vignette|redresse|La Bible, l'un des piliers du christianisme.|alt=Bible ouverte sur une table, avec un chapelet sur les pages, et un crucifix derrière elle
Le christianisme à Besançon apparaît au , période durant laquelle, selon la tradition, les martyrs Ferjeux et Ferréol ont évangélisé la ville et sa région. Toutefois le supplice et l'exécution de ces deux figures du christianisme gallo-romain sont aujourd'hui tenus par certains historiens comme une invention de l'Antiquité tardive, l'ancienne Séquanie gallo-romaine ne se convertissant progressivement au christianisme qu'à partir du Yves Jeannin, « Le peuple christianisé à la recherche de "ses martyrs" : le cas de Besançon », Mélanges Pierre Lévêque, Besançon, 1992, 127-138. La première mention d'un évêque de la ville remonte à 346, mais des documents mentionnent des religieux en fonction dans la capitale comtoise dès le milieu du , époque où fut probablement construite la première église franc-comtoise, sur le site de l'actuelle cathédrale Saint-Jean.
D'autres édifices sont construits par la suite et jusqu'au , tels que l'église Saint-Maurice, l'église Notre-Dame ou encore l'abbaye Saint-Paul. Au sont édifiées l'église Sainte-Madeleine, l'église Saint-Pierre ainsi que de nombreuses autres chapelles et églises.
Aujourd'hui l'archidiocèse de Besançon compte 67 paroisses (ou unités pastorales), regroupées en 13 doyennés représentant communes. Actuellement, Besançon connaît, comme un grand nombre d'autres villes françaises et européennes, une baisse du taux de fréquentation de ses églises, et du nombre de fidèles pratiquants au sein de sa communauté chrétienne.
Historique
L'ancienne cité des Séquanes
Les Séquanes étaient l'un des peuples gaulois de l'Est de la Gaule, qui s'opposaient à leurs voisins Éduens au sud-ouest. Si la Saône figure dans les écrits de César sous le nom d'Arar, il est probable que le terme sequana soit l'appellation primitive de la rivière (la même forme étant aussi à l'origine du nom de la Seine). Étymologiquement, les Séquanes se nomment « ceux de la déesse Séquana » ou « ceux de la Seine », ce qui n'implique pas nécessairement qu'ils occupaient, avant les mouvements de population du , les abords de ce fleuve, d'autant que le nom de « Seine » désignait peut-être plus la divinité que le fleuve qui lui était consacré : Su-ik-wana en celte désigne « la bonne source (ou donneuse) d'eau », par opposition à Ik-wana, qui a donné « Yonne », qui, elle, n'est pas qualifiée de « bonne ».
Les débuts du christianisme en Franche-Comté Selon la tradition, rapportée en particulier par Grégoire de Tours, l'évangélisation de la Franche-Comté est due à saint Ferjeux et son frère saint Ferréol, envoyés en mission par Irénée de Lyon. À la suite de leur réussite inespérée, la première église mère, l'actuelle cathédrale Saint-Jean, aurait été fondée au cœur d'un futur quartier capitulaire à Besançon. Les historiens s'accordent toutefois aujourd'hui à ne pas reconnaître l'historicité de ce récit. Ainsi, selon Yves Jeannin, les saints martyrs de Besançon, Ferréol et Ferjeux, sont sans doute une invention de l’évêque Amantius et de son entourage, vers 500, pour répondre aux aspirations de son tempsYves Jeannin, « Peu à montrer, beaucoup à dire ! », De Vesontio à Besançon, Neuchatel, 2006, 129.
Après la conversion de Constantin, un diocèse est formé dans le courant du , des évêques sont nommés et des églises bâties un peu partout en Franche-Comté et notamment à Besançon. C'est alors l'expansion du christianisme en Franche-Comté, une progression qui ne cesse pas pendant plus de 17 siècles, jusqu'au milieu du .
L'évangélisation de saint Ferjeux et de saint Ferréol
vignette|redresse|gauche|Ferréol et Ferjeux, enluminure du .|alt=enluminure représentant deux hommes debout, chacun tenant un livre ouvert vignette|redresse|Saint Ferréol et saint Ferjeux.|alt=enluminure représentant deux hommes sur un nuage, au-dessus d'une ville fortifiée et une rivière l'entourant
Selon la tradition, le diacre Ferjeux (ou Fargeau) et son frère, ou ami, le prêtre Ferréol sont tous deux originaires d'Asie Mineure et ont été convertis au christianisme par saint Polycarpe, évêque de Smyrne dans la Turquie actuelle, avant d'étudier à Athènes en GrèceC. Fohlen, Histoire de Besançon, tome I, pages 161 à 167.. Leurs études achevées, à la fin du , on les retrouve dans la ville de Lyon en France, où l'évêque saint Irénée, après les avoir ordonnés prêtre et diacre, les envoie fonder l'église catholique romaine de Vesontio (« Besançon » en latin) et évangéliser la Séquanie gallo-romaine.
Ils s'installent dans une grotte, sur le site actuel de la commune de Saint-Ferjeux, d'où ils mènent leur activité durant une trentaine d'années, élargissant leur action petit à petit, avant de subir le martyre et d'être décapités le d'une année du règne d'Aurélien selon le récit de leur passion, sur ordre du gouverneur romain Claude, date parfois corrigés par les auteurs modernes en Ainsi Léon Cristiani, « Liste chronologique des saints de France, des origines à l'avènement des carolingiens (essai critique) », Revue d'histoire de l'église de France, 1945, 31-118, 9 retenait "212?". Des martyrologes décrivent longuement les interrogatoires ainsi que les supplices auxquels les deux frères sont soumis : ils ont la langue coupée pour avoir continué à prêcher leur foi, et sont torturés via trente alênes enfoncées dans tout le corps ; ils sont finalement décapités, puis ensevelis dans leur grotte. On a pu penser d'ailleurs que le nom de Ferréol venait de ferre (conservé en italien, sous la forme de Ferruccio) à cause des alênes en ferraille. Le Romain Claude, qui semble être le gouverneur de la Séquanie, aurait ordonné l'exécution des deux évangélisateurs à la suite de la conversion de sa femme au christianisme, et voyant dans leurs activités chrétiennes une source de trouble public.
Cependant, toujours selon la tradition, leur objectif est atteint : la Franche-Comté est peu à peu évangélisée et l'Église bisontine commence à s'organiser, notamment avec la fondation d'une église-mère, l'arrivée de prêtres et la nomination d'évêques. Peu après la mort de saint Ferjeux et de saint Ferréol, on érige l'église de Saint-Ferjeux en leur honneurLa Cathédrale Saint-Jean de Besançon, page 6. et le nom de l'actuel quartier de Saint-Ferjeux est incontestablement dû à l'un des deux saints.
Au , les recherches philologiques, archéologiques et historiques remettent en cause la véracité de ces récits qui sont tenus aujourd'hui pour imaginaires« la Passion primitive des saints Ferréol et Ferjeux, et déjà le récit antérieur qu’elle a emprunté à la Passion des saints de Valence, ne peuvent constituer une page de l’histoire des persécutions » : B. de Vregille, « La plus ancienne version de la Passion des saints Ferréol et Ferjeux », Autour de Lactance : hommage à Pierre Monat, Besançon, 2003,186. Les origines du christianisme à Besançon sont en fait obscures et les plus anciens récits sur Ferréol et Ferjeux comportent des invraisemblances : en particulier le fait de situer leur martyre sous Aurélien est peu vraisemblable pour des disciples présumés d'Irénée, lequel est mort en 202Yves Jeannin, « Le peuple christianisé à la recherche de "ses martyrs" : le cas de Besançon », Mélanges Pierre Lévêque, Besançon, 1992, 127-138, ici 127. Le premier évêque connu à Besançon est Pancharius en 346 et le second Chélidonius en 444. Au , la liste épiscopale s'étoffe avec Amantius entre 487 et 515, Claudius vers 517, Urbicus en 549 et Tetradius dans les années 550-560 puis Silvester dans les années 580 dont l'épitaphe est encore visible dans la crypte de la basilique de Saint-FerjeuxY. Jeannin, 1992, 127. À cette date, comme en témoigne Grégoire de Tours, la tradition des martyrs de Ferréol (Ferreolus) et Ferjeux (Ferrucio) est bien vivante et fixée, et leur tombeau passe pour être producteur de miracles. La Passion de Ferréol et de Ferjeux, en tant que récit, doit dater des environs de l'an 500Y. Jeannin, 1992, 128 ; la tradition hagiographique sur Ferréol et Ferjeux est particulièrement bien connue en raison des travaux que lui a consacré Bernard De Vregille. Elle est elle-même en fait un décalque d'une passion perdue des martyrs de Valence, Félix, Fortunat et Achillée qui passaient, comme Ferréol et Ferjeux, pour des disciples d'Irénée. Elle est imitée par celle de saint-Bénigne de DijonB. de Vregille, « La plus ancienne version de la Passion des saints Ferréol et Ferjeux », Autour de Lactance : hommage à Pierre Monat, Besançon, 2003181-196. La Passion de Ferréol et Ferjeux contient toutefois des indications purement locales : les clous enfoncés dans les articulations du corps - les alênes - et la décapitation. C'est vers 370 que l'évêque Anianus aurait retrouvé les corps des deux saints martyrs et reconnu leur statut de martyrs en raison des clous qui étaient enfoncés dans leur crâneY. Jeannin, 129. Diverses indications montrent que les individus inhumés appartenaient à un cimetière public, la présence des clous renvoyant à des pratiques funéraires qui ne concernent pas les persécutions chrétiennes et sont connues par ailleursY. Jeannin, 1992, 129-133L. Joan, Carte archéologique de la Gaule : 25/90. Le Doubs et le territoire de Belfort, Paris, 2003, 247, notamment au cimetière de la Viotte à BesançonY. Jeannin, 1992, 134. Selon Yves Jeannin, c'est à Amantius qu'il faudrait attribuer, vers 500, l'invention des reliquesY. Jeannin, 1992, 133-134. Au regard des recherches historiques les plus récentes, « il se confirme que la Passion de Ferréol et Ferjeux est purement imaginaire »Y. Jeannin, 1992, 135. Le récit de l'invention des reliques renvoie sans doute à des réalités du début du , à un moment où les communautés chrétiennes s'affirmaient et se donnaient une identité locale. Il est aujourd'hui difficile de déterminer les étapes de la mise en place du christianisme dans la région de Besançon et dans les régions voisines à la fin de l'Antiquité et au début du haut Moyen Âge. Selon L. Joan, « On considère généralement que cette nouvelle religion se heurtant au polythéisme gallo-romain s'est établie en Gaule en deux vagues successives, l'une à la fin de la période romaine par l'intermédiaire d'évangélisateurs comme saint Martin, l'autre vers la fin de l'époque mérovingienne également sous l'impulsion d'une nouvelle génération de missionnaires au premier rang desquels figure l'Irlandais Colomban »L Joan, 2003, 443 et pour Robert Turcan, « L'évangélisation des Séquanes est venue par le sud et probablement par le couloir rhodanien, mais l'indigence des données n'autorise aucune induction ferme.»R. Turcan, CRAI, 147-1, 2003, 352..
La fondation de l'église mère
vignette|alt= Photographie en noir et blanc montrant une abside et d'un clocher|Vue de l'abside et du clocher de la cathédrale Saint-Jean en 1893.