Le problème des relations entre l'Église catholique romaine et l'Empire, le pouvoir spirituel et le pouvoir temporel, se pose dès la christianisation de l'Empire romain. Au Moyen Âge, le pape est requis de sacrer l'empereur qui, en retour, peut lui apporter son soutien contre les factions urbaines de Rome ou les Normands de Sicile. Mais, en retour, l'empereur réclame une mainmise croissante sur la nomination des évêques dans ses États tandis que le pape, depuis la réforme grégorienne, s'efforce d'affirmer l'indépendance et la suprématie du Saint Siège. Cette tension débouche au sur la querelle des investitures conclue provisoirement par le concordat de Worms en 1122.
Le conflit se réveille sous le règne de Frédéric Barberousse avec la lutte du sacerdoce et de l'Empire. Le pape Alexandre III lance l'excommunication contre l'empereur et encourage l'insoumission des cités italiennes de la Ligue lombarde tandis que Frédéric suscite contre lui des antipapes. Finalement, Frédéric se relève de son excommunication en allant mourir en croisade en 1190.
Le conflit reprend et s'envenime sous son petit-fils Frédéric II, à la fois empereur et roi de Sicile. Celui-ci rencontre des oppositions constantes suscitées par le pape et même son départ pour Jérusalem ne lui vaut pas absolution. Il meurt en 1250 et la papauté s'acharne contre le reste de sa dynastie. Le Saint-Empire romain en sort très affaibli. Toutefois, la papauté ne parvient pas plus à imposer sa vision d'une théocratie mondiale.
Une longue querelle thumb|right|150px|Innocent Dès la conversion de Constantin au christianisme au se pose le problème des relations entre le pouvoir temporel et le pouvoir spirituel : il s'agit de savoir qui dirige au nom de Dieu, le pape ou l'empereur. L'effacement du pouvoir impérial a dans un premier temps permis au pape d'affirmer son indépendance. Mais, à partir de 962, l'empereur du Saint-Empire romain prend le contrôle de l'élection pontificale et nomme lui-même les évêques de l'Empire, affirmant la prééminence de son pouvoir sur celui de l'Église. Cependant, la mainmise des laïcs sur le clergé est telle qu'elle finit par susciter une réaction de l'Église. Commence alors au milieu du la réforme grégorienne. En 1059, le pape Nicolas réserve l'élection du pape au collège des cardinaux.
Puis, en 1075, Grégoire affirme dans le qu'il est le seul à posséder un pouvoir universel, supérieur à celui des souverains et leur retire la nomination des évêques. Commence alors une lutte féroce entre la papauté et l'empereur que les historiens ont appelé la « querelle des Investitures ». L'épisode le plus fameux en est l'excommunication d'Henri IV et sa pénitence de Canossa pour obtenir le pardon pontifical. À l'issue de ce conflit, le pape parvient à se soustraire à la tutelle impériale. En 1122, par le concordat de Worms, l'empereur accepte la libre élection des évêques, se réservant le droit de donner aux prélats l'investiture temporelle. Ce compromis marque la défaite de l'Empire.
Le conflit entre Frédéric Barberousse et le pape L'empereur Lothaire, allié du pape contre les factions romaines Au , l’empereur du Saint-Empire romain germanique n’ayant plus aucune prise sur l’élection pontificale (en raison de la réforme grégorienne commencée au siècle précèdent), la noblesse romaine essaie de retrouver ses anciennes prérogatives. Ainsi, les différentes factions romaines s’affrontent à la mort du pape Honorius .
Du côté de l'Empire, la mort d’Henri en 1125 marque la fin de la dynastie de Souabe à la tête du Saint-Empire. Le nouvel empereur, Lothaire de Supplinbourg est un prince qui a toujours été fidèle au pape. Celui-ci l’appelle pour l’aider à lutter contre les prétentions de Roger de Sicile qui menace les possessions de la Papauté.
Le , Innocent est élu, mais une partie des cardinaux élit un antipape, le cardinal Pierleoni, qui prend le nom d’Anaclet . Menacé par le schisme d’Anaclet qui durera 8 ans, Innocent ne retrouve son pouvoir qu’avec le soutien de la France, de l’Angleterre, et l’appui de l’empereur.
Deux gestes de l’empereur Lothaire, au départ simples gestes de déférence, sont rapidement interprétés par la papauté comme des rites exprimant une entière soumission de l'Empire. À Liège, en 1131, l’empereur prend le cheval du pape par la bride et, en 1133, il se fait remettre un anneau signifiant qu’il tient la Toscane du Saint-Siège. Dans la propagande pontificale, Lothaire devient l’écuyer du Saint-Père. Dans une fresque au Latran, il est représenté humblement à genoux recevant des mains d’Innocent la couronneLothaire de Supplinbourg (ou de Saxe) dans Atrium..
En 1139, Innocent II organise le deuxième concile du Latran. Le pape y montre son aspiration à gouverner le monde et à disposer de la couronne impériale. Le concile proclame : Phrase citée dans .. À Rome, la doctrine théocratique continue de se développer. Les canonistes subordonnent toujours les affaires temporelles aux affaires spirituelles.
Eugène III fait appel à Frédéric Barberousse En Italie, Arnaud de Brescia défend l’idée d’une pauvreté totale et veut contraindre le pape à renoncer à tout pouvoir temporel. Bien que condamné pour hérésie en 1140, il se joint à une révolte républicaine qui chasse de Rome le pape et ses cardinaux en 1145. Rome est en proie à des luttes de pouvoir endémique. Le pape Eugène doit faire appel à la force et donc à l’empereur Frédéric Barberousse. À Constance, en 1153, les deux hommes signent un accord. En échange de la reconquête des États pontificaux pour le pape, ce dernier s’engage à couronner Barberousse empereur. Rome est reprise en 1155. Barberousse est couronné le lendemain de son entrée dans la ville, le Anne Ben Khemis, Frédéric Barberousse, Encyclopædia Universalis, DVD, 2007. par Adrien , successeur d'Eugène III. Mais cet échange de bons procédés ne doit pas cacher les tensions latentes entre la papauté et l'empire. En outre, la ville de Rome reste peu sûre. Il est paradoxal de constater que le pape qui réclame le ne peut maîtriser sa propre capitale.
La situation s’envenime lorsqu’en 1157, à la Diète de Besançon – la principauté épiscopale fait alors partie du Saint-Empire romain germanique –, le légat du pape, Orlando Bandinelli, futur Alexandre , déclare que . Le terme latin a deux significations : bienfaits ou fief. Le mot est traduit en allemand par , c’est-à-dire fiefs. Le légat faillit bien se faire écharper pour un tel affront (une telle phrase signifiant, dans la société féodale, que l'empereur ne serait qu'un vassal du pape). Cet incident marque d’ailleurs la rupture entre la papauté et Frédéric Barberousse, et donc le début de la phase violente de la lutte du Sacerdoce et de l’Empire.
Le pape a, en fait, du mal à imposer son . En Angleterre, il rencontre une vive opposition de la part d’Henri qui réussit à maintenir sa domination sur l’Église anglaise. À l’intérieur de l’Église, des clercs doutent de la supériorité du pouvoir pontifical sur celui des princes.
Renforcement de la puissance impériale sous Frédéric thumb|Barberousse habillé en croiséMiniature de 1188 À cette époque, deux maisons s’affrontent dans l’Empire. Les Guelfes, dont le nom dérive de celui de la famille ducale de Bavière, Welf, soutiennent la papauté. Les Gibelins sont les partisans de l’empereur. Leur nom est une altération de Waiblingen, le fief d’où viennent les Hohenstaufen.
Frédéric veut restaurer la puissance impériale. La renaissance du droit romain lui permet de remettre en vigueur l’idée de l’État et de la supériorité du pouvoir du souverain temporel. Frédéric Barberousse est soutenu dans sa lutte contre le Saint-Siège par son chancelier, Rainald de Dassel, qui le pousse à la rupture avec la papautéEncyclopædia Universalis, article « Allemagne médiévale »., et par les princes et prélats allemands. Il parvient en effet à prendre en main le clergé allemand grâce à une interprétation audacieuse du concordat de Worms. L'Empereur affirme qu’il peut intervenir dans les élections épiscopales quand il y a désaccord entre les électeurs. De plus, il refuse sans relâche l’investiture du temporel au candidat qui lui déplaît. Il peut ainsi imposer ses vues à Augsbourg en 1152, à Worms en 1153, et même au pape à Magdebourg en 1154. Les évêques et les abbés redeviennent ainsi des « fonctionnaires impériaux ». Le concordat de Worms, équilibre fruit de la lutte entre la Papauté et l'Empire, est mis en péril.
L'Empereur affirme par ailleurs qu’il revient aux grands de l’Empire d’élire le souverain choisi par Dieu, excluant ainsi le rôle du Pape. Après avoir réglé les problèmes allemands, Frédéric se rend en Italie, en 1154. Il tient une diète à Roncaglia où il reçoit les plaintes des cités italiennes contre la trop grande puissance de Milan. Il punit cette dernière en détruisant Tortona, son alliée.
Alexandre III contre Frédéric et ses antipapes En 1159, Alexandre est élu pape par une courte majorité du conclave.
Aussitôt, un antipape, Victor , est élu, soutenu par l’empereur. Alexandre doit fuir l’Italie et se réfugie en France. Le conflit ouvert éclate lorsque Frédéric Barberousse cherche à imposer aux villes italiennes l’impôt impérial qu’elles refusent. Pour vaincre leur résistance, l’empereur emploie la violence : en 1162, Milan est détruite et ses habitants dispersés. Ceci provoque l’alliance de certaines villes qui forment la ligue des cités lombardes, soutenue par Alexandre . Frédéric Barberousse fait élire un nouvel antipape à chaque fois que le précédent disparaît. À partir de la diète de Wurtzbourg de 1165, tous les évêques du Saint Empire doivent obéissance à l’antipape. Alexandre excommunie l’empereur.
En 1167, ce dernier s’empare de Rome qu’il pille. Mais, l’armée étant décimée par la peste, l’empereur doit se retirer. À Legnano en 1176, il est vaincu par les villes italiennes. Frédéric Barberousse se rend alors à Venise en 1177 où il se prosterne devant le pape et renonce à se mêler de l’élection pontificale. L’excommunication papale contre Barberousse est levée. Comble d’humiliation, l’empereur est obligé d’accepter le service d’écuyer auprès du pape. Il sauve ainsi son pouvoir, Alexandre allant jusqu’à vanter les avantages d’une coopération des deux pouvoirs. Les pertes militaires de l'empereur, l'effet symbolique de l'excommunication et la rébellion des villes italiennes ont eu raison de ses prétentions sur l'Italie, du moins momentanément.
En 1179, le pape réunit le troisième concile du Latran pour régler les problèmes liés au schisme. Afin de les éviter, il est dorénavant prévu que le pape soit élu à la majorité des deux-tiers. On observe que, des deux côtés (Empire et Papauté), les pouvoirs tentent de se renforcer et de se prémunir des influences extérieures dans leur processus électif respectif.
De son côté, l’empereur étant toujours en position de donner son accord à la nomination du préfet de Rome par le pape, Frédéric Barberousse en profite pour renforcer son contrôle sur le royaume d’Italie. Il conclut un accord avec les villes d’Italie. En outre, l'empereur refuse de rendre au Saint-Siège l’héritage de Mathilde, la Toscane. De plus et surtout, il continue à nommer les évêques et les abbés en Allemagne, bafouant toujours le sens originel du Concordat de Worms.
Réconciliation réticente sous les successeurs d'Alexandre III Après la mort d'Alexandre III en 1181, les relations entre la papauté et l'Empire se détendent partiellement. Lucius III, chassé de Rome par la révolte des habitants, se réfugie auprès de Frédéric et, au concile de Vérone en 1184, tente d'enrôler l'empereur dans la lutte contre les cathares, vaudois et partisans d'Arnaud de Brescia. Mais les discussions achoppent sur la reconnaissance par l'empereur de la succession de Mathilde et la validation par le pape des évêques nommés par les antipapes de FrédéricMichael Ott, Pope Lucius III, Catholic Encyclopedia, 2010.