Les gares en italique sont désaffectées. Celles en gras sont desservies par le TGV. vignette|upright=1.5|droite|alt=carte de la Franche-Comté présentant les principales aires urbaines et les voies de communication de la région|Réseau de communications routières et ferrées franc-comtoises.
Doubs Gares en service Gare d'Arc-et-Senans Gare d'Avoudrey Gare de Baume-les-Dames Gare de Byans Gare de Besançon-Mouillère Gare de Besançon Franche-Comté TGV Gare de Besançon-Viotte Gare de Clerval Gare de Colombier-Fontaine Gare de Dannemarie - Velesmes Gare de Deluz Gare d'École-Valentin Gare d'Étalans Gare de Franois Gare de Frasne Gare de Gilley Gare de L'Hôpital-du-Grosbois Gare de L'Isle-sur-le-Doubs Gare de Labergement-Sainte-Marie Gare de Laissey Gare de Liesle Gare de Mamirolle Gare de Montbéliard Gare de Montferrand - Thoraise Gare de Morre Gare de Morteau Gare de Novillars Gare de Pontarlier Gare de La Rivière Gare de Roche-lez-Beaupré Gare de Saint-Vit Gare de Sainte-Colombe Gare de Saône Gare de Torpes - Boussières Gare du Valdahon Gare du Valdahon-Camp-Militaire Gare de Voujeaucourt
Gares fermées ou désaffectées Gare du Frambourg Gare des Hôpitaux-Neufs - Jougne (exploitée par le Chemin de fer touristique Pontarlier-Vallorbe) Gare des Longevilles - Rochejean Gare de Vaux-et-Chantegrue
Haute-Saône vignette|La gare de Lure. Gares en service Gare d'Aillevillers Gare de Champagney Gare de Gray Gare d'Héricourt Gare de Lure Gare de Luxeuil-les-Bains Gare de Ronchamp Gare de Vesoul
Gares fermées ou désaffectées Gare de Colombier Gare de Corbenay Gare de Creveney - Saulx Gare de Fougerolles Gare de Genevreuille Gare des houillères de Ronchamp Gare de Vaivre Gare des chemins de fer vicinaux de Vesoul Gare de Villersexel
Jura Gares en service Gare d'Andelot Gare d'Arbois Gare de Champagnole Gare de Cousance Gare de Dole-Ville Gare de Domblans - Voiteur Gare de La Chaumusse - Fort-du-Plasne Gare de La Chaux-des-Crotenay Gare de Lons-le-Saunier Gare de Montbarrey Gare de Morbier Gare de Morez Gare de Mouchard Gare d'Orchamps Gare de Poligny Gare de Ranchot Gare de Saint-Amour Gare de Saint-Claude Gare de Saint-Laurent-en-Grandvaux Gare de Saint-Lothain
Gares fermées ou désaffectées Gare de Chassal Gare de Chatelay - Chissey Gare de Courlans Gare de Dole-La Bedugue Gare de Dortan - Lavancia Gare de Foucherans Gare de Grand-Contour Gare de Jeurre Gare de La Barre Gare du Lizon Gare de la Rixouse - Villard-sur-Bienne Gare de Lézat Gare de Molinges Gare de Mont-sous-Vaudrey Gare de Parcey Gare de Rochefort-sur-Nenon Gare de Souvans Gare de Tancua Gare de Tavaux Halte de Valfin-lès-Saint-Claude Gare de Vaux-lès-Saint-Claude Gare de Vers-en-Montagne
Territoire de Belfort Gares en service
Gares fermées ou désaffectées
Notes et références
Articles connexes TER Bourgogne-Franche-Comté Ligne d'Andelot-en-Montagne à La Cluse Ligne de Belfort à Delle Ligne de Besançon-Viotte au Locle-Col-des-Roches Ligne de Besançon-Viotte à Vesoul Ligne de Blainville - Damelevières à Lure Ligne de Dijon-Ville à Saint-Amour Ligne de Dijon-Ville à Vallorbe (frontière) Ligne de Dole-Ville à Belfort Ligne de Frasne à Verrières-de-Joux (frontière) Ligne de Franois à Arc-et-Senans Ligne de Mouchard à Bourg-en-Bresse Ligne de Paris-Est à Mulhouse-Ville LGV Rhin-Rhône Liste de gares en France
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Gares