Le Japon est un archipel situé au large de la côte de l'Asie (Asie de l'Est), bordé par la mer du Japon au nord-ouest, par l'océan Pacifique au sud-est et par la mer des Philippines au sud. Les principales îles sont, en partant du nord : Hokkaidō, Honshū (l'île principale), Shikoku et Kyūshū, prolongée au sud par les îles Ryūkyū dont fait partie l'île d'Okinawa. Plusieurs litiges frontaliers perdurent avec la Russie, la Corée du Sud et la Chine.
C'est un archipel volcanique et fortement montagneux, ce qui a pour conséquence une répartition inégale de la population sur le territoire, principalement regroupée le long de la mégalopole japonaise. La deuxième conséquence notable est la forte activité sismique, ces îles étant également touchées par les tsunamis.
Dans la moitié nord, le climat est continental acadien, et subtropical humide au sud, bien que l'on note de fortes différences selon la côte et le relief. Ces différences de climats et de reliefs ont permis le développement d'une faune et d'une flore variée, avec certaines espèces endémiques rares ou disparues, notamment sur l'archipel d'Ogasawara.
Le pays est découpé en , parfois appelés départements, ayant remplacé les anciennes provinces du Japon, puis divisé en près de .
Localisation Le Japon est situé à l'extrémité orientale du continent asiatique. C'est un archipel de de long, s’étalant de la Russie au nord à Taïwan au sud, le long de la côte orientale de l’Asie (Chine et Corées) Facts and Figures of Japan 2007 01: Land, Foreign Press Center Japan . Il est bordé par la mer d'Okhotsk au nord, la mer du Japon à l'ouest et l'océan Pacifique à l'est et au sud.
Géographie physique Sa superficie totale est de , ce qui en fait le pays le plus vaste du monde Islands, Area and Length of Coastline of National Land, Japan Statistical Yearbook 2010 . Il comporte de plus de , dont 421 sont habitées. (430 en 2008)Philippe Pelletier, Atlas du Japon, Autrement, Collection Atlas/Monde, 2008Le nombre de 3 à est fréquemment cité, sans que la définition de la notion d'« île » ne soit cependant précisée.. Les cinq îles principales représentent 97 % du territoire, soit du nord au sud :
Hokkaidō (), historiquement peuplée par les Aïnous, Honshū (), la plus grande de l'archipelTerritoire japonais ｜ Ministère des Affaires étrangères du Japon, Shikoku (), située dans la mer intérieure, Kyūshū (), la troisième plus grande de l'archipel, Okinawa (), la plus au sud de l'archipel. Les îles de Honshū, Shikoku et Kyūshū sont séparées par la Mer intérieure de Seto.
Parmi les autres îles, on trouve deux longs archipels situés aux extrémités sud, est et ouest du pays : l'archipel Nansei au sud-ouest (), composé des archipels Satsunan et Ryūkyū (annexé officiellement en 1879) : Naha, sur l’île Okinawa Hontō dans l’archipel Ryūkyū, est située à plus de de Kyūshū, l’archipel Nanpō au sud-est de Tokyo (), composé des archipels d'Izu et d'Ogasawara, qui s’étire sur plus de jusqu’à Iwo-jima.
thumb|Expansion de l'empire du Japon de 1870 à 1942.
Plusieurs litiges frontaliers historiques perdurent : les îles Kouriles méridionales russes, appelées Minami-Chishima au Japon et revendiquées sous le nom de Territoires du Nord, les rochers Liancourt coréens, appelés Dokdo en Corée, revendiqués par le Japon sous le nom de Takeshima, les îles Senkaku japonaises, revendiquées par la Chine et Taïwan sous le nom de Diàoyútái QúndǎoJapon / Chine - Les îles Senkaku : souveraineté, frontières et rivalités de puissance en Mer de Chine orientale | CNES, la Zone économique exclusive (), de l'« île » japonaise Okinotori-shima, contestée par la Chine.
Sakhaline et les îles Kouriles thumb|Frontières des îles Kouriles.
Sakhaline, en japonais, et les îles Kouriles, en japonais, sont respectivement une île et un archipel situés au nord de Hokkaidō, au large de la Sibérie et au sud du Kamtchatka, entourant la mer d'Okhotsk.
L'île est longue et étroite et sépare la péninsule de Corée et du Kamtchatka.
Estimant que Sakhaline était une extension à la fois culturelle et géographique de Hokkaidō, les Japonais proclamèrent leur souveraineté sur l'ensemble de l'île ainsi que sur l'archipel des Kouriles en 1845. En 1855, le Japon et la Russie signèrent le traité de Shimoda, déclarant que les deux nations pouvaient occuper l'île, les Russes s'installant au nord et les Japonais au sud, sans qu'une frontière ne soit précisément tracée. Le traité plaça cependant la frontière dans les îles Kouriles au niveau du chenal séparant les îles d'Itouroup et d'Ouroup, l'empire russe reconnaissant la souveraineté du Japon sur les îles méridionales Chikotan, Habomai, Kounachir (Kunashiri) et Itouroup (Etorofu), ensemble appelé .
En 1875, à la suite de la signature du traité de Saint-Pétersbourg, les Japonais cédèrent le Sud de l'île Sakhaline aux Russes et eurent en échange la souveraineté sur toutes les îles Kouriles. En 1905, à la fin de la guerre russo-japonaise, les Russes et les Japonais signèrent aux États-Unis le traité de Portsmouth. Par cet accord, le Japon récupérait la partie sud de Sakhaline, tandis que la Russie conservait les trois cinquièmes nord de celle-ci. La frontière entre les deux pays était fixée le long du parallèle nord.
Sakhaline et les îles Kouriles furent annexée en 1945 par Staline et rattachée à l'URSS. L'Armée rouge débuta l'attaque de Sakhaline le , et celle des îles Kouriles le 18, soit respectivement quatre jours avant et trois jours après la capitulation japonaise. La conquête de Sakhaline se termina le , celle des îles Kouriles le .
Il n'y a pas eu de traité de paix entre l’Union soviétique et le Japon à la suite de la Seconde Guerre mondiale, et bien que le Japon ait renoncé à tous ses droits sur les îles Kouriles par le traité de San Francisco, l’Union soviétique a refusé de signer ce traité mettant fin à la période d’occupation américaine et restaurant l’administration japonaise sur son territoire.
L'ensemble des Kouriles fait aujourd'hui partie de la fédération de Russie, plus précisément de l'oblast de Sakhaline. Le Japon réclame les quatre îles Kouriles les plus méridionales, soit un tiers de la surface totale, selon la frontière fixée par le traité de Shimoda, et arguant du fait que le traité de San Francisco de 1951 ne précise pas quelles îles exactement comprend la dénomination d'îles Kouriles et n'a pas été contresigné par l'URSS.
Le gouvernement nippon considère que les quatre îles qu'il revendique sont des extensions de Hokkaidō, et les appelle . En revanche, il ne revendique pas la frontière du traité russo-japonais de 1875 incluant les îles du Nord, car ce traité considère l'ensemble des Kouriles comme un territoire unique (alors placé sous administration japonaise). La Russie, comme le faisait auparavant l'URSS, se réfère pour sa part au traité de San Francisco et considère que le renoncement japonais concerne bien l'ensemble de l'archipel.
Les rochers Liancourt thumb|Les rochers Liancourt en rose.
Les rochers Liancourt, Dokdo () en coréen et en japonais, sont un petit groupe d'îlots situé en mer du Japon, contrôlés de facto par la Corée du Sud mais revendiqués par le Japon. Faisant l'objet d'un contentieux non résolu entre les deux pays, ils sont aujourd'hui rattachés par l'administration de la Corée du Sud à l'île d'Ulleung, distante de 87 km, dans le comté d'Ulleung de la province du Gyeongsang du Nord, et par le Japon au bourg d'Okinoshima (île Dōgo), dans l'archipel Oki, distant de 157 km, au sein du district d'Oki de la préfecture de Shimane.
En 1951, selon l'article 2 du traité de San Francisco signé avec le Japon, ce dernier reconnaît et renonce à tous les droits, titres et revendications sur la Corée. Cette renonciation inclut Quelpart (Jeju-do), l'île Dagelet (Ulleungdo) et Port Hamilton (Geomundo). le sous-secrétaire d'État des États-Unis Dean Rusk confirme à l'ambassadeur coréen que les rochers Liancourt appartiennent au Japon. Selon la Corée du Sud, les îles mentionnées dans le traité ne sont que des exemples et non une liste exhaustive en regard du grand nombre des îles entourant la péninsule coréenne.
Les directives du Commandant suprême des forces alliées (SCAPIN) , intitulées « Mémorandum concernant les séparations gouvernementale et administrative de certaines zones du Japon » et datées du , envoyées au gouvernement japonais en application de l’acte de soumission, excluaient les rochers Liancourt du territoire japonais, jusqu'à une décision contraire. Peu avant l'entrée en vigueur du traité de San Francisco (), le président sud-coréen Rhee proclame le la souveraineté de son pays sur une partie de la mer du Japon comprenant les rochers : la ligne Syngman Rhee. Cette ligne fut tracée unilatéralement par la Corée du Sud et en complète violation du droit international. En 1954, la Corée du Sud prend de manière unilatérale le contrôle des îles en y installant un contingent permanent de garde-côtes.
Les îles Senkaku et Okinotori
Les , appelées en chinois îles Diaoyutai (), se situent au nord-est de Taïwan et au sud-ouest d'Okinawa Hontō, dans la mer de Chine orientale. Cet archipel inhabité est contrôlé par le Japon depuis 1895 et le traité de Shimonoseki, mais est revendiqué par la république de Chine (Taïwan), ainsi que par la république populaire de Chine. Après la Seconde Guerre mondiale, à la fin de l'occupation du Japon par les États-Unis (1945-1952), Taïwan est reconnu indépendant par le traité de San Francisco (1951), mais pas les îles Senkaku qui sont occupées jusqu'en 1972, avant d'être rendues au Japon avec les îles RyūkyūTokyo proteste auprès de Pékin après une incursion dans des îles contestées, AFP, sur Aujourd'hui le Japon, le 29 octobre 2007. Administrativement, ces îles dépendent de la ville d'Ishigaki sur l'île éponyme, dans la préfecture d'Okinawa. Géographiquement, elles font partie de l'archipel Sakishima, avec les îles Yaeyama et Miyako (plus au sud), et donc des îles Ryūkyū.
L' est un atoll japonais situé à de Tokyo, au milieu de la mer des Philippines. L'atoll est le point le plus au sud du Japon, et fait officiellement partie de l'archipel d'Ogasawara (sous-préfecture d'Ogasawara). Si Okinotorishima est considéré comme une île par le Japon, la Chine considère qu'il s'agit uniquement de rochers, et que le Japon ne peut pas établir autour d'eux une zone économique exclusive (ZEE) selon l'article 121 de la convention des Nations unies sur le droit de la mer. Cette ZEE couvre environ , avec de nombreuses ressources halieutiques et très certainement des gisements minéraux (manganèse, cobalt, lithium).
Littoral La longueur totale du trait de côte du Japon est de .
Géopolitique Le territoire japonais est le territoire sur lequel l'État japonais exerce sa souveraineté. Le territoire japonais dans ses frontières actuelles est légalement défini après la Seconde Guerre mondiale par le Traité de paix de San Francisco, qui est entré en vigueur en Territoire japonais ｜ Ministère des Affaires étrangères du Japon.
Grâce à ses nombreuses côtes, le Japon profite d'une des plus grandes zones économiques exclusives au monde.
Topographie thumb|Carte topographique du Japon.