L'histoire de la Papouasie-Nouvelle-Guinée en tant qu'État souverain commence seulement en 1975, mais l'histoire de ce territoire et de sa population remonte à la Préhistoire et comprend de très anciennes traces d'agriculture et de civilisations comme celle de Lapita.
L'État occupe et abrite en 2024 entre et millions d'habitants, contre 6 en 2003, 5 en 1997, 3 en 1979, 2 en 1961.
Préhistoire
Les données archéologiques indiquent que l'homme est arrivé en Nouvelle-Guinée, aux alentours de - ans avant Jésus-Christ probablement par l'Asie du Sud-Est lors d'une période glaciaire où l'océan était plus bas et les traversées plus courtes entre les îles.
Ces premiers découvreurs sont des chasseurs et cueilleurs. Ils sont les ancêtres des Papous. Il y a environ 10 000 ans, ils développent l'agriculture, faisant de la Nouvelle-Guinée l'une des rares parties du monde à avoir inventé l'agriculture de manière indépendante, et cela bien avant l'Europe ou même la plus grande partie de l'Asie. Ils élèvent des gallinacés, des suidés et cultivent des plants d'igname R. Michael Bourke, "History of agriculture in Papua New Guinea", in R. Michael Bourke & Tracy Harwood, Food and Agriculture in Papua New Guinea, ANU Press, 2009 Ann Gibbons, "Papua New Guinea's genetic diversity withstood farming", Science, vol. 357, n° 6356, septembre 2017. Le site agricole de Kuk, classé au patrimoine mondial de l'UNESCO depuis 2008, en demeure l'un des témoins.
Il y a quelque 3 500 ans, des migrants austronésiens atteignent la Nouvelle-Guinée orientale et se mêlent aux populations papoues sur la côte septentrionale et dans les îles Bismarck, créant la civilisation de Lapita-Watom.
Les langues parlées sont (avant l'avancée européenne) des langues papoues (entre 300 et 850 langues Trans-Nouvelle-Guinée), (avec une très faible présence de langues austronésiennes ou d'isolats linguistiques). Le créole néo-mélanésien Tok pisin, à base lexicale anglaise, sert de lingua franca.
Qu'on les nomme mélanésiens ou papous, le pays connaitrait entre et , en interaction depuis quelques millénaires, pour l'essentiel en villages, tribus, chefferies, ignorant la métallurgie, vivant (pour les populations de l'intérieur) d'agriculture de subsistance (igname, taro et de cochon océanique (Sus papuensis, proche du cochon à dent du Vanuatu). Arboriculture, horticulture, maraîchage, chasse, pêche, selon régions et saisons.
La pierre d'Ambum daterait de -1500. thumb|200px|Carte portugaise incluant la Nouvelle-Guinée, vers l'an 1600.
Arrivée des premiers Européens (1526) Les premiers Européens à avoir vu la Nouvelle-Guinée furent les navigateurs portugais naviguant dans le Pacifique Sud au début du . Vers 1526, Dom Jorge de Meneses (1498c-1537) arrive sur l'île principale et la nomme « Papouasie », nom qui provient de papu, que certains auteurs disent dériver d'un mot malais signifiant « crépu », comme les cheveux des Mélanésiens (confondus avec les Papous).
Le nom de Nouvelle-Guinée est attribué à la région au par un explorateur espagnol en raison de la ressemblance extérieure du pays et des populations locales avec la Guinée d'Afrique et ses habitants.
Les navigateurs néerlandais Willem Schouten et Jacob Le Maire suivent la côte Nord de la Nouvelle-Guinée lors de leur expédition de 1616.
Bien que les navigateurs européens aient régulièrement visité les îles alentour, les habitants restent peu connus des Européens jusque dans les années 1870. À cette époque, l'anthropologue russe Nikolaï Mikloukho-Maklaï (1846-1888) mène plusieurs expéditions en Nouvelle-Guinée et s'attache à décrire le mode de vie des habitants de l'île.
Le blackbirding, recrutement (le plus souvent forcé) de main d'œuvre indigène, fréquent en Océanie à cette époque, ne semble guère avoir concerné la Nouvelle-Guinée, sans doute à l'exception des zones littorales.
Principales évolutions (de dénomination) depuis 1880 Selon les territoires et les époques : Partie orientale (au ) : quart Nord-Est : Nouvelle-Guinée allemande (1884-1914/1919) Terre de l'Empereur-Guillaume (1884-1914/1919), élargie à Salomon du Nord, Nauru, Palaos, Îles Mariannes du Nord, Îles Carolines, puis Îles Marshall (1906) Société des missions du Rhin (dès 1887), Société du Verbe Divin Traité germano-britannique de 1886 Traité germano-espagnol (1889) Arthur Wichmann (expédition géologique de 1902-1903) Partition au Traité de Versailles (1919) Territoire de Nouvelle-Guinée (1919-1949), mandat australien de la Société des Nations, Hubert Murray (1861-1940) quart Sud-Est : Territoire de Papouasie (1883-1945/1975), colonie australienne du Queensland, réunion en Territoire de Papouasie et Nouvelle-Guinée (1949-1975), Papouasie-Nouvelle-Guinée (1975-présent) Michael Somare (1936-2021) Armée révolutionnaire de Bougainville (1988), guerre civile de Bougainville (1988-1998), Joseph Kabui (1954-2008), mine de cuivre de Panguna Partie occidentale Expédition Hendrikus Albertus Lorentz (1871-1944), explorateur néerlandais, diplomate, Parc national de Lorentz Transmigrasi (transfert de populations vers Célèbres et Irian Jaya, dès 1903, apogée en 1979-1984) Nouvelle-Guinée néerlandaise (1945/1949-1962), partie des Indes orientales néerlandaises (1800-1949) Silas Papare (1918-1978), Partij Kemerdekaan Irian Indonesia (parti pour l'indépendance de l'Irian indonésien, 1946) République de Papouasie occidentale (1961-1962) Accord de New York (1962) Nouvelle-Guinée occidentale (1962-présent), de facto partie de l'Indonésie, Papouasie occidentale (province indonésienne) (2003) Autorité exécutive temporaire des Nations unies (1962-1963) Conflit en Papouasie occidentale (1963-présent) Organisation pour une Papouasie libre (1963, Organisasi Papua Merdeka, OPM) Autonomie spéciale en Indonésie (2001), Conseil du peuple papou (Majelis Rakyat Papua, MRP) Mouvement uni pour la libération de la Papouasie occidentale (2014) six provinces indonésiennes de Papouasie, Papouasie centrale, Papouasie des hautes terres, Papouasie méridionale, Papouasie occidentale et Papouasie du Sud-Ouest
Territoire de Papouasie (1884-1949) En 1883, la colonie du Queensland a le projet d'annexer le sud-est de la Nouvelle-Guinée mais cette annexion est refusée dans un premier temps par le gouvernement britannique. Le , un protectorat britannique est proclamé sur la côte sud-est de la Nouvelle-Guinée et ses îles adjacentes. Le protectorat britannique appelé Nouvelle-Guinée, est annexé le (ou vers) le , la date exacte n’étant pas certaine.
L'île de Nouvelle-Guinée est partagée entre l'Allemagne (qui occupe en 1884 la partie nord-est de l'île de Nouvelle-Guinée et les îles environnantes), l'Australie qui, à partir de 1902, administre le Territoire de la Papouasie soit la partie sud-est de l'île de Nouvelle-Guinée, et les Pays-Bas (qui occupent la Nouvelle-Guinée occidentale). L'île est stratégiquement importante, car située à proximité immédiate de l'Australie. Galerie de photos : villages, 1885
thumb|300px|Le drapeau allemand hissé à Mioko en 1884.
Nouvelle-Guinée allemande (1884-1919) Du côté de l'Empire allemand, l'administration de ce territoire est confiée en 1885 à une société commerciale, la Compagnie de Nouvelle-Guinée allemande (en allemand Deutsch-Neuguinea Kompagnie). Au titre de sa charte constitutive, la Compagnie de Nouvelle-Guinée allemande exerce des droits souverains sur le nouveau territoire. Elle possède également la capacité de « négocier » directement avec les habitants autochtones. Les relations avec les puissances étrangères restent, quant à elles, aux mains du gouvernement allemand. En 1899, le gouvernement impérial allemand prend le contrôle total du territoire, par la suite connu sous le nom de Nouvelle-Guinée allemande.
En 1909 des prêtres allemands (comme Otto Meyer, découvreur des poteries Lapita de Watom, actuellement exposées au musée de l'Homme de Paris) mais aussi français (comme Louis-André Navarre) établissent des missions catholiques et protestantes sur la côte et dans les îles Bismarck. Des expéditions scientifiques enrichissent les collections du Musée d'histoire naturelle de Berlin qui révèlent au public, entre autres, la variété des paradisiers de Papouasie, et du Musée colonial allemand qui présente un grand panorama côtier, des huttes et des maisons avec des bateaux traditionnels et une activité de pêcheAlbert Gouaffo: Wissens- und Kulturtransfer im kolonialen Kontext. Königshausen & Neumann, Würzburg 2007, S. 47..
En 1913, le peintre expressionniste allemand Emil Nolde séjourne quelque temps en Nouvelle-Bretagne, dans le cadre d'une expédition ethnographique.
En 1914, les troupes australiennes occupent ce territoire après des combats contre les troupes allemandes.
La Nouvelle-Guinée orientale reste sous contrôle australien pendant toute la Première Guerre mondiale et jusqu'en 1941.
Théâtre océanien de la Première Guerre mondiale Campagne de Nouvelle-Guinée (1914)
Territoire de Nouvelle-Guinée (1914/1919-1949) L'exploration (occidentale) du territoire, depuis l'origine, est l'œuvre de mineurs, de recruteurs de main-d'œuvre, de missionnaires, d'aventuriers, avec différents objectifs en tête : acteurs parfois efficaces, rarement enregistreurs. Seuls les forages pétroliers sur le littoral ont retenu l'attention.
Une rare exception est celle de la société "Akmana Gold Prospecting Company", qui a lancé deux expéditions (documentées) de prospection en 1929 et 1930, à la recherche de minerais d'or et d'argent principalement. Actuellement, la mine de Porgera (1990, Barrick Gold), est le second site minier aurifère de l'île (derrière la mine de Grasberg, dans la partie occidentale et indonésienne).
La région des Hautes-Terres, longtemps réputée inhabitée, a été explorée en 1930 et 1933 par des prospecteurs, dont Michael J. Leahy (1901-1979), son frère Patrick Leahy, Mick Dwyer, et toute une équipe, dont des guides papous, prenant de nombreux enregistrements (photographies, sons, films). De ces documents a été tiré le film documentaire australien First Contact (1983), de Bob Connolly et Robin Anderson.
L'explorateur néo-guinéen (1901-1987) a également produit de nombreux documents en partie ethnographiques sur les régions intérieures.
Seconde Guerre Mondiale (1941-1945) En , au cours de la guerre du Pacifique, le nord du Territoire de Papouasie est envahi par le Japon, tandis que le sud est régi par l'administration militaire australienne de Port Moresby. Les Japonais mettent les habitants de leur zone d'occupation au travail forcé à leur service. La campagne de Nouvelle-Guinée est l'une des principales campagnes militaires de la Guerre du Pacifique. Côté allié, l'île et les différents territoires qui la composent sont sous la responsabilité du général Douglas MacArthur (Zone Sud-Ouest du Pacifique). Les derniers éléments de la armée japonaise, basée à Rabaul sous les ordres du général Hatazō Adachi, se rendent fin .
Campagne de Nouvelle-Guinée (1942-1945)
Occupation japonaise des Indes néerlandaises (1942-1945), dont la Nouvelle-Guinée occidentale/Nouvelle-Guinée néerlandaise/Irian Jaya
Vers l'indépendance (1945-1975)