vignette|Prévalence du VIH en Afrique en 2021.
L’origine du virus de l'immunodéficience humaine (VIH) est simienne. Il existe une diversité de VIH qui ont été transmis à l'homme par différents types de singe. Depuis le début de la pandémie, 99 % des infections au VIH sont une infection au VIH-1 de . Le a été transmis à l'homme par un chimpanzé du sud du Cameroun (Pan troglodytes troglodytes), probablement entre 1915 et 1941. Cela a pu se produire à la suite d'une morsure par un chimpanzé infecté, ou par une écorchure à l'occasion du dépeçage. Le « patient zéro » du VIH-1 à partir duquel la pandémie de VIH s'est déclenchée serait donc un Camerounais ou un colon. À partir de ce patient zéro le virus s'est disséminé vers un autre pays, le Congo belge, actuelle République démocratique du Congo. Dans les à 1970, la capitale du Congo belge, Léopoldville (l'actuelle Kinshasa) a été l’épicentre caché de la pandémie de VIH naissante.
Un autre type de virus est le VIH-2. Moins virulent que VIH-1, il est largement confiné à l'Afrique de l'Ouest, avec son parent le plus proche, un virus du mangabey fuligineux (Cercocebus atys atys), un singe de l'Ancien Monde habitant le sud du Sénégal, la Guinée-Bissau, la Guinée, la Sierra Leone, le Liberia et l'ouest de la Côte d'Ivoire.
Arbre phylogénétique : VIH-1 et VIH-2 Chaque virion de VIH a un génome d'environ . À titre de comparaison, celui du SARS-CoV-2 en compte environ et le génome humain environ . En comparant les similitudes et différences en termes de combinaisons de nucléotides entre tous les génomes de VIH séquencés, il est possible de créer un arbre phylogénétique et de classer les différents variants de VIH en « cousins » plus ou moins proches. À partir de cet arbre phylogénétique, l'histoire du VIH au peut être reconstituée.
VIH-1 Il existe une diversité de VIH qui ont été transmis à l'homme par différents types de singes. Le VIH-1 et le VIH-2 n'ont pas la même origine géographique. Le VIH-1 a été transmis aux humains par des singes de l’ouest de l’Afrique centrale alors que le VIH-2 a pour origine les singes d'Afrique du Golfe de Guinée. Le VIH-1 et le VIH-2 sont similaires à 48 % en termes d'acides aminés mais curieusement n'ont quasiment aucune combinaison de nucléotides en commun. Le VIH-2 provoque un sida mais il est moins virulent que le VIH-1. L'infection au VIH-2 est compatible avec une survie à très long terme sans antirétroviraux.. Certaines souches de VIH-2 sont impossibles à distinguer des souches VIS retrouvées chez les singes verts mangabeys et il existe une superposition parfaite des zones d'épidémies humaines et simiennes pour le VIH-2 ..
Au sein des VIH-1, il existe quatre types différents : les types M, N, O et P. Ces types correspondent chacun à un épisode distinct de transmission du virus par un singe à l'homme. Les types M et N ont été transmis à l'homme par des chimpanzés d'Afrique centrale (Pan troglodytes troglodytes) au début du , probablement entre 1915 et 1941.. Dès 1990, une équipe avait suggéré que le VIH-1 avait pour origine les populations de chimpanzés, se fondant sur l'organisation identique des génomes des souches VIH-1 et des VIS retrouvées chez les chimpanzés Huet T, Cheynier R, Meyerhans A. « » Nature 1990, 345;356-9. Nature.. Les isolats simiens de VIScpz récoltés dans le sud-est du Cameroun, vers la frontière avec le Congo-Brazzaville et la République centrafricaine (entre les rivières Sangha, Boumba et Ngoko) sont ceux qui partagent le plus d'homologie avec les VIH-1 de type M.. Tandis que les isolats provenant du Cameroun sud-central sont les plus similaires au VIH-1 de . En revanche, les VIH-1 de sont relativement rares, et dérivent du VISgor du Gorille des plaines de l'Ouest (Gorilla gorilla gorilla)... Les VIH-1 seraient ainsi tous originaires du sud du Cameroun.. Cependant, les examens des preuves épidémiologiques d'une infection précoce par le VIH-1 dans des échantillons de sang conservés et d'anciens cas de SIDA en Afrique centrale ont conduit de nombreux scientifiques à penser que le centre humain initial de dissémination du groupe M du VIH-1 n'était probablement pas au Cameroun, mais un peu plus au sud en République démocratique du Congo (alors Congo belge), plus probablement dans sa capitale, Kinshasa (anciennement Léopoldville).
Depuis le début de la pandémie, 99 % des infections au VIH sont une infection au VIH-1 de ..
VIH-2 Des recherches ont été entreprises avec des souches de VIS (Virus de l'immunodéficience du singe) recueillies auprès de plusieurs populations sauvages de mangabey fuligineux (Cercocebus atys atys) (SIVsmm) des pays d'Afrique de l'Ouest (Sierra Leone, Liberia et Côte d'Ivoire). Les analyses phylogénétiques qui en résultent montrent que les virus les plus apparentés aux deux souches de VIH-2 qui se propagent considérablement chez l'homme (VIH-2 groupes A et B) sont les SIVsmm trouvés dans les mangabeys fuligineux de la forêt de Taï, dans l'ouest de la Côte d'Ivoire.
Il existe six autres groupes VIH-2 connus, chacun n'ayant été trouvé que chez une seule personne. Ils semblent tous dériver de transmissions indépendantes des mangabeys fuligineux aux humains. Les groupes C et D ont été trouvés chez deux personnes du Libéria, les groupes E et F ont été découverts chez deux personnes de la Sierra Leone, et les groupes G et H ont été détectés chez deux personnes de la Côte d'Ivoire. Ces souches de VIH-2 sont probablement des infections sans issue, et chacune d'entre elles est plus étroitement liée aux souches SIVsmm de mangabeys fuligineux vivant dans le même pays où l'infection humaine a été découverte.
Des études de datation moléculaire suggèrent que les deux groupes épidémiques (A et B) ont commencé à se propager parmi les humains entre 1905 et 1961 (les estimations centrales variant entre 1932 et 1945).
+Homologie entre les VIH-1 et les VIS en termes de nucléotides Type M, sous-type C . Type N. Type O. Type P . Chimpanzés de l’ouest de l'Afrique centrale AF103818 - États-Unis - 1985 51 % 65 % 3 % 44 % AF115393 - Cameroun 1998 50 % 64 % 1 % 9 % FR686510 - Cameroun 2001 52 % 55 % 36 % 51 % DQ373063 - Cameroun 2005 73 % 66 % 43 % 43 % AF382828 - Gabon 1988 60 % 65 % 36 % 7 % GQ217539 - Gabon 2006 15 % 9 % 43 % 48 % Chimpanzés d'Afrique de l'Est EF394356 - Tanzanie 2000 25 % 32 % 0 % 20 % DQ374657 - Tanzanie 2001 5 % 25 % 0 % 0 % JN091690 - Tanzanie 2009 22 % 0 % 19 % 3 % Gorille des plaines de l'Ouest FJ424863 - Camaroun - 2007 33 % 16 % 46 % 71 % KP004991 - Cameroun 2012 51 % 15 % 75 % 58 % KP004990 - Cameroun 2013 31 % 34 % 44 % 82 %
1910-1950 : Passage du singe à l'homme Théorie dite du « chasseur » La théorie dite du « chasseur de viande de brousse » a été initialement avancée par Béatrice Hahn, Paul Sharp et Bette Korber et reprise par Stanley Plotkin, Hilary Koprowski ainsi que par Paul Osterrieth. Elle suppose la contamination d'un chasseur, en l'occurrence un Camerounais ou un colon, par le virus simien.
À partir de la colonisation, les singes furent souvent capturés pour servir de cobaye, de gibier ou d'animal de compagnie. Des expositions à du sang contaminé, lors de morsures ou par blessures lors du dépeçage de singes, peuvent expliquer comment ces virus ont infecté l'homme. La consommation de viande insuffisamment cuite aurait pu être également une voie de contamination. Cela se serait produit probablement entre 1915 et 1941Patrick Berche .. La personne infectée par un chimpanzé du Cameroun serait arrivée ensuite à Léopoldville (actuelle Kinshasa), où le virus s'est répandu. Compte tenu des dates, et pour expliquer un si long cheminement d’une même personne entre le sud-Cameroun et Léopoldville, Jacques Pépin, dans la révision de son enquête sur les origines du virus, après avoir défendu la théorie du chasseur civil, a affiné celle-ci en supposant que le patient zéro était un soldat ayant participé en 1916 à la campagne du Kamerun visant à conquérir le Kamerun allemand et ayant dû chasser pour se nourrir avant de retourner à Léopoldville une fois la campagne terminée.
Les adversaires de l'hypothèse d'une transmission accidentelle du singe à l'homme au cours d'une chasse font valoir que le singe, porteur du VIS depuis plusieurs milliers d'années, est depuis toujours chassé en Afrique. Les Pygmées ne sont quasiment pas infectés par le VIH. Les cas constatés chez les Pygmées seraient à mettre au compte de rapports sexuels avec les peuples bantous voisins., hypothèse de transmission qui n'est toutefois pas démontrée.
1950-1980 : Dissémination du VIH Léopoldville comme épicentre Dans les à 1960, la capitale du Congo belge, Léopoldville (l'actuelle Kinshasa) a été l’épicentre de la pandémie de VIH. ZR59, l'isolat de VIH le plus ancien actuellement connu, a été extrait d'une prise de sang effectuée en 1959 sur un Africain à Léopoldville.. Cet échantillon a été séquencé en 1985.. ZR59 appartient au . Le second isolat le plus ancien de VIH, DRC60, a aussi pour origine Léopoldville. Cet isolat provient d’une biopsie réalisée sur un ganglion lymphatique en 1960 sur une Africaine. DRC60 appartient au . En termes d’homologie de nucléotides, ZR59 et DRC60 sont identiques à 88 %. Ils auraient partagé un ancêtre commun aux environs de 1920.
Léopoldville fait face à Brazzaville sur le fleuve Congo. Les deux capitales congolaises auraient ainsi compté les premières centaines ou milliers de séropositifs au VIH dans le monde.. À ce titre, il a été suggéré en 2011 que la cachexie du Mayombé décrite par le chirurgien et paléontologue français Léon Pales à Brazzaville entre 1931 et 1933 pourrait être les premières observations de sida. Cette cachexie qui s'accompagnait souvent d'une infection pneumococcique frappait les ouvriers chargés de la construction du chemin de fer Congo-Océan. Entre décédèrent lors du chantier.. Ces ouvriers étaient le plus souvent sous-payés, affamés et surchargés de travail.. Pour être validée, cette hypothèse nécessiterait d'exhumer une des victimes de cette cachexie, et de faire des analyses biologiques pour détecter la présence de VIH..
Le VIH-1 a évolué durant des décennies à bas bruit à Léopoldville/Kinshasa et à Brazzaville. Pour cette raison ces deux villes ont la plus riche diversité génétique de sous-types de VIH-1 au monde. Bien que Kinshasa ait été le berceau de la pandémie du sida, la prévalence du VIH n'a jamais été très élevée au sein de la population. À partir de prélèvements sanguins faits auprès de mères de famille du district de Lemba au cœur de Kinshasa, il a été suggéré que la prévalence du VIH-1 était de 0,25 % en 1970 puis de 3 % en 1980.. Dans la dernière enquête démographique et de santé de 2014, la prévalence du VIH à Kinshasa est de 2,6 % chez les femmes et de 0,3 % chez les hommes« Prévalence du VIH selon certaines caractéristiques socio-économiques », Deuxième enquête démographique et de santé ( 2013-2014), , MPSMRM, MSP et ICF International, 2014, .. Dans celle menée en 2005 à Brazzaville, la prévalence du VIH est de 3,5 % chez les femmes et de 1,1 % chez les hommes« Prévalence du VIH », Enquête de Séroprévalence et sur les Indicateurs du Sida au Congo (ESISC-I) 2009, Centre National de la Statistique et des Études Économiques, DHS, ICF Macro, 2009, ..
Iatrogénie et seringues souillées Dès les balbutiements de la recherche sur le VIH en Afrique dans les , les équipes du Projet Sida basé à Kinshasa se demandent si des injections contaminées pourraient expliquer la transmission exponentielle du VIH. La dissémination parentérale du VIH avait déjà été scientifiquement prouvée chez les utilisateurs de drogues intraveineuses dès les premières années de l'épidémie. Et il avait été suggéré que la quantité de sang qui persiste dans une seringue après une injection d'héroïne est comparable à celle qu'on peut y retrouver pour l'administration d'un médicament.. Cette piste est néanmoins rapidement délaissée au profit de travaux sur la prostitution..