée avec les Savoie par mariage, Pierre de Savoie revendique pour le duché familial les terres de Thurgovie et Glaris mais se fait devancer par le comte Rodolphe de Habsbourg. Dans les années qui suivent, le comte tente de lier ses deux domaines alsacien et de Suisse occidentale, en particulier en prenant le contrôle de Bâle dont l'évêché s'étend alors jusqu'aux cols jurassiens du Haut et du Bas-Hauenstein.
La mort de l'empereur Frédéric II de Hohenstaufen en 1250 marque le début d'une période troublée appelée le Grand Interrègne qui se termine par l'élection de Rodolphe de Habsbourg à la dignité impériale en 1273.
Une nouvelle traversée des Alpes thumb|left|Voies de communication de la Suisse médiévale. thumb|right|Le pont du Diable peint par Joseph Mallord William Turner. Pendant longtemps, la vallée d'Uri avait été un cul-de-sac : le col du Saint-Gothard est le seul qui franchisse les Alpes centrales en une seule fois mais il est d'un trajet malaisé, en particulier à cause de deux passages infranchissables : la falaise de l'Axenberg, qui ne sera franchissable que par bateau sur le lac des Quatre-Cantons jusqu'à l'ouverture d'une route en 1864, et le défilé des Schöllenen, entre la vallée transversale d'Uri et celle, longitudinale, d'Urseren. Il permet toutefois de contourner la ville de Vérone qui contrôle alors le col du Brenner et d'éviter le détour par le Valais et le lac Léman imposé par le passage du col du Grand-Saint-Bernard.