Le nom Makoto Kobayashi peut désigner : Makoto Kobayashi (né en 1944), physicien des particules japonais, dont le nom est associé à la matrice de Cabibbo-Kobayashi-Maskawa. Makoto Kobayashi (né en 1958), auteur de manga japonais. Makoto Kobayashi (né en 1960), designer de mecha et auteur de manga japonais.