Les projets de séquençage de génome sont des projets scientifiques qui ont pour but d'obtenir les séquences complètes des génomes de différents organismes: bactéries, plantes, champignons, animaux, et humain.
Ce travail nécessite la séquence de l'ADN de chacun des chromosomes de l'espèce. Pour une bactérie, il n'y a qu'un chromosome à séquencer. Pour l'espèce humaine, qui possède 22 paires de chromosomes et 2 chromosomes sexuels (X et Y), il y a 24 chromosomes à séquencer.
Le projet génome humain est abouti depuis 2003. Assemblage génomique
L'assemblage génomique consiste à prendre un grand nombre de séquences d'ADN, qui ont été obtenues par la méthode Whole Genome Shotgun, pour les remettre ensemble et recréer le chromosome original. Dans la méthode Whole Genome Shotgun, l'ADN d'un seul organisme est fragmenté en millions de morceaux. Ceux-ci sont lus par des séquenceurs d'ADN automatiques (qui peuvent déterminer 900 bases par minute). Les quatre bases sont adénine, guanine, cytosine, et thymine, abrégées AGCT. Un logiciel d'algorithme d'assemblage génomique analyse chaque fragment et les aligne tous les uns derrière les autres, en détectant les zones de chevauchement entre les fragments. Si deux séquences se correspondent elles sont considérées comme étant identiques ce qui relie les fragments.
L'assemblage génomique peut être problématique pour les informaticiens, car les génomes contiennent des séquences qui se répètent, et ces répétitions peuvent être longues de plusieurs milliers de nucléotides (ou bases) et sur plusieurs endroits du génome. C'est surtout le cas pour les grands génomes des plantes et des animaux.
Exemples de projets
vignette|La drosophile, un des organismes supérieurs à voir son génome entier séquencé. vignette|Le poisson zèbre, un autre organisme modèle vignette|Le International Grape Genome Program a pour but la maîtrise de la qualité des vins.
De nombreux organismes sont le sujet de projet de séquençage de génome, déjà abouti ou sur le point de l'être :
Vertébrés Le crapaud xénope, Xenopus tropicalis https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/20431018 ; Le poisson Oryzias latipes ; Le poisson Takifugu rubipres.
Mammifères L'Homme, Homo sapiens; voir : Projet génome humain abouti en 2003 ; La souris, Mus musculus ; Le rat, Rattus norvegicus ; Le chimpanzé, Pan troglodytes ; Le Macaque rhésus, Macaca mulatta ; Le chien, Canis lupus familiaris; abouti en 2005 ; Le chat domestique, Felis silvestris ; L'ornithorynque Platypus, Ornithorhynchus anatinus ; La vache, Bos taurus. ; Le cheval, Equus caballus http://www.sciencedaily.com/releases/2009/11/091105143708.htm.
Autres animaux L'oursin, Arbacia punctulata ; Le ver nématode, Caenorhabditis elegans ; La drosophile, Drosophila melanogaster ; L'abeille, Apis mellifera ; Le poulet, Gallus gallus.
Algues
Champignons
Champignon de Paris, Agaricus bisporus Plusieurs armillaires, Armillaria
Plantes
L'arabette des dames, Arabidopsis thaliana, une plante modèle Le riz, Oryza sativa La mousse Physcomitrella patens, Physcomitrella patens Le blé, Triticum aestivum Le maïs, Zea mays Le peuplier, Populus trichocarpa La tomate, Solanum lycopersicum La pomme de terre, Solanum tuberosum La vigne, Vitis vinifera L.
Virus, Archées et Eubactéries La protéobactérie Haemophilus influenzae La levure de boulanger, Saccharomyces cerevisiae La bactérie intestinale Escherichia coli Le virus du SRAS La moisissure Neurospora crassa
Microbiome et métagénome
Le , les National Institutes of Health lancent, dans le cadre du NIH Roadmap for Medical Research, le « projet microbiome humain » (Human Microbiome Project). Le but de celui-ci est le séquençage, dans un délai de cinq ans, du génome d'un millier de microbiotes de l'homme et l'analyse de leurs rôles dans la santé et les maladies humainesBulletin-electronique.com.
Le est lancé le projet européen MetaHITMetaHIT seventh framework programme. Coordonné par l'INRA, il a pour but d'étudier le génome de l'ensemble des bactéries constituant la flore intestinale humaine afin de caractériser ses fonctions et ses implications sur la santéINRA Séquençage de la flore intestinale humaine : lancement du projet européen MetaHIT coordonné par l'INRA.
Notes et références
Voir aussi Articles connexes Projet international de séquençage du génome du riz
Liens externes Bulletin-electronique.com Veille technologique internationale Le blog des bactéries et de l'évolution
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