L’histoire des universités françaises, qui commence au , reflète les péripéties de l’histoire de France et de ses institutions.
La plus ancienne université française est celle de Paris, fondée en 1150. Viennent ensuite celles de Toulouse (1229) et de Montpellier (1289). Elles ont un statut de corporations autonomes, régies par des règles propres, mais réunies sous l'autorité du Pape. Elles sont traditionnellement divisées en quatre facultés : Arts, Droit, Médecine et Théologie, tandis que les étudiants sont répartis entre divers collèges (comme cela existe encore en Angleterre). Le plus célèbre est le collège de Sorbonne, dont le nom est utilisé par la suite pour désigner la faculté de théologie de Paris, et même, plus tard, l'université de Paris tout entière. Plusieurs nouvelles universités sont créées entre 1300 et 1500, soit par l'Êglise (Cahors, 1331), soit par des princes féodaux (Nantes, 1460), soit, pendant la guerre de Cent Ans par le roi de France (Poitiers, 1431) ou par le roi d'Angleterre (Caen, 1432).
Contrairement à plusieurs universités étrangères (Louvain, Bologne, Alcala, Cambridge, Oxford), la plupart des universités françaises, particulièrement celle de Paris, marquées par le conservatisme et l'héritage de la scolastique, ne s'adaptent pas aux deux grands courants de l'Époque moderne : l'humanisme de la Renaissance, puis le progrès des sciences (Galilée, Descartes, Newton). Face à ces carences, le gouvernement royal crée des institutions spéciales : le Collège de France (1530), puis des écoles d'ingénieurs civils ou militaires (Ponts-et-Chaussée, Génie).
En , sous la Première République, la Convention nationale supprime les vingt-deux universités existant en France. Elle prolonge la politique royale des grandes écoles en créant l'École normale supérieure et l'École polytechnique. En 1808, sous le Premier Empire, les facultés traditionnelles sont rétablies, mais regroupées dans une unique université, l'Université impériale, qui est en fait une sorte de ministère de l'Éducation. Au , nombre de nouvelles écoles supérieures sont créées hors de l'université (IEP de Paris en 1872).
Il faut attendre 1896 pour que la Troisième République rétablisse des universités locales, organisées selon un système qui va durer jusqu'en 1968. Confrontées à l'afflux des étudiants dans les années 1960 et au rejet des institutions traditionnelles (« mandarinat » des professeurs), les universités sont à l'origine de la crise de , qui, après les nuits d'émeutes du début du mois, touche le pays tout entier avec la grève générale commencée le . Sorti vainqueur de ce conflit, le gouvernement du général de Gaulle répond à la crise universitaire par la loi Edgar Faure () qui supprime les facultés, remplacées par des unités de formation et de recherche tandis que l'administration est dévolue à des conseils élus. Au cours des années suivantes, les plus grandes universités sont divisées, notamment à Paris, avec treize universités à l'heure actuelle, mais aussi à Lyon (trois universités), à Toulouse (trois universités)
Depuis 2002, les établissements d'enseignement supérieur sont engagés dans une harmonisation internationale des diplômes (système Licence-Master-Doctorat) et des regroupements d'établissements (universités et grandes écoles), dans le cadre d'une loi relative aux libertés et responsabilités des universités (loi LRU), supposée leur assurer une plus grande autonomie.
Moyen Âge Des universités sont créées hors de France dès le Moyen Âge, notamment l'université de Bologne (1088) antérieure à celle de Paris (vers 1200). Au , sont créées les universités de Padoue (1222), de Naples (1224), d'Oxford (début du ), de Salamanque (1239), de Cambridge (1257), de Coïmbre (1279). Aux et : universités de Prague (1348), de Heidelberg (1386), de Cracovie (1400), d'Uppsala (1476), de Leipzig (1409), de Louvain (1425), de Tübingen (1477), de Wittenberg (1502).
Origines et débuts de l'université de Paris (jusqu'en 1260) Les études supérieures à Paris au Au début du , les écoles de Paris, où enseignent notamment Guillaume de Champeaux (1070-1120) et Pierre Abélard (1079-1142), acquièrent une réputation qui fait venir des étudiants en grand nombre. Il existe alors à Paris une école relevant de l’autorité de l’évêque, l’école cathédrale de Notre-Dame, dont l’enseignement est exclusivement théologique ; elle est établie dans le cloître Notre-Dame. On trouve aussi des écoles établies sur la montagne Sainte-Geneviève. Celles-ci . On y enseigne les sept arts libéraux du quadrivium (arithmétique, géométrie, musique, astronomie) et du trivium (grammaire, rhétorique, dialectique). C’est de la réunion des avec l’école de théologie, qu'est issue l’université de Paris.
Création de la corporation universitaire (vers 1200) Au début du , les maitres et étudiants de Paris s’organisent en une corporation nommée Universitas Parisiensis, reconnue par deux bulles pontificales d’Innocent III (pape de 1198 à 1216). En 1210, le roi Philippe Auguste accorde aux membres de l'université le privilège d’être jugés au criminel par le tribunal de l'évêque de Paris (officialité). , l'université reçoit d’Innocent IV (pape de 1243 à 1254) le privilège d’avoir son propre sceau.
Cette corporation est divisée en quatre facultés : théologie, droit canon, médecine et arts (libéraux). Les grades universitaires sont fixés dès le : baccalauréat ou déterminance ; licence, conférée ; maitrise, qui marque l'accès de l'étudiant à la catégorie des maîtres (comme dans les corporations artisanales) ; doctorat, qui n'existe que dans les facultés supérieures (droit, médecine, théologie).
Les étudiants de la faculté des arts, dont les écoles se trouvent pour la plupart rue du Fouarre (toujours existantePrès du square René-Viviani, sur la rive gauche face au parvis de la cathédrale.), sont répartis en quatre « nations » selon leur origine : française (c'est-à-dire : d'Ile-de-France), normande, picarde et anglaise. La seule langue utilisée à l'université est cependant le latin.
Aide aux étudiants pauvres et création du collège de Sorbonne (vers 1255) Les étudiants pauvres (à l'époque : « pauvres escholiers »), c'est-à-dire la plus grande partie, . À partir du milieu du apparait une nouvelle institution qui organise la distribution des bourses : les maisons (domus) pour étudiants pauvres, où ceux-ci peuvent vivre en commun en étant hébergés et nourris, parfois gratifiés d'un peu d'argent chaque semaine, et bénéficier d'enseignements particuliers.
L’une des premières de ces maisons est fondée dans les années 1250 par Robert de Sorbon (lui-même ancien étudiant pauvre), docteur en théologie, chanoine de la cathédrale de Cambrai devenu chapelain du roi Louis IX, à l'intention des étudiants de la faculté de Théologie. Établie sous le nom de « pauvre maison », elle est bientôt connue comme le « collège de Sorbonne ». Elle est dotée d'une bibliothèque à partir de 1260.
Le terme de « collège » (en latin collegiumAu pluriel : collegia.) devient usuel par la suite pour désigner ce type d'institution liée aux universités.vignette|La Bulle Quia sapientia (1289).
Création de l'université de Montpellier (1289) À Montpellier, c'est l'enseignement de la médecine qui s'organise d'abord sous la forme d'une « universitas medicorum » dotée de ses premiers statuts dès 1220Jacques Verger, Le « moment 1220 », Bulletin de l'Académie des Sciences et Lettres de Montpellier, , no Suppl. 1, 3 décembre 2021 (lire en ligne), à laquelle se joignent quelques décennies plus tard les écoles de droit et d'arts libéraux pour former un « studium générale », officialisé par la bulle Quia Sapientia du pape Nicolas IV en 1289 .
L'université n’admet comme étudiants que des hommes célibataires. Des femmes exercent néanmoins la médecine, jusqu'au procès de Jacoba Félicie en 1322, et malgré un décret de 1270 interdisant l'exercice de la médecine à ceux qui n'ont pas suivi d'enseignement universitaire. Cela a pour effet, à partir du , d'interdire aux femmes de pratiquer la médecine et la chirurgie, alors qu'elles s'y illustrent depuis l'Antiquité et sont chargées de soigner les malades et d'assurer le monopole de la faculté de Paris sur la médecine, sauf l'obstétrique. La conséquence en est également que les femmes sont moins bien prises en chargeHistoire des femmes scientifiques de l'Antiquité au , d'Éric Sartori..
L'université de Paris de la fin du à la fin du Durant cette période, cinquante collèges universitaires sont créés à Paris à la suite du collège de Sorbonne. Les principaux sont les collèges d'Harcourt (1280), de Navarre (1304), du cardinal Lemoine (vers 1310), du Plessis (1322), des Lombards (1334), des Écossais (1333)
Au , apparaissent des établissements destinés aux élèves de la faculté des arts, plus jeunes que ceux des trois autres facultés. Ce sont des pensionnats, les « pédagogies », qui vont peu à peu prendre la place des écoles de la rue du Fouarre.
Les rois de France continuent de lui accorder leur protection. ; Charles V (vers 1370) lui accorde le titre de « fille aînée des rois de France ».
L'université organise très tôt un service postal : « La nécessité de maintenir les écoliers venus de province en rapport avec leurs familles fut cause que l’université de Paris eut de bonne heure des messagers et des messageries, bien avant que Louis XI eût établi (1464) la poste royale, qui ne fut pas mise tout de suite au service du public. Le transport des lettres et paquets était une source importante de revenus pour l’université, et elle la conserva jusqu’en 1719, époque où un édit royal ordonna la fusion de l’institution postale de l’université avec celle de l’État. ».
vignette|Le collège de Sorbonne en 1550. vignette|Le collège de Sorbonne au , après sa reconstruction par Richelieu.
Création d'autres universités Plusieurs autres universités sont fondées du au . Certaines d'entre elles sont fondées dans un territoire qui n'appartient pas encore au royaume de France (par exemple, en 1538, Strasbourg est une ville libre impériale du Saint-Empire romain germanique), donc une ville totalement étrangère ; d'autres sont fondées en France, mais dans ce qui est une principauté féodale (par exemple, en 1460, Nantes fait encore partie du duché de Bretagne, sur lequel le roi de France n'a qu'un pouvoir théorique) ; enfin, il faut tenir compte de la guerre de Cent Ans (1137-1453), durant laquelle le roi d'Angleterre, qui prétend être roi légitime de France, détient en fief le duché d'Aquitaine et occupe des étendues parfois importantes du royaume, notamment de 1420 à 1435.
Liste des universités fondées du au :
université de Toulouse, créée en 1229 par le comte de Toulouse Raimond VII (le comté de Toulouse est un fief du royaume de France, qui entre dans le domaine royal en 1271) ; université de Montpellier, créée en 1289 ;
université d'Avignon créée en 1303 par le comte de Provence Charles II d'Anjou et le pape Boniface VIII (Avignon fait partie du comté de Provence, fief du Saint-Empire, puis des États pontificaux de 1309 à 1791) ; université d'Orléans créée en 1306 par le pape Clément V ; université de Cahors créée en 1331 par le pape Jean XXII, ancien évêque de Cahors ; université de Grenoble créée en 1339 par le dauphin de Viennois Humbert II et le pape Benoît XII (le Dauphiné de Viennois est alors un fief du Saint-Empire) ; université d'Angers créée en 1364 par le roi de France Charles V ; université d'Orange créée en 1365 (la principauté d'Orange est un fief du Saint-Empire)
université d'Aix créée en 1409 par le comte de Provence Louis d'Anjou et le pape Alexandre V (le comté de Provence fait partie du Saint-Empire jusqu'en 1487) ;