L'invasion du Timor oriental commence le lorsque les forces armées indonésiennes envahissent ce pays nouvellement indépendant en prenant le prétexte de la lutte contre le colonialisme. Le renversement de l'éphémère mais populaire gouvernement dirigé par le Front révolutionnaire pour l'indépendance du Timor oriental (Freitilin) marque le point de départ d'une occupation violente de vingt-cinq années au cours de laquelle entre et civils est-timorais trouvent la mort.
Au cours des premières années de la guerre, les militaires indonésiens font face à une forte résistance insurrectionnelle dans la région montagneuse de l'intérieur de l'île. Toutefois, à partir de 1977-1978, les militaires obtiennent de nouvelles armes plus modernes de la part des États-Unis, de l'Australie et d'autres États qui leur permettent de détruire le cadre du Freitilin. Malgré cette supériorité, les deux dernières décennies du sont le théâtre de combats continuels entre Indonésiens et Est-timorais autour du statut du Timor oriental jusqu'en 1999. À cette date, les Est-timorais votent pour l'indépendance lors d'un référendum organisé par les Nations unies.
Contexte Le Timor oriental revendique sa spécificité territoriale du fait qu'il faisait partie de l'Empire portugais alors que le reste du Timor, et l'archipel indonésien plus généralement, ont été colonisés par les Néerlandais, un accord divisant l'île entre les deux puissances européennes ayant été signé en 1915. En collaboration avec des chefs locaux, les Portugais mirent en place un système de travail forcé qui concerna l'entièreté de la population mâle en âge de travailler dès le début du . Le régime colonial fut remplacé par les Japonais durant la Seconde Guerre mondiale ; cette occupation stimula un mouvement de résistance dont la répression fit , soit 13 % de la population d'alors. À la fin de la guerre, les Portugais rétablirent leur contrôle sur la région, tandis que le reste de l'île proclamait son indépendance et son rattachement à l'Indonésie.
Le départ des Portugais et la guerre civile Selon la Constitution portugaise en vigueur avant 1974, le Timor oriental est désigné sous le nom de Timor portugais et constitue une « province d'outre-mer » à l'image de tous les territoires extra-métropolitains du Portugal (Angola, Cap-Vert, Guinée portugaise, Mozambique, Sao Tomé-et-Principe, Macao et les territoires portugais en Inde jusqu'en 1961)..
En , le Movimento das Forças Armada, une tendance de gauche au sein des forces armées portugaises, fomente un coup d'État contre le régime autoritaire de lEstado Novo à Lisbonne, la révolution des Œillets. Le nouveau régime déclare son intention de donner rapidement l'indépendance aux colonies portugaises (dont celles qui sont le théâtre de luttes de libération depuis les années 1960)..
Contrairement aux colonies africaines, le Timor oriental ne connaît pas de guerre de libération nationale. Toutefois, des partis locaux se forment rapidement. Parmi ceux-ci figurent l'Union démocratique timoraise (União Democrática Timorense, UDT) qui est le premier à être créé après la Révolution portugaise. L'UDT est à l'origine composée de hauts fonctionnaires et de propriétaires de plantations ainsi que de chefs tribaux.. Ces dirigeants ont des origines conservatrices et prônent l'allégeance au Portugal sans jamais avoir soutenu une quelconque intégration au sein de l'Indonésie. Dans le même temps, le Fretilin (le Front révolutionnaire pour un Timor oriental indépendant) est composé de fonctionnaires, d'enseignants et de membres des élites urbaines. Le Fretilin devient rapidement plus populaire que l'UDT car il met en place plusieurs programmes sociaux à destination de la population. Malgré leur opposition, les deux partis forment une coalition en avec l'autodétermination comme but commun. Cette coalition représente la presque totalité de la population éduquée et la vaste majorité des habitants. Enfin, il existe un dernier parti mineur, l'APODETI (Association démocratique populaire du Timor), qui prône l'unification avec l'Indonésie mais qui dispose d'un très faible appui populaire..
En , l'UDT est divisée par des conflits internes car la faction dirigée par Francisco Lopes da Cruz souhaite mettre fin à l'alliance avec le Fretilin. Lopes da Cruz craint que l'aile radicale du Fretilin ne désire instaurer un régime communiste au Timor. Toutefois, le Fretilin nie ces accusations et met en cause un complot indonésien pour déstabiliser le pays. Cependant, le , le Fretilin reçoit une lettre des représentants de l'UDT les informant de la rupture de la coalition.
L'UDT réalise en fait une manœuvre adroite car peu de temps plus tard, une démonstration de force est organisée dans les rues suivie de la prise de contrôle des infrastructures vitales du pays telles que les stations de radio, les systèmes de communications internationales, l'aéroport, les postes de police Au cours de la guerre civile qui s'ensuit, les dirigeants de chaque camp perdent le contrôle de leurs troupes et si les chefs de l'UDT et du Fretilin conservent leur retenue, leurs partisans orchestrent des purges sanglantes ainsi que des meurtres. Les chefs de l'UDT arrêtent plus de du Fretilin dont leur futur chef Xanana Gusmão. En outre, des membres de l'UDT tuent une douzaine de membres du Fretilin dans quatre endroits différents. Parmi ces victimes figurent un membre fondateur du Fretilin et un frère du vice-président Nicolau Lobato. Le Fretilin réplique en faisant appel aux unités militaires est-timoraises entraînées par le Portugal. En définitive, le coup de force de l'UDT provoque une guerre civile de trois semaines qui oppose aux des forces régulières dirigées par le Fretilin. À la suite de leur allégeance au Fretilin, l'organisation militaire est-timoraise est connue sous le nom de Falintil.
À la fin du mois d'août, les forces restantes de l'UDT se replient vers la frontière indonésienne. Un groupe de franchit alors la frontière et pénètre dans le Timor occidental le , suivi par plus d'un millier d'autres et laissant le contrôle du Timor oriental au Fretilin pour les trois mois suivants. Le nombre de morts lors de la guerre civile est estimé à à Dili et peut-être dans les collines. En outre, de nombreux partisans de l'UDT sont battus et emprisonnés par des membres du Fretilin.
Motivations indonésiennes Au départ, les motivations nationalistes indonésiennes étaient plus larges, et déjà, avant l'indépendance, dès les années 1930, un mouvement voulait regrouper tout le monde malais en adoptant pour les Indes néerlandaises une langue commune : le bahasa indonésia (ou indonésien). Après l'indépendance en 1949, le projet d'englober la Malaisie, Brunei, et le Timor oriental n'est pas aussi simple, mais complexe, d'autant plus que Singapour devient indépendant des Britanniques en 1965. Pourtant, ce qui restait du colonialisme néerlandais, la Nouvelle-Guinée néerlandaise, est annexée avec succès en 1963 à l'Indonésie, mais ses habitants ne sont pas issus des peuples malais, mais sont des Papous. L'idée de réunir tous les peuples malais en un seul État est progressivement abandonnée dès les années 1960, mais il prend un autre visage bien plus tard, avec l'adhésion à l'ASEAN. Il restait donc à résoudre le cas du dernier colonisateur encore en place dans la région, avec une colonie bien isolée dans l'immense archipel indonésien : le Timor oriental portugais. À l'époque, le Portugal, dans le nouveau cadre mondial, avec la décolonisation, n'avait pas de marge de manœuvre. En 1961, quand l'Inde annexa l'Inde Portugaise, l'Indonésie avait un soutien de principe pour faire partir cette dernière puissance coloniale. Les projets d'annexer le Timor Portugais remontaient donc à 1961, mais le projet fut retardé par l'annexion de la Nouvelle-Guinée néerlandaise (Irian Jaya) entre 1961 et 1963, et la répression anti-communiste de 1965, qui décima une partie des cadres de l'armée indonésienne, ainsi que les luttes de pouvoir, de la fin des années 1960, entre Soekarno, et Suharto, qui finalement, l'emporte.
Les nationalistes et les militaires purs et durs, en particulier les dirigeants de l'agence de renseignement Kopkamtib et de l'unité des opérations spéciales Opsus, ont vu dans le coup d'État portugais une occasion d’annexer le Timor orientalSchwarz (1994), .. Le major-général Ali Murtopo, chef de l’Opsus et proche conseiller du président indonésien Suharto, ainsi que son protégé le général de brigade Benny Murdani, qui dirigeaient les opérations de renseignement militaire, ont été les fers de lance du projet d'annexion.
Les facteurs politiques internes à l’Indonésie du milieu des années 1970 n’étaient cependant pas propices à de tels sentiments expansionnistes. Le scandale financier de 1974-1975 entourant la compagnie pétrolière Pertamina obligeait l'Indonésie à faire preuve de prudence pour ne pas alarmer les donateurs et les banquiers étrangers. Adam Schwarz suggère que cette crainte a dû jouer dans la réticence du président-dictateur Suharto à suivre le désir des généraux d'envahir le Timor oriental au début de l'année 1975Schwarz (1994), ..
De telles considérations ont cependant été occultées par la crainte des Indonésiens et des Occidentaux de voir la victoire de l’aile gauche du Fretilin mener à la création d’un État communiste à la frontière de l’Indonésie. Celui-ci aurait pu être utilisé comme base par des puissances hostiles à l’Indonésie et constituer une menace pour les sous-marins de l'Ouest. On craignait également que l'exemple d'un Timor oriental indépendant ne suscite des sentiments sécessionnistes dans d'autres provinces indonésiennes.
Toutes ces préoccupations ont été utilisées avec succès pour obtenir le soutien des pays occidentaux soucieux de maintenir de bonnes relations avec l'Indonésie, en particulier les États-Unis qui, à cette époque, achevaient leur douloureux retrait d'IndochineSchwarz (1994), .. Les organisations de renseignement militaire avaient initialement envisagé une annexion stratégique, sans recours militaire, avec l’intention d’utiliser l’APODETI comme vecteur d’intégration.
Mais l'« Ordre nouveau » de Suharto prépara plutôt l’invasion du Timor oriental. Il n’y avait aucune liberté d’expression dans le « nouvel ordre » et partant de là, nul besoin de consulter les Timorais de l’Est non plus..
Début septembre, pas moins de 200 soldats des forces spéciales lancèrent des incursions, remarquées par les services de renseignement américains, et suivies en octobre d’une attaque militaire conventionnelle. Le , cinq journalistes, connus comme les cinq de Balibo et travaillant pour un réseau d’informations australien, sont exécutés par les forces indonésiennes à la périphérie de la ville de Balibo..
Invasion vignette|redresse=1.5|Carte de l'invasion. Le , les forces indonésiennes ont envahi le Timor oriental. L'opération Lotus (operasi Seroja) a été la plus grande opération militaire menée par cette nationIndonesia (1977), .Budiardjo and Liong, ..
Opération Seroja L'opération Lotus (operasi Seroja) débute par des bombardements navals sur Dili, puis les troupes indonésiennes sont débarquées dans la ville en même temps que qui y arrivent par la voie des airs.. Ces derniers sont alors engagés dans un combat de près de six heures contre les hommes du Falintil. Selon Joseph Nevins, les navires de guerre indonésiens bombardent leurs propres troupes et les avions de transport larguent une partie des parachutistes à l'avant des forces du Falintil en pleine retraite, et les parachutistes indonésiens souffrent de fait de pertes importantes. Toutefois, les forces indonésiennes s'emparent rapidement de Dili en ne perdant que , contre 122 pour le Falintil.