La phylogénomiqueLe terme a été créé par Jonathan A. Eisen en 1997. désigne la rencontre de deux champs de recherche : la phylogénie et la génomiqueOverview of the First Phylogenomics Conference. Ce terme est employé dans plusieurs contextes différents mais désigne toujours une catégorie d'analyse impliquant des données génomique et de l'inférence évolutive, en particulier la reconstruction phylogénétique.
La phylogénomique sert la prédiction des fonctions de gènes basée sur leur histoire évolutive dans l'arbre phylogénétique. C'est sous cette forme que le terme a été employé pour la première foisEisen J.A, Kaiser D, Myers RL. 1997. Gastrogenomic delights: a movable feast. Nat. Med. 3(10):1076-8. Eisen J.A. 1998. Phylogenomics: improving functional predictions for uncharacterized genes by evolutionary analysis. Genome Res. 8(3):163-7. . Elle conjecture la reconstruction phylogénétique par combinaison d'un grand nombre de gènes ou de génomes completsDelsuc F, Brinkmann H, Philippe H.Phylogenomics and the reconstruction of the tree of life. Nat Rev Genet. 2005 6(5):361-75.Philippe H, Snell EA, Bapteste E, Lopez P, Holland PW, Casane D. Mol Biol Evol. 2004 Sep;21(9):1740-52. Phylogenomics of eukaryotes: impact of missing data on large alignments.Jeffroy O, Brinkmann H, Delsuc F, Philippe H. Phylogenomics: the beginning of incongruence? Trends Genet. 2006 Apr;22(4):225-31. et opère la fusion des données issues de l'analyse des génomes et de la reconstruction phylogénétiqueEisen JA, Fraser CM. Phylogenomics: intersection of evolution and genomics. Science. 2003 Jun 13;300(5626):1706-7. Eisen JA, Hanawalt PC. A phylogenomic study of DNA repair genes, proteins, and processes. Mutat Res. 1999 Dec 7;435(3):171-213. .
Notes et références
Catégorie:Phylogénétique Catégorie:Génomique