L'ichtyofaune est la partie de la faune rassemblant les poissons. Elle est l'objet d'études par l'ichtyologie.
Elle concerne donc tous les milieux aquatiques.
Histoire de l'ichtyologie
Selon les données disponibles, elle pourrait avoir commencé dans l'Antiquité, avec Aristote (343-340 av. J.-C.).
Il faut ensuite attendre plus de (début du ) pour que commence un inventaire plus scientifiques des poissons européens, avec à la même époque quatre ouvrages importants, publiées dans les années 1550 et écrites par quatre savants naturalistes : Ippolito SalvianiIppolito Salviani (1554), Aquatilium animalium historiae, liber primus, cum eorundem formis, aere excusis. Rome. (1554) en Italie ; Pierre Belon (1555) et * Guillaume RondeletRondelet G., 1558. L'Histoire entière des poissons composée premièrement en latin, maintenant traduite en français avec leurs pourtraicts au naïf. Macé Bonhomme, Lyon. (1558) en France, et Conrad GessnerGessner O, 1558. Historiae animalium liber IV. De piscium et aquatilium animantium natura. Zurich. (1558) en Suisse.
Leurs travaux ont ensuite été précisés ou transformés par la systématique linnéenne et les sociétés savantes, au début du surtout avec Émile Blanchard Blanchard E., 1880. Les poissons des eaux douces de la France. Baillière, Paris, 650 p.Bauchot M. L., 1986. Histoire des classifications des poissons. Océanis, 12 (3), 111-121.Vasilu G. D. & Manea G. I., 1987. Istoria ihtiologiei romanesti. Bul. Cercet pisc, sup. l, 332 p., après l'inventaire ichtyologique de la faune de France métropolitaine étant quasi terminé au début du , mais pouvant être remis en question aux niveaux populationnels par les données génétiques ou historiques sur les introductions, réintroductions, transferts, etc. Les contributions naturalistes diminuent ensuite au profit de l'ichtyologie commerciale (salmoniculture et aquaculture d'étang surtout). La dernière faune ichtyologique française<ref>Spillmann Charles Jacques, 1961. Poissons d'eau douce ; vol. 65 de la Collection Faune de France (réimpression 1989). Lechevalier, Paris, 303 p.</ref> date de 1961, publiée par Spillmann, alors que l'on commence à peine à préciser en outre-mer le riche patrimoine ichtyologique (de Guyane et de Nouvelle-Calédonie notamment).
Les progrès de la génétique et de la bioinformatique (, 1988), combinés aux inquiétudes suscitées par l'effondrement récent de certaines populations de poissons réputés parmi les plus rustiques et communs (anguille européenne par exemple), ainsi que les objectifs de « bon état écologique » des masses d'eau pour 2015 (Directive cadre sur l'eau de 2000 en Europe) ont relancé l'intérêt pour les inventaires ichtyologiques et l'étude plus fine des niches écologiques, structures taxonomiques, réseaux trophiques, parasitoses, pollutions génétiques.
Après la thèse de Verneaux (1973) en 1981, le Conseil français supérieur de la pêche (CSP devenu depuis ONEMA) et le CEMAGREF ont testé un protocole de recueil standardisé de données, qui a aidé à l'émergence (en 1991 avec l'appui du Muséum national d'histoire naturelle français) d'un Atlas préliminaire des poissons d'eau douce de France (Allardi et Keith, 1991). Avec les bases de données des (devenues ) françaises et des Agences de l'eau, le réseau hydrobiologique et piscicole (RHP) du CSP doit permettre une réactualisation d'un Atlas et d'une Faune de France.Dans ce contexte de nouvelles questions sont posées par de nouveaux polluants tels que le nanoargent,les catalyseurs du groupe du platine perdus par les pots d'échappement catalytiques, les pesticides, les perturbateurs endocriniens, les munitions immergées (dont armes chimiques), les déchets en mer ou en rivière non biodégradable, ou encore par les introductions sauvages ou accidentelles de nouvelles espèces dont certaines ont connu une croissance spectaculaire, avec de probables impacts importants sur les réseaux trophiques ; les espèces introduites ou invasives les plus connues et spectaculaires sont en France : le silure glabre (Silurus glanis) dont on trouve maintenant des exemplaires atteignant 2 m et dépassant 50 kgLa Voix du Nord (2010), Le Monstre du loch héron dont les plus grands spécimens atteindraient environ 2m et pèseraient plus de 50 kg Pseudorasbora parva le carassin doré (Carassius auratus) l'épyrine lippue, Pachychilon pictum (Tales et al.) Leur caractère d'espèce dite nuisible ou invasive est plus ou moins nuancé dans le discours des acteurs, notamment selon l'intérêt halieutique que leur accordent les pêcheurs, d'autant que la connaissance du patrimoine ichtyologique français et européen est encore très lacunaire.
Histoire ichtyologique (histoire des peuplements piscicoles)
Persat et Keith H. Persat et P. Keith ; La répartition géographique des poissons d'eau douce en France : qui est autochtone et qui ne l'est pas ? ; Bull. Fr. Pêche Piscic. N° 344-345, 1997, Les introductions d'espèces dans les milieux aquatiques continentaux en métropole. Bull. Fr. Pêche Piscic. (1997), DOI : 10.1051/kmae:1997007. et d'autres distinguent plusieurs grandes périodes récentes : Temps paléogéographiques continentaux et paléobiogéographique de l'ère tertiaire (- 60 à - 2 millions d'années) ; Ils nous sont mal connus en raison d'une mauvaise fossilisation des poissons d'eau douce et en particulier des espèces vivant dans les eaux courantes (ainsi la Tanche est le mieux connue pour cette période en EuropeObrhelova N., 1970. Die Ôsteologie der Vorlâufer von Tinca tinca (Pisces) aus dem Süsswassertertiär der CSSR. Abh. Staatl. Mus. Minerl. Geol. Dresden, 16, 99-209 ]Gaudant J., 1980. Mise au point sur l'ichtyofaune miocène d'Öhningen (Baden, Allemagne). C.R. Acad. Sci. Paris, 291, 1033-1036). Cette période a connu l'ouverture d'un océan (Atlantique) détachant l'Europe de l'Amérique et éloignant par exemple les anguilles européennes des anguilles américaines, durant l'éocènePomerol C, 1973. Stratigraphie et Paléogéographie. Ère Cénozoïque (Tertiaire et Quaternaire), Doin, Paris, 269 p. tout en conservant de nettes affinités euro-américaines pour les espèces les plus nordiques. Peu à peu, avec le recul de la mer de l'Oural (deuxième moitié de l'Oligocène), certains poissons d'eau douce peuvent passer de l'Europe à l'Asie du Nord et inversement. Des poissons d'origine sibérienne (cyprinidés notamment) apparaissent alors en Europe ; à la fin du Miocène, la crise messinienne et l'assèchement de la Méditerranée (, 1982) mettent en connexion via leurs fleuves de grands cours d'eau dont en Afrique du Nord. Seuls les fossiles en assez bon état (rares et très dispersés) peuvent nous éclairer sur les populations piscicoles (ichtyocénoses) alors existantesGaudant., 1984. Nouvelles recherches sur les Cyprinidés (poissons téléostéens) oligocènes des Limagnes. Géobios, 17, 659-666, Lyon. Gaudant J., 1987. Mise au point sur l'ichtyofaune pliocène de Willershausen-am-Harz (Baden, Allemagne). C.R. Acad. Sci. Paris, 305, série II, 811-814.Obrhelova N., 1971. Vergleichende Östeologie der Gattung Leuciscus (Pisces) aus tertiären Schichten der nôrdlichen und westlichen CSSR. Paleontolog. Abhandl., 4 (A), 549-560. Obrhelova N., 1978. Die Gattung Umbra Walbaum (Pisces) im nördbôhmischen Tertiär, Entwicklungsgeschichte der Esocoidei Berg im Lichte der funktionalen Analyse. Sborn. Narodn. Muz. v. Praze, 34 (B), 119-171.. Les fossiles de grandes espèces typiques et connues comme le silure (ex. : dans la basse vallée du Rhône au Miocène) laissent penser que l'environnement était de type « potamique », comme dans l'actuel bassin du Danube, ce qui laisse supposer que les autres poissons fréquents de ce type d'environnement étaient également présents. Période du quaternaire (les 2 derniers millions d'années), jusqu'à la dernière recolonisation postglaciaire () où les données sont d'origines paléoécologiques et archéopaléontologiques (vertèbres, dents ou otolithes des poissons qui étaient pêchés ou mangés par l'Homme préhistorique) (Steinberg, 1986). Les glaciations quaternaires vident une partie des hauts de grands bassins (couverts de glace), mais les faunes préexistantes trouvent de nouveaux habitats sur le plateau continental découverts par la baisse du niveau des océans (jusqu'à ). La Manche n'existe plus et de nombreuses interconnexions inter-bassins existent (dont entre l'Europe et l'actuel Royaume-Uni par exempleWheeler A., 1977. The origin and distribution of the freshwater fishes of the British Isles. J. Biogeog., 4, 1 -24.. Durant les périodes post-glaciaires, les populations piscicoles sont à nouveau plus isolées et remontent vers le nord et en altitude à partir des zones-refuges (bassin de la mer Noire pour le Danube ; bassin du golfe du Lion pour le Rhône, bassin de la Manche/mer du Nord pour l'Europe de l'Ouest, etc.Il reste encore des choses mal comprises, comme la capacité de nombreuses espèces de poissons (après les glaciations) à recoloniser des milieux très isolés et à y persister (zones humides isolées, plateaux ou têtes de bassins brutalement séparés du bas du bassin par de hautes chutes, infranchissables dans le sens de la remontée, jusqu'aux lacs glaciaires). Les capacités de transport d'œufs ou de larves par des oiseaux, des événements très rares d'inondations catastrophiques (ruptures de lac glaciaire ou de retenue morainiques par exemple, mettant en connexion deux bassins ou plus) ou la circulation dans des rivières souterraines pourraient être en cause, mais demandent encore à être étudiés. Période dite « historique » (de l'Antiquité à nos jours) pour laquelle l'archéoichthyologie apporte de précieuses informations mais encore peu exploitées Desse G., Garnier J., 1976. Les Poissons. In « Préhistoire française », vol. 1, 437-441, CNRS, Paris.; Le Gall, 1981, 1984). Certains lieux-dits, noms de familles, textes de chroniqueurs anciens, transcriptions de chants, contes et traditions orales, ou des réminiscences linguistiquesLe Berre A., 1970. Ichthyonymie bretonne - 1 : Statistiques et systématique. Univ. Brest, 135 p. sont des indices complémentaires, mais à interpréter avec précaution ; Époque « zoologique » (du à nos jours), avec le début du creusement des canaux Europe de l'Ouest notamment, qui auront des impacts très différents des connexions permises par le recul de la mer lors des glaciations, car apparaissant brutalement, et non pas au niveau des estuaires, mais dans les grandes plaines alluviales, et en même temps qu'une vague de recalibrages de cours d'eau et de construction d'écluses et milliers de seuils, alors que les castors et leurs barrages régressent rapidement. Les documents écrits sont plus nombreux pour cette période mais peuvent comporter des erreurs et souvent des omissions (les espèces d'intérêt commercial ou halieutiques sont plus souvent décrites ou citées).