thumb|Le chien, première espèce animale domestiquée par l'homme. thumb|Cavaliers préhistoriques. thumb|Carpes koï de bassin ; variété ornementale de la carpe commune.
La domestication d'une espèce, animale ou végétale, est l'acquisition, la perte ou le développement de caractères morphologiques, physiologiques ou comportementaux nouveaux et héréditaires, résultant d’une interaction prolongée, d'un contrôle voire d'une sélection délibérée de la part des communautés humaines. Elle se traduit par une modification plus ou moins profonde du patrimoine génétique de l'espèce, voire la formation d'une espèce génétiquement disjointe (non interféconde avec l'espèce originelle). D'un point de vue biologique l'ensemble de ces modifications compose la biodiversité domestique, soit l'ensemble des espèces et des sous-espèces (races, variétés) domestiquées par l'homme et ayant été soumises à sa sélection. Les modifications vont de l’isolement de populations (simple isolat de génotypes sauvages reproduits) au changement du génome et jusqu’à la création d’espèces nouvelles. On parle d'espèces domestiquées, de plantes ou d'animaux domestiqués.
La domestication est une activité humaine très ancienne, elle précède la sédentarisation et l’agriculture (domestication du chien ou du figuier par les chasseurs paléolithiques). Le terme « domestication » est utilisé par extension aux techniques et aux objets mis au service des besoins humains (domestication d'un fleuve, d'une énergie). La notion de besoin humain s'entend extensivement à toutes les activités humaines, utilitaires ou culturelles, et la domestication porte sur toutes les classes du vivant. Son étude relève de sciences multiples, sachant que la génétique permet depuis le de mieux connaître ses étapes et ses processus.
Par extension, on parle de virus domestiqués pour d'anciens virus intégrés au génome d'un organisme, qui ont perdu leur pouvoir infectieux mais dont l'expression de certains gènes est utile à l'organisme.
On parle aussi de domestication pour des choses, telles la « domestication secondaire » ou « domestication des produits » (élevage d'animaux en vue d'usages autres que la production de viande : lait, laine, exploitation de leur énergie par la traction et le portage, bât et monte), ou la domestication de paysages, pour exprimer les modifications que les humains leur apportent pour qu'elles correspondent à leurs conceptions utilitaires, morales et philosophiques.
Le processus de domestication
Dates et lieux de domestication Se reporter au tableau des dates et foyers par espèce, plus bas.
Les domestications s'étalent du néolithique à nos jours, à l'exception de celle du chien, qui a précédé de plusieurs millénaires l'élevage d'autres espèces et la sédentarisation. Notre époque, à partir du , est par contre riche en nouvelles espèces élevées, et on peut parler pour plusieurs d'entre elles de domestication.
thumb|left|Le mouton, une des premières espèces domestiquées en tant que bétail.
Les dates et foyers des domestications anciennes ont été estimés par des méthodes essentiellement archéologiques ; il s'agit plus spécialement d'archéozoologie. Ces méthodes consistent à fouiller ou exploiter les résultats de fouilles de sites d'occupation humaine préhistorique. Les restes animaux sont datés selon les méthodes archéologiques : on détermine l'espèce à laquelle ils appartiennent, on estime également l'âge auquel ils sont morts, voire le type d'animaux (d'une forme éventuellement domestique) qu'ils représentent, et on s'appuie sur d'autres indices comme les traces observables d'abattage ou de découpe. L'enjeu est de déterminer si on est en présence d'animaux sauvages ou d'élevage, et plus globalement la nature de leurs relations avec les humains. Ainsi le squelette d'un chat retrouvé auprès d'un tombeau humain indique qu'il s'agissait probablement d'un animal de compagnie. Une certaine homogénéité d'âge des animaux dont on retrouve les restes indique qu'il s'agissait d'un élevage, où l'on abattait les animaux à l'âge optimal.
Les nouvelles techniques et en particulier l'étude du génome mitochondrial, permettent de réestimer les dates de domestication de même que l'arbre généalogique des espèces domestiques actuelles ; ces connaissances sont donc toujours en évolution. La lignée du chien en particulier se serait séparée de celle du loup il y a entre et Vilà, C. (1997). « Multiple and ancient origins of the domestic dog », Science 276:1687–1689.. Il est possible que l'ancêtre du chien se soit à cette époque rapproché et associé aux groupes humains qu'il suivait, pour les restes qu'il pouvait obtenir, en ayant un rôle d'alerte voire d'auxiliaire de chasse. La date de domestication issue des sources archéologiques correspondrait alors à une relation devenue plus étroite et à un contrôle plus fort de l'hommeVoir article détaillé Domestication du chien..
thumb|right|Groupe de bovins, en Égypte antique, vers 1400 av. J.-C.
Le processus de domestication et la diffusion des espèces et techniques d'élevage s'étalent sur des périodes longues et loin d'être parfaitement déterminées. On admet pour plusieurs espèces le principe de plusieurs foyers de domestication distincts. Cela n'exclut pas les croisements qui ont suivi et il semble vain de déterminer un ancêtre sauvage pour chaque race d'une espèce domestique.
Après celle du chien, le premier foyer de domestication fut le Moyen-Orient, en particulier sa partie qu'on appelle le Croissant fertile. On remarque ensuite l'Asie de l'Est, le bassin méditerranéen et l'Amérique du Sud. Certaines régions du monde n'ont connu aucune domestication d'espèces locales sinon de très récentes comme l'Australie ou l'Afrique australe.
Le nombre d'espèces domestiques disponibles s'est brusquement accru au de part et d'autre de l'Atlantique, avec ce qu'on nomme l'échange colombien. Le continent américain abritait alors cinq espèces animales domestiquées, dont seul le chien était connu dans l'Ancien Monde. Les chevaux et bœufs par exemple y sont alors apparus tandis qu'un grand nombre de plantes domestiques américaines, nouvelles en Europe, en Asie et en Afrique y ont été adoptées.
Scénarios de domestication thumb|left|Bouc, figurine en bronze de l'Attique en Grèce, probablement fabriqué au Plusieurs scénarios ont été proposés comme ayant mené à la domestication des espèces animales. La tradition d'adoption de bébés animaux, voire leur allaitement au sein est souvent donnée pour origine de la domestication, étant donné que le phénomène d'empreinte psychologique facilite la familiarisation des animaux avec les humains. Pourtant, le processus de domestication implique l'élevage de lignées d'animaux sur de nombreuses générations, ce qui n'est pas le cas si le recrutement se fait en permanence par prélèvement d'animaux sauvages. Par ailleurs cette pratique, toujours observée actuellement, est caractéristique des peuples de chasseurs-cueilleurs qui, précisément, n'ont pas d'animaux domestiques. Ces apprivoisements seraient donc intégrés à une culture basée sur la chasse et non l'élevage, et il y aurait une opposition entre sociétés « apprivoisatrices » et « domesticatrices »J. F. Downs, Domestication : an examination of the Changing Social Relationship Between Man and Animals, 1960, cité par Jean-Pierre Digard.Philippe Descola, Pourquoi les Indiens d'Amazonie n'ont-ils pas domestiqué le Pécari ? in De la préhistoire aux missiles balistiques B. Latour & P. Lemonnier (dir), Paris, 1994, La Découverte : 329-344. Ce schéma ne paraît donc pas pouvoir être retenu directement comme moyen de domestication. Pourtant si le facteur culturel est sans doute essentiel pour expliquer la domestication voire la non-domestication d'une espèce, le système économique et culturel d'une société n'est pas figé. La plupart des sociétés fondées sur la chasse élèvent des chiens, pour lesquels ce schéma a pu être un élément important de la domesticationJean-Pierre Digard, L'homme et les animaux domestiques : Anthropologie d'une passion, 1990, voir Bibliographie..
Il est possible que la domestication soit passée par une phase de mutualisme entre ces animaux et l'homme, c'est-à-dire un rapprochement et une aide dans l'intérêt mutuel. En effet, cette relation s'observe toujours chez le chien paria, et on présume qu'elle a été une étape de la domestication du porc.
Plusieurs espèces étaient les objets d'une tradition de chasse qui a évolué vers un contrôle des populations, et une gestion de population sauvage devenue raisonnée. Cette chasse a pu devenir sélective, visant par exemple les animaux les plus âgés et les mâles en surnombre, et conduire à un mode d'élevage extensif, puis intensifié. Tous ces stades sont actuellement pratiqués dans le cas du renne, dans des régions différentes. Ce processus semble avoir concerné plusieurs espèces, dont les chèvres et moutons, ainsi que les petits camélidés (lamas).
Enfin l'élevage a pu simplement commencer avec des animaux capturés puis élevés en stricte captivité. C'est le cas de la plupart des domestications récentes ou contemporaines. C'est dans cette situation que le contrôle et la sélection peuvent être les plus forts, permettant une transformation plus rapide des espèces élevées.
Le scénario de domestication d'une espèce peut avoir correspondu à l'un de ces schémas ou en avoir été une combinaison simultanée ou successive. Dans le cas du lapin, les étapes de la domestication à partir de la simple chasse ont été l'établissement de garennes fermées au Moyen Âge, qui constituaient des sortes de réserves de chasse. Dans certaines de ces garennes a été pratiquée une sélection, permise par la capture des animaux vivants grâce aux furets. Cette sélection a abouti à l'apparition des premières variétés de lapin au cours du , qui se distinguaient par leur coloris et leur tailleDirk VAN DAMME et Anton ERVYNCK, Furets et lapins médiévaux au château de Laarne (Flandres orientales, Belgique). Contribution à l’histoire d’un prédateur et de sa proie, Université de Liège, 1991, . cité ici.. L'élevage a ensuite été intensifié et la forte sélection a abouti à une grande variabilité des races domestiques. Le comportement du lapin d'élevage a probablement évolué conjointement, du fait d'une sélection d'animaux moins farouches, celle-ci ayant pu être aussi bien intentionnelle qu'indirecte : les animaux plus difficiles à recapturer ne pouvant pas être donnés à de nouveaux éleveurs.
Les pratiques d'élevage et de sélection qu'on peut observer sur la période historique peuvent donner une idée de celles qui ont produit la domestication. Celles-là sont très variées, ainsi que les connaissances et représentations qu'ont les éleveurs de l'hérédité et de l'influence qu'ils peuvent avoir sur une population animale. Certains d'entre eux opèrent une sélection méthodique au sein d'un cheptel, d'autres ne conçoivent pas l'influence que peut avoir le choix des reproducteurs sur leurs produits, au sein d'une espèce ou variété. Ces éleveurs peuvent croire pourtant à l'intérêt d'acquérir une nouvelle lignée ou d'opérer des croisements avec des animaux de souches différentes de la leur et participer ainsi à leur diffusion.