Le , nom vernaculaire du genre fossile , désigne des dinosaures herbivores caractérisés par de grandes plaques osseuses alternées en deux rangées sur leur dos, de formes et tailles différentes selon les espèces. Ils ont vécu durant le Jurassique supérieur (Kimméridgien à Tithonien inférieur), il y a environ entre (millions d'années) sur le continent appelé Laurasie, des États-Unis jusqu'au Portugal et au Maroc actuels. Le plus ancien stégosaure trouvé provient de la région de Boulahfa au Moyen Atlas marocain, en Afrique du Nord..
Ses fossiles ont été principalement trouvés en Amérique du Nord, dans les États du Wyoming, de l'Utah et surtout du Colorado dans la formation géologique de Morrison où trois espèces différentes ont été identifiées : S. stenops, S. ungulatus et S. sulcatus Turner, C.E. and Peterson, F., (1999). "Biostratigraphy of dinosaurs in the Upper Jurassic Morrison Formation of the Western Interior, U.S.A." Pp. 77–114 in Gillette, D.D. (ed.), Vertebrate Paleontology in Utah. Utah Geological Survey Miscellaneous Publication 99-1. Il vivait aux côtés d'autres herbivores comme l'Apatosaurus, le Diplodocus et le Brachiosaurus et des carnivores comme l'Allosaurus et le Ceratosaurus dont il pouvait, surtout à l'état juvénile, être la proie.
Compte tenu de la position de sa tête, ce dinosaure devait se nourrir de plantes proches du sol. Son poids, sa morphologie osseuse et les extrapolations quant aux potentielles attaches musculaires faisaient probablement de lui un herbivore placide, incapable de courir. Sa principale défense était constituée par les quatre piques osseuses présentes au bout de sa queue, dont la longueur pouvait atteindre le mètre. On s'interroge sur la fonction de la double rangée de plaques osseuses qu'il portait sur le dos : peut-être dissuasive voire défensive, peut-être pour la parade nuptiale comme le fanon gulaire des Anolis actuels, peut-être thermorégulatrice à l'image des voiles telles qu'on pouvait en trouver chez les Dimétrodons. En effet, des vaisseaux sanguins, encore visibles sur les fossiles, irriguaient ces plaques : il est probable qu'elles rougissaient avec l'afflux sanguin et probablement une vasodilatation. Cette stratégie défensive existe aujourd'hui de manière analogue chez certains animaux, dont la couleur de certains organes d'ornement peuvent virer rapidement au rouge vif, dans le but d'éloigner les prédateurs ou d'impressionner une femelle.
Étymologie Stegosaurus signifie lézard à toit. Il a été ainsi nommé en 1877 lorsque l'on croyait que les Dinosaures étaient apparentés aux Squamates, par Othniel Charles Marsh qui pensa que les plaques dorsales étaient disposées à l'horizontale, formant comme un toit. Plus tard, divers indices laissèrent supposer que ces plaques pouvaient être implantées à la verticale ou en biais..
Le nom Stegosaurus armatus peut signifier « lézard toité blindé » ou « reptile toité blindé ».
Marsh a également nommé en 1887 Stegosaurus stenops ce qui signifie « lézard toité à face étroite ».
Stegosaurus longispinus qui signifie « lézard toité à longues épines » doit son nom à Charles Whitney Gilmore.
Description thumb|left|Taille comparée d'un homme et d'un stégosaure. Le stégosaure pouvait mesurer jusqu'à de long, de haut et peser jusqu'à 3 tonnes. Bien que le stégosaure soit un gros animal, par rapport à la taille moyenne actuelle des espèces terrestres, il est plutôt petit par rapport à ses contemporains les sauropodes géants.
Ses pattes arrière étaient chacune dotées de trois petits orteils, alors que ses pattes antérieures en possédaient cinq ; les deux orteils intérieurs étaient pourvus de sabots griffus. Ses quatre fortes pattes étaient soutenues par des coussinets situés sous les orteils. Les pattes avant de ce quadrupède étaient plus courtes que celles à l'arrière, ce qui lui donnait une posture inhabituelle, facilement reconnaissable. Le stégosaure tenait sa queue bien au-dessus du sol, alors que sa tête était relativement basse (elle ne s'élevait probablement pas à plus de deux mètres du sol). Les deux paires de pointes défensives de l'extrémité de sa queue mesuraient de long.
Son crâne long et étroit était de petite taille par rapport au reste du corps. Il possédait une petite fenêtre antéorbitaire, c'est-à-dire une large ouverture dans les os de la face du dinosaure, se situant entre l'orbite de l'œil et le nez et qui était commune à la plupart des archosaures, y compris pour les oiseaux actuels et les crocodiles.
Le Stégosaure possédait un bec et de petites dents, triangulaires et plates situées à l'arrière de la gueule ainsi que des abajoues. Cette disposition suggère que l'animal devait couper les plantes et conserver la nourriture dans sa bouche avant d'être mâchée.
Une boîte crânienne bien conservée a permis à Othniel Charles Marsh d'obtenir dans les années 1880 ou endocrâne qui fournit des indications montrant que le cerveau du stégosaure était parmi les plus petits de tous les dinosaures : il avait la taille d’une noix, mais en revanche, son bassin abritait un gros centre nerveux neuronal probablement impliqué dans la coordination motrice (mais qui n'était pas un comme l'ont jadis pensé certains paléontologues). Le fait que cet animal pesant pouvait avoir un si petit cerveau (à peine ) a contribué à alimenter l'idée que les dinosaures étaient lents et stupides : une idée qui à présent est largement rejetée par les scientifiques, mais que Walt Disney a bien illustrée dans la scène des dinosaures de son dessin animé Fantasia (1940).
La plupart des connaissances que l'on a sur le stégosaure viennent des fossiles de spécimens adultes ; cependant des restes de jeunes stégosaures ont aussi été découverts. Un subadulte a été trouvé en 1994 dans le Wyoming : il mesurait de long et de haut, et devait peser environ . Ce spécimen est exposé à l'Université du Musée Géologique du Wyoming.. De plus petits squelettes mesurant de long et de haut sont exposés au Musée de la nature et des sciences de Denver.
Systématique thumb|left|Squelette de stégosaure au Muséum Senckenberg à Francfort. Stegosaurus était le premier genre de la famille des Stegosauridae, qui est une des deux familles appartenant à l'infra-ordre Stegosauria, la seconde est celle des Huayangosauridae. Les stégosauriens font partie du sous-ordre des Thyreophora, appelés aussi « porteurs de bouclier » et qui inclut également les ankylosauriens. Les stégosaures sont un clade d'animaux similaires dans leur apparence, leur posture et leur forme. Parmi ses plus proches parents, Stegosaurus compte le genre Wuerhosaurus découvert en Chine et le Kentrosaurus découvert dans l'est de l'Afrique.
L'origine du stégosaure reste incertaine, car on ne connaît que très peu de stégosaures de base, tels Hesperosaurus du Kimméridgien trouvé dans la formation de Morrison ou Lexovisaurus du Callovien moyen, découvert dans la formation d'Oxford Clay d'Angleterre, et en France (Le Wast, Boulonnais).
Le genre le plus ancien et le plus proche « taxon-frère » des stégosauridés est Huayangosaurus qui a vécu au Jurassique moyen en Chine, il y a environ d'années. Il précède Stegosaurus de d'années et il est le seul membre de la famille des Huayangosauridae. Plus ancien encore est le genre Scelidosaurus, qui a vécu au Jurassique inférieur, en Angleterre il y a d'années. Il possède des caractéristiques à la fois des stégosaures et des ankylosaures. Emausaurus qui a vécu dans l'actuelle Allemagne était un autre petit quadrupède, alors que Scutellosaurus d'Arizona aux États-Unis était un genre de dinosaures bipèdes encore plus anciens.
Taxonomie left|thumb|Fossiles du Stegosaurus stenops Stegosaurus armatus est le premier spécimen découvert, décrit grâce à deux squelettes partiels, deux crânes partiels et une trentaine au moins d'individus fragmentaires . Ces espèces possédaient une queue de quatre piques et des plaques relativement petites.
Stegosaurus stenops a été rassemblé par Marshal Felch au Garden Park, en 1886. C'est le spécimen de Stegosaurus le mieux connu, principalement car ses restes comprennent au moins un squelette articulé complet. Il possédait de larges plaques et une queue avec quatre piques. Il existe environ partiels de Stegosaurus stenops aussi bien des adultes que des juvéniles, ainsi qu'un crâne complet et quatre partiels. Mesurant , il était plus petit que Stegosaurus armatus.
Dans le Wyoming, un squelette partiel de Stegosaurus longispinus de la formation de Morrison a été découvert. Il possédait de longues piques remarquables sur sa queue, certains pensent que c'est une espèce de Kentrosaurus. Comme Stegosaurus stenops, il mesurait de long.
Nomina dubia En 1879, quelques vertèbres et des plaques du Stegosaurus ungulatus ont été découvertes au Como Bluff, Wyoming. Il est possible que ce spécimen soit en fait un jeune S. armatus, bien qu'il reste beaucoup d'éléments à découvrir sur S. armatus. Le spécimen a été retrouvé au Portugal et a vécu du Kimméridgien supérieur au Tithonien inférieur, c'est-à-dire au Jurassique supérieur.
En 1887, Marsh a décrit Stegosaurus sulcatus, à partir d'un squelette partiel. Il est considéré comme étant un équivalent du S. armatus. Stegosaurus duplex et Stegosaurus seeleyanus (appelé à l'origine Hypsirophus) sont probablement des S. armatus.
En 1881, Marsh décrit Stegosaurus affinis uniquement à partir d'un pubis ; ce spécimen est considéré comme un nomen dubium. Il est possible qu'il s'agisse là aussi d'un S. armatus.
En 1926, Jean Piveteau décrit Stegosaurus madagascariensis de Madagascar grâce à des dents. Ces fossiles ont été tour à tour attribués à un stégosaure, au théropode Majungasaurus, à un hadrosaure et même à un crocodilien.
Cladogramme
Découverte thumb|right|Illustration d'un Stegosaurus réalisée par Marsh (1896). À noter les dorsales et les sur la queue ; le Stegosaurus possédait en fait et seulement . Stegosaurus fait partie des nombreux dinosaures découverts et décrits durant la Guerre des os, à partir des restes fossilisés trouvés au nord de Morrison dans le Colorado. Ces premiers ossements sont devenus l'holotype de Stegosaurus armatus. Les autres fossiles de Stegosaurus ont été principalement retrouvés en Amérique du Nord, dans les États du Wyoming, de l’Utah et du Colorado. Cependant en 2006, un spécimen de Stegosaurus a été découvert au Portugal, supposant que ces dinosaures étaient aussi présents en Europe.
Paléoécologie Stegosaurus a vécu il y a environ 155 à 150 millions d'années, dans un environnement et une époque dominés par les sauropodes géants comme Diplodocus, Camarasaurus et Apatosaurus. Ces dinosaures ont été retrouvés dans la formation de Morrison, dans une région située dans l'ouest des États-Unis et du Canada. Elle était composée d'argiles, de grès, de siltites et de calcaires.
Globalement, le climat était sec, semblable à la savane, mais sans angiospermes (plantes et arbres à fleurs), la flore était légèrement différente. Les plantes dominantes à cette époque étaient les conifères, ainsi que les ginkgos, cycadophytes, cyatheales et joncacées. La plupart des plantes étaient ripariennes, c'est-à-dire qu'elles poussaient le long des cours d'eau. Les insectes étaient très proches des insectes actuels, avec des termites pouvant construire des nids de . Le long des rivières vivaient des poissons, grenouilles, salamandres, lézards, crocodiles, tortues, ptérosaures, écrevisses, palourdes et des monotrèmes (mammifères protothériens, dont le plus grand pouvait atteindre la taille d'un rat).
Paléobiologie thumb|right|Stegosaurus au musée Field d'histoire naturelle de Chicago.