upright=1.5|thumb|Le glacier d'Aletsch, en juillet 2005, alimente le Rhône.

La Suisse a un système hydrologique varié et complexe. Son climat qui donne des précipitations sous forme de neige et de pluie est aussi responsable d'une certaine évaporation de l'eau dans l'atmosphère. L'altitude et le climat permettent la formation et le maintien de nombreux glaciers qui alimentent des cours d'eau appartenant à cinq grands bassins versants de fleuves européens, par lesquels les eaux quittent le pays et rejoignent les mers. La géologie complexe du sous-sol suisse stocke de l'eau souterraine.

On parle parfois de la Suisse comme du « Château d'eau de l'Europe »Appellation Château d'eau de l'Europe sur le site de l'Office fédéral de l'environnement (OFEV), consulté le 11 septembre 2008A. Zryd, Les glaciers en mouvement, p. 91..

Précipitations

La moyenne des précipitations tombant annuellement en Suisse est très nettement supérieure à celle du reste du continent européenA. Zryd, Les glaciers en mouvement, p. 92., contre . Cependant le climat de la Suisse n'étant pas uniforme, de grandes variations existent d'une région à une autre, les montagnes jouant un rôle très important dans ces disparités. Ces différences se ressentent au niveau des précipitations et des températuresOskar Bär, Géographie de la Suisse, 42.. Ainsi, en Valais, la moyenne annuelle des précipitations est deux fois plus basse que la moyenne nationale. Les régions situées sous le vent des massifs montagneux, par rapport aux vents dominants, sont plus sèches que les régions non abritées. Par exemple, la partie romande du plateau et le nord-ouest du pays sont relativement secs, abrités des vents dominants respectivement par le Jura et la Forêt-Noire d'une part, et les Vosges de l'autre. En Valais on trouve des régions très proches géographiquement mais avec des niveaux de précipitations très différents. La Jungfrau avec est l'une des régions les plus arrosées du pays alors que Stalden, situé à environ enregistre de précipitations annuellesOskar Bär, Géographie de la Suisse, 43..

La température de l'air est un facteur influant sur la nature des précipitations ; ainsi avec la diminution de la température en altitude, les précipitations neigeuses sont de plus en plus prédominantes. La neige tombant l'hiver au-dessus d'une certaine altitude, elle doit attendre la fin du printemps pour fondre et s'écouler dans les rivières. Cette situation génère des régimes hydrologiques avec influences nivales pour de nombreuses rivières.

Cours d'eau thumb|upright=1.2|Les cinq bassins versants de la Suisse.

Les eaux de surface s'écoulent par un réseau de près de de cours d'eau, répartis dans les bassins versants de cinq fleuves européens : le Rhin, le Rhône, le Pô, le Danube et l'Adige. Le réseau hydrologique suisse arrose ainsi la mer du Nord, la mer Méditerranée, la mer Adriatique et la mer Noire. Parmi ces cinq fleuves, seuls deux prennent leur source en Suisse, le Rhin et le Rhône. Pour les trois autres fleuves, ce sont des affluents qui prennent leur source en Suisse.

Bassin versant Pourcentage de la superficie de la SuisseOskar Bär, Géographie de la Suisse, 33. Principaux affluents en Suisse Se jette dansRhin68 % Aar, Reussmer du Nord dans un delta aux Pays-BasRhône18 %Doubsmer Méditerranée dans un delta (la Camargue) en FrancePô9,3 %Tessinmer Adriatique dans un delta au nord-est de l'ItalieDanube4,4 %Innmer Noire dans le plus grand delta européen en Roumanie et en UkraineAdige0,3 %Rommer Adriatique, au nord du delta du Pô

Le massif du Saint-Gothard et les glaciers qui s'y trouvent sont le lieu de naissance de nombreux cours d'eau, dont le Rhin, le Rhône, le Tessin, l'Aar ou encore la Reuss.

Les régimes hydrologiques des différents cours d'eau présents en Suisse ont fait l'objet d'une étude menée par l'Institut de Géographie de l'Université de Berne. Cette étude a concerné 95 bassins versants avec des surfaces de 10 à . Seize types de régimes ont été identifiés, répartis en trois grandes classes distinctes correspondant à trois aires géographiques du pays. Ces trois classes de régimes sont le régime alpin, le régime du plateau et du Jura et le régime du sud des Alpes. Les régimes alpins sont souvent dominés par l'influence glaciaire. Le plateau et le Jura sont marqués par des régimes de type pluvial et nival. Pour le sud des Alpes il s'agit de régimes pluviaux avec influence méridionaleÉcole polytechnique fédérale de Lausanne, Les régimes hydrologiques, consulté le 24 octobre 2008..

Rhin vignette|Plaque indiquant la source du Rhin et la longueur de son cours jusqu'à la mer du Nord. vignette|Les chutes du Rhin près de Schaffhouse. Le bassin versant du Rhin est le plus vaste de Suisse, couvrant 68 % de la superficie du territoire. Ce bassin versant est dominé par la présence de l'Aar, principal affluent du Rhin en Suisse.

Le Rhin prend sa source en Suisse dans le massif du Saint-Gothard dans le canton des Grisons. Il ne prend le nom de Rhin qu'à la confluence de deux rivières nommées « Rhin antérieur » et « Rhin postérieur » même si le cours du Rhin antérieur est considéré comme le Rhin. Il suit un parcours du sud-est vers le nord-ouest en passant par Ilanz puis Coire où il bifurque vers le nord. Peu après, il récupère les eaux du Landquart sur sa rive droite. Ensuite, il marque la frontière avec le Liechtenstein puis avec l'Autriche. Il se jette alors dans le lac de Constance et marque la frontière avec l'Allemagne. À Schaffhouse, il passe les chutes du Rhin. Il quitte la Suisse à Bâle et marque dès lors la frontière entre l'Allemagne et la France. Délimitant une bonne partie de la frontière entre la Suisse et ses voisins orientaux et septentrionaux, la majorité du bassin versant du Rhin en rive droite et en amont de Bâle n'est pas situé en Suisse.

À sa sortie de Suisse, à Bâle, le débit moyen annuel du Rhin est d'environ ( mesuré en 2007 à la station de RheinhalleOFEV, Rhein - Basel, Rheinhalle, Données hydrologiques du Rhin à Bâle, année 2007.). À son embouchure dans la mer du Nord, le débit moyen annuel est de mesuré à Lobith, Lobith étant la dernière station de mesure avant que le Rhin ne se sépare en différents bras pour former un delta Données hydrologiques du Rhin à Lobith sur le site du ministère néerlandais chargé de la gestion de l'eau, consultée le ..

La surface totale du bassin versant du Rhin est de , bassin versant réparti entre la Hollande, l'Allemagne, la Belgique, le Luxembourg, la France, la Suisse, l'Autriche, le Liechtenstein et l'ItalieSurface du bassin versant du Rhin sur le site internet de la Commission Internationale pour la Protection du Rhin, consultée le .. Sur ce bassin versant, se situent en amont de Bâle, dont situés en SuisseBassins hydrographiques et ressources en eau suisses sur le site aqueduc.info, consulté le ..

+ Comparaison des surfaces de bassin versant et débit pour le Rhin, totalité du fleuve et amont de Bâle Totalité du fleuve Amont de Bâle Surface du bassin versantsoit environ 20 % Débitsoit environ 45 %

Le tableau précédent montre les débits et les surfaces de bassin versant comparés entre la totalité du fleuve et sa partie en amont de Bâle. Bien que le bassin versant ne représente que 20 % en amont de Bâle, le fleuve a déjà acquis près de la moitié de son débit à cet endroit. Cela montre l'influence des zones montagneuses, principalement situées en Suisse mais aussi en Allemagne, en Autriche et au Liechtenstein. Ces zones montagneuses confèrent au Rhin, ainsi qu'à ses affluents montagneux, un débit très variable. Ainsi, en 2006, le débit est de en janvier et en avrilOFEV, Rhein - Rheinfelden, Messstation, Données hydrologiques du Rhin à Rheinfelden, année 2006.. Cette situation est due au fait que les précipitations tombent essentiellement sous forme de neige en hiver. Le fort débit du mois d'avril est quant à lui la conséquence de la fonte de ces neiges hivernales.

Le Rhin reçoit des affluents importants en Suisse, notamment la Thur en Suisse orientale et l'Aar, principal bassin versant de Suisse centrale. La Thur se jette dans le Rhin peu après les Chutes du Rhin de Schaffhouse.

Aar vignette|gauche|redresse=1.75|Bassin-versant de l'Aar.

Le réseau hydrologique de l'Aar est notamment composé de l'Emme, la Limmat, la Reuss ou la Sarine ainsi que de nombreux lacs : le lac de Zurich, le lac de Thoune, le lac des Quatre Cantons ou le lac de Neuchâtel. Parmi les affluents de l'Aar, comme la Kander et la Sarine sur la rive gauche, l'Emme, la Reuss et la Limmat sur la rive droite. L'Aar et plusieurs de ses affluents, comme la Linth et la Kander, ont subi des travaux de correction, leurs cours respectifs ont été déplacés ou aménagés.

L'Aar prend sa source non loin du Finsteraarhorn, sommet de d'altitude situé dans le massif de l'Aar-Gothard. Elle contourne ce massif par le nord-est puis alimente successivement le lac de Brienz et le lac de Thoune, Interlaken étant située entre ces deux lacs sur les rives de l'Aar. À la sortie du lac de Thoune, son cours se dirige vers le nord. Berne, la capitale de la confédération, s'est développée dans un méandre de la rivière. Pendant les travaux de correction des eaux du Jura, son cours a été modifié pour passer dans le lac de Bienne. Elle traverse ensuite le Moyen Pays d'ouest en est pour rejoindre le Rhin près de Koblenz en Argovie.

La Kander est un torrent de montagne qui prend sa source dans les Alpes bernoises. Elle se jette dans le lac de Thoune où elle devient un affluent de l'Aar. Avant les travaux de déviation du , la confluence se situait plusieurs kilomètres en aval de l'exutoire du lac. En 2007, le débit moyen annuel de la Kander peu avant de rejoindre l'Aar dans le lac de Thoune est de , mesurés à Hondrich (localité de Spiez)OFEV, Kander, Hondrich, Données hydrologiques de la Kander Rhin à Hondrich, année 2007..

La Sarine prend sa source dans les Alpes bernoises au col du Sanetsch. Sur le cours de la rivière s'écoulant dans le Moyen Pays s'étend le Röstigraben, littéralement « fossé des röstis ». Cette expression symbolise la frontière linguistique et culturelle entre Suisse romande et Suisse alémanique. La Sarine se jette dans l'Aar à Mühleberg, avant que l'Aar ne rejoigne le lac de Bienne, peu après avoir reçu les eaux de la Singine à Laupen. En 2007, le débit moyen annuel de la Sarine à Laupen est de OFEV, Sarine, Laupen, Données hydrologiques de la Sarine à Laupen, année 2007..

L'Emme prend sa source au nord du lac de Brienz, elle suit un cours du sud vers le nord à travers l'Emmental et le plateau suisse. Elle se jette dans l'Aar en aval de Soleure, à Luterbach. Avant les différents travaux réalisés sur l'Aar, la confluence de ces deux cours d'eau générait d'importantes inondations dans la région de Soleure et en amont. En 1651, une inondation aurait formé un « grand lac de Soleure » entre Soleure et le lac de Bienne. Depuis ces travaux et notamment la correction des eaux du Jura, la condition de Murgenthal fixe un débit limite de l'Aar à ne pas dépasser en aval de la confluence de l'Emme, soit . En cas de crue, l'Aar est partiellement retenue dans les trois lacs (Neuchâtel, Bienne et Morat) pour décaler dans le temps les deux pics de crues des rivières et éviter que la superposition des pics des crues n'engendre des inondations. En 2007, le débit moyen annuel de l'Emme à Wiler est de OFEV, Emme, Wiler bei Utzenstorf, Données hydrologiques de l'Emme à Wiler bei Utzenstorf, année 2007..

La Reuss prend sa source à proximité des cols de la Furka et du Saint-Gothard dans le massif de l'Aar-Gothard. Elle forme la vallée d'Urseren, en sort après Andermatt puis rejoint le lac des Quatre Cantons dont elle est l'émissaire. Après Lucerne, elle se dirige vers le nord et se jette dans l'Aar à Brugg, peu avant la confluence avec la Limmat. En 2007, le débit moyen annuel de la Reuss à Mellingen est de OFEV, Reuss, Mellingen, Données hydrologiques de la Reuss à Mellingen, année 2007..