thumb|upright=1.5|Affiche de propagande appelant les Australiens à venger le naufrage du navire-hôpital Centaur coulé par le sous-marin japonais I-177 en mai 1943|alt=une affiche de propagande

Durant la Seconde Guerre mondiale, plusieurs opérations de l'Axe se déroulent dans les eaux australiennes. Au total, 54 sous-marins et navires de guerre allemands et japonais ont évolué dans les eaux australiennes entre 1940 et 1945, attaquant bateaux et ports. Parmi les opérations les plus connues figurent la bataille entre le Sydney et le Kormoran en 1941, le bombardement de Darwin par des avions de la marine japonaise en et l'attaque dans la baie de Sydney effectuée par des sous-marins de poche japonais en . À cela s'ajoutent les pertes subies par la marine civile des Alliés dont plusieurs bateaux sont coulés ou endommagés dans les eaux australiennes. Des sous-marins japonais bombardent plusieurs ports et des avions de reconnaissance basés sur les sous-marins japonais survolent plusieurs capitales d'État australiennes.

L'augmentation de l'activité de l'Axe autour de l'Australie est graduelle. Jusqu'en 1942, elle est limitée à des attaques sporadiques de croiseurs auxiliaires allemands. Le volume des attaques connait un pic début 1942 quand les sous-marins japonais commencent à patrouiller le long des côtes australiennes à la recherche d'objectifs à couler et que l'aviation navale de ce pays bombarde plusieurs villes d'Australie septentrionale. L'offensive des sous-marins japonais est relancée durant la première moitié de l'année 1943, mais cesse à mesure que les Alliés reprennent l'offensive dans le théâtre Pacifique. Peu de bâtiments de l'Axe opèrent dans les eaux australiennes entre 1944 et 1945 et leur effet est très limité.

En raison du caractère épisodique des attaques et du nombre relativement faible de bâtiments militaires employés, l'Allemagne et le Japon n'ont pas réussi à désorganiser la navigation au large de l'Australie. Bien que les Alliés aient dû déployer des forces substantielles pour sécuriser l'approche des côtes australiennes, ces attaques n'ont pas eu de conséquences significatives sur l'effort de guerre australien ni sur les opérations dirigées par les Américains dans le théâtre du sud-ouest du Pacifique.

Système de défense australien thumb|La corvette de classe Bathurst. Cette classe de navires était habituellement utilisée pour l'escorte de convois dans les eaux australiennes.|alt=une corvette

Le terme d'« eaux australiennes » employé dans cet article désigne la zone couverte par l'Australia station, le centre de commandement naval australien avant-guerre. Elle comprend un immense territoire, les eaux entourant l'Australie et la Nouvelle-Guinée orientale ainsi que tout le secteur allant du continent australien à l'Antarctique. Elle couvre d'est en ouest les zones comprises entre le est dans l'océan Pacifique et le est dans l'océan Indien. Du nord au sud elle s'étend entre l'équateur et l'Antarctique.. Bien que la moitié orientale de l'île de Nouvelle-Guinée soit comprise dans le commandement australien, les opérations japonaises dans ces eaux s'effectuent dans le cadre des campagnes de Nouvelle-Guinée et des îles Salomon et ne sont pas dirigées directement contre l'Australie.

thumb|left|Quatre dragueurs de mine à proximité de la péninsule de Wilson fin 1940|alt=vue de quatre dragueurs de mine

La défense des eaux australiennes est la préoccupation majeure de la Royal Australian Navy (RAN) au cours de la guerre.. Les navires de la marine australienne servent fréquemment en dehors de lAustralia station, mais des navires escorteurs et des dragueurs de mines sont durant toute la guerre disponibles pour assurer une protection de la navigation dans les eaux australiennes. Ces missions de convoyage sont assurées par quelques grands navires de guerre, des croiseurs et des croiseurs auxiliaires (d'anciens navires de commerce réquisitionnés et armés par la marine).. Les transports de l'armée sont escortés dès le début de la guerre, mais les convois ne sont institués dans les eaux australiennes qu'en juin 1942. Les autorités navales australiennes fermeront néanmoins les ports à la navigation à plusieurs reprises à la suite de la menace créée par la présence réelle ou supposée de bâtiments ennemis ou de mines avant juin 1942.

thumb|Un convoi de troupes escorté par un avion Lockheed Hudson de la RAAF|alt=un convoi de troupes escorté par un avion

La Royal Australian Air Force (RAAF) est aussi chargée de la protection de la navigation dans les eaux australiennes.. Tout au long de la guerre, les avions de la RAAF mènent des patrouilles de reconnaissance et de lutte anti-sous-marine depuis des bases aériennes situées sur tout le pourtour de l'Australie. Les principaux types d'appareils utilisés pour ces missions sont l'Avro Anson, le Bristol Beaufort, le Consolidated PBY Catalina et le Lockheed Hudson. Après le déclenchement de la guerre du Pacifique, des escadrons d'avions de chasse de la RAAF sont stationnés à proximité des ports stratégiques d'Australie afin de les protéger et escortent les navires là où des attaques sont craintes.

thumb|left|Canon de défense côtière près de Port Kembla en 1944.|alt=un canon de défense côtière

La présence alliée dans les eaux australiennes est considérablement accrue après l'entrée en guerre du Japon et le renforcement consécutif de la présence de l'armée américaine dans la zone. Les forces navales bénéficient du soutien aérien des avions de la RAAF aidés ensuite dans leur tâche par les avions de la marine américaine. À la suite des premières attaques de sous-marins japonais un système de convois est institué entre les ports australiens et, à la fin des hostilités, en tout, la RAN et la RAAF ont escorté le long des côtes australiennes .. Après le déplacement du front vers le nord consécutif à la contre-attaque alliée, les attaques dans les eaux australiennes deviennent moins fréquentes, le nombre de bateaux et d'avions affectés à la protection de l’Australia station est considérablement réduit..

L'''Australian Army construit des systèmes de défense fixes pour protéger les principaux ports du pays contre les attaques des bâtiments de surface hostiles.. Le système de défense côtier est étendu quand la menace contre l'Australie augmente entre 1940 et 1942 et il est porté à son maximum en 1944.. La RAN a, elle, pour tâche de développer et de maintenir des systèmes de défense dans les baies des principaux ports australiens.. Ces défenses consistent en des barrières anti-sous-marines fixes agrémentées de champs de mines. Elles aussi sont considérablement renforcées quand la pression sur l'Australie augmente..

Bien que la défense navale et aérienne ne soit jamais assez puissante pour être à même de repousser une attaque massive et coordonnée, elle s'avère suffisante pour organiser des patrouilles défensives face aux attaques sporadiques et le plus souvent prudentes de l'Axe..

1939-1941 Croiseurs auxiliaires allemands en 1940

thumb|Le navire de commerce sabordé par son équipage lors de son interception par le .|alt=un navire de commerce sabordé

Alors que des croiseurs auxiliaires opèrent dans l'ouest de l'océan Indien en 1939 et au début de 1940, ils n'entrent dans les eaux australiennes que dans la seconde moitié de l'année 1940. La première opération visant des bateaux de l'Axe a lieu contre les navires de commerce italiens Remo et Romolo qui se trouvent dans les eaux australiennes quand l'Italie entre en guerre le 11 juin 1940 (date australienne). Alors que le Remo est facilement arraisonné à quai à Fremantle, le Romolo est plus difficile à capturer. Il quitte Brisbane le 5 juin et fait cap vers l'Italie. Après une recherche maritime et aérienne il est intercepté par le à proximité de Nauru. Son capitaine le saborde pour éviter sa prise..

Le croiseur auxiliaire Orion de la Kriegsmarine est le premier bâtiment à mener une opération hostile dans les eaux australiennes. Après avoir opéré au large de la pointe nord de la Nouvelle-Zélande et dans le Pacifique Sud, il entre dans les eaux de la mer de Corail, qui sépare l'Australie de la Nouvelle-Guinée, en août 1940 et s'approche à au nord-est de Brisbane le 11 août.. Il fait ensuite cap vers la Nouvelle-Calédonie et coule le navire marchand français Notou le 16 août, puis le cargo britannique Turakina dans la mer de Tasman. L’Orion opère ensuite sans succès début septembre dans la grande baie australienne. Il dépose quatre mines à proximité d'Albany, en Australie-Occidentale, le 2 septembre. Après avoir été repéré par un avion, il fait cap vers le sud-ouest puis entame sans succès une patrouille de l'océan Austral et finit par faire cap vers les îles Marshall pour se ravitailler auprès d'un pétrolier-ravitailleur. Il y arrive le 10 octobre..

thumb|left|Attaques allemandes dans le Pacifique occidental, décembre 1940 - janvier 1941|alt= carte des attaques allemande sur l'île Nauru

Le Pinguin, autre croiseur auxiliaire allemand, rentre dans l'océan Indien via l'Atlantique Sud en août 1940 et arrive au large de l'Australie-Occidentale en octobre. Il arraisonne un navire-citerne norvégien de , le Storstad au large du North West Cape le 7 octobre M/T Storstad, Warsailors.com puis fait cap vers l'est avec sa prise. Il lâche des mines entre Sydney et Newcastle le 28 octobre et le Storstad pose des mines au large de l'État de Victoria dans les nuits du 29 au 31 octobre. Le Penguin pose encore des mines au large d'Adélaïde début septembre. Les deux navires font ensuite cap vers l'ouest en direction de l'océan Indien. Ils ne sont pas repérés durant leurs opérations au large des côtes orientales et méridionales de l'Australie et parviennent à couler trois navires. Les mines posées par le Storstad causent la perte de deux bateaux au large de la péninsule de Wilson début novembre et les mines posées autour de Sydney par le Pinguin coulent un navire. Un autre est endommagé au large d’Adélaïde après avoir déclenché la mise à feu d'une mine. Le Pinguin parfait son tableau de chasse dans les eaux australiennes en coulant trois cargos dans l'océan Indien en novembre..

Le 7 décembre 1940, les croiseurs auxiliaires Orion et Komet arrivent au large de Nauru, une petite île riche en phosphate située juste au sud de l'équateur et administrée par l'Australie. En 48 heures, les bateaux allemands coulent quatre navires évoluant autour de l'île en attente de leur chargement de phosphate.. Les navires allemands déposent ensuite leurs nombreux prisonniers sur l'île d'Emirau puis le Komet tente sans succès de miner l'entrée de la base stratégique de Rabaul, le 24 décembre, et revient attaquer Nauru le 27 décembre. Il bombarde alors les infrastructures portuaires causant l'arrêt des exportations de phosphate pendant dix semaines.. Cette attaque est la dernière opération allemande dans les eaux australiennes jusqu'en novembre 1941..

Croiseurs auxiliaires allemands en 1941

Après leurs raids sur Nauru, le Komet et l’Orion font cap vers l'océan Indien, passant au sud de l'Australie respectivement en février et en mars. Le Komet pénètre à nouveau dans les eaux australiennes pour rejoindre la Nouvelle-Zélande et l’Atlantis fait cap vers l'est, traversant l'extrême sud des eaux australiennes en août.. Jusqu'en novembre, les seules pertes enregistrées dans les eaux australiennes sont dues à des mines posées par la Kriegsmarine en 1940. Le petit chalutier Millimumul est touché par une mine le long de la côte de la Nouvelle-Galles du Sud, sept marins trouvent la mort. En Australie-Méridionale, deux démineurs sont tués le 14 juillet alors qu'ils tentent de désamorcer une mine échouée sur le rivage.