La Commission nationale sur les attaques terroristes contre les États-Unis a été créée en 2002 pour expliquer comment les attentats du 11 septembre 2001 ont pu se produire et pour éviter que d'autres ne se produisent« How did this happen, and how can we avoid such tragedy again? To answer these questions, the Congress and the President created the National Commission on Terrorist Attacks Upon the United States » - Public Law 107-306, November 27, 2002. Dans son rapport The 9/11 Commission Report - Rapport final, version intégrale publié fin , elle établit la responsabilité du réseau Al-Qaida, en affirmant que les dix-neuf terroristes auteurs de ces attentats-suicides en étaient membres et que le commanditaire en était Oussama ben Laden.Il est à noter qu'aucun procès n'a eu lieu afin d'établir des responsabilités, et que la seule vidéo où Oussama ben Laden revendiquerait directement l'attaque a été doublée sans que les passages réellement incriminants ne soient audibles dans leur version originale.

Khalid Cheikh Mohammed a été désigné comme le principal organisateur de ces attaques et a reconnu les faits lors de son procès.

Enquête initiale L'enquête du FBI sur les attentats du , opération appelée PENTTBOM, fut l'enquête la plus importante et la plus complexe de l'histoire du FBI, mettant en jeu plus de spéciaux Testimony of Michael E. Rolince, Acting Assistant Director in Charge, FBI Before the Senate Judiciary Committe, June 24, 2003. Dans les 72 heures après les attaques, le FBI avait réussi à identifier les 19 pirates de l'air morts. Aucun d'entre eux n'avait fait l'effort de cacher son nom sur le vol et les registres de carte bancaire, et il n'y avait que peu de gens de descendance arabe sur les vols. Le bagage de Mohammed Atta, qui n'a pas fait la connexion entre le vol de Portland vers le vol 11 American Airlines, contenait d'importants indices sur les pirates de l'air et leurs intentions. Son bagage contenait des documents qui révélaient l'identité de tous les 19 pirates de l'air, et apportait des informations sur leurs intentions, leurs motivations et leurs expériences passées. Le FBI avait réussi à trouver des détails comme les dates de naissance, les domiciles connus ou supposés, les visas et les identités spécifiques des pilotes supposés. Cependant, vu qu'aucun de ces documents n'a été présenté au procès Moussaoui (connu comme le de l'air), ces documents n'ont jamais été examinés par des experts légaux indépendants. Selon le dossier contre Zacarias Moussaoui, le , le FBI avait communiqué des photos des 19 pirates de l'air, ainsi que des informations sur les possibles nationalités et surnoms de beaucoup d'entre eux.

Le jour des attaques, les Services Secrets américains ont également intercepté des messages liés à Oussama ben Laden. Le gouvernement des États-Unis avait établi qu'Al-Qaïda, avec Ben Laden à sa tête, était responsable des attaques. Le FBI ajoutait même que les preuves reliant Al-Qaida et Ben Laden aux attaques du étaient claires et irréfutables. Le gouvernement du Royaume-Uni en était venu à la même conclusion sur la responsabilité d'Al-Qaida et de Ben Laden pour les attaques du .

Pirates de l'air présumés

Identité des dix-neuf terroristes présentés comme les responsables des attentats : Vol American Airlines 11 Abdulaziz al-Omari Mohammed Atta Wail al-Shehri Waleed al-Shehri Satam al-Suqami Vol United Airlines 175 Ahmed al-Ghamdi Fayez Banihammad Hamza al-Ghamdi Marwan al-Shehhi Mohand al-Shehri Vol American Airlines 77 Hani Hanjour Khalid al-Mihdhar Majed Moqed Nawaf al-Hazmi Salem al-Hazmi Vol United Airlines 93 Ahmed al-Haznawi Ahmed al-Nami Saeed al-Ghamdi Ziad Jarrah Les nationalités sont les suivantes : un Yéménite, un Libanais, deux provenant des Émirats arabes unis ; Mohammed Atta était de nationalité égyptienne. Tous les autres étaient saoudiens.

Les commanditaires Le rapport de la commission 9/11 désigne Khalid Cheikh Mohammed, capturé en 2003, comme le cerveau opérationnel des attentats. Il précise en outre que, parmi les 27 terroristes infiltrés sur le territoire des États-Unis en tant que cellule dormante dans le cadre de la planification des attentats, un vingtième pirate de l’air aurait été retiré de l’opération au dernier moment. Son jugement par un tribunal militaire américain dans la base américaine de Guantanamo avec quatre autres coaccusés a débuté le Les accusés du 11 Septembre veulent mourir en martyrs, Europe 1, 5 juin 2008.

Le de l'air : Ali Abdul Aziz Ali, cité lors du procès de Zacarias Moussaoui (article) ; Mushabib al-Hamlan (article) ; Ramzi Binalshibh, cité lors du procès de Zacarias Moussaoui (article) Tawfiq bin Attash, dit « Khallad » ; Zacarias Moussaoui ; Mohammed al-Kahtani ; Zakariya Essabar, identifié également par le contre-espionnage en Allemagne (article).

Oussama ben Laden a revendiqué ces attentats à plusieurs reprises, selon Gilles Kepel : en et 2002, de même qu’en et 2004 . Il les revendiquait encore en 2009.

Ayman al-Zawahiri a plusieurs fois revendiqué au nom de son mouvement ces attaques et nié les théories du complot alternatif rattaché à cet évènement discréditant son mouvement Al-Qaeda accuses Iran of 9/11 lie BBC, 22 avril 2008.

Al-Qaïda et Oussama ben Laden thumb|250px| - Une petite partie de la scène où le World Trade Center s'est écroulé après les attaques du 11 Septembre. thumb|250px|, 2001- "La pile" à Manhattan

Les experts des Services Secrets parlent d'une courte liste d'organisations suspectées des attaques, des groupes possédant à la fois les moyens et les motivations pour commettre le crime. Il paraît certain que tous les pirates étaient d'origine arabe, et qu'aucun n'était afghan. De plus, à la fois par leur très grande taille, leur planification méticuleuse, les attentats sont une répétition des précédentes attaques d'Al-Qaida, comme l'attentat à la bombe de l'ambassade américaine en 1998 qui avait tué plus de 200 personnes.

Attentat à la bombe en 1993 du World Trade Center

Dans l'attentat à la bombe du World Trade Center (), la bombe d'une voiture piégée a été déclenchée par des terroristes arabes islamistes dans le garage souterrain sous la Tour 1 du World Trade Center à New York. L'engin de , à base d'essence et d'urée nitrique tua six personnes et en blessa plus de . Il aurait dû détruire les fondations de la Tour Nord, la faisant tomber sur sa jumelle.

L'attaque avait été planifiée par un groupe de conspirateurs, parmi lesquels Ramzi Youssef, Sheik Omar Abdel Rahman, El Sayyid Nosair, Mahmud Abouhalima, Mohammad Salameh, Nidal Ayyad, Ahmad Ajaj et Abdul Rahman Yasin. Ils avaient reçu un financement du membre d'Al-Qaïda, Khalid Cheikh Mohammed, l'oncle de Youssef, qui allait plus tard prétendument avouer avoir planifié les attaques du .

Déclarations d'intentions avant le 11 septembre 2001

Depuis 1996, Oussama ben Laden a présenté dans des déclarations publiques (fatwas) et dans des entretiens avec des journalistes, sa liste principale de griefs qu'il cite comme les raisons de ses déclarations de guerre contre les États-Unis.

En 1998, Oussama ben Laden et Ayman al-Zawahiri (chef du jihad islamique égyptien) ont cosigné une fatwa (décret religieux contraignant) au nom du front islamique mondial pour le jihad contre les juifs et les « croisés », déclarant que :

Lors d'un entretien avec le journaliste Rahimullah Yusufzai publié dans le magazine Time, le , Oussama ben Laden a dit :

Planification des attaques du 11 Septembre Selon les interviews sur Al Jazeera, ainsi que selon les interrogations aux États-Unis des membres d'Al-Qaida Ramzi Binalshibh et Khalid Cheikh Mohammed (capturés en 2002 et 2003 respectivement), Khalid Mohammed était l'instigateur et principal organisateur des attaques. Binalshibh aurait été choisi comme pirate de l'air, mais il n'aurait pas réussi à entrer aux États-Unis.

Khalid Mohammed apporta un financement à son neveu Ramzi Yousef pour l'attentat à la bombe du World Trade Center en 1993. De plus, il collabora au complot Bojinka qui appelait à piéger plus d'une dizaine d'avions commerciaux pour les exploser en plein vol ou les détourner pour les utiliser comme missiles. La planification du complot Bojinka commença en 1994 et fut financée en partie par Oussama ben Laden, mais fut contrariée par un feu accidentel en 1995.

Au milieu de l'année 1996, Khalid Mohammed présenta un nouveau plan aux dirigeants d'Al-Qaida, prévoyant d'utiliser plusieurs avions à la fois sur les côtes est et ouest pour les détourner et les envoyer sur des cibles.

Selon Binalshibh et Khalid Mohammed, six des pirates de l'air ont participé activement à la planification, y compris les quatre qui devinrent pilotes. Les deux autres étaient Khalid al-Mihdhar et Nawaf al-Hazmi. Des agents de la CIA auraient surveillé les mouvements de ces deux militants bien connus lors de leur entrée aux États-Unis mais ne notifièrent pas le FBI, ni ne comprirent quoi que ce soit des plans des pirates. Cependant, durant une contre-interrogation lors du procès Moussaoui en 2006, des agents du FBI déclarèrent que le bureau était conscient, des années avant les attaques de 2001 qu'Al-Qaida planifiait d'utiliser des avions pour détruire des bâtiments importants. Le chef superintendant philippin Avelino Razon avait constaté de tels projets durant l'enquête sur l'Opération Bojinka, disant :

Les cibles finalement choisies étaient le World Trade Center, le Pentagone et le Capitole des États-Unis. Il était apparemment prévu que le vol 93 soit dirigé sur le Capitole. La Maison Blanche était considérée comme une cible ; écartée au départ car trop difficile à localiser depuis les airs, elle fut plus tard ajoutée aux plans.

Déclarations après le 11 septembre 2001

Selon Gilles Kepel Al-Qaida dans le texte (sous la direction de Gilles Kepel et Jean-Pierre Milelli), PUF, Paris, 2005, Oussama ben Laden a revendiqué les attentats en et 2002 ( : « Nous avons calculé à l'avance le nombre d'ennemis qui seraient tués, d’après la structure de la tour. Nous avons estimé que trois ou quatre étages seulement seraient touchés. J'étais le plus optimiste de tous (...) En raison de mon expérience dans le domaine, je pensais que l’incendie du carburant de l’avion ferait fondre la structure en fer du bâtiment, et que cela provoquerait uniquement l'effondrement des étages percutés par l’avion et de ceux situés au-dessus. C'est tout ce que nous espérions. » ), de même qu’en et 2004 ( : « Je vous le dis, Allah sait qu'il ne nous était pas venu à l'esprit de frapper les tours. Mais après qu'il fut devenu insupportable de voir l'oppression et la tyrannie de la coalition américano-israélienne contre notre peuple de Palestine et du Liban, j'ai alors eu cette idée. » Déclaration de Ben Laden le 30 octobre 2004) et les revendiquait encore en 2009, selon le site As-Sahab Huit ans après, Ben Laden revendique toujours les attentats, conspiracywatch.info.

Oussama ben Laden s'est d'autre part réjoui de ces destructions dans des vidéos diffusées en octobre et ( : « Dieu Tout-Puissant a frappé les États-Unis en leur point le plus vulnérable. Il a détruit leurs plus grands bâtiments. Louange à Dieu. Les États-Unis sont remplis de terreur du nord au sud et de l'est à l'ouest. Louange à Dieu (...) Il a permis à un groupe de musulmans à l'avant-garde de l'Islam de détruire les États-Unis. Je lui demande de leur accorder le paradis. ») Bin Laden's warning: full text, bbc.co.uk, octobre 2001 Bin Laden rails against Crusaders and UN, bbc.co.uk.

Débats sur un rôle éventuel de l'Arabie saoudite ou de certains personnels de ses ambassades