Le patrimoine religieux de Besançon est constitué d'un grand nombre d'églises et de lieux de culte chrétiens, mais aussi de mosquées, d'un temple protestant ou encore d'une synagogue tout à fait remarquable ainsi que d'un patrimoine ornemental faisant souvent référence au christianisme. Avec une cinquantaine de lieux de culte en activité ou réaffectés, la capitale comtoise possède l'un des patrimoines religieux parmi les plus riches et les plus variés de Franche-Comté.
Les bâtiments encore affectés au culte Les lieux de culte chrétiens catholiques Les églises basiliques et cathédrale(s) La cathédrale Saint-Jean thumb|La Cathédrale Saint-Jean.
La ville de Besançon ne compte actuellement qu'une seule cathédrale : la cathédrale Saint-Jean, rue du Chapitre. Il s'agit d'une église, basilique et cathédrale carolingienne franc-comtoise avec des parties romanes, gothiques et baroques construite à l'origine dès le La cathédrale Saint-Jean de Besançon, pages 6 et 7. puis reconstruite plusieurs fois et notamment au et . L'édifice est l'un des rares à comprendre deux chœurs opposésLa cathédrale Saint-Jean de Besançon sur Jedecouvrelafrance.com (consulté le ). et recèle également une trentaine de tableaux classés aux monuments historiques, une horloge astronomique considérée comme un chef-d'œuvre du genreL'horloge astronomique de Besançon sur le site du Centre des monuments nationaux (consulté le ). ou encore « la rose de Saint-Jean », un autel circulaire datant du et entièrement réalisé dans du marbre blanc. Sa légitimité même de siège diocésain fut maintes fois remise en cause, notamment par le proche chapitre de Saint-Étienne, mais le pape franc-comtois Calixte II rétablit ce droit à cette église, considérée comme la « maison-mère »La cathédrale Saint-Jean de Besançon, pages 11, 12 et 13.. De nombreuses personnalités furent enterrées au sein du bâtiment, notamment des comtes de Bourgogne mais aussi des archevêques de la ville. L'édifice est considéré comme l'un des plus beaux chefs-d'œuvre architecturaux de la ville, avec la citadelle de Vauban.
La basilique Saint-Ferjeux thumb|left|La basilique Saint-Ferjeux. La capitale comtoise ne compte qu'une seule basilique : la basilique Saint-Ferjeux, place de la Basilique. Elle semble être la seconde église construite en Franche-Comté après la cathédrale Saint-Jean, dédiée à saint Ferjeux et son frère Saint-Ferréol et construite au-dessus de la grotte même où les deux saints reposaient (consulté le ). Cependant l'église d'origine fut détruite pour permettre la construction de l'actuelle basilique entre 1881 et 1901Planoise, Vous connaissez ? par René Bévalot (1995), page 7 à 17. par Alfred Ducat. La basilique est de style romano-byzantin, et sa façade antérieure est calée par deux imposantes tours. Cinq chapelles sont situées autour de l'abside et des peintures murales réalisées par des artistes originaires de la ville se déroulent au-dessus des grandes arcades de la nef. La coupole est composée de mosaïques, et un ensemble de vitraux fabriqués par l'atelier Gaudin et des sculptures de Just Becquet complètent le décor.thumb|L’église de la Madeleine. thumb|L'église Saint-Pierre. thumb|L'église Saint-Maurice. thumb|L'église Saint-Martin des Chaprais. thumb|L'église Sainte-Jeanne-d'Arc. thumb|L'église du Sacré-Cœur. thumb|L'église Saint-Louis. thumb|L'église Notre-Dame du Foyer.
L'église de la Madeleine L’église de la Madeleine, 2 rue de la Madeleine, est une église halle de style classique du Brochure éditée par la ville de Besançon, direction de la culture et du patrimoine, . située dans le quartier Battant. En 1063 l’archevêque de Besançon Hugues de Salins fait restaurer l’église Sainte-Madeleine en collégiale de style gothique. En 1182, les chanoines du chapitre de l’église collégiale de Sainte-Madeleine décident de créer l'hôpital Saint-Jacques de Besançon avec l'accord du pape Lucius III pour « construire une maison hospitalière en vue de l’accueil des pèlerins qui se rendent au pèlerinage de Rome, de Saint-Jacques-de-Compostelle et de Jérusalem ». Après plusieurs modifications au cours des siècles, l'édifice est entièrement reconstruit entre 1746 à 1766, par l'architecte Nicolas Nicole (consulté le ) et dédiée à sainte Madeleine. Cet édifice, classé parmi les nombreux monuments historiques de la ville, est cependant un bâtiment tout à fait particulier notamment grâce aux nombreuses œuvres d'art conservées dans l'église, à son orgue également classé monument historique ainsi qu'à son musée retraçant la vie du quartier de BattantLe musée de l'église Sainte-Madeleine sur le site officiel de l'office du tourisme de Besançon (consulté le )..
L'église Saint-Pierre L'église Saint-Pierre, 10 place du huit septembre, fut construite au , mais reconstruite à plusieurs reprises et notamment par Hugues de SalinsL'église Saint-Pierre de Besançon sur Racines-Comtoises.fr (consulté le ).. L'église fut cependant de nouveau rebâtie de 1782 à 1786 (consulté le ) par Claude-Joseph-Alexandre Bertrand sur les plans de l’architecte Victor Louis. La hauteur importante du clocher s’explique par son rôle de beffroi de l’hôtel de ville portant ainsi bien haut la cloche municipale et de loge du guetteur. Répertoriée Monument Historique le , l'église renferme aujourd'hui de nombreuses œuvres d'art très bien conservées : la pieta de Luc Breton, l'original chemin de croix ou encore les splendides boiseries du chœur de l'église. Elle est située sur la place du Huit septembre, au cœur du centre historique de Besançon.
L'église Saint-Maurice L'église Saint-Maurice est un édifice de style Jésuite situé 121 Grande Rue dans le centre historique. La première église dédiée à saint Maurice aurait été érigée par l'évêque de Besançon saint Sylvestre et remonterait à la fin du . Détruite au siècle suivant, elle est rebâtie par saint Nicet à la fin du et/ou au début du . Elle est de nouveau détruite et reconstruite au , puis au , partiellement au puis totalement à la fin du et achevée en 1715 pour lui donner son ascpect actuel. L'édifice est classé monument historique depuis le (consulté le ), et comporte de nombreux tableaux, quelques statues ainsi que des plaques commémoratives.
L'église Saint-Hippolyte L'église Saint-Hippolyte est un édifice religieux situé rue du Pont dans le quartier de Velotte. La paroisse de Velotte apparaît dans des textes à partir du milieu du Urbanisation à Besançon - 1.1. Repli et distance, page 2 (consulté le 18/01/2010) ; cependant, cette église fut probablement bâtie au cours du dans un style roman, et fut rattachée récemment à l'Archidiocèse de Besançon sous le nom de communauté de Saint-Hippolyte. Le bâtiment comprend un clocher mesurant environ de haut coiffé d'une croix et d'un coq gaulois, ainsi qu'un seul transept sur le côté droit. L'édifice peut accueillir environ une centaine de fidèles, et comporte une tribune se situant à l'entrée ne pouvant elle accueillir pas plus d'une dizaine de personnes. L'intérieur du bâtiment est orné par trois tableaux, dont deux monumentaux. L'église comporte également un petit orgue, un tabernacle en bois, un crucifix ainsi qu'un cadran solaire à l'extérieur. Une plaque commémorative, situé à l'entrée de l'église, rappelle les noms des habitants du quartier morts durant les guerres. La communauté possède également un petit bâtiment annexe construit durant les années 1980, qui accueille parfois les kermesses et les fêtes du quartier.
L'église Saint-Martin des Chaprais L'église Saint-Martin des Chaprais est située rue de l'Église dans le quartier des Chaprais. La première église bisontine dédiée à saint Martin était jadis située dans le quartier de Bregille, et aurait été fondée dès le . Cette dernière, qui fut reconstruite à plusieurs reprises, fut définitivement détruite lors du siège de Besançon par l'armée liechtensteinoise, le . Le général Marulaz prit la décision très controversée de raser entièrement le quartier de Bregille ainsi que son église et son cimetière adjacent. L'actuelle église Saint-Martin fut reconstruite à partir de 1821 sur les plans de l'architecte Lapret, sur le lieu-dit du « Pater », au cœur du quartier des Chaprais. Elle fut rebâtie près du cimetière des Chaprais qui existait déjà auparavant, et fut dès lors nommée église Saint-Martin des Chaprais pour la différencier de l'ancienne église Saint-Martin de Bregille.
L'église Sainte-Jeanne-d'Arc L'église Sainte-Jeanne-d'Arc, située rue Crotot, dans le quartier de Bregille. Après plus d'un siècle sans lieu de culte lié à la destruction de l'ancienne abbaye Saint-Martin, l'abbé Quinnez, alors curé de la paroisse de Saint-Lin, est chargé par l'archevêque de Besançon Humbrecht de construire une basilique dédiée à Jeanne d'Arc dans le quartier de Bregille. La première pierre de l'édifice est posée en 1930, mais quand le chœur fut achevé en 1933, les travaux de l'église sont brutalement interrompus et le bâtiment est fermé provisoirement. Les travaux sont finalement repris en 1948, et le projet initial basé sur les plans de l'abbé Quinnez est abandonné au profit d'une esquisse de M. Dumas. Les nouveaux plans présentent alors un édifice associant le style néogothique et le style moderne, où s'intègre un clocher droit de de haut surmonté d'une croix, bien que cette dernière soit finalement rejetée par une commission d'art sacré en 1952. En 1956, les travaux sont finalement autorisés et en 1961 l'église est officiellement consacrée par Monseigneur Marcel Dubois. Ce n'est qu'en 2002 que la cloche est installée, lors de travaux de rénovation. De 2006 à 2019, des salles situées à l'arrière de l'édifice sont mises à la disposition des chrétiens orthodoxes.
L'église Saint-Claude L'église Saint-Claude est située rue Jean Wyrsch, dans le quartier de Saint-Claude. Elle fut construite entre 1854 et 1858 dans le style néogothique par l'architecte Alphonse Delacroix (1807-1878). La façade de l'édifice est composée de deux petites tourelles entourant le portail coiffé d'un vitrail rond et d'une statue de saint Claude, ancien évêque de Besançon. Le clocher est détruit dans les années 1980 pour des problèmes d'infiltrations, et remplacé par un campanile à gauche du bâtiment. Cette église fait partie, avec l'église Saint-Louis, de la paroisse Saint-Jean-Baptiste.
L'église du Sacré-Cœur L'église du Sacré-Cœur est située avenue Carnot Sadi-Carnot, près du centre-ville. Après avoir consacré le diocèse de Besançon au Sacré-Cœur en 1914, Gauthey décida de la construction d'une église à proximité de Besançon qui lui soit dédiée. L'église fut achevée en 1923, et comporte deux grandes tours encadrant un imposant portail constitué notamment de petites colonnes et d'une statue monumentale de Jésus au Sacré-Cœur et d'une plus petite de la Vierge Marie.
L'église Saint-François d'Assise L'église Saint-François d'Assise est un lieu de culte situé place Jean-Moulin, dans le quartier de Planoise. L'édifice fut construit au début des années 1970 et inauguré en 1972 par l’architecte et urbaniste Maurice NovarinaL'église Saint-François d'Assise sur Planoise-reflexions.fr (consulté le ).. Le bâtiment est essentiellement constitué de béton et de contreplaqué, il est dessiné en « carré » (à l’instar des églises traditionnelles, en forme de croix). Il y a à l’intérieur de l’église quelques fresques et vitraux, à l’extérieur une fresque de éléments, réalisée par l’artiste Pascutto. À noter que le monument ne dispose d’aucun clocher.
thumb|Clocher de l'église Saint-Pie X thumb|Église Saint-Pie X L'église Saint-Pie X L'église Saint-Pie X, située avenue des Géraniums dans le quartier des Orchamps dans le nord-est de la ville. Le bâtiment fut conçu et bâti par les soins de l'architecte J. Gauthier, et la première pierre de l'édifice est posée durant le printemps 1957. De forme simple, le bâtiment fut réalisé sur un plan rectangulaire et comporte un imposant clocher annexe.
L'église Saint-Joseph