Le tableau suivant dresse la liste des présidents du conseil régional de Franche-Comté.
Nom Notes Années Formation politique 1 Edgar Faure 60px Président du Conseil en 1952 et en 1955.Sept fois ministre sous la Quatrième République.Président de l'assemblée nationale de 1973 à 1978. 1976 UDR 1977 1978 1979 RPR 1980 1981 RAD 2 Jean-Pierre Chevènement 60px Ministre d'État, ministre de la Recherche de l'industrie de 1981 à 1983.Ministre de l'éducation nationale de 1984 à 1986.Ministre de la défense de 1988 à 1991.Ministre de l'intérieur de 1997 à 2000.Maire de Belfort de 1983 à 1997 et de 2001 à 2007.Député puis sénateur du Territoire de Belfort depuis 2008. PS 1982 3 Edgar Faure 60px Président du Conseil en 1952 et en 1955.Sept fois ministre sous la quatrième république.Président de l'assemblée nationale de 1973 à 1978. GD 1983 1984 1985 1986 1987 1988 4 Pierre Chantelat60px Maire de Vesoul de 1977 à 1989.Député de la Haute-Saône de 1978 à 1981 et de 1986 à 1988. RPR 1989 1990 1991 1992 1993 1994 1995 1997 1998 5 Jean-François Humbert Sénateur du Doubs depuis 1998. UDF 1999 2000 2001 2002 2003 UMP 2004 6Raymond Forni 60px Ancien député du Territoire de Belfort.Maire de Delle de 1991 à 2004.Président de l'assemblée nationale de 2000 à 2002.Décède en cours de mandat (le ). PS 2005 2006 2007 2008 7Marie-Guite Dufay 60px Première femme à ce poste.À la suite du décès de Raymond Forni, elle assure la présidence par intérim du 5 au , date de son élection par le conseil régional.Elle est par la suite élue à la présidence de la région Bourgogne-Franche-Comté, qui regroupe la Bourgogne et la Franche-Comté à partir du . PS 2009 2010 2011 2012 2013 2014 2015
* Franche-Comte