Mrkalji est un toponyme qui peut désigner plusieurs villages en Bosnie-Herzégovine : Mrkalji, un village situé dans la municipalité de Han Pijesak et dans la république serbe de Bosnie ; Mrkalji, un village situé dans la municipalité d'Oštra Luka et dans la république serbe de Bosnie ; Mrkalji, un village situé dans la municipalité de Sanski Most, dans le canton d'Una-Sana et dans la fédération de Bosnie-et-Herzégovine.