La réserve marine de l'Estuaire-de-la-Rivière-Bonaventure, avant 2021, la réserve aquatique de l'Estuaire-de-la-Rivière-Bonaventure, est une réserve marine du Québec, au Canada, située à proximité de la ville de Bonaventure dans la péninsule gaspésienne. Cette aire protégée de a pour mission de préserver l'estuaire de la rivière Bonaventure, l'un des dix barachois estuariens au Québec. On trouve sur les îles de l'estuaire plusieurs espèces rares au Québec dont la gentiane de Macoun (Gentianopsis virgata subsp. macounii), l'aster d'Anticosti et la muhlenbergie de Richardson ainsi que vingt-sept autres espèces végétales rares en Gaspésie.

La réserve, née du don d'une compagnie forestière au gouvernement du Québec en 2001, est partiellement protégée lors de la création, en 2005, de l'habitat floristique du Barachois-de-Bonaventure, destiné à sauvegarder la végétation des îles. L'aire protégée, définitivement créée en 2009, est administrée par le ministère de l'Environnement et de la Lutte contre les changements climatiques.

Géographie gauche|vignette|alt=Carte de localisation.|Carte de la réserve. La réserve aquatique a une superficie totale de et comprend une partie de l'estuaire de la rivière Bonaventure. Elle inclut les îles des Prés, des Sapins, des Chardons et d'Arseneault ainsi que la flèche de sable de l'île aux Pirates. Elle est entièrement située sur le territoire de la ville de Bonaventure dans la municipalité régionale de comté de Bonaventure de la région administrative de la Gaspésie–Îles-de-la-Madeleine.

Elle englobe la totalité de l'habitat floristique du Barachois-de-Bonaventure, d'une superficie de ; sa partie sud inclut les de l'aire de concentration d'oiseaux aquatiques de la Pointe de Paspébiac.

Géologie et relief La réserve est située dans les Appalaches, plus précisément sur l’assise rocheuse de la formation de Bonaventure ; il s'agit d'une formation composée de conglomérat, de grès et de mudstone rouge qui date du Mississippien (entre 358 et 323 millions d'années). Les dépôts des îles sont composés de sable, de gravier et de silt avec une petite proportion d’argile d'origine marine. La forme des îles évolue sous l'action de l'érosion et de la sédimentation liée aux crues et aux glaces.

Son relief est celui d'un delta, d'une altitude ne dépassant pas dix mètres.

Hydrographie vignette|gauche|alt=Un chenal avec ses rives boisées.|Un chenal de la rivière Bonaventure. La rivière Bonaventure, longue de , prend sa source dans les monts Chic-Chocs, à d'altitude. Elle draine un bassin de et elle a un débit à l'embouchure de , ce qui en fait l'une des plus importantes rivières de la péninsule gaspésienne, après les rivières Ristigouche et Matapédia. À chaque marée, l'estuaire laisse entrer entre et d'eau de mer, laquelle peut pénétrer jusqu'à au nord de la route 132 en période d'étiage. Il est l'un des dix barachois estuariens au Québec.

Climat Son climat, celui de la plaine côtière de la baie des Chaleurs, est caractéristique d'une zone tempérée moyenne, frais et pluvieux avec des hivers rigoureux. Cependant, l'influence maritime de la baie atténue les températures extrêmes ; les hivers sont ainsi plus cléments qu'à Québec, par exemple. La durée d'ensoleillement annuelle est l'une des plus élevées après Montréal et la période sans gel y est de . C'est la région subissant les moins grandes précipitations de neige de l'est du Québec. Les vents dominants, en hiver comme en été, soufflent de l'ouest..

Milieu naturel La dénomination et la délimitation des écorégions diffèrent selon les organismes qui les établissent. Selon la Commission de coopération environnementale, la réserve est située dans l'écorégion de niveau III des basses-terres des Maritimes des forêts tempérées de l'Est. Le cadre écologique canadien. l'inscrit dans l'écozone des hautes terres du nord du Nouveau-Brunswick tandis que le Fonds mondial pour la nature la situe dans l'écorégion des forêts de la Nouvelle-Angleterre et de l'Acadie.

L'écozone des hautes-terres du nord du Nouveau-Brunswick comprend dans ses zones les plus élevées des forêts d'érables à sucre, de hêtres à grandes feuilles et de bouleaux jaunes. Les vallées sont dominées par la pruche du Canada, le sapin baumier, le pin blanc et l'épinette blanche. Au nord de l'écorégion, plus sec, poussent le pin blanc, le pin rouge, le pin gris, l'épinette et le sapin.

Delta vignette|gauche|alt=Un chenal avec de la forêt sur les rives.|Un des chenaux de la rivière Bonaventure. Les chenaux de la rivière sont colonisés par l'Enteromorpha intestinalis, plante très résistante au changement de la salinité. Les îles contiennent des marécages boisés peuplés par l'épinette noire, l'orme d'Amérique, le peuplier baumier avec des portions non boisées colonisées par les plantes herbacées et les arbustes. La quenouille à feuilles larges est la plante dominante des marais en eau douce. Les prairies humides sont peuplées par la calamagrostide du Canada, le scirpe à nœuds rouges, la sanguisorbe du Canada et la lysimaque terrestre. Les marécages arbustifs sont composés d'aulne rugueux (Alnus incana subsp. rugosa), de saule de Bebb, de saule à tête laineuse, le tout accompagné de myrique baumier et de sanguisorbe du Canada. Les stations les plus sèches sont occupées par l'épinette blanche et le thuya occidental.

Les îles servent d'habitat à trois espèces rares au Québec. La première est la gentiane de Macoun (Gentianopsis virgata subsp. macounii). C'est une plante herbacée annuelle qui pousse sur les rives des estuaires d'eau douce ou saumâtre. On retrouve cette plante au Québec sur le littoral de la baie James et à Bonaventure. Il s'agit de la seule occurrence de cette plante en Gaspésie. On y retrouve aussi l'aster d'Anticosti, une plante herbacée endémique au golfe du Saint-Laurent et la muhlenbergie de Richardson, une plante des berges et des platières calcaires qui n'est présente que dans une quinzaine d’endroits au Québec. On y retrouve aussi vingt-sept autres espèces rares au niveau régional comme la renoncule de Gmelin et l'aster des marais (Symphyotrichum novi-belgii var. elodes).

La rivière Bonaventure est fréquentée par deux espèces de Salmonidés, le saumon atlantique, dont la population est estimée à et l'omble de fontaine ainsi que par l'éperlan arc-en-ciel. La rivière est la plus importante frayère d'éperlan arc-en-ciel en Gaspésie.

Le chenal entre les îles Arsenault et des Prés est apprécié par les oiseaux en période de migration. Les espèces d'oiseaux migrateurs les plus fréquemment observées sont la bernache du Canada, le canard noir, le canard colvert et la sarcelle à ailes vertes.

Lagune vignette|alt=Étendue d'eau avec une forêt en arrière plan.|La lagune vue du village. La zostère marine est la plante dominante du barachois, souvent accompagnée d'Enteromorpha intestinalis. La flore de la lagune comprend aussi la laitue de mer, la ruppie maritime et la zannichellie des marais. La lagune est bordée, par endroits, de marais salés ou saumâtres. Les plantes dominantes des marais sont le jonc de la Baltique, le carex écailleux, la fétuque rouge, la spartine pectinée, l'aster de New York et l'éléocharide uniglume.

Le plancton de la lagune est composé de copépodes et de nauplius de crustacés. Le benthos est composé de dont les plus communes sont la néréide commune et l'hydrobie minuscule. La lagune est aussi occupée par une quinzaine d'espèces de poissons dont les épinoches, la capucette, le choquemort, le chaboisseau bronzé, la plie lisse, la plie rouge, l'anguille d'Amérique, l'éperlan arc-en-ciel, le hareng atlantique et le poulamon atlantique. Les vasières sont visitées par plusieurs espèces d'oiseaux limicoles et palmipèdes. Les espèces en péril au Québec ou au Canada sont le râle jaune et le pic à tête rouge. Les espèces rares au niveau régional sont la foulque d'Amérique, la mouette pygmée, la mouette rieuse et la Grande Aigrette.

Cordon littoral Sur la flèche littorale est, les plantes les plus communes sont l'ammophile à ligule courte, l'élyme des sables d'Amérique, la gesse maritime, la linaire commune, le chénopode de Berlandier, le caquillier édentulé et la sabline faux-péplus. La flèche littorale ouest, qui ne fait pas partie de la réserve, est fortement perturbée et sa végétation est semblable à celle des milieux anthropiques. Le haut de la plage est dominé par la spartine alterniflore accompagnée de spergulaire du Canada, de salicorne de Virginie, du plantain maritime et du suéda maritime. Quant à la slikke, elle est dominée par la zostère marine. La faune du cordon reçoit un grand nombre d'oiseaux, en particulier des anatidés et des limicoles.

Littoral La végétation au large de la flèche littorale se compose d'un grand herbier de zostères marines de de long allant de Saint-Siméon à Bonaventure et, plus loin, d'une prairie sous-marine de laminaires à long stipe. La végétation des fonds pierreux est composée d'algues dont les principales espèces sont le fucus bifide, le fucus vésiculeux, la mousse d'Irlande, la laminaire criblée, l'ascophylle noueuse et la main-de-mer palmée.

Les eaux côtières de Bonaventure servent de milieu de vie à de nombreuses espèces d'invertébrées, dont la moule bleue, la mye commune, le pétoncle géant, le pétoncle d'Islande, l'oursin vert, la littorine commune, l'étoile de mer commune, le crabe des neiges et le homard américain. Les herbiers offrent un refuge au crabe commun, à la crevette grise de sable et aux vers marins. Parmi les 30 espèces de poissons recensées figurent le poulamon atlantique et l'anguille d'Amérique. Le littoral est une importante halte migratoire pour les oiseaux aquatiques et de rivage. On y a déjà observé le garrot d'Islande, considéré comme espèce menacée au Canada. Quelques mammifères marins visitent le site, dont le petit rorqual, le rorqual commun, le phoque commun, le phoque gris et le marsouin commun.

Histoire vignette|alt=Plage avec des épis.|La plage de Beaubassin, exclue de l'aire protégée. Les premiers aménagements de l'estuaire ont été réalisés à partir de la fin du et durant les années 1960, avec la construction du canal de flottage du bois alimentant une scierie. Ultérieurement, les constructions du pont-jetée de la route 132, d'installations portuaires et d'une marina, ont grandement perturbé la circulation de l'eau ainsi que les processus de sédimentation de la lagune. Pour y remédier, le pont-jetée a été percé d'un ponceau et la jetée, reliant la route 132 à la pointe de Beaubassin, a été démantelée.

L'origine de la réserve provient d'un don écologique de la compagnie Emballages Smurfit-Stone (Canada) inc. au gouvernement du Québec, en 2001. En 2005, l'ensemble des îles de l'estuaire a été inclus dans l'habitat floristique du Barachois-de-Bonaventure. Le de la même année, le territoire de la réserve obtient le statut de « réserve aquatique projetée ». Le ministère a confié au Bureau d'audiences publiques sur l'environnement (BAPE), en , le mandat de procéder à des consultations publiques, afin de donner un statut permanent à la réserve aquatique et à la réserve de biodiversité du Karst-de-Saint-Elzéar. Des séances se sont tenues en septembre et en octobre de la même année et le rapport a été publié en . Le BAPE a recommandé de soustraire deux portions du projet initial : la plage sur la flèche de sable de Beaubassin, à cause de son utilisation intensive, et le bassin entre la marina de Bonaventure et la route 132, à cause des travaux de dragage qui maintiennent la navigation vers le port de pêche et la marina. Ces deux retraits ont été acceptés par le ministère et exclus de la réserve, qui a obtenu son statut permanent le .

Le la réserve a changé son statut pour celui de réserve marine à la suite de la mise en vigueur de la loi modifiant la Loi sur la conservation du patrimoine naturel et d’autres dispositions.

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