Liste d'espèces dont le génome est séquencé

La liste ci-dessous, non exhaustive, présente des espèces dont le génome a été complètement séquencé à la date du .

Projets de séquençage global, voire de tout le vivant Après que le séquençage ait été fait pour l'Homme (en 30 ans environ), plusieurs projets visent à séquencer le génome d'un grand nombre d'espèces de quelques groupes taxonomiques, et même de tout le vivant. : le projet Genoma 10K veut séquencer de vertébrés (environ un pour chaque genre) ; le projet I5K souhaite déchiffrer le génome de ; le projet B10K voudrait déchiffrer les génomes de chacune des environ espèces d'oiseaux ; le projet Earth BioGenome, préparé dès 2015 et initié en 2017, entend séquencer l'ensemble des espèces connues de la planète.

Eubacteria

Epsilonproteobacteria Campylobacter jejuni . Souche NCTC11168. Génome publié dans EMBL : Identifiant (ID): CJ11168 Numéro d'accès (accession number): AL111168 Helicobacter hepaticus. Souche ATCC51449. Publié dans GenBank, numéro d'accès: AE017125. Voir aussi www.THE-MWG.com. Helicobacter pylori

Deltaproteobacteria

Alphaproteobacteria

Betaproteobacteria

Archaea

Eukaryota

Plantes Quelques éléments de la Liste d'espèces de plantes dont le génome est séquencé : L'arabette des dames : Arabidopsis thaliana, une plante modèle (premier séquençage complet du règne végétal, terminé en 2000) Le riz asiatique : Oryza sativa Le blé tendre : Triticum aestivum Le maïs : Zea mays Le peuplier de l'Ouest : Populus trichocarpa La tomate Solanum lycopersicum La pomme de terre : Solanum tuberosum La vigne: Vitis vinifera Le sorgho commun : Sorghum bicolor La banane: Musa acuminata Le lin : Linum usitatissimum Le pêcher : Prunus persica Le rosier : voir génome de la rose Le papayer: Carica papaya Le tournesol: Helianthus annuus

Champignon Armillaria mellea Glarea lozoyensis Heterobasidion irregulare Magnaporthe grisea Saccharomyces cerevisiae

Insectes Coleoptera Agrilus planipennis, agrile du frêne (2014) Dendroctonus ponderosae, dendroctone du pin ponderosa (2013)Keeling CJ; Yuen MM; Liao NY (2013). "Draft genome of the mountain pine beetle, Dendroctonus ponderosae Hopkins, a major forest pest". Genome Biology 14 (3): R27. . . Tribolium castaneum, tribolium rouge de la farine (2008)Tribolium Genome Sequencing Consortium; Gibbs; Weinstock; Brown; Denell; Beeman; Gibbs; Beeman; Brown; Bucher; Friedrich; Grimmelikhuijzen; Klingler; Lorenzen; Richards; Roth; Schröder; Tautz; Zdobnov; Muzny; Gibbs; Weinstock; Attaway; Bell; Buhay; Chandrabose; Chavez; Clerk-Blankenburg; Cree; Dao (April 2008). "The genome of the model beetle and pest Tribolium castaneum". Nature 452 (7190): 949–55.. . .

Diptera

Culicidae Aedes aegypti, moustique (2007)Nene V; Wortman JR; Lawson D; Haas, B. (June 2007). "Genome sequence of Aedes aegypti, a major arbovirus vector". Science 316(5832): 1718–23. .. . . Anopheles albimanus, moustique (2014) Anopheles arabiensis, moustique (2014) Anopheles atroparvus, moustique (2013) Anopheles christyi, moustique (2014) Anopheles culicifacies, moustique (2014) Anopheles darlingi, moustique (2013)Marinotti O, The genome of Anopheles darlingi, the main neotropical malaria vector. Nucleic Acids Res 2013 Aug Anopheles dirus, moustique (2014) Anopheles epiroticus, moustique (2013) Anopheles farauti, moustique (2014) Anopheles funestus, moustique (2006)Krzywinski J, Analysis of the complete mitochondrial DNA from Anopheles funestus: an improved dipteran mitochondrial genome annotation and a temporal dimension of mosquito evolution. Mol Phylogenet Evol 2006 May Anopheles gambiae, moustique (2002)Holt RA; Subramanian GM; Halpern A (October 2002). "The genome sequence of the malaria mosquito Anopheles gambiae". Science298 (5591): 129–49. . . . H Anopheles maculatus, moustique (2013) Anopheles melas, moustique (2014) Anopheles merus, moustique (2014) Anopheles minimus, moustique (2014) Anopheles nili, moustique (2011)Peery A, Improving the population genetics toolbox for the study of the African malaria vector Anopheles nili: microsatellite mapping to chromosomes. Parasit Vectors 2011 Oct 19 Anopheles quadriannulatus, moustique (2014) Anopheles sinensis, moustique (2014)Zhou, Dan; Zhang, Donghui; Ding, Guohui; Shi, Linna; Hou, Qing; Ye, Yuting; Xu, Yang; Zhou, Huayun; Xiong, Chunrong; Li, Shengdi; Yu, Jing; Hong, Shanchao; Yu, Xinyou; Zou, Ping; Chen, Chen; Chang, Xuelian; Wang, Weijie; Lv, Yuan; Sun, Yan; Ma, Lei; Shen, Bo; Zhu, Changliang (2014). "Genome sequence of Anopheles sinensis provides insight into genetics basis of mosquito competence for malaria parasites". BMC Genomics 15 (1): 42. . . . Anopheles stephensi, moustique (2014)Zhou D, Genome sequence of Anopheles sinensis provides insight into genetics basis of mosquito competence for malaria parasites. BMC Genomics 2014 jan 18 Culex quinquefasciatus, moustique (2010)Arensburger P; Megy K; Waterhouse RM; Abrudan, J. (October 2010). "Sequencing of Culex quinquefasciatus Establishes a Platform for Mosquito Comparative Genomics". Science 330 (6000): 86–88.. .. . Psychodidae Clogmia albipunctata, moucheron (2013) Drosophilidae Drosophila ananassae, drosophile (2007)Drosophila 12 Genomes Consortium; Eisen; Smith; Bergman; Oliver; Markow; Kaufman; Kellis; Gelbart; Iyer; Pollard; Sackton; Larracuente; Singh; Abad; Abt; Adryan; Aguade; Akashi; Anderson; Aquadro; Ardell; Arguello; Artieri; Barbash; Barker; Barsanti; Batterham; Batzoglou; Begun (2007). "Evolution of genes and genomes on the Drosophila phylogeny". Nature 450 (7167): 203–218.. . . Drosophila biarmipes, drosophile (2011). Drosophila bipectinata, drosophile (2011) Drosophila erecta, drosophile (2007) Drosophila elegans, drosophile (2011) Drosophila eugracilis, drosophile (2011) Drosophila ficusphila, drosophile (2011) Drosophila grimshawi, drosophile (2007) Drosophila kikkawai, drosophile (2011) Drosophila melanogaster, drosophile (2000)Adams MD; Celniker SE; Holt RA (March 2000)."The genome sequence of Drosophila melanogaster".Science 287 (5461): 2185–95.. . . Drosophila mojavensis, drosophile (2007) Drosophila persimilis, drosophile (2007) Drosophila pseudoobscura, drosophile (2005)Richards S; Liu Y; Bettencourt BR (January 2005)."Comparative genome sequencing of Drosophila pseudoobscura: Chromosomal, gene, and cis-element evolution". Genome Research 15 (1): 1–18.. . . Drosophila rhopaloa, drosophile (2011) Drosophila santomea, drosophile. Drosophila sechellia, drosophile (2007) Drosophila simulans, drosophile (2007) Drosophila takahashi, drosophile (2011) Drosophila virilis, drosophile (2007) Drosophila willistoni, drosophile (2007) Drosophila yakuba, drosophile (2007) Syrphidae Episyrphus balteatus, syrphe (2011)Lemke, Steffen; Antonopoulos, Dionysios A; Meyer, Folker; Domanus, Marc H; Schmidt-Ott, Urs (2011). "BMP signaling components in embryonic transcriptomes of the hover fly Episyrphus balteatus (Syrphidae)". BMC Genomics 12: 278. Phoridae Megaselia abdita, mouche phoride (2013)Jiménez-Guri, Eva; Huerta-Cepas, Jaime; Cozzuto, Luca; Wotton, Karl R; Kang, Hui; Himmelbauer, Heinz; Roma, Guglielmo; Gabaldón, Toni; Jaeger, Johannes (2013). "Comparative transcriptomics of early dipteran development". BMC Genomics 14: 123.

Hemiptera Acyrthosiphon pisum, puceron du pois (2010)International Aphid Genomics Consortium (2010). Eisen, Jonathan A, ed. "Genome Sequence of the Pea Aphid Acyrthosiphon pisum". PLOS Biology 8 (2): e1000313. .. .

Hymenoptera

Formicidae

Acromyrmex echinatior fourmis (2011)Nygaard S; Zhang G; Schiott M (2011). "The genome of the leaf-cutting ant Acromyrmex echinatiorsuggests key adaptations to advanced social life and fungus farming". Genome Research 21 (8): 1339–1348.. . . Atta cephalotes, fourmis (2011)"Suen G; Teiling C; Li L (2011). Copenhaver, Gregory, ed. "The genome sequence of the leaf-cutter ant Atta cephalotes reveals insights into its obligate symbiotic lifestyle". PLOS Genetics 7 (2): e1002007. . . . Atta colombica, fourmis (2012) Camponotus floridanus, fourmis (2010)Bonasio R; Zhang G; Ye C (August 27, 2010). "Genomic comparison of the ants Camponotus floridanus and Harpegnathos saltator". Science 329 (5995): 1068–1071. . . . Cardiocondyla obscurior, fourmis (2012) Cyphomyrmex costatus, fourmis (2011) Formica selysi, fourmis (2012) Harpegnathos saltator, fourmis (2010) Lasius flavus, fourmis (2019) Lasius niger, fourmis (2019) Linepithema humile, fourmis (2011)Smith CD; Zimin A; Holt C (2011). "Draft genome of the globally widespread and invasive Argentine ant (Linepithema humile)". PNAS 108 (14): 5673–5678.. . . . Monomorium pharaonis, fourmis Myrmecia crosslandi, fourmis Myrmecia pilosula, fourmis Mystrium rogeri, fourmis Odontomachus hastatus, fourmis Paraponera clavata, fourmis Paratrachymyrmex cornetzi, fourmis (2015) Pogonomyrmex barbatus, fourmis (2011) Pogonomyrmex colei, fourmis (2015) Pseudomyrmex gracilis, fourmis Solenopsis invicta, fourmis (2011)Wurm Y; Wang J; Riba-Grognuz O (2011). "The genome of the fire ant Solenopsis invicta". PNAS 108 (14): 5679–5684. . . . .Smith CR; Smith CD; Robertson HM (2011)."Draft genome of the red harvester ant Pogonomyrmex barbatus". PNAS 108 (14): 5667–5672.. . . . Tetramorium caespitum, fourmis (2015) Trachymyrmex septentrionalis, fourmis Vollenhovia emeryi, fourmis (2015) Vollenhovia nipponica, fourmis (2015)

Apidae Apis mellifera, abeille domestique (2006)Honeybee Genome Sequencing Consortium; Weinstock; Robinson; Gibbs; Weinstock; Weinstock; Robinson; Worley; Evans; Maleszka; Robertson; Weaver; Beye; Bork; Elsik; Evans; Hartfelder; Hunt; Robertson; Robinson; Maleszka; Weinstock; Worley; Zdobnov; Hartfelder; Amdam; Bitondi; Collins; Cristino; Evans (October 2006). "Insights into social insects from the genome of the honeybee Apis mellifera". Nature 443(7114): 931–49. . . . .

Pteromalidae Nasonia giraulti, guêpe parasitoïde (2010)Werren JH; Richards S; Desjardins CA (January 15, 2010). "Functional and evolutionary insights from the genomes of three parasitoid Nasonia species". Science327 (5963): 343–348. . . . . Nasonia longicornis, guêpe parasitoïde (2010) Nasonia vitripennis, guêpe parasitoïde (2010)

Lepidoptera

Bombycidae Bombyx mori, ver à soie (2004)Mita K; Kasahara M; Sasaki S (February 2004)."The genome sequence of silkworm, Bombyx mori". DNA Research 11 (1): 27–35. doi:10.1093/dnares/11.1.27.. Nymphalidae Danaus plexippus, monarque (2011)Zhan, S., Merlin, C., Boore, J.L (2011). "The monarch butterfly genome yields insights into long-distance migration". Cell 147 (5): 1171–1185.. . . Heliconius melpomene, héliconie (2012)

Plutellidae Plutella xylostella, Teigne des crucifères (2013)You M.; Yue Z.; He W. (2013). "A heterozygous moth genome provides insights into herbivory and detoxification". Nature Genetics 45 (2): 220–225.. .

Phthiraptera

Pediculidae

Pediculus humanus, pou (2010)Kirkness EF (June 2010). "Genome sequences of the human body louse and its primary endosymbiont provide insights into the permanent parasitic lifestyle".PNAS 107 (27): 12168–12173.. . . .

Autres Invertébrés L'oursin Arbacia punctulata Le ver nématode Caenorhabditis elegans Vertébrés Poissons Le poisson médaka : Oryzias latipes Le poisson fugu Takifugu rubipres Le poisson zèbre : Danio rerio Le poisson tétraodon Tetraodon nigroviridis La morue de l'atlantique : Gadus morhua Le killi turquoise : Nothobranchius furzeri

Reptiles

Batraciens Le crapaud xénope : Xenopus laevis

Oiseaux Le coq bankiva ou sauvage : Gallus gallus Le poulet domestique : Gallus gallus domesticus La dinde : Meleagris La perruche ondulée : Melopsittacus undulatus Le diamant mandarin : Taeniopygia guttata Le pigeon biset : Columba livia

Mammifères L'humain : Homo sapiens ; voir Projet génome humain abouti en 2003 La souris grise : Mus musculus Le rat surmulot : Rattus norvegicus Le chimpanzé : Pan troglodytes Le macaque rhésus : Macaca mulatta