La faune de Porto Rico, comme celle de nombreux autres archipels, se caractérise par un fort endémisme et une faible diversité biologique. Les chauves-souris sont les seuls mammifères terrestres indigènes existants à Porto Rico. Tous les autres mammifères terrestres de la région ont été introduits par les hommes, principalement des chats, des chèvres, des moutons, la petite mangouste indienne et des singes. En revanche, des dauphins, des lamantins et des baleines fréquentent depuis toujours les côtes. Des 349 espèces d'oiseaux, environ 120 viennent de l'archipel, et 47,5 % y sont rares. L'animal le plus reconnaissable et le plus célèbre de Porto Rico est probablement Eleutherodactylus coqui, une petite grenouille endémique très bruyante devenue un des symboles de l'île. Elle fait partie des 86 espèces qui constituent l'herpétofaune de l'île. Il n'existe pas de poissons d'eau douce indigènes à Porto Rico, mais quelques espèces, introduites par l'homme, ont peuplé les réservoirs et les fleuves. La faible diversité biologique est également évidente parmi les invertébrés, qui constituent la majeure partie de la faune de l'archipel. Dans l'archipel, on compte au total 131 espèces endémiques : seize oiseaux, deux crustacés, deux insectes, un myriapode, un mollusque, 30 reptiles et amphibiens, et 79 araignées, auxquelles s'ajoutent cinq sous-espèces de chauves-souris.
Depuis l'arrivée des premiers hommes il y a environ et surtout depuis l'arrivée des Européens il y a plus de 500 ans, d'importants changements ont eu lieu. La chasse, la destruction des habitats, et l'introduction d'espèces d'origine étrangère ont entraîné l'extinction de certaines espèces locales. Les efforts de conservation, comme pour l'Amazone de Porto Rico, ont commencé dans la deuxième moitié du . Selon l'Union internationale pour la conservation de la nature, en 2002, il y avait 21 espèces menacées à Porto Rico : deux mammifères, huit oiseaux, huit reptiles et trois amphibiens.
Origine de la faune portoricaine
Formation de Porto Rico La plaque caraïbe, une plaque tectonique océanique sur laquelle Porto Rico et les Antilles (à l’exception de Cuba) sont localisés, se forma à la fin du Mésozoïque.. Selon Rosen, quand l’Amérique du Sud se sépara de l’Afrique, un archipel volcanique fut formé. Il se divisa par la suite en les actuelles Grandes et Petites Antilles, une faille étant apparue entre les deux.. Géologiquement, l’archipel de Porto Rico est jeune. Il s’est formé il y a environ 135 millions d’années. L’hypothèse communément retenue et que l’on doit à Howard Meyerhoff énonce que Porto Rico, ses îles adjacentes et les îles Vierges à l’exception de Sainte-Croix furent formés par le volcanisme durant le Crétacé.. Des échantillons de roches provenant de Sierra Bermeja au sud-ouest de Porto Rico, datant de la fin du Jurassique ou du début du crétacé, confirment cette théorie..
Arrivée de la faune sur l'archipel Il y a un débat continuel pour établir quand et comment les ancêtres de la faune vertébrée actuelle colonisèrent les Antilles . La première hypothèse, privilégiée, suggère une arrivée par la mer d’une faune primitive venant d’Amérique du Sud ; l’autre hypothèse suggère la spéciation de la faune des Antilles originelles. Cette seconde proposition est remise en cause par l’absence notoire de mammifères de grande taille tels que les ongulés pourtant très présents dans les territoires voisins.. Hedges conclurent que la dispersion était « le mécanisme primaire pour les origines du biote des Antilles ». En effet, certains genres de vertébrés terrestres tels que Eleutherodactylus se dispersèrent parmi les îles avant qu’un effet de spéciation ait réellement eu lieu. Toutefois, d’autres faunes telles que les insectivores endémiques des Antilles (Nesophontes sp., Solenodon marcanoi et d’autres) et les poissons d’eau douce semblent avoir colonisé les îles de la mer des Caraïbes auparavant par d’autres moyens.. L’hypothèse d’une colonisation extérieure est confirmée par l’analyse de l’arrivée des ancêtres des Capromyidae et Echimyidae des Antilles, celle-ci concluant qu’un ancien membre de la famille des Echimyidae pourrait être arrivé aux Grandes Antilles en provenance d’Amérique du Sud, soit en allant d’île en île à travers les petites Antilles, soit en dérivant en provenance de Porto Rico ou d’Hispaniola C. A. Woods (1989) « A new capromyid rodent from Haiti:the origin, evolution, and extinction of West Indian rodents, and their bearing on the origin of New World hystricognaths » dans Papers on fossil rodents in honor of Albert Elmer Wood C. C. Black and M. R. Dawson (éditions), Nat Hist. Mus. Los Angeles County Sci. Ser. 33:59–90..
Mac Phee et Iturralde proposent une hypothèse alternative suivant laquelle les clades de mammifères arrivèrent sur les Antilles au milieu du tertiaire, approximativement à la limite entre l’Éocène et l’Oligocène. Une terre immergée reliait temporairement le nord-ouest de l’Amérique du Sud avec trois des grandes Antilles (Cuba, Hispaniola et Porto Rico) durant cette période M. A. Iturralde-Vinent et R. D. E. MacPhee, (1999). « Paleogeography of the Caribbean region: implications for Cenozoic biogeography ». Bull. Amer. Mus. Nat. Hist. p 238-195.. Après quoi, pendant la fragmentation des Antilles, commença la spéciation..
Écosystèmes de Porto Rico On distingue trois grandes régions naturelles à Porto Rico : un massif montagneux qui occupe tout le centre de l'île et culmine à à Cerro La Punta, des plaines côtières sur le pourtour de l'île principale et une région karstique au nord de l'île, issue de la dissolution par l'eau de roches d'origine volcanique..
À l'origine, l'écosystème dominant sur l'archipel de Porto Rico est sans nul doute la forêt tropicale humide. Aujourd'hui, elle a été en grande partie détruite par l'activité humaine. La forêt nationale d'El Yunque, également appelée El Yunque, située à l'est de l'île de Porto Rico et s'étendant sur représente une large part de ce qu'il reste à l'heure actuelle de ce milieu. Elle se caractérise par une topographie accidentée avec un sommet à d'altitude, une pluviométrie très forte et une grande diversité biologique, notamment du point de vue de la flore.. C'est ici que l'on rencontre les célèbres Eleutherodactylus coqui ou coquí de Porto Rico, ainsi que de nombreuses espèces de chauves-souris. On rencontre également des forêts sèches, comme la forêt d'État de Guánica, ou buissonnantes.
Du fait de la taille de l'île, les rivières y sont relativement courtes. On ne trouve aucun lac intérieur, mais une quinzaine de réservoirs qui alimentent les cours d'eau..
Les mangroves sont courantes le long du littoral de l'archipel, en marge des baies ou autour des lagons, là où l'action des vagues ne se fait pas sentir. Ces écosystèmes particuliers hébergent différents animaux aquatiques (poissons comme coquillages), mais également des oiseaux et des reptiles comme les iguanes. Le littoral est également bordé de plages, dont certaines accueillent notamment les tortues luth lors leur ponte, comme c’est le cas à La Selva..
Au large des côtes portoricaines, on trouve pas moins de de récifs de coraux. Ceux-ci forment des écosystèmes marins complexes dans lesquels on rencontre une grande diversité de poissons et d’invertébrés. Comme l’ensemble des récifs coralliens des Caraïbes, ils sont menacés par le blanchiment des coraux, et déclinent assez rapidement..
Le dernier changement majeur dans l’évolution de la faune portoricaine eut lieu il y a environ et résulta de la montée du niveau de la mer consécutif à la fin de l’ère glaciaire, ce qui engendra des changements environnementaux. La transformation de Porto Rico, à l’origine une savane sèche et qui devint le milieu humide et forestier actuel, fut responsable d’extinctions massives, particulièrement au sein de la faune vertébrée. thumb|center|upright=2|Carte des écosystèmes de Porto Rico.
Mammifères
De la même manière que pour de nombreuses autres îles, la diversité des mammifères de Porto Rico est pauvre comparativement aux régions continentales. On recense à l’heure actuelle treize espèces de mammifères natifs de l’île, exclusivement des chauves-souris. Par ailleurs, dix-huit espèces de mammifères marins, incluant lamantins, dauphins et baleines, sont communes dans les eaux de l’archipel.. Des fossiles attestent l’existence d’une musaraigne (la musaraigne portoricaine, Nesophontes edithae), d’un paresseux (le paresseux portoricain)Certaines sources citent deux espèces de paresseux ayant existé à Porto Rico, le grand paresseux portoricain (Acratocnus major) et le petit paresseux portoricain (Acratocnus odontrigonus)., de trois chauves-souris supplémentaires (Macrotus waterhousii, Monophyllus plethodon, et Phyllonycteris major) G. Morgan (2001). Patterns of Extinction of West Indian Bats. Pages 369-408 in Biogeography of the West Indies: Patterns and Perspectives. Boca Raton, Florida. et de cinq rongeurs (un hutia géant : Elasmodontomys obliquus, un hutia : Isolobodon portoricensis et trois Echimyidae : Heteropsomys antillensis, Heteropsomys insulans, et Puertoricomys corozalus) X. A. Woods, R. Borroto Paéz, et C. W. Kilpatrick. (2001). « Insular Patterns and Radiations of West Indian Rodents ». Pages 335-353 dans Biogeography of the West Indies: Patterns and Perspectives. Boca Raton, Florida. aujourd'hui disparus. Woods suggère comme explication à leurs extinctions que : « les taxa évoluant sur des îles océaniques sans aucune compétition où prédation peuvent ne pas être capables de s’adapter à des changements rapides de conditions, comme les changements climatiques des ères glaciaires ou la soudaine compétition ou prédation d’animaux introduits » C. A. Woods, (1990). « The fossil and recent land mammals of the West Indies: an analysis of the origin, evolution, and extinction of an insular fauna » pages 641-680 dans International symposium on biogeographical aspects of insularity. Rome, Italie..
D’autres mammifères terrestres ont été introduits au cours de l’histoire de Porto Rico. Les premiers pionniers introduisirent tout d’abord dans l’archipel des chiens et des cochons d’Inde originaires d’Amérique du Sud ou centrale. Après quoi les Taïnos introduisirent les hutias en provenance d’Hispaniola comme source de nourriture. Quand les Espagnols colonisèrent l’île au début du , ils débarquèrent avec divers animaux domestiques tels que des chiens, des chats, des chèvres, des cochons, des bovins, des chevaux et des ânes.. D’autres espèces comme le rat noir (Rattus rattus), le surmulot (Rattus norvegicus) et la souris domestique (Mus sp.) ont été involontairement introduites comme passagères clandestines, peut-être depuis l’arrivée de Christophe Colomb en 1493. Plus récemment, des espèces ont été introduites comme moyen de contrôle biologique des nuisibles. Par exemple, la petite mangouste indienne (Herpestes javanicus) fut introduite au pour limiter les dégâts causés par les rats dans les plantations de canne à sucre. Cette introduction fut un échec : la mangouste ne parvint pas à limiter la population de rats et à la place elle contribua au déclin de la faune indigène comme le carouge de Porto Rico et peut-être même la Paruline d'Angela.