Crnaja est un toponyme qui peut désigner : Crnaja, un village de Bosnie-Herzégovine situé dans la municipalité de Cazin, dans le canton d'Una-Sana et dans la fédération de Bosnie-et-Herzégovine ; Crnaja, un village de Bosnie-Herzégovine situé dans la municipalité de Srbac et dans la république serbe de Bosnie.