La classification APG II (2003), ou classification phylogénétique, est une classification botanique phylogénétique des angiospermes établie selon les travaux de l'Angiosperm Phylogeny Group.
APG II est la deuxième classification publiée par ce groupe, après la classification APG, la troisième étant la classification phylogénétique APG III (2009).
À la différence de la classification classique -qui s'appuie principalement sur des similarités morphologiques et physiologiques, notamment sexuelles, des êtres vivants-, APG II est construite à la base de deux gènes chloroplastiques et un gène nucléaire de ribosome, mais ces données sont complétées dans quelques cas par d'autres données.
Les groupes principaux établis par cette classification sont les clades monophylétiques suivants, qui n'ont pas été remis en cause par APG III : Angiospermes : Magnoliidées Monocotylédones Commelinidées Dicotylédones vraies Noyau des Dicotylédones vraies Rosidées Fabidées Malvidées Astéridées Lamiidées Campanulidées
Classification des plantes à fleurs N.B. Ici, les noms scientifiques des familles présument une date de départ au (date de publication du Genera Plantarum de Jussieu). Ce choix ne se conforme pas au Code de Saint Louis (2000), mais vient se conformer au Code de Vienne (2006).
N.B.2 Ici, deux noms sont retenus : (Potamogetonaceae et Cornaceae), en anticipation des propositions pour superconserver ces noms. N'est pas retenu Amaryllidaceae lato sensu (pour la famille qui est appelée ici Alliaceae), étant entendu que Meerow & al. proposent de conserver Amaryllidaceae au-dessus de Alliaceae. Ici, Amaryllidaceae est utilisé seulement stricto sensu.
* = nouvel emplacement pour cette famille (changé depuis la classification APG);
= nouvel ordre (changé depuis la classification APG);
§ = nouvelle définition (voir texte de APG II).
Les familles en "[...]" sont des alternatives acceptables et monophylétiques. Elles peuvent être utilisées, optionnellement, au lieu de la définition lato sensu préférée ici.
groupes s'étant individualisés tôt (anglais : "root groups") famille Amborellaceae Pichon (1948) famille Chloranthaceae R.Br. ex. Sims (1820) famille Nymphaeaceae Salisb. (1805) [+ famille Cabombaceae Rich. ex. A.Rich. (1822)] ordre Austrobaileyales Takht. ex. Reveal (1992) famille Austrobaileyaceae (Croizat) Croizat (1943) famille $Schisandraceae Blume (1830) [+ famille Illiciaceae A.C.Sm. (1947)] famille Trimeniaceae L.S.Gibbs (1917)
ordre Ceratophyllales Bisch. (1839) famille Ceratophyllaceae Gray (1821) L'ordre Ceratophyllales est rattaché à la base des dicotylédones vraies, mais n'appartient pas à celles-ci.
Magnoliidées (anglais "magnoliids") ordre Canellales Cronquist (1957) famille Canellaceae Mart. (1832) famille Winteraceae R.Br. ex Lindl. (1830)
ordre Laurales Perleb (1826) famille Atherospermataceae R.Br. (1814) famille Calycanthaceae Lindl. (1819) famille Gomortegaceae Reiche (1896) famille Hernandiaceae Bercht. & J.Presl (1820) famille Lauraceae Juss. (1789) famille Monimiaceae Juss. (1809) famille Siparunaceae (A.DC.) Schodde 1970
ordre Magnoliales Bromhead (1838) famille Annonaceae Juss. (1789) famille Degeneriaceae I.W.Bailey & A.C.Sm. (1942) famille Eupomatiaceae Endl. (1841) famille Himantandraceae Diels (1917) famille Magnoliaceae Juss. (1789) famille Myristicaceae R.Br. (1810)
ordre Piperales Dumort. (1829) famille Aristolochiaceae Juss. (1789) famille *Hydnoraceae C.Agardh (1821) famille Lactoridaceae Engl. (1888) famille Piperaceae Bercht. & J.Presl (1820) famille Saururaceae Martinov (1820)
Monocotylédones (anglais "monocots") famille $Petrosaviaceae Hutch. (1934) ordre Acorales Reveal (1996) famille Acoraceae Martinov (1820) ordre Alismatales Dumort. (1829) famille Alismataceae Vent. (1799) famille Aponogetonaceae J.Agardh (1858) famille Araceae Juss. (1789) famille Butomaceae Mirb. (1804) famille Cymodoceaceae N.Taylor (1909) famille Hydrocharitaceae Juss. (1789) famille Juncaginaceae Rich. (1808) famille Limnocharitaceae Takht. ex Cronquist (1981) famille Posidoniaceae Hutch. (1934) famille Potamogetonaceae Rchb. (1828) famille Ruppiaceae Horan. (1834) famille Scheuchzeriaceae F.Rudolphi (1830) famille Tofieldiaceae Takht. (1995) famille Zosteraceae Dumort. (1829) ordre Asparagales Bromhead (1838) famille $Alliaceae Batsch ex. Borkh. (1797) [+ famille Agapanthaceae F.Voigt (1850)] [+ famille Amaryllidaceae J.St.-Hil. (1805)] famille $Asparagaceae Juss. (1789) [+ famille Agavaceae Dumort. (1829)] [+ famille Aphyllanthaceae Burnett (1835)] [+ famille Hesperocallidaceae Traub (1972)] [+ famille Hyacinthaceae Batsch ex. Borkh. (1797)] [+ famille Laxmanniaceae Bubani (1901)] [+ famille Ruscaceae Spreng. (1826)] [+ famille Themidaceae Salisb. (1866)] famille Asteliaceae Dumort. (1829) famille Blandfordiaceae R.Dahlgren & Clifford (1985) famille Boryaceae (Baker) M.W.Chase, Rudall & Conran (1997) famille Doryanthaceae R.Dahlgren & Clifford (1985) famille Hypoxidaceae R.Br. (1814) famille Iridaceae Juss. (1789) famille Ixioliriaceae Nakai (1943) famille Lanariaceae H.Huber ex R.Dahlgren & A.E. van Wyk (1988) famille Orchidaceae Juss. (1789) famille Tecophilaeaceae Leyb. (1862) famille $Xanthorrhoeaceae Dumort. (1829) [+ famille Asphodelaceae Juss. (1789)] [+ famille Hemerocallidaceae R.Br. (1810)] famille Xeronemataceae M.W.Chase, Rudall & M.F.Fay (2001) ordre Dioscoreales Hook.f. (1873) famille $Burmanniaceae Blume (1827) famille $Dioscoreaceae R.Br. (1810) famille Nartheciaceae Fr. ex Bjurzon (1846) ordre Liliales Perleb (1826) famille Alstroemeriaceae Dumort. (1829) famille Campynemataceae Dumort. (1829) famille Colchicaceae DC. (1804), nom.cons. famille *Corsiaceae Becc. (1878) famille Liliaceae Juss. (1789) famille Luzuriagaceae Lotsy (1911) famille Melanthiaceae Batsch ex Borkh. (1796) famille Philesiaceae Dumort. (1829) famille Rhipogonaceae Conran & Clifford (1985) famille Smilacaceae Vent. (1799) ordre Pandanales Lindl. (1833) famille Cyclanthaceae Poit. ex A.Rich. (1824) famille Pandanaceae R.Br. (1810) famille Stemonaceae Caruel (1878) famille *Triuridaceae Gardner (1843) famille Velloziaceae Hook. (1827)
Commelinidées (anglais "commelinids") NB: en APG II l'anglais est "commelinids" mais c'était "commelinoids" en APG.
famille Dasypogonaceae Dumort. (1829) ordre Arecales Bromhead (1840) famille Arecaceae Schultz Sch. (1832) ordre Commelinales Dumort. (1829) famille Commelinaceae Mirb. (1804) famille Haemodoraceae R.Br. (1810) famille *Hanguanaceae Airy Shaw (1964) famille Philydraceae Link (1821) famille Pontederiaceae Kunth (1816) ordre Poales Small (1903) famille Anarthriaceae D.F.Cutler & Airy Shaw (1965) famille *Bromeliaceae Juss. (1789) famille Centrolepidaceae Endl. (1836) famille Cyperaceae Juss. (1789) famille Ecdeiocoleaceae D.F.Cutler & Airy Shaw (1965) famille Eriocaulaceae Martinov (1820) famille Flagellariaceae Dumort. (1829) famille Hydatellaceae U.Hamann (1976) famille Joinvilleaceae Toml. & A.C. Sm. (1970) famille Juncaceae Juss. (1789) famille *Mayacaceae Kunth (1842) famille Poaceae (R.Br.)Barnh.1895 famille *Rapateaceae Dumort. (1829) famille Restionaceae R.Br. (1810) famille Sparganiaceae Hanin (1811) famille $Thurniaceae Engl. (1907) famille Typhaceae Juss. (1789) famille $Xyridaceae C.Agardh (1823) ordre Zingiberales Griseb. (1854) famille Cannaceae Juss. (1789) famille Costaceae Nakai (1941) famille Heliconiaceae Nakai (1941) famille Lowiaceae Ridl. (1924) famille Marantaceae R.Br. (1814) famille Musaceae Juss. (1789) famille Strelitziaceae Hutch. (1934) famille Zingiberaceae Martinov (1820)
Dicotylédones vraies ou Eudicotylédones (anglais "eudicots")
famille $Buxaceae Dumort. (1822) [+ famille Didymelaceae Leandri (1937)] famille Sabiaceae Blume (1851) famille Trochodendraceae Eichler (1865) [+ famille Tetracentraceae A.C.Sm. (1945)] order Proteales Dumort. (1829) famille Nelumbonaceae Bercht. & J.Presl (1820) famille $Proteaceae Juss. (1789) [+ famille Platanaceae T.Lestib. (1826)] ordre Ranunculales Dumort. (1829) famille Berberidaceae Juss. (1789) famille Circaeasteraceae Hutch. (1926) [+ famille Kingdoniaceae A.S.Foster ex Airy Shaw (1964)] famille Eupteleaceae K.Wilh. (1910) famille Lardizabalaceae R.Br. (1821) famille Menispermaceae Juss. (1789) famille Papaveraceae Juss. (1789) [+ famille Fumariaceae Bercht. & J.Presl (1820)] [+ famille Pteridophyllaceae (Murb.)Nakai ex Reveal & Hoogland (1991)] famille Ranunculaceae Juss. (1789)
Noyau des Dicotylédones vraies ou Eudicotylédones supérieures (anglais "core eudicots")
famille Aextoxicaceae Engl. & Gilg (1920) famille Berberidopsidaceae Takht. (1985) famille Dilleniaceae Salisb. (1807) orde Gunnerales Takht. ex Reveal (1992) famille $Gunneraceae Meisn. (1842) [+ famille Myrothamnaceae Nied. (1891)] ordre Caryophyllales Perleb (1826) famille Achatocarpaceae Heimerl. (1934) famille Aizoaceae Martinov (1820) famille Amaranthaceae Juss. (1789) famille Ancistrocladaceae Planch. ex Walp. (1851) famille Asteropeiaceae (Szyszyl.) Takht. ex Reveal & Hoogland (1990) famille *Barbeuiaceae Nakai (1942) famille Basellaceae Raf. (1837) famille Cactaceae Juss. (1789) famille Caryophyllaceae Juss. (1789) famille Didiereaceae Radlk. (1896) famille Dioncophyllaceae Airy Shaw (1952) famille Droseraceae Salisb. (1808) famille Drosophyllaceae Chrtek, Slavíková & Studnicka (1989) famille Frankeniaceae Desv. (1817) famille *Gisekiaceae Nakai (1942) famille Halophytaceae A.Soriano (1984) famille Molluginaceae Bartl. (1825) famille Nepenthaceae Bercht.& J.Presl (1820) famille Nyctaginaceae Juss. (1789) famille Physenaceae Takht. (1985) famille Phytolaccaceae R.Br. (1818) famille Plumbaginaceae Juss. (1789) famille Polygonaceae Juss. (1789) famille Portulacaceae Juss. (1789) famille Rhabdodendraceae Prance (1968) famille Sarcobataceae Behnke (1997) famille Simmondsiaceae Tiegh. (1899) famille Stegnospermataceae Nakai (1942) famille Tamaricaceae Bercht. & J.Presl (1820) ordre Santalales Dumort. (1829) famille Olacaceae R.Br. (1818) famille Opiliaceae Valeton (1886) famille Loranthaceae Juss. (1808) famille Misodendraceae J.Agardh (1858) famille Santalaceae R.Br. (1810) ordre Saxifragales Dumort. (1829) famille Altingiaceae Horan. (1843) famille Aphanopetalaceae Doweld (2001) famille Cercidiphyllaceae Engl. (1907) famille Crassulaceae J.St.-Hil. (1805) famille Daphniphyllaceae Müll.-Arg. (1869) famille Grossulariaceae DC. (1805) famille $Haloragaceae R.Br. (1814) [+ famille Penthoraceae Rydb. ex Britt. (1901)] [+ famille Tetracarpaeaceae Nakai (1943)] famille Hamamelidaceae R.Br. (1818) famille $Iteaceae J.Agardh (1858) [+ famille Pterostemonaceae Small (1905)] famille Paeoniaceae Raf. (1815) famille Saxifragaceae Juss. (1789)
Rosidées (anglais "rosids") famille Aphloiaceae Takht. (1985) famille *Geissolomataceae Endl. (1841) famille Ixerbaceae Griseb. (1854) famille Picramniaceae Fernando & Quinn (1995) famille *Strasburgeriaceae Soler. (1908) famille *Vitaceae Juss. (1789) ordre Crossosomatales Takht. ex. Reveal (1993) famille Crossosomataceae Engl. (1897) famille Stachyuraceae J.Agardh (1858) famille Staphyleaceae Martinov (1820) ordre Geraniales Dumort. (1829) famille Geraniaceae Juss. (1789) [+ famille Hypseocharitaceae Wedd. (1861)] famille Ledocarpaceae Meyen (1834) famille $Melianthaceae Bercht. & J.Presl (1820) [+ famille Francoaceae A.Juss. (1832)] famille Vivianiaceae Klotzsch (1836) ordre Myrtales Rchb. (1828) famille Alzateaceae S.A.Graham (1985) famille Combretaceae R.Br. (1810) famille Crypteroniaceae A.DC. (1868) famille Heteropyxidaceae Engl. & Gilg (1920) famille Lythraceae J.St.-Hil. (1805) famille $Melastomataceae Juss. (1789) [+ famille Memecylaceae DC. (1827)] famille Myrtaceae Juss. (1789)