Le décret du de la Convention nationale transforme le Jardin du roi en Muséum national d'histoire naturelle. Depuis les débuts du le Jardin du roi était déjà pleinement une institution de recherche et d'enseignement d'histoire naturelle. Il était dirigé par un « intendant » mandaté par le roi et était divisé en un certain nombre de chaires chacune d'elles tenue par un enseignant-chercheur qui recevait le nom de « démonstrateur ». Le décret de 1793 qui fonde l'actuel Muséum augmente les chaires au nombre de douze et place un « professeur » à la tête de chacune d'elles. C'est l'assemblée des professeurs, par élection collégiale, qui nomme directeur du Muséum l'un des professeurs de l'institution, en remplaçant ainsi le poste d'intendant de l'ancien Jardin royal. vignette|280px|Allégorie de l'histoire naturelle, bas-relief du tympan surmontant le portail de l'amphithéâtre Verniquet érigé en 1788 sur instructions de Buffon.
Création et histoire des chaires
Le , un décret de l'Assemblée nationale demande aux démonstrateurs du Jardin du roi de rédiger un projet pour sa réorganisation. La première assemblée vote le départ de l'intendant du Jardin, le marquis de La Billarderie, et élit à l'unanimité Daubenton comme président. Il forme une commission comprenant Antoine-François Fourcroy, Bernard Lacépède et Antoine Portal. Celle-ci est chargée de rédiger le règlement de la nouvelle institution et d'en fixer le fonctionnement. Elle détermine aussi les missions du Muséum : instruire le public mais aussi de constituer des collections et de participer activement à la recherche scientifique. Le corps des professeurs et leur directeur, élu et renouvelé chaque année devant être le garant de l'indépendance de la recherche.
Mais le projet n'aboutit pas, l'Assemblée nationale ne donnant pas suite. En 1791, La Billarderie démissionne et est remplacé par Jacques-Henri Bernardin de Saint-Pierre. Ce n'est qu'en 1793 que Joseph Lakanal (1762-1845), apportant les collections du Prince de Condé rencontre Daubenton et découvre le projet de 1790. Lakanal le porte à l'Assemblée et, dès le lendemain , obtient le vote du décret établissant le Muséum, lui donnant ainsi une existence juridique propre.
Le poste d'intendant est alors remplacé par la fonction de directeur. L'ancienne hiérarchie, notamment en démonstrateurs et sous-démonstrateurs, est abolie. Douze postes de professeurs assurent, de façon égale et collégiale, l’administration du Muséum national d'histoire naturelle. Les enseignements sont répartis en douze chaires professorales : minéralogie (Louis Jean-Marie Daubenton) ; chimie générale (Antoine-François Fourcroy) ; arts chimiques (Antoine Louis Brongniart) ; deux chaires de botanique, dans le Muséum (René Desfontaines) et dans la campagne (Antoine-Laurent de Jussieu) ; agriculture et culture des jardins, des arbres fruitiers et des bois (André Thouin) ; histoire naturelle des quadrupèdes, cétacés, oiseaux, reptile et poissons (Étienne Geoffroy Saint-Hilaire) ; histoire naturelle des insectes, vers et animaux microscopiques (Jean-Baptiste Lamarck) ; anatomie humaine (Antoine Portal) ; anatomie des animaux (Jean-Claude Mertrud) ; géologie (Faujas de Saint-Fond) ; iconographie naturelle, ou arts de dessiner et peindre toutes les productions de la nature (Gérard van Spaendonck)Yves Laissus, Le Muséum national d'histoire naturelle, Gallimard, Paris, 1995, p. 21..
Au fil des années, le nombre de chaires et leur sujet de recherche et d'enseignement vont évoluer : certaines chaires sont subdivisées, d'autres regroupées, d'autres encore supprimées ou transformées en services du Muséum. Jusque dans les années 1985, l'unique instance exécutive du Muséum était l'Assemblée des professeurs titulaires des chaires, rendant compte au Ministère de l'Éducation nationale, puis également au Ministère de la Recherche et plus tard aussi à celui de l'Environnement. En mai 1968, une assemblée générale des personnels, chercheurs, techniciens et administratifs confondus, contesta l'exclusivité de l'Assemblée des professeurs comme organe décisionnel et proposa la création d'un « conseil représentatif » comptant également une assemblée des chercheurs et une troisième des techniciens et administratifs. Ce projet fut abandonné en mais au fil des années et des réformes, la tutelle des ministères s'est accrue, et l'autorité de l'Assemblée des professeurs s'est réduite, au point d'en faire principalement un organe consultatif scientifique.
Le décret du met fin à l'existence des chaires du Muséum et distribue les collections et les personnes dans sept « départements de recherche » (« Écologie et gestion de la biodiversité », « Histoire de la Terre », « Hommes, natures et sociétés », « Milieux et peuplements aquatiques », « Préhistoire humaine », « Régulations, développement et diversité moléculaire » et « Systématique et évolution ») qui, en 2017, sont regroupés au sein des trois départements toujours en vigueur en 2022Rapport d'activité du Muséum national d'histoire naturelle, année 2017 ; section « Organisation », p. 72 - : « Homme et environnement », « Adaptations du vivant », « Origines et évolution ».
Le Muséum reste un « grand établissement » dont les missions restent principalement la conservation de collections scientifiques, la diffusion de la culture scientifique dans les spécialités propres à l'établissement, la recherche et la formation à la recherche. Il est également un campus universitaire« Décret no 2001-916 du 3 octobre 2001 relatif au Muséum national d'histoire naturelle », Légifrance., sur Légifrance.. Aux , l'établissement dispose d'un personnel d'environ dont enseignants supérieurs et formateurs, et médiateurs, techniciens de laboratoire et autres, administratifs, horticulteurs, soigneurs zootechniques, gardiens et personnels d'entretienRapport d'activité du Muséum national d'histoire naturelle, année 2017 ; section « Organisation », p. 72 - .Rapport d'activité du Muséum national d'histoire naturelle, année 2018 - ..
Évolution et titulaires des chaires
Anatomie des animaux 1793 à 1802 : Jean-Claude Mertrud. 1802 à 1832 : Georges Cuvier. Cette chaire est renommée alors en anatomie comparée. Anatomie comparée 1832 à 1850 : Henri-Marie Ducrotay de Blainville. 1850 à 1855 : Louis Georges Duvernoy. 1855 à 1868 : Étienne Serres. 1868 à 1879 : Paul Gervais. 1879 à 1894 : Georges Pouchet. 1894 à 1902 : Henri Filhol. 1903 à 1921 : Edmond Perrier. 1922 à 1941 : Raoul Anthony. 1942 : non attribuée. 1943 à 1960 : Jacques Millot. 1961 : non attribuée. 1962 à 1984 : Jean Anthony. Après 1984 et jusqu'au décret du : non attribuée.
Anatomie humaine 1793 à 1832 : Antoine Portal. 1832 à 1838 : Pierre Flourens. Cette chaire est renommée alors en anatomie et histoire naturelle de l'Homme. Anatomie et histoire naturelle de l'Homme 1839 à 1855 : Étienne Serres. Cette chaire est alors renommée en anthropologie. Anthropologie 1855 à 1892 : Jean Louis Armand de Quatrefages de Bréau. 1892 à 1908 : Ernest Hamy. 1909 à 1927 : René Verneau. 1928 à 1936 : Paul Rivet. Cette chaire est alors renommée en ethnologie des hommes actuels et des hommes fossiles, au moment de la création du Musée de l'Homme. Ethnologie des hommes actuels et des hommes fossiles 1937 à 1940 : Paul Rivet. 1941 à 1944 : Henri Vallois. 1945 à 1949 : Paul Rivet. 1950 à 1959 : Henri Vallois. 1960 à 1967 : Henri Vallois. Cette chaire est alors renommée en anthropologie et ethnologie. Anthropologie et ethnologie 1968 à 1970 : Robert Gessain. Cette chaire est alors renommée en anthropologie. Anthropologie 1970 à 1979 : Robert Gessain. 1980 à 1983 : Yves Coppens. 1983 à 1987 : non attribuée. Cette chaire est alors renommée en anthropologie biologique. Anthropologie biologique 1987 au décret du : André Langaney
Physiologie comparée 1837-1838 : Frédéric Cuvier 1838-1867 : Pierre Flourens. Cette chaire est échangée avec la chaire de physiologie générale de la Faculté des sciences de Paris 1868-1879 : Claude Bernard
Arts chimiques 1779 à 1793 : Antoine-Louis Brongniart. 1804 à 1830 : Louis-Nicolas Vauquelin. 1830 à 1850 : Michel-Eugène Chevreul. Cette chaire est alors renommée en chimie appliquée aux corps organiques. Chimie appliquée aux corps organiques 1850 à 1889 : Michel-Eugène Chevreul. 1890 à 1915 : Léon-Albert Arnaud. 1915 à 1919 : non attribuée. 1919 à 1925 : Louis-Jacques Simon. 1926 à 1927 : non attribuée. 1928 à 1936 : Richard Fosse. Cette chaire fusionne alors avec la chaire de physique végétale et devient la chaire de chimie organique et physique végétale. Chimie organique et physique végétale 1936 à 1940 : Richard Fosse. 1941 : non attribué. Cette chaire est alors renommée en chimie appliquée aux corps organisés. Chimie appliquée aux corps organisés 1941 à 1957 : Charles Sannié. 1958 à 1967 : Charles Mentzer. 1968 : non attribuée. 1969 à 1989 : Darius Molho. Après 1989 et jusqu'au décret du : non attribuée.
Chimie générale 1793 à 1809 : Antoine-François Fourcroy. 1809 à 1811 : non attribué. 1811 à 1832 : André Laugier. 1832 à 1850 : Joseph Louis Gay-Lussac. Cette chaire est alors renommée en chimie appliquée aux corps inorganiques. Chimie appliquée aux corps inorganiques 1850 à 1892 : Edmond Frémy. Cette chaire est alors supprimée.
Botanique à la campagne 1793 à 1826 : Antoine-Laurent de Jussieu. 1826 à 1853 : Adrien de Jussieu. Cette chaire est alors supprimée et est remplacée par une chaire de Paléontologie.
Botanique dans le muséum 1793 à 1833 : René Desfontaines. 1833 à 1857 : Adolphe Brongniart. Cette chaire est alors renommée en botanique et physiologie végétale. Botanique et physiologie végétale 1857 à 1874 : Adolphe Brongniart. Cette chaire est alors renommée en botanique, organographie et physiologie végétale. Botanique, organographie et physiologie végétale 1874 à 1876 : Adolphe Brongniart. 1876 à 1879 : non attribuée. 1879 à 1914 : Philippe Van Tieghem. 1914 à 1918 : non attribuée. 1919 à 1932 : Julien Costantin. 1933 : non attribué. Cette chaire est alors renommée en anatomie comparée des végétaux actuels et fossiles et est supprimée en 1934. Il est restauré en 1937. Anatomie comparée des végétaux actuels et fossiles 1938 à 1944 : Paul Bertrand. 1945 à 1958 : Auguste Loubière. Cette chaire est alors transformée en physique végétale. Physique végétale 1857 à 1897 : Georges Ville. 1898 à 1925 : Léon Maquenne. 1926 à 1931 : Marc Bridel. 1931 à 1934 : non attribué. Cette chaire est alors supprimée. Elle est restaurée en 1959. 1959 à 1960 : Pierre Donzelot. 1961 à 1962 : Charles Sadron. Cette chaire est alors renommée en biophysique. Biophysique 1962 à 1975 : Charles Sadron. 1976 à 2001 : Claude Hélène.
Botanique (classification et familles naturelles) 1874 à 1905 : Édouard Bureau. Après la création de la chaire botanique (classification et familles naturelles de cryptogames), cette chaire est réduite aux phanérogames. Botanique (classification et familles naturelles de phanérogames) 1906 à 1931 : Paul Henri Lecomte. 1931 à 1933 : Jean-Henri Humbert. Cette chaire est alors renommée phanérogamie. Phanérogamie 1933 à 1957 : Jean-Henri Humbert. 1958 à 1968 : André Aubréville. 1969 à 1985 : Jean-François Leroy. 1986 à 2001 : Philippe Morat. Botanique (classification et familles naturelles de cryptogames) 1905 à 1931 : Louis Mangin. 1932 à 1932 : Pierre Allorge. Cette chaire est alors renommée cryptogamie. Cryptogamie 1933 à 1944 : Pierre Allorge. 1945 à 1973 : Roger Heim. 1974 : non attribuée. 1975 à 1982 : Suzanne Jovet-Ast. Après 1982 et jusqu'au décret du : non attribuée.
Culture (agriculture et culture des Jardins, des arbres fruitiers et des bois) 1793 à 1824 : André Thouin. 1825 à 1828 : Louis-Augustin Bosc d’Antic. 1828 à 1850 : Charles-François Brisseau de Mirbel. 1850 à 1882 : Joseph Decaisne. 1883 : non attribuée. 1884 à 1901 : Maxime Cornu. 1901 à 1919 : Julien Costantin.