Les transports dans le département français des Pyrénées-Orientales possèdent des caractéristiques très différentes selon la micro-région considérée. Dans l'est du département, Perpignan est placée sur un axe de circulation essentiel en Europe : des flots importants de voyageurs et de marchandises franchissent la frontière franco-espagnole dans le département, principalement par voie routière sur l'autoroute A9. Perpignan est également un pôle de centralité pour les différentes petites agglomérations de l'est du département, auquel celles-ci sont reliées par plusieurs voies rapides périurbaines. En revanche, l'ouest du département, peu peuplé et au relief marqué, apparaît assez isolé, la route nationale 116 et le Train jaune constituant ses voies d'accès presque uniques.

Transport routier thumb|left|Le viaduc de Rome sur l'autoroute A9, au niveau du col du Perthus à la frontière franco-espagnole. Infrastructures routières

Le principal axe du département est l'autoroute A9, qui relie la vallée du Rhône à la Catalogne via Perpignan. Avec à la frontière en 2019. ( entre Narbonne et Perpignan), le col du Perthus est le premier point de passage routier entre la France et l'Espagne, juste devant l'autoroute autoroute A63 dans le Pays basque.

La route nationale 116, qui remonte la vallée de la Têt, constitue la principale liaison entre Perpignan et l'ouest du département, montagneux et peu peuplé. À 2x2 voies jusqu'à Ille-sur-Têt, son trafic décline en-dessous des à l'ouest de Prades. Elle rejoint en Cerdagne la route nationale 20, qui relie Toulouse à la frontière espagnole par le tunnel routier du Puymorens. L'autre axe important de moyenne montagne est la route départementale 115 (ex-route nationale 115), qui remonte la vallée du Tech vers Prats-de-Mollo-la-Preste.

L'existence de plusieurs petites agglomérations dans la plaine côtière du département, échangeant un trafic périurbain important avec Perpignan, explique la mise à 2x2 voies de plusieurs voies d'importance locale : la route départementale 83 vers Saint-Laurent-de-la-Salanque et Le Barcarès, la route départementale 617 vers Canet-en-Roussillon et la route départementale 914 vers Elne et Argelès-sur-Mer.

+ Identifiant  Origine Principales agglomérations desservies dans le département Fin Remarques Autoroute A9 Autoroute A7 à Orange, vers Lyon Rivesaltes, Perpignan, Le Boulou Frontière espagnole au col du Perthus, vers Barcelone Autoroute concédée et payante à 2x3 voies. Route nationale 9 Route nationale 7 à Moulins, vers Paris Salses-le-Château, Rivesaltes, Perpignan, Le Boulou Frontière espagnole au col du Perthus, vers Barcelone Déclassée en 2006 en RD 900 dans le département. Quelques tronçons à 2x2 voies, notamment entre Rivesaltes et Perpignan. Route nationale 20 Autoroute A66 à Pamiers, vers Toulouse(initialement : Paris-Porte d'Orléans) Bourg-Madame Frontière espagnole vers Barcelone Le tunnel routier du Puymorens (qui relie l'Ariège aux Pyrénées-Orientales) a la particularité d'être à péage. La Région Occitanie doit reprendre la gestion de cette route au . Route nationale 20B Route nationale 20 à L'Hospitalet-près-l'Andorre Frontière andorrane vers Andorre-la-Vieille Renommée RN 22 dans les années 1970. Route nationale 20Cou « Route neutre » Frontière espagnole vers Llívia Frontière espagnole vers Puigcerdá Route reliant l'enclave espagnole de Llívia au reste du territoire espagnol à travers le territoire français. Déclassée dans les années 1970 en RD 68. Avant l'adhésion de l'Espagne au marché unique puis à la convention de Schengen, la « route neutre » pouvait en principe être empruntée sans contrôle douanier aux frontières en vertu du Traité des Pyrénées de 1659. Route nationale 22 Route nationale 20 à L'Hospitalet-près-l'Andorre Frontière andorrane vers Andorre-la-Vieille Ancienne route nationale 20B. La Région Occitanie doit reprendre la gestion de cette route au . Route nationale 114 Perpignan Elne, Argelès-sur-Mer, Port-Vendres, Banyuls-sur-Mer, Cerbère Frontière espagnole au col des Balistres, vers Port-Bou Déclassée en 2006 en RD 914. Route nationale 115 Route nationale 9 au Boulou, vers Perpignan Céret, Amélie-les-Bains-Palalda, Arles-sur-Tech, Prats-de-Mollo-la-Preste Frontière espagnole au col d'Ares, vers Ripoll Déclassée dans les années 1970 en RD 115. Route nationale 115A Route nationale 115 à Prats-de-Mollo-la-Preste La Preste (commune de Prats-de-Mollo-la-Preste) Déclassée dans les années 1970 en RD 115A. Route nationale 116 Perpignan Le Soler, Millas, Ille-sur-Têt, Vinça, Prades, Olette, Mont-Louis Route nationale 20 à Bourg-Madame, près de la frontière espagnole (Puigcerda) Aménagée en voie rapide à 2x2 voies jusqu'à l'ouest d'Ille-sur-Têt. La RN 116 est en cours de transfert au département des Pyrénées-Orientales. Route nationale 116A Route nationale 116 à Villefranche-de-Conflent, entre Prades et Olette Vernet-les-Bains Col de Jou (commune de Casteil) Déclassée dans les années 1970 en RD 116. Route nationale 117 Perpignan Estagel, Saint-Paul-de-Fenouillet Bayonne Déclassée dans les années 1970 en RD 117 dans le département. La RN 117 est alors redéfinie comme route de Toulouse à Bayonne, ne passant plus dans les Pyrénées-Orientales. Route nationale 118 Albi Formiguères Route nationale 116 à Mont-Louis, vers la frontière espagnole Déclassée dans les années 1970 en RD 118. Route nationale 320 Route nationale 20 à L'Hospitalet-près-l'Andorre Route nationale 20 à Porté-Puymorens Alternative à la RN 20 ne passant pas par le tunnel routier du Puymorens (donc gratuite). La Région Occitanie doit reprendre la gestion de cette route au . Route nationale 611 Route nationale 610 à Homps, près d'Olonzac Route nationale 117 à Estagel Déclassée dans les années 1970 en RD 611. Route nationale 612 Estagel Millas, Thuir, Bages Elne Déclassée dans les années 1970 en RD 612. Route nationale 612A Thuir Toulouges Perpignan Déclassée dans les années 1970 en RD 612A. Route nationale 614 Millas Baixas, Rivesaltes Route nationale 9 à Pia Déclassée dans les années 1970 en RD 614. Route nationale 615 Ille-sur-Têt Thuir Céret Déclassée dans les années 1970 en RD 615. Route nationale 616 Perpignan Saint-Estève Route nationale 614 à Villeneuve-la-Rivière Déclassée dans les années 1970 en RD 616. Route nationale 617 Perpignan Canet-en-Roussillon Canet-Plage (commune de Canet-en-Roussillon) Déclassée dans les années 1970 en RD 617. Aménagée en voie rapide à 2x2 voies dans les années 1990. Route nationale 618 Saint-Jean-de-Luz Font-Romeu, Mont-Louis, Olette, Prades, Boule-d'Amont, Amélie-les-Bains-Palalda, Céret, Le Boulou, Saint-Génis-des-Fontaines Argelès-sur-Mer « Route des Pyrénées » créée dans les années 1930. Elle possédait plusieurs troncs communs avec d'autres routes nationales, en particulier la RN 20 et la RN 116. Déclassée dans les années 1970 en RD 618 pour ses tronçons propres. Route nationale 619 Saint-Paul-de-Fenouillet Sournia Prades Déclassée dans les années 1970 en RD 619. Route nationale 619A Route nationale 619 à Catllar, vers Prades Molitg-les-Bains Déclassée dans les années 1970 en RD 14.

Transport collectif de voyageurs

Le réseau départemental Le bus à 1 € a été remplacé en , à la suite de la loi NOTRe, par le réseau régional Lignes intermodales d'Occitanie (liO).

Ce réseau, dans le département des Pyrénées-Orientales, comporte une quarantaine de lignes d'autocars, principalement au départ de Perpignan.

Covoiturage et autopartage

Transport ferroviaire Historique thumb|Le pont Gisclard sur la ligne de Cerdagne, dans les années 1910. Si le chemin de fer en provenance de Narbonne atteint Perpignan dès 1858, ce n'est que vingt ans plus tard, à l'issue de plusieurs prolongements, que la jonction avec le réseau espagnol est opérée en gares de Cerbère et Port-Bou. Le réseau d’intérêt général a été développé dans le département par la Compagnie des chemins de fer du Midi et du Canal latéral à la Garonne (Midi). À la fin du , le chemin de fer d’intérêt général atteignait la plupart des villes et bourgs de l'est et du centre du département, dont Amélie-les-Bains, Argelès-sur-Mer, Arles-sur-Tech, Banyuls-sur-Mer, Le Boulou, Céret, Elne, Ille-sur-Têt, Millas, Perpignan, Prades, Rivesaltes et Salses-le-Château ; la Cerdagne et le Fenouillèdes en revanche restaient inaccessibles en train.

Pour désenclaver la Cerdagne, deux lignes d'intérêt général aux caractéristiques exceptionnelles sont construites au début du : la ligne de Cerdagne ou « Train jaune », à voie métrique électrifiée par troisième rail, qui possède le point le plus élevé du réseau ferré national ( au col de la Perche), et la partie méridionale de la ligne de Portet-Saint-Simon à Puigcerda (frontière), dont le tunnel du Puymorens était lors de sa construction le deuxième plus long entièrement situé en France (). La ligne de Carcassonne à Rivesaltes, qui dessert le Fenouillèdes à partir de 1901-1904, possède des caractéristiques beaucoup plus communes.

Les Pyrénées-Orientales ont également été desservies à partir de 1910 par le réseau de chemins de fer d’intérêt local de la Compagnie des chemins de fer des Pyrénées-Orientales. Le CFPO reliait Perpignan au Barcarès, à Baixas et à Thuir, et Arles-sur-Tech à Prats-de-Mollo et Saint-Laurent-de-Cerdans. Ce réseau a disparu dans les années 1950 (sauf la ligne de Thuir reprise par la SNCF jusqu'aux années 1980).

La ligne de Narbonne à Port-Bou (frontière), qui ne possédait pas les fortes rampes ayant justifié l'électrification précoce d'une partie du réseau du Midi, n'est électrifiée qu'au début des années 1980. En 2010, la ligne de Perpignan à Figueras permet d'accélérer les liaisons à grande vitesse vers l'Espagne, Perpignan étant désormais desservie par des TGV Paris-Barcelone.

Situation actuelle thumb|La gare de Latour-de-Carol - Enveitg, à 1231 mètres d'altitude.

La principale gare de voyageurs est la gare de Perpignan, avec une fréquentation annuelle de en 2019.. Cette gare est notamment desservie par des TGV inOui la reliant à Paris (certains sont prolongés vers Barcelone) et des TER Occitanie (liO).

Les principales lignes ferroviaires sont la ligne de Narbonne à Port-Bou (frontière), l'une des deux principales lignes reliant la France à l'Espagne avant l'essor des trains à grande vitesse, et la LGV Perpignan-Figueras qui double la première au sud de Perpignan — et dont le trafic ne dépasse pas deux allers-retours voyageurs quotidiens depuis fin 2022.. Il existe un projet de ligne nouvelle Montpellier - Perpignan, dont la réalisation est envisagée à long terme.

À l'ouest de Perpignan, la ligne de Perpignan à Villefranche - Vernet-les-Bains, et la ligne de Cerdagne (« Train jaune » à écartement métrique, inscrit sur la liste indicative du Patrimoine mondial) qui la prolonge, ont un caractère essentiellement régional. La ligne de Cerdagne rejoint la ligne de Portet-Saint-Simon à Puigcerda (frontière) en gare de Latour-de-Carol - Enveitg ; celle-ci, située à proximité de la frontière espagnole, est l'une des rares gares au monde à posséder trois écartements et trois tensions d'alimentation différentes.