vignette|redresse|Statue de Vercingétorix par Aimé Millet à Alise-Sainte-Reine. Expression de la volonté de monumentaliser le site et de signifier sa reconnaissance officielle sous le Second Empire, elle reçut un accueil mitigé..
Le siège d'Alésia est un événement qui a fortement marqué l'historiographie française, surtout depuis le . Marquant la fin de l'indépendance des peuples celtiques de la Gaule ainsi que le début du contrôle romain sur la région, cet affrontement fut au cœur des problématiques de définition de l'identité nationale et de recherche des origines de la nation française, pour plusieurs raisons : le siège d'Alésia marque d'abord le terme de la résistance organisée contre les armées de César en Gaule, il est donc l'épisode final de la conquête entreprise par le proconsul romain sur un vaste territoire correspondant peu ou prou à la France actuelle ; de plus, le siège d'Alésia consacre l'échec militaire de Vercingétorix à la tête d'une vaste armée coalisée, que d'aucuns ont perçu comme l'embryon d'une nation ou d'un peuple français conscient de son identité.
Outre la question nationale et politique, les débats historiques autour de cette bataille ont essentiellement porté sur la question de la localisation du lieu de la bataille et donc de l'oppidum d'. En dépit des sources littéraires médiévales et modernes identifiant le lieu, et en dépit des nombreux vestiges archéologiques du siège à Alise-Sainte-Reine en Bourgogne, issus de fouilles effectuées sous le Second Empire et tout au long du , de nombreux « sites alternatifs » furent régulièrement proposés comme des candidats plus ou moins fantaisistes, pour la plupart situés dans le Jura.
Si de nombreuses identifications concurrentes ont été proposées à la suite des explorations napoléoniennes du site, les fouilles archéologiques franco-allemandes menées entre 1991 et 1997 ont porté à la lumière et à la connaissance de la communauté des chercheurs suffisamment d'indices pour confirmer l'identification d'Alésia avec le site d'Alise-Sainte-Reine, soit par la reprise systématique des pistes ouvertes au , soit grâce à la découverte d'éléments inédits et probants. Les photos aériennes récentes, réalisées par René Goguey, ont notamment permis de localiser précisément les fossés et fortifications identiques à ceux que décrit César, grâce au principe d'indice phytographique exploité par l'archéologie aérienne depuis plus d'un demi-siècle pour identifier les vestiges archéologiques enfouis sous les cultures. Les débats historiques sont aujourd'hui clos puisque la communauté scientifique, internationale et française, dans son immense majorité, s'accorde pour dire que les éléments mobiliers et stratigraphiques issus du site archéologique d'Alésia à Alise-Sainte-Reine, dans le département de la Côte-d'Or en Bourgogne, correspondent au siège de César et forment un dossier documentaire exemplaire et unique en son genre à l'échelle de l'archéologie antique.
Cependant, la polémique survit actuellement en France par quelques échos médiatiques périodiquement relancés par des non-professionnels de l'archéologie, ..
Les raisons d'un débat Phénomène exclusivement français, les raisons qui ont conduit à la prolifération de différentes « Alésia » sont multiples.
S’il n’est pas un seul colloque, un seul ouvrage d’archéologie militaire romaine qui ait remis en cause la localisation Alésia/Alise-Sainte-Reine, la question est tout autre en France où l’enjeu dépasse, souvent, le domaine de la recherche archéologique en raison de la dimension symbolique que revêtent Alésia et Vercingétorix. L’origine de la querelle a précédé de quelques années l’entreprise des fouilles de .. Mais le débat a été perturbé par le caractère officiel de cette démarche organisée par celui qui était resté au pouvoir grâce à un coup d’État ; la passion fut d’autant plus vive qu'au même moment, son ouvrage Histoire de Jules César allait établir la vérité officielle, fatalement entachée de suspicion et truquée : et sont ainsi des reproches couramment faits à l'encontre des fouilles d'Alise Sainte Reine, malgré les résultats incontestables vérifiés dans les années 1990.
Le principal reproche formulé par les détracteurs de la localisation à Alise-Sainte-Reine est l'inadéquation réelle ou supposée du site avec le texte césarien qui est, lui, considéré comme parfaitement véridique (chose fort peu crédible puisqu'il s'agissait d'un ouvrage de propagande utilisé par César lui-même). Sur la base de cette constatation, le site d'Alaise est alors proposé le lors d'une communication de l'architecte Alphonse Delacroix à la société d'Émulation du Doubs qu'il a fondée, entraînant une vive polémique entre Francs-Comtois et BourguignonsJ. Le Gall, La bataille d'Alésia, Publications de la Sorbonne, Paris, 2000, 19.. D’autres « Alésia » vont émerger par la suite, parmi lesquelles se sont surtout illustrées : Salins (Jura, 1952) ; Syam-Chaux-des-Crotenay (Jura, 1962). Ces Alésia franc-comtoises ont pour origine les textes de Plutarque et Dion Cassius , qui situent tous les deux Alésia en pays séquane. Le seul texte de Jules César (B.G, VII, 66,2.), trop vague . ., J.-L. Voisin, Alésia - Un village, une bataille, un site, Éditions de Bourgogne, 2012. 49.« Ce membre de phrase du bellum gallicum a été souvent disséqué et utilisé pour prouver qu'Alésia se trouvait à l'est ou à l'ouest de Langres, en Côte d'Or ou dans le Jura. On voit qu'il ne permet pas de trancher » Y. Le Bohec, Alésia -52 avant J.-C., Taillandier, 2012, 75-76., ne permet aucune certitude sur l'emplacement où a eu lieu l'embuscade de Vercingétorix. S'appuyant ainsi sur de simples considérations philologiques, .
Ces controverses archéologiques françaises ont été parodiées dans Le Bouclier arverne, album de la bande dessinée Astérix.. Symbole de la victoire romaine et de la reddition gauloise, Alésia constitue un sujet tabou aux yeux du chef Abraracourcix, qui répond furieusement à une innocente interrogation touristique formulée par Astérix : ... En refoulant patriotiquement , le chef gaulois fait pendant de manière humoristique au , observe le critique Nicolas Rouvière..
Une localisation sans grand débat du Haut Moyen Âge au vignette|redresse|Carte établie en 1755 par Jean-Baptiste Bourguignon d'Anville. Avant le la localisation d'Alésia ne soulève pas de grand débat, et contrairement à ce qui est souvent affirmé par les promoteurs d'autres sites, Napoléon III n'a pas inventé la localisation d'Alésia à Alise-Sainte-Reine. En fait, l'identification du mont Auxois comme lieu du siège d'Alésia est courante et admise depuis le Haut Moyen Âge.
L'identification d'Alise-Sainte-Reine à Alésia (voir site archéologique d'Alésia) apparaît pour la première fois au . Vers 865, le moine Héri de Saint-Germain d'Auxerre, dans son récit du transfert des reliques de sainte Reine d'Alise jusqu'à Flavigny, fait explicitement le lien entre Alise et le siège mené par CésarHeric d'Auxerre, Translation et Miracles de Ste Reine: "Tu quoque Caesareîs fatalis Alesia castris". La figure de sainte Reine témoignerait d'une tradition hagiographique attestée depuis le , à l'époque où le territoire était un Pagus Alisiensis ; à la même époque, Saint-Germain fait d'ailleurs un court séjour à Alise / Alésia pour y voir les reliques de sainte Reine disposées dans une basilique ; Héri était un des élèves de Loup de Ferrières, abbé érudit qui, curieux de manuscrits, avait redécouvert une copie de la Guerre des Gaules de César. Son poème entérinera l'assimilation de l'oppidum d'Alise-Sainte-Reine avec le lieu où se déroula la bataille d'Alésia ; à partir de cette époque la tradition ne variera pas. Cette localisation entraînera le lancement des recherches au . Au , le Florentin Giovanni Villani, dans sa chronique du siège de Montecatini, évoque à son tour les . Dès les premières éditions du texte de César, au , on ajoute à l’œuvre des cartes de la Gaule. Sur l'essentiel d'entre elles, le territoire des Mandubiens est figuré comme étant celui de l'Auxois, aux confins du territoire des Lingons et des Éduens. Les rares exceptions de l'époque sont régulièrement fantaisistes, comme la carte de Jean-Pierre des Ours de Mandajors, situant Alésia à Alès en Languedoc..
La localisation à Alise est celle généralement retenue par ceux que l'on appelle les antiquaires comme Jean-Baptiste Bourguignon d'Anville qui donna en 1755 une carte tirée d'un relevé précis du site.
En 1784, Pierre Laureau, écuyer du comte d'Artois, effectue des fouilles sur le mont Auxois, qui permettent de mettre au jour des monnaies et des inscriptions. La découverte à Alise, en 1839, de l'inscription mentionnant ALISIIA (CIL XIII, 2880) appelée Pierre de Martialis dans la littérature archéologique, ajouta un élément important pour l'identification du site : (). De l’inscription, il dit qu’ ()., et malgré les débats linguistiques sur le radical celtique alis-, il est un élément déterminant de la localisation.
Les débats du L'hypothèse d'Alaise (1855) À partir du milieu du , plusieurs scientifiques contestent la localisation du site à Alise et mettent en avant le village d'Alaise, dans le Doubs, à une vingtaine de kilomètres au sud de Besançon. Les principaux soutiens à la thèse d'Alaise ne viennent pas de la région jurassienne, mais de savants très sceptiques sur le site bourguignon, qui serait incompatible avec le texte de César.
La première déclaration en faveur d'Alaise est faite par l'architecte Alphonse Delacroix qui présente le un mémoire historique à une société savante du Doubs. Il s'appuie principalement sur les textes anciens pour estimer que le site ne peut être Alise. Son choix d'Alaise est dicté par le rejet d'Alise et par une ressemblance phonétique entre les deux toponymes. D'autres facteurs, moins importants, sont parfois cités : l'existence d'un lieu-dit Champ de guerre et une tradition locale voulant qu'Alaise ait été autrefois une ville – devenue un mystère pour les habitants A. Delacroix, « Découverte d'Alésia », Mémoire de la société d'émulation du Doubs, 1855, (reproduit dans )..
Il y a aussi la découverte de tumuli avec des armes, comme on en trouve beaucoup sur le territoire, vaguement interprétées comme appartenant à la période de la guerre des Gaules, à une époque où l'exploration archéologique est encore balbutiante : l'absence d'études typo-chronologiques et stratigraphiques empêche de dater ces armes. La datation gauloise de ce tumulus se révélera erronée et anachronique, même si elle était alors soutenue par les érudits locaux et les sociétés savantes régionales.
D'autres savants extérieurs à la région du Jura appuient l'hypothèse d'Alaise. Ernest Desjardins, par exemple, spécialiste de la géographie antique. Jules Quicherat, historien et archéologue reconnu de l'époque, prend lui aussi position contre Alise, en 1857. : parmi ses arguments, l'expression de César, , qui voudrait dire et non . Quicherat est un savant, jamais engagé en politique. Au moment où il rédige son mémoire L'Alesia de César rendue à la Franche-Comté, sa démarche scientifique l'amène à prendre parti pour une localisation franc-comtoise, région où il n'a encore jamais mis les pieds, sans privilégier un site en particulier. Ce n'est que plus tard qu'il défend la localisation séquane la plus crédible à l'époque : Alaise.