Botunja est un toponyme qui peut désigner : Botunja, un village de Bosnie-Herzégovine situé dans la municipalité de Kreševo, dans le canton de Bosnie centrale et dans la fédération de Bosnie-et-Herzégovine ; Botunja, un village de Serbie situé dans la municipalité de Brus, district de Rasina.