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La présence juive en Alsace est attestée depuis le . Hors du royaume de France, les Juifs alsaciens n’ont pas été expulsés de leur région de résidence, mais ils sont persécutés lors de l’épidémie de peste noire du et expulsés des villes.

Le judaïsme alsacien prend alors un caractère rural très original en Europe occidentale. Il en reste aujourd’hui de nombreuses synagogues, souvent désaffectées, car à partir du , les Juifs alsaciens ont regagné les grandes villes alsaciennes, ou sont allés jusqu'à Paris. Cette communauté d'une importance historique majeure au sein du judaïsme français fut très affectée par la Shoah. Elle est aujourd'hui largement surpassée en nombre par les Juifs venus d’Afrique du Nord, pendant les années 1950 et 1960.

Origine thumb|170px|La Synagogue aveuglée, portant une lance et les Tables de la Loi brisées. Cathédrale de Strasbourg, .|alt=

La première communauté alsacienne pourrait s'être constituée vers l’an mille. Une pierre votive évoquant un don à la synagogue, et datant de la même époque, a été retrouvée près de la rue des Juifs à Strasbourg, . Épargnés par les hordes qui massacrèrent, en 1096, les Juifs de Worms, de Mayence ou de Spire, les Juifs d'Alsace se constituent en communautés « protégées » par l’Empereur, l’évêque du lieu ou les municipalités. Toutefois, pour Freddy Raphaël, la présence juive n'est attestée qu'à partir du ..

Au cours du , Benjamin de Tudèle signale de nombreux savants, à Strasbourg, où il mentionne plusieurs Israélites « sages et riches ».

À partir de la Deuxième Croisade, les documents historiques mentionnent les Juifs d’Alsace. À Guebwiller, 1270, les Juifs renoncent « à entreprendre une action en justice pour les dommages que leur avaient causés l'abbé Berthold de Steinbrunn et ses prédécesseurs » ; cette mention permet de croire que des Juifs y résidaient bien avant cette dateFreddy Raphaël, « Présence du Juif dans la statuaire romane en Alsace », Revue des Sciences sociales de la France de l'Est, , Strasbourg, 1973, p. 54-73, lire en ligne.. Le est marqué par de nombreuses brimades et discriminations, depuis Wissembourg jusqu’à Rouffach.

Représentation dans la statuaire médiévale gauche|vignette|Marmouset à la bourse dit « le Juif », Guebwiller.Dès avant l'imposition aux Juifs d'un signe distinctif (rouelle, chapeau pointu) par le concile de Latran au et son écho dans l'art, l'Alsace est précurseure pour figurer les juifs avec des traits particuliers dès le , tels une barbe, des papillotes ou un judenhatComme dans l'« Hortus Deliciarum », encyclopédie chrétienne (1159-1175) d'Herrade de Landsberg, voir F. Raphaël, op. cit. et un peu plus tard avec une bourse, ou sous la symbolique d'un bestiaire. L'art roman alsacien désigne le Juif de façon dévalorisante à ses contemporains à travers sa figure notamment visible dans les églises Saint-Léger de Guebwiller et de Sigolsheim et dans la cathédrale Notre-Dame de Strasbourg : Les quatre marmousets (motifs ornementaux) de l'église Saint-Léger de Guebwiller : un vieillard caressant sa barbeOn retrouve ce motif d'homme caressant sa barbe au pied de la tour octogonale de l'église Saints-Pierre-et-Paul de Rosheim et à la façade de l'église de Marmoutier. Voir F. Raphaël, op. cit., un personnage retenant la cordelière de son manteau, un homme à barbe courte tenant un gobeletOn retrouve ce motif d'homme portant un gobelet à Rosheim et au chœur de l'abbatiale de Faurndau en Souabe. Voir F. Raphaël, op. cit., un homme imberbe aux yeux exorbités tenant une bourseOn retrouve le motif de la bourse sur « une gargouille de l'église paroissiale de Rouffach, ou des gravures sur bois, comme la caricature qui représente le rabbin et avocat Josselman de Rosheim au pied du veau d'or ». Voir F. Raphaël, op. cit., exécutés entre 1182 et 1200, se tiennent sur le toit de l'église et peuvent figurer quatre aspects du vice et du Juif. Ils sont représentés assis ou accroupis, qui est souvent la position du vice dans la symbolique romane — l'axe vertical étant celle du dépassement. Le marmouset à la bourse possède le visage rusé d'un usurier se réjouissant de son gain et est désigné dans la tradition locale comme « le Juif » — la bourse étant un attribut caractéristique symbolisant l'usure, l'avarice et les Juifs déjà dans leur représentation ante-romaneVoir la grosse bourse accrochée à la ceinture du Judas mercator, homme barbu dans l'encyclopédie Hortus Deliciarum ( s.), au-dessus duquel l'inscription latine dit : « Judas, marchand de la pire espèce, signifie les usuriers que le Seigneur repousse, parce qu'ils mettent leur espérance dans les richesses et veulent que la monnaie soit victorieuse, qu'elle règne, qu'elle commande » (trad. A. Straub et G. Keller). Bourse que l'on retrouve dans la représentation de l'Avarice de la Psychomachie (œuvre poétique du s.) qui porte sept bourses pleines d'or à la ceinture.. gauche|vignette|Chapiteau du « Juif à la chauve-souris », Musée de l'œuvre Notre-Dame de Strasbourg. Le « Mauvais Riche » de la Cathédrale de Strasbourg : c'est une parabole sous forme de figure qui se détache de la corniche d'une tour et qui montre un démon à la tête monstrueuse et aux pieds palmés, traînant à l'aide d'une corde un personnage nu, portant barbe et chapeau pointu : c'est le Juif, attaché par une jambe, la tête en bas. Le second démon lui décharge dans la bouche ses excréments. Cette image autrement infamante de la Judensau, la « truie juive »« Habituellement » dans la truie des Juifs, on fait manger aux Juifs les excréments d'une truie ; ici, il s'agit de ceux d'un démon de l'enfer., est la figuration d'un comportement soi-disant typique des Juifs et celle d'un supplice de l'enfer mentionné par des mystiques du Moyen Âge. Le traitement en enfer réservé au Juif est certes une promesse que rappelle cette corniche mais aussi un modèle à suivre pour le Chrétien vis-à-vis de son voisin juif.

gauche|vignette|Chapiteau des Juifs aux chauves-souris, Sigolsheim, s.* Le « Juif à la chauve-souris » de l'église de Sigolsheim : sur un chapiteau cubique de 1190, apparaissent quatre têtes d'hommes barbus, aux longues oreilles pointues, coiffées du chapeau juif. Les rinceaux à feuillage entrelacé partent du masque d'un animal au bec acéré, aux oreilles pointues et aux larges yeux, est reproduit aux quatre angles du chapiteau. Ces feuillages entrelacés dessinent des ailes à nervures, que surmonte sur chaque face une tête d'animal identique à celles qui se trouvent aux angles, qui peut être reconnu comme une chouette (bec recourbé, larges yeux), un hibou (oreilles pointues) ou une chauve-souris (ailes membraneuses). Ces caractères hétérogènes laissent penser à un animal hybride, dans la tradition du croisement propre à l'art roman, mais qui s'apparente incontestablement aux oiseaux de nuit pré-cités« Les différentes versions du Bestiaire de Philippe de Thaun et de Guillaume le Normand traduisent « nycticorax » soit par le mot « fresaie », qui est encore dans quelques provinces le synonyme d'effraie et qui évoque la chouette ou le hibou, soit par le mot « cauve sorris ». », Freddy Raphaël, op. cit., p. 69.Voir la traduction médiévale d'Isaïe 13,22 où il était dit, à propos de Babylone : « Les hiboux hurleront à l'envi, dans ses maisons superbes… ». Le plus souvent, le hibou, la chouette et la chauve-souris qui ne volent que la nuit, symbolisent — selon les Chrétiens — le peuple juif qui préfère les ténèbres du judaïsmeCf. la Synagogue vaincue par son propre aveuglement sur la cathédrale de Strasbourg. à la lumière du christianisme. « Quant à la chauve-souris, elle passe pour un animal diabolique qui cherche à s'accrocher dans les cheveux et qui, comme le vampire, suce le sang des enfants endormis. C'est l'une des incarnations du démon, et Satan lui-même est représenté avec des ailes de chauve-souris. Cet animal hybride, à la fois oiseau et rat, symbolise la duplicité du Juif, son hypocrisie foncière ». Comme la consommation de ces trois animaux est prohibée par la Bible, leur identification avec les Juifs soulignerait l'impureté essentielle de ces derniers à travers cette symbolique à la fois de la perfidie et de la cécité, si bien qu'ils deviennent un objet de mépris et de dérision pour les Chrétiens.

Ainsi, l'Église, en Alsace, donne une image dévalorisante des Juifs (ce qui n'est le cas dans l'Église dans les États pontificaux, par exemple)Eugène Viollet-le-Duc, Dictionnaire raisonné de l’architecture française du , Tome 5, Lire en ligne - Église personnifiée, Synagogue personnifiée. à travers l'art roman, qui souligne la cohérence et la permanence d'une tradition théologique et d'une vision populaire fantastique, dans l'irrationnel médiéval, où sous son aspect humain, le Juif cacherait son inquiétante bestialité.

En témoigne aussi la statue de la cathédrale de Strasbourg représentant la Synagogue aux yeux bandés et à la lance brisée, qui frappe et instruit les esprits. Des statues identiques existent en Allemagne comme en France à la même époque, qui sont chacune un enseignement à la fois religieux, historique, doctrinal et moral pour ceux qui ne savent pas lire. Toutes ces représentations architecturales ont permis une vision du Juif qui s'est profondément enracinée dans l'imaginaire de l'Occident.

Persécutions en Alsace : le massacre de la Saint-Valentin thumb||alt=De 1336 à 1339, un mouvement insurrectionnel de paysans pauvres, les Judenschläger ou « ceux qui frappent les Juifs », mené par un aubergiste surnommé Armleder, fait régner la terreur en Alsace et menace les Juifs qui, à Colmar en 1337, ne doivent leur salut qu'à la protection des autorités impériales et épiscopales..

Mais l’époque la plus terrible est celle de la peste noire qui sévit en Europe de 1347 à 1349. En Alsace et ailleurs, les Juifs sont accusés d'avoir empoisonné les puits. Si dans le Comtat-Venaissin, le pape protège les JuifsHistoire des Juifs en France, Privat, Éditeur, Toulouse, 1972 (référencé comme HJF plus loin dans cet article), première partie, chapitre 2, les autorités ne pourront rien faire à Strasbourg, d'autant plus que les représentants des villes impériales réunis à Benfeld avaient décidé d'anéantir (« abzuschaffen »)HJF, première partie, deuxième chapitre, page 21 les Juifs. Malgré l'opposition de l'Ammeister (c'est-à-dire du chef des corporations) Pierre Schwarber qui y perdra sa charge, sa fortune et son droit de résidence, la populace menée par les corporations d'artisans prend le pouvoir dans la ville et le , jour de la Saint-Valentin se livre à la chasse aux Juifs. Ceux qui échappent aux premiers massacres sont rassemblés et jetés dans un bûcher.. À la même époque, les Juifs de Colmar sont aussi brûlés vifs au lieu-dit Judenloch (la fosse aux Juifs), nom encore porté par un chemin communal de ColmarVoie communale Judenloch à Colmar.

Même si, après les émeutes, les Juifs survivants qui ont trouvé refuge dans les campagnes alentour peuvent revenir en ville, ces événements marquent la transformation du judaïsme alsacien qui devient rural pour les cinq siècles suivants.

De la peste noire à l'annexion par la France en 1648 thumb|left|220px|Bûcher après la peste noire. L’Alsace, jusqu’à l’annexion par Louis XIV est constituée de multiples seigneuries laïques ou ecclésiastiques relevant du Saint-Empire romain germanique. Les Habsbourg, l’évêché de Strasbourg, la république de Strasbourg, la Décapole et la République de Mulhouse sont les puissances temporelles les plus notables. Le sort des Juifs y dépend donc à chaque fois des autorités locales. vignette|Deux Juifs de Sélestat brûlés sur un bûcher lors du massacre de 1349.