vignette|Influenza A au microscope électronique(Source : Erskine Palmer, Centers for Disease Control and Prevention Public Health Image Library).
La , également connue sous le nom d'influenza aviaire ou anciennement de peste aviaire, provoquée par des souches A du virus grippal, est une maladie infectieuse affectant les oiseaux. L’infection peut causer toutes sortes de symptômes chez les oiseaux, depuis une maladie bénigne, qui passe souvent inaperçue, jusqu’à une maladie rapidement mortelle qui peut provoquer de graves épidémies.
La grippe aviaire est une maladie infectieuse qui touche les volailles et les oiseaux sauvages. Elle est causée par des virus de la grippe aviaire hautement pathogène (IAHP, HPAI en anglais) ou faiblement pathogène (IAFP, LPAI), qui appartiennent à la famille des Orthomyxoviridae et possèdent un génome d’ARN simple brin à polarité négative. Les virus de la grippe aviaire sont principalement classés sur la base de leurs protéines de surface, l’hémagglutinine (HA) et la neuraminidase (NA). La protéine HA présente à la surface du virion, principal site antigénique dans la conception des vaccins, provoque l’agglutination des érythrocytes in vitro et in vivo.
Les virus de la grippe aviaire continuent de poser des défis pour la santé animale et humaine. En 2025, les virus porteurs du gène de l’hémagglutinine des sous-types H5 et H7 ont provoqué humains dans le monde, dont plus de . Ces virus ont entraîné de nombreuses flambées de maladie chez les oiseaux sauvages et la volaille domestique, et sont responsables de la perte d’au moins 422 millions d’oiseaux domestiques depuis 2005.
Les virus grippaux H5 sont propagés par les oiseaux sauvages migrateurs et ont provoqué trois vagues de flambées de grippe sur plusieurs continents, la troisième vague, qui a débuté en 2020, étant toujours en cours. De nombreux pays d’Europe et d’Amérique du Nord contrôlent l’influenza aviaire hautement pathogène par l’abattage seul, tandis que certains pays, dont la Chine, ont adopté une stratégie combinant « abattage et vaccination ».
Le franchissement de la barrière d'espèce en 2024, par le virus hautement pathogène H5N1 B3.13 dérivant du virus hautement pathogène H5N1portant le gène HA du clade 2.3.4.4b, atteignant les mammifères et particulièrement les vaches laitières aux USA soulignent l'importance d'une surveillance génomique pour évaluer le risque d'une transmission humaine et d'une contamination inter-humaine.
Introduction Les virus de la grippe A sont des agents pathogènes importants qui représentent en permanence un défi pour la santé humaine et animale. Le génome du virus de la grippe A comprend huit segments génétiques : la polymérase basique 2 (PB2), la polymérase basique 1 (PB1), la polymérase acide (PA), l’hémagglutinine (HA), la nucléoprotéine (NP), la neuraminidase (NA), la matrice (M) et la protéine non structurale (NS). Chacun de ces segments code une à trois protéines. Sur la base de l’antigénicité des protéines HA et NA, les virus grippaux sont divisés en différents sous-types.
À ce jour, 16 sous-types de HA et neuf sous-types de NA ont été détectés chez les espèces aviaires. Les virus H1N1, H2N2 et H3N2 ont provoqué quatre pandémies grippales depuis 1918, et les virus H1N1 et H3N2 continuent de co-circuler chez l’être humain à l’échelle mondiale. Des virus de plusieurs autres sous-types circulant chez les animaux ont également franchi la barrière d’espèce vers l’homme à de multiples reprises, et certains d’entre eux ont montré un potentiel pandémique.
Les virus de la grippe aviaire sont maintenus et circulent principalement chez les oiseaux sauvages. Bien que différents sous-types aient été détectés chez la volaille domestique, en particulier chez les oiseaux aquatiques en contact étroit avec les oiseaux sauvages, seuls trois sous-types de HA — H5, H7 et H9 — se sont largement propagés et ont été détectés dans la volaille domestique sur de vastes zones géographiques. Certaines souches portant le gène HA des sous-types H5 ou H7 sont hautement pathogènes pour la volaille et ont causé de graves problèmes à l’industrie avicole mondiale.
Histoire Les chroniqueurs de l'Antiquité en ont conservé la mémoire, pour quelques épisodes marquants de mortalité conjointe humaine, du bétail, et d’oiseaux sur le continent européenJ. Blancou, Histoire de la surveillance et du contrôle des maladies animales transmissibles. Office international de épizooties, Paris, 2000, 366 p.. De nombreux chroniqueurs du Moyen Âge, et dès le , ont rapporté des épisodes de mortalité aviaire massive chez les volailles (ou pigeons, probablement souvent domestiqués ou semi-domestiqués) qui ont été décrits par Charles Frédéric Heusinger. Les descriptions antiques ou médiévales ne permettent donc pas d’identifier la peste aviaire avec certitude. Les chroniqueurs ont cependant gardé la trace d’épizooties parfois impressionnantes dont l’étude rétrospective peut être utile à la compréhension de l’écoépidémiologie de la grippe à virus Influenza A, B ou C. Peu d’indices permettent de quantifier le nombre d’oiseaux d’élevage ou sauvages morts ou malades, mais des textes évoquent des hécatombes d’oiseaux sauvages, la disparition des chants des coqs, le silence qui remplaçait les chants des oiseaux, et surtout la puanteur des cadavres.
Ces indices rapportés à quelques reprises, surtout en Europe au et plus encore au laissent penser que des quantités très importantes d’oiseaux ont été touchées par ces épizooties..
Les données scientifiques et historiques sont rares avant la fin du (1880). Certaines épidémies ont décimé de vastes populations d'oiseaux domestiques, de pigeons ou de volailles. Dans 3 cas au moins, les chroniqueurs ont noté une mortalité conjointe humaine et animale dès 1200 av. J.-C. On ne connaît pas d'importantes pandémies grippales humaines qui auraient touché tous les continents avant celle de 1918.
Dès 2003, certains ont volontiers incriminé les migrations aviaires comme vecteur principal de diffusion de la maladie, mais ceci n'était et ne reste qu'une hypothèse. En 2003, la FAO écrivait : (FAO) https://www.fao.org/ag/againfo/subjects/en/infpd/documents/newsletters/Ridaf132.pdf. Les faits récents, dont l'épizootie roumaine de début juin 2006 montre l'importance de l'élevage industriel comme facteur de risque quand les mesures de biosécurité ne sont pas respectées.
Épidémies causées par le sous-type H5
Au Des flambées de grippe aviaire causées par différents virus H5 se sont produites dans huit pays ou régions. La première flambée documentée d’influenza aviaire hautement pathogène a été provoquée par le virus H5N1 chez des poulets en Écosse en 1959Pereira HG, Tumova B, Law VG. Avian influenza A viruses. Bull World Health Organ. 1965;32(6):855–860. ; en 1966, une flambée de grippe aviaire chez des dindes au Canada a été causée par le virus H5N9Lang G, Narayan O, Rouse BT, et al. A new influenza A virus infection in turkeys II. A highly pathogenic variant, a/Turkey/Ontario 772/66. Can Vet J. 1968 Jul;9(7):151–160. ; un virus H5N2 a provoqué de multiples flambées chez des poulets et des dindes aux États-Unis de 1983 à 1985 ; en 1983, un virus H5N8 a causé des flambées de maladie chez des dindes, des poulets et des canards en Irlande ; en 1991, un virus H5N1 a provoqué une flambée de maladie chez des dindes en AngleterreAlexander DJ, Lister SA, Johnson MJ, et al. An outbreak of highly pathogenic avian influenza in turkeys in Great Britain in 1991. Veterinary Record. 1993;132(21):535–536. ; un virus H5N2 a causé de multiples flambées chez des poulets et des dindes au Mexique de 1994 à 1995 ; et en 1997, un virus H5N1 et un virus H5N2 ont provoqué des flambées chez des poulets à Hong Kong et en Italie, respectivement.
Au La première flambée de grippe aviaire H5 s’est produite à Hong Kong en 2002, causée par un virus H5N1. En 2003 et 2004, des flambées de grippe aviaire dues à des virus H5N1 ont été signalées dans plusieurs pays asiatiques, notamment le Vietnam, la Thaïlande, l’Indonésie, la Chine, le Japon, la Corée du Sud, le Cambodge et le Laos. Le nombre de volailles perdues lors des flambées survenues avant 2004 n’est pas disponible ; toutefois, entre janvier 2005 et novembre 2022, les virus de la grippe aviaire hautement pathogène H5 ont provoqué 8 534 flambées et la perte de 389 millions de volailles dans le monde ((a)), selon les informations rapportées dans le système mondial d’information sur la santé animale de l’OIE .
Ces virus ont provoqué trois vagues de flambées dans de nombreux pays d’Asie, d’Afrique, d’Europe et d’Amérique du Nord. La première vague, survenue entre 2005 et 2010, était due à des virus H5N1 et a entraîné la mort ou l’abattage de 55,2 millions de volailles. Les flambées de cette période ont été principalement signalées dans les pays asiatiques, bien que certains pays africains et européens aient également été touchés.
La deuxième vague, qui s’est déroulée de 2011 à 2019, était causée par plusieurs sous-types de virus H5 et a entraîné la mort ou l’abattage de de volailles. Les flambées de cette période ont été rapportées en Asie, en Europe, en Afrique et en Amérique du Nord.
La troisième vague a débuté en 2020 et était principalement due aux virus H5N8 et H5N1 ; de volailles étaient mortes ou avaient été abattues à la fin novembre 2022. Les flambées de cette période ont été principalement signalées en Europe et en Amérique du Nord, bien que certaines aient également été rapportées dans des pays asiatiques et africains .
Parmi les 389 millions de volailles mortes ou abattues, les virus H5N1 étaient responsables de 204 millions de pertes, les virus H5N8 de 111 millions, et les 74 millions restantes étaient dues à d’autres virus H5 . Depuis 2020, , 54 millions, et de volailles sont mortes ou ont été abattues respectivement en Europe, en Amérique du Nord, en Asie et en Afrique. Le nombre élevé d’oiseaux morts ou abattus lors de la troisième vague sur une période relativement courte suggère que cette vague en cours sera beaucoup plus grave que les précédentes.
Épidémies causées par le sous-type H7
Au Des flambées de grippe aviaire causées par différents virus H7 se sont produites dans cinq pays. La première flambée a été provoquée par le virus H7N3 chez des dindes en Angleterre en 1963. Cinq flambées sont survenues dans la volaille domestique en Australie en 1976, 1985, 1992, 1994 et 1997, et étaient respectivement causées par les virus H7N7 (1975 et 1985), H7N3 (1992 et 1994) et H7N4 (1997). En 1979, le virus H7N7 a provoqué des flambées dans la volaille domestique en Allemagne et en Angleterre ; en 1995, un virus H7N3 a causé des flambées chez des poulets au PakistanNaeem K, Hussain M. An outbreak of avian influenza in poultry in Pakistan. Veterinary Record. 1995;137(17):439. ; et en 1999–2000, le virus H7N1 a provoqué des flambées chez plusieurs espèces de volailles domestiques en Italie.
Au En 2002, des flambées chez des poulets causées par le virus H7N3 sont survenues au ChiliRojas H, Moreira R, Avalos P, et al. Avian influenza in poultry in Chile. Vet Rec. 2002 Aug 10;151(6):188. ; en 2003, des flambées touchant différentes volailles domestiques causées par le virus H7N7 ont été signalées aux Pays-Bas, en Belgique et en Allemagne ; et en 2004, un virus H7N3 a provoqué des flambées chez des poulets au Canada [Référence 31]. Le nombre d’oiseaux abattus ou détruits lors des flambées survenues avant 2004 n’est pas disponible.