Le Chemistry Development Kit (CDK) est une bibliothèque open source développée en Java pour la chémoinformatique et la bio-informatique Steinbeck, C.; Han, Y. Q.; Kuhn, S.; Horlacher, O.; Luttmann, E.; Willighagen, E.L. The Chemistry Development Kit (CDK): An open-source Java library for chemo- and bioinformatics. Journal of Chemical Information and Computer Sciences 2003, 43, 493-500. PubMed 12653513. Cette bibliothèque est disponible pour les systèmes Windows, Unix, et Mac OS X. CDK est distribué sous licence GNU LGPL.
Historique
Le projet CDK a démarré en 2000 par Christoph Steinbeck, Egon Willighagen et Dan Gezelter, les développeurs de Jmol et JChemPaint, afin de créer une base de code commun à ces deux projets. Depuis, de nombreuses personnes ont contribué au projet, permettant le développement de nombreuses fonctionnalités détaillées ci-dessous.
Bibliothèque La bibliothèque CDK ne comporte pas d'exécutable utilisable par les utilisateurs finaux. Toutefois, CDK a été intégré dans plusieurs logiciels afin de rendre ses fonctionnalités disponibles (par exemple, CDK-Taverna, Bioclipse et Cinfony).
Fonctionnalités principales Chemo-informatique
Édition et génération de molécules en 2D Génération de coordonnées 3D Recherche structurale (sous-structure ou structure exacte) Calcul de descripteurs QSARSteinbeck, C.; Hoppe, C.; Kuhn, S.; Floris, M.; Guha, R.; Willighagen, E.L. Recent developments of the chemistry development kit (CDK) - an open-source java library for chemo- and bioinformatics.. Current pharmaceutical design 2006, 12, 2111-20. PubMed 16796559 (e.g. PubMed 16959190) Calcul d'empreintes binaires (fingerprint) Calcul de champs de force Support de nombreux formats de fichier chimique Génération de structures
Bio-informatique
Détection des sites actifs des protéines Détection de ligands similaires
Général Adaptateur Python Adaptateur Ruby Communauté d'utilisateurs active Newsletter: CDK News
Notes et références
Annexes Articles connexes Bioclipse - Logiciel basé sur Eclipse/RCP pour la chemo-informatique et la bio-informatique Jmol - Logiciel de visualisation 3D de molécules JOELib - Version Java des logiciels OpenBabel et OELib JChemPaint - Logiciel d'édition 2D de molécules
Liens externes
Le Wiki CDK - Le wiki CDK News - La newsletter du projet CDK
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