Les travaux de Charles Darwin ont joué un rôle essentiel dans la compréhension des mécanismes de l'évolution biologique. On s'est donc penché avec beaucoup d'intérêt sur ce qu'il pensait de la religion qui part généralement du principe quʼHomo sapiens est une création divine et non naturelle.

Charles Darwin a été élevé dans un milieu non-conformiste, mais a fréquenté une école dépendant de l'Église anglicane. Il a étudié la théologie anglicane dans le but d'embrasser une carrière ecclésiastique, avant de participer à l'expédition du . Au retour, il a mis au point sa théorie de la sélection naturelle en se rendant parfaitement compte qu'il entrait en conflit avec l'argument téléologique. Il a continué à aider son église locale et à travailler pour la paroisse mais, le dimanche, il avait l'habitude de se promener pendant que sa famille assistait aux offices. Pourtant, au moment où il écrivait L'Origine des espècesCharles Darwin, L’Origine des espèces [édition du Bicentenaire], trad. A. Berra sous la direction de P. Tort, coord. par M. Prum. Précédé de Patrick Tort, « Naître à vingt ans. Genèse et jeunesse de L’Origine ». Paris, Champion Classiques, 2009. il était encore théiste, convaincu de l'existence de Dieu comme Cause première.

Vers la fin de sa vie, on interrogeait souvent Darwin sur ses vues religieuses. Tout ce qu'il disait en ce sens était que « la Science n'a rien à faire du Christ, tout au plus l'habitude de la recherche scientifique rend un homme prudent quand il s'agit d'admettre une évidence. Personnellement, je ne crois pas qu'il y ait jamais une révélation. Au sujet d'une vie future, chacun doit juger pour lui-même entre des probabilités vagues et qui se contredisent. » Pourtant, il a toujours insisté sur le fait qu'il était agnostique et « n'avait jamais été athée ».

thumb|153px|Charles Darwin (1809 — 1882), proposa une théorie de l'évolution par la sélection naturelle.

L'environnement religieux de Darwin Charles Darwin est né pendant les guerres napoléoniennes le et en a subi les conséquences, c'était une époque conservatrice où les Tories tenaient en main le gouvernement, associés de près à l'Église établie, la High Church d'Angleterre, et ils réprimaient le radicalisme, mais sa famille gardait le souvenir du siècle précédent et des Lumières, quand une multitude d'églises non-conformistes professaient sur le christianisme des interprétations différentes. Tant chez les Darwin que chez les Wedgwood sa parenté, fort nombreuse, soutenait les Whigs et était fermement unitarienne, même si l'un de ses grands-pères, Erasmus Darwin, avait été libre-penseur. Ses parents avaient beau avoir été assez sensibles à la pression sociale pour faire baptiser Charles dans l'Église d'Angleterre, sa pieuse mère emmenait les enfants à la chapelle unitarienne. Elle mourut quand Charles n'avait que huit ans, et il entra alors comme pensionnaire à l'École de Shrewsbury, une public school qui dépendait de l'Église d'Angleterre.

Édimbourg - études de médecine et théorie de Lamarck sur l'évolution En Angleterre les deux universités d'Oxford et de Cambridge dépendaient de l'Église d'Angleterre et obligeaient les étudiants à signer les Trente-neuf articles de la foi anglicane ; c'est pourquoi les non-conformistes anglais envoyaient leurs enfants dans les universités écossaises qui jouissaient d'une meilleure réputation dans des domaines comme la médecine. Charles commença ses études supérieures à l'Université d'Édimbourg et, alors qu'il s'initiait à la médecine, il s'intéressa vivement à l'histoire naturelle et Robert Edmund Grant lui parla du lamarckisme et de l'évolutionnisme.

L'histoire naturelle s'était construite sur l'idée que les différentes sortes de plantes et d'animaux proclamaient les merveilles de la création divine, et qu'il était donc bon de les étudier et d'en dresser le catalogue des espèces. À l'époque de Darwin il était fréquent que les hommes d'Église fussent naturalistes, bien que les découvertes scientifiques eussent déjà ouvert de nouvelles idées sur la création. Les Églises établies (d'Angleterre et d'Écosse) et les universités anglaises continuaient à insister sur la création miraculeuse des espèces et la distinction entre l'homme et les créatures inférieures, mais l'Église unitarienne rejetait un tel enseignement et allait jusqu'à proclamer que l'esprit humain est soumis aux lois physiques. Erasmus Darwin était allé plus loin et dans sa Zoönomia il se demandait que… si l'on n'avait pas le droit d'imaginer que tous les animaux à sang-chaud n'étaient pas sortis d'un simple filament, que la grande Cause première avait rangé dans le règne animal… mais avec la faculté de s'améliorer sans cesse par une activité propre inhérente en lui-même et de transmettre ces améliorations à sa postérité par le phénomène de génération, un monde sans fin! C'était anticiper le lamarckisme.

Cambridge - entre théologie et géologie Robert, le père de Charles, avait pu suivre son propre père Erasmus dans la libre-pensée aussi bien que dans la pratique médicale, il n'en faisait pas étalage. Ayant constaté que Charles n'était pas capable de persévérer dans les études médicales, il vit pour lui un métier possible en achetant aux enchères un poste de curé anglican dans une paroisse rurale. Au début Charles était hésitant, mais comme il devait écrire plus tard : « L'idée me plaisait d'être curé de campagne. C'est pourquoi je lus attentivement Pearson on the Creed (Ce que doit croire un pasteur) et quelques autres livres sur la divinité ; et comme je n'avais pas alors la plus petite ombre de doute quant à la vérité absolue et littérale de chaque mot de la Bible, je me persuadai bien vite que nos Principes devaient être pleinement acceptés. » Il obéit donc à son père en s'inscrivant au Christ's College de Cambridge pour obtenir le Baccalauréat ès Arts qui était requis.

Il assista au cours d'histoire naturelle du Revd. John Stevens Henslow qui lui donnait en outre des leçons particulières de théologie et Charles s'intéressa particulièrement aux écrits du Revd. William Paley. Preuves du Christianisme et Philosophie Morale et Politique de Paley étaient les textes d'étude. Darwin a écrit :

« Je pourrais recopier la totalité des Preuves avec une parfaite exactitude, mais évidemment pas dans la langue limpide de Paley… Je ne crois pas avoir jamais admiré davantage un livre plus que la Théologie Naturelle de Paley. À ce moment-là j'aurais pu le réciter presque par cœur. »

Dans la Théologie Naturelle, Paley voyait une preuve rationnelle de l'existence de Dieu dans l'adaptation parfaite des êtres vivants placés de façon judicieuse par la providence là où ils devaient l'être au sein d'un monde harmonieux, prouvant le dessein bienveillant d'un Créateur. Contre les idées de Grant et d'Erasmus Darwin, cela convainquit Charles et l'encouragea à s'intéresser à la science.

À cette époque Cambridge reçut brièvement la visite de deux « radicaux », Richard Carlile et Reverand Robert Taylor, qui faisaient une sorte de tournée missionnaire hérétique, ce qui provoqua une agitation avant qu'ils fussent expulsés, et on devait rappeler ce Taylor à Charles comme « le Chapelain du Diable », exemple d'un paria de la société qui avait défié le Christianisme et avait été emprisonné pour blasphème.

Voyage sur le Beagle Avant de quitter Cambridge, Charles étudia la géologie sous la direction du Revd. Adam Sedgwick, puis il eut l'occasion de se joindre à une expédition d'exploration comme compagnon de voyage du capitaine Robert FitzRoy sur le . Avant de quitter l'Angleterre FitzRoy donna à Darwin un exemplaire du premier volume des Principes de Géologie de Charles Lyell.

La science des strates géologiques allait se développant et la découverte de fossiles représentant des espèces éteintes semblait contredire le récit biblique de l'arche de Noé, mais on arrangeait tout grâce à des théories comme le catastrophisme qui posait en principe une série d'inondations monstrueuses, chacune suivie par la création ex nihilo de nouvelles espèces. Le livre de Lyell expliquait ces strates comme le résultat d'un processus graduel s'étendant sur de très longues périodes et, dans le deuxième volume, il expliquait les extinctions par une « succession de morts brutales » à la suite desquelles de nouvelles espèces étaient créées. Rentré chez lui, Darwin écrivit plus tard qu'il « voyait » la forme des terrains comme s'il avait eu les yeux de Lyell. À cette époque FitzRoy partageait apparemment cette façon de voir mais, pendant le retour du Beagle, il rédigea pour son compte une section du voyage dans laquelle il se rétractait, et il expliquait sérieusement qu'il était revenu à une lecture littérale de la Bible, dans laquelle il interprétait les couches rocheuses placées au sommet des montagnes et contenant des coquilles marines comme la preuve du Déluge, et il écartait l'idée d'étendre sur de longues périodes les six jours de la création parce que la végétation, l'herbe et les arbres auraient disparu au cours de si longues nuits. Au contraire, Darwin avait élaboré alors sur la formation des atolls de corail une théorie nouvelle et convaincante qui appuyait les idées de Lyell.

Darwin perd la foi Dans sa dernière autobiographie privée, Darwin a écrit au sujet de ce temps-là :

« Tout le temps que j'étais à bord du Beagle (d' à ) j'étais absolument orthodoxe et je me souviens que plusieurs des officiers, pourtant d'une parfaite orthodoxie, riaient volontiers de moi parce que je citais la Bible comme une autorité sans réplique sur tel ou tel point de morale. Je suppose que c'était la nouveauté de l'argument qui les amusait. Mais à cette époque j'étais progressivement venu à voir que l'Ancien Testament, avec son histoire du monde évidemment fausse, avec la Tour de Babel, l'arc-en-ciel comme un signe etc. etc. et le fait qu'il attribuait à Dieu les sentiments d'un tyran vindicatif, ne méritait pas plus d'être cru que les livres sacrés des Hindous, ou les croyances de n'importe quel barbare. »

Dans ses recherches pour expliquer ses observations, au début de 1837 Darwin spéculait sur la transformation des espèces et écrivait « ma théorie ». Ayant résolu de se marier, il rendit visite à sa cousine Emma le et lui exposa ses idées sur le transformisme. Le il revint et lui fit sa demande en mariage. Encore une fois il lui expliqua ses idées et elle lui écrivit ensuite en le suppliant de lire dans l'Évangile de Jean « le discours d'adieu de notre Sauveur à ses disciples », un passage sur le chemin à suivre qui dit : « Aimez-vous les uns les autres » (13:34), puis décrit Jésus comme le Verbe incarné, disant « Je suis le chemin, la vérité, et la vie. Nul ne vient au Père que par moi » (14:6) et donne cet avertissement :

« Si quelqu'un ne demeure pas en moi, il est jeté dehors, comme le sarment, et il sèche ; puis on ramasse les sarments, on les jette au feu, et ils brûlent. » (15:6).

La chaleur de sa réponse atténua l'inquiétude du cœur d'Emma, mais cette tension devait persister. Emma craignait que son manque de foi pût signifier qu'ils ne seraient pas ensemble dans la vie éternelle ; et comme par la suite l'incrédulité ne cessa de croître chez Darwin, il en vint à se dire :

« J'ai peine à croire comment quelqu'un pourrait souhaiter que le Christianisme fût vrai ; car en pareil cas la langue simple de ce texte semble montrer que les hommes qui ne croient pas – et parmi eux mon père, mon frère et presque tous mes meilleurs amis – seront punis éternellement. Et c'est une doctrine abominable. »