L'université nationale principale de San Marcos (en espagnol Universidad Nacional Mayor de San Marcos) (UNMSM) est une université publique située dans la ville de Lima, au Pérou. Au niveau national, étant la première université créée dans le pays, elle est considérée comme l’institution d’enseignement la plus importante, la plus reconnue et la plus représentative. Sur le plan continental, elle est la première officiellement créée par Real Cédula, la plus longtemps en fonctionnement continu depuis sa fondation, et est donc reconnue comme « la plus ancienne université d'Amérique ».
Située à l'origine dans le cloître et le couvent du Rosaire de l'ordre des Dominicains - actuelle basilique et couvent de Saint-Dominique - jusqu'en 1548, sa fondation officielle a été lancée par Fray Tomás de San Martín et s'est achevée le avec le décret de l'empereur Charles d'Espagne et du Saint Empire romain germanique, en 1571, acquiert le degré de droit pontifical octroyé par le pape Pie V et finit par être nommé « université royale et pontificale de la Cité des rois de Lima ». Reconnue par la Couronne espagnole, la première université d’Amérique officiellement fondée par Real Cédula est appelée « université de Lima » entre 1551 et 1821, à l’époque de la vice-royauté.
À l’époque de l’indépendance, elle joue un rôle de premier plan en illustrant les principaux dirigeants de l’indépendance du Pérou, après la proclamation de l’indépendance et au cours du fondement de la république. Elle maintient de façon familière sa dénomination d'« université de Lima » jusqu’en 1946, date à partir de laquelle son nom actuel et sa dénomination comme université nationale deviennent officiels.
L’université de San Marcos est considérée comme l’institution péruvienne d’enseignement supérieur la plus importante et la plus représentative pour sa « tradition, son prestige, sa qualité et sa sélectivité », également qualifiée et reconnue comme l’un des principaux centres de recherche scientifique et sociale du Pérou. Elle se situe généralement à la place au niveau national dans plusieurs éditions annuelles du classement des universités, tel que le classement des universités du Pérou par l'ANR et parrainé par l'UNESCO, le classement des universités par performance académique de l'URAP, le classement QS World University de Quacquarelli Simonds, le classement Web des universités de la SCC, le Webometrics, les classements Web de l’Université par et les rapports SIR World par le Centre de recherche SCImago. En outre, l'université dispose d’une licence institutionnelle de dix ans accordée par la (SUNEDU) et est dotée d’une accréditation institutionnelle internationale attestant de sa qualité universitaire et administrative.
Des Péruviens divers et des Latino-américains influents, penseurs, chercheurs, scientifiques, hommes politiques et écrivains ont fréquenté cette université, valorisant de ce fait le haut niveau d'éducation, le prestige dont jouit l'université et la participation intellectuelle active et importante que l'université et ses étudiants ont eue tout au long de l'histoire du Pérou. L'université de San Marcos a souvent été qualifiée de centre de réflexion du Pérou pour avoir fortement participé au progrès que le pays a finalement atteint, outre la diversité, la préparation et le militantisme de ses étudiants devenus présidents de la république du Pérou, mais aussi cinq candidats péruviens au prix Nobel de physique, au prix Nobel de la paix (six Péruviens ont été nommés pour ce prix entre 1901 et 1966) et au prix Nobel de littérature dont Mario Vargas Llosa est jusqu’à présent le seul Péruvien à avoir obtenu ce prix.
En plus de 465 années de fonctionnement ininterrompu, l’université de San Marcos a traversé plusieurs périodes historiques qu’elle retrace et distingue grâce à certains de ses bâtiments : la « Casona de San Marcos », le lieu historique de l’université avec plus de 400 ans d’histoire et dont une partie de la région et de la liste des bâtiments du centre historique de Lima qui ont été classés au patrimoine mondial de l'UNESCO en 1988, et qui abrite actuellement les principales activités culturelles et les bourses de diplômes de l'université ; les locaux actuels de la Faculté de médecine « San Fernando », inaugurée en 1901 et la première école de médecine du pays ; et la soi-disant « ville universitaire », qui depuis 1960 est son siège principal, où sont situées la plupart des facultés, la bibliothèque centrale, le stade universitaire et le presbytère, et où la plupart des activités académiques et de recherche sont menées. Tous ces locaux sont situés dans le district de Lima. L'université de San Marcos compte actuellement des écoles professionnelles, regroupées dans vingt facultés, réparties en cinq domaines académiques. Enfin, San Marcos est l'université péruvienne qui couvre davantage de disciplines universitaires.
Histoire Il semble que l'histoire de cette institution soit une suite ininterrompue de crises et de tentatives de réforme. C'est du moins ainsi qu'elle est implicitement présentée dans l'historiographie. Cette problématique est encore très présente dans les discours produits par les divers groupes d'opinion et de pouvoir au sein de l'université.
Le contexte de la fondation, et le débat chronologique pour l'ancienneté thumb|200px|left|La maison historique au couvent du Rosaire de la Ordre dominicaine, où l'université de San Marcos a commencé à travailler. La mission évangélisatrice assignée aux hommes de la Conquête rend urgente la création d'un centre de formation des clercs, d'autant que les sociétés andines, et notamment le Tahuantinsuyu (l'empire inca) sont elles aussi dotés d'institutions similaires (le Yachaywasi de la langue quechua). Ce besoin ne se fait pas uniquement sentir dans la zone andine, mais dans toute la Nouvelle-Espagne. C'est ainsi que de 1551 à 1558 sont successivement créées par la couronne espagnole quatre universités : San Marcos, San Pablo (Mexico), La Plata (qui ne sera jamais inaugurée) et Santiago de La Paz (à Saint-Domingue, elle disparait lors de l'expulsion des Jésuites en 1767). L'université de la Ville des Rois (Lima), qui ne porte pas encore le nom de saint Marc, reçoit le une real cedula dont l'original aurait été perdu lors de l'occupation chilienne (1881-1883) mais dont une copie se trouve à l'Archivo General de Indias, et dont nous avons conservé plusieurs versions imprimées du . Elle est inaugurée le .
Dans les années 1930, un débat érudit a opposé des historiens péruviens et mexicains pour statuer sur l'ancienneté respective de San Marcos et de San Pablo. C'est alors qu'est inventée l'expression « Doyenne d'Amérique » qui est aujourd'hui accolée au nom de l'Universidad Nacional Mayor de San Marcos (malgré sa suppression temporaire sous le rectorat de l'historien Manuel Burga Díaz). Notons qu'à San Marcos même, l'ensemble de l'opinion n'était pas en faveur d'une revendication qui nourrissait le nationalisme sanmarquinien émergent. C'est ainsi que l'auteur d'un texte publié en ouverture d'un numéro du bulletin bibliographique de la bibliothèque de San Marcos, dont on peut supposer qu'il s'agit du grand historien-bibliothécaire, Jorge Basadre, indique, après avoir reconnu la validité de la démonstration érudite en faveur de San Marcos, que « nous reconnaissons au problème une importance excessive. Notre aspiration profonde est que l'université de San Marcos ne soit pas tant la plus « ancienne » que la « plus moderne » des universités américaines »« Es la Universidad de Lima la más antigua de America? » dans Boletin Bibliografico de la Biblioteca de San Marcos, VIII/2 (juillet 1938), ..
San Marcos jusqu'à la mi- thumb|200px|Gravure de l'ancienne façade des locaux dans lesquels l'université de San Marcos a opéré toute la vice-royauté, après, cet endroit serait transféré au naissant Congrès du Pérou. De 1553 à 1571, l'université est essentiellement un studium dominicain. Si des personnes issues d'autres ordres, voire des laïcs, y participent peu à peu, sa direction est exclusivement assurée par des dominicains. En 1571, à l'issue d'une crise qui oppose les Dominicains, et plus généralement les ultramontains aux partisans du pouvoir royal, Philippe II impose la nomination d'un recteur laïc, Pedro Fernandez de Valenzuela. Paradoxalement, au moment même où le pouvoir royal reprend en main San Marcos, Rome concède à ses maîtres, par un bref de Pie V du , la licentia ubique docendi (le droit d'enseigner en tout lieu de la chrétienté). L'université est alors dite real y pontificia (auparavant, elle n'était que real, mais dirigée par des dominicains). De 1571 à 1581 se succèdent des recteurs laïcs. Mais l'opposition des dominicains et des autres clercs produit des troubles qui aboutissent à la réforme de 1581. La durée d'un exercice est fixée à un an, renouvelable une fois tacitement, et une seconde fois avec l'accord du vice-Roi (la durée totale d'un rectorat ne peut donc excéder trois ans); enfin, est alors adopté le principe de l'alternance entre un laïc et un prêtre à la tête de l'université.
C'est en 1571 qu'ont été adoptées les Constituciones de la Universidad de los Reyes, premier statut universitaire du continent américain. Il fixe le nombre de facultés, le coût des inscriptions, la couleur des livrées, les principales dates du calendrier universitaire... Quand il s'agit de trouver un nom - c'est-à-dire un patron - à l'université, se présentent des partisans de chacun des quatre évangélistes. C'est par tirage au sort effectué le que saint Marc est choisi comme protecteur de l'université. Plus immédiatement, celle-ci bénéficie du soutien du vice-roi Francisco de Toledo (1569-1581) qui lui assigne de riches rentes, encore augmentées sous le règne du vice-roi lettré Francisco de Borja y Aragón (1615-1621). Sa mission évangélisatrice est confirmée, Philippe II ordonnant que la chaire de doctrine ne soit attribuée qu'à des clercs connaissant le quechua. Déjà, avant sa mort en 1570, le célèbre Fray Domingo de Santo Tomás avait créé à San Marcos la chaire de langue quechua. En revanche, ce n'est qu'en 1634 qu'est inaugurée la chaire de médecine (créée au ). L'enseignement de cette discipline prend son essor dans la seconde moitié du , et est alors créée une chaire d'anatomie.
Depuis le statut de 1571 et la réforme de 1581, divers textes ont réformé ponctuellement le fonctionnement de l'université. Ils sont compilés en 1735 dans les Constituciones antiguas, añadidas y modernas. À cette date, San Marcos connait de sérieux problèmes économiques et académiques.
Des Bourbons à 1850 : déclin et tentatives de réformes