thumb|Le gouverneur Félix Éboué accueille Charles de Gaulle au Tchad en 1940. thumb|Carte des changements de souveraineté des territoires de l'empire colonial français de 1940 à 1944.
L’empire colonial français a connu, durant la période 1940-1945 de la Seconde Guerre mondiale, une situation évolutive et contrastée. À l'issue de la bataille de France, la métropole a été occupée par l'Allemagne nazie et l'Italie. Selon l'armistice du 22 juin 1940, les divers territoires du second espace colonial français, incluant l'actuelle France d'outre-mer, restaient sous la souveraineté du nouveau gouvernement de Vichy. À de rares exceptions près, comme le Protectorat français de Tunisie à partir de la fin 1942, les territoires de l'Empire français n'ont pas été occupés par la Wehrmacht. Dès l'été 1940, des colonies et des territoires d'outre-mer commencent à se rallier à la France libre. Des réseaux de résistance se mettent également en place, notamment en Algérie française. À la mi-1943, l'intégralité du territoire colonial et d'outre-mer a basculé dans le camp de la France libre , à l'exception de quelques possessions asiatiques, dont la principale est l'Indochine française. Ce dernier territoire occupe une place particulière, étant concerné par les visées de l'empire du Japon.
L'empire colonial français, de la défaite de 1940 à 1942 Le , le président du conseil Paul Reynaud écrit au général en chef Maxime Weygand :
En fait, Paul Reynaud ne donne pas suite à son intention et il présente sa démission le . Son successeur Philippe Pétain, suivant les conseils de Weygand, demande un armistice le lendemain de sa nomination. L'Armistice du 22 juin 1940 prévoit qu'une zone dans le Sud de la France ne soit pas occupée par l'armée allemande et que l'empire colonial français qui reste sous l'autorité du gouvernement français ne soit pas non plus occupé par les Allemands.
Le choix d'Hitler de laisser à la France vaincue son empire peut paraître aujourd'hui tout à fait surprenant. À l'époque, dans une lettre au Duce, Hitler a justifié ce choix (ainsi que celui de maintenir une zone non occupée), par le souci de ne pas pousser la France et sa puissante flotte à continuer la guerre à partir de ses colonies.
Dans son appel du 18 Juin, Charles de Gaulle renouvelle le souhait de Paul Reynaud de continuer la guerre à partir de l'empire : .
Dès lors, l'Empire français sera le principal terrain d'affrontement entre le gouvernement de Vichy et la France libre de De Gaulle, mais certaines colonies, très éloignées de la métropole vivront une tranche d'histoire à un autre rythme que la France de Vichy.
L'Afrique française du Nord (AFN) sous administration vichyste En Algérie française, la nouvelle de la capitulation française désoriente l'opinion, qui accueille le discours du maréchal Pétain avec un certain malaise. Des secteurs de l'opinion lui sont cependant immédiatement favorables : les quotidiens L'Écho d'Oran et La Dépêche algérienne sont parmi les premiers à prôner le ralliement à Pétain. Le général Noguès, commandant en chef du théâtre d'opération d'Afrique du Nord et, depuis 1936, résident général au Protectorat du Maroc, fait censurer l'appel du 18 Juin du général de Gaulle, qu'il juge .
L'amiral Jean-Pierre Esteva, homme de confiance du maréchal Pétain, est nommé en juillet 1940 au poste de résident général pour le Protectorat de Tunisie. L'amiral Jean-Marie Charles Abrial, nommé, également en juillet 1940, gouverneur général de l'Algérie, arrive le 1er août. Son cabinet, composé de marins, est dirigé par son gendre et compte davantage de proches que de véritables connaisseurs des réalités algériennes. L'équipe Abrial s'attache à rationaliser l'administration, en refondant l'organigramme du gouvernement général en dix directions, écartant au passage certains hauts fonctionnaires appartenant à la franc-maçonnerie. L'application des premières lois relatives aux étrangers et restreignant les conditions d'accès aux emplois publics pour les personnes d'origine étrangère touche l'Algérie comme la métropole. Parmi les fonctionnaires, environ 5 % des enseignants en Algérie sont inquiétés du fait de cette loi. Les lois contre la franc-maçonnerie touchent un certain nombre de hauts fonctionnaires, écartés de leurs fonctions.
Le décret Crémieux est abrogé le par Marcel Peyrouton, ministre de l'Intérieur de Vichy et ancien secrétaire général du Gouvernement général à Alger. Cette abrogation, qui se conjugue avec l'application du statut des juifs, prive la communauté juive d'Algérie de sa nationalité française, avec quelques exceptions pour les anciens combattants décorés et les individus reconnus comme ayant rendu des services au pays. Les Juifs d'Algérie sont désormais placés dans une situation d'infériorité légale par rapport aux Musulmans, qui peuvent toujours demander la naturalisation à titre individuelLes trois exils. Juifs d’Algérie, Benjamin Stora, Hachette Littératures..
Les mesures antisémites sont par ailleurs applicables aux « pays de protectorat » Loi du 3 octobre 1940 portant statut des Juifs (Wikisource).. En Tunisie, Esteva édicte un statut particulier, distinct de celui de Vichy mais également discriminatoire, pour les Juifs du pays. Un décret, signé par le bey de Tunis Ahmed II le , les exclut de la fonction publique et des professions touchant à la presse, à la radio, au théâtre et au cinéma, en permettant toutefois la publication d’un « Journal israélite de Tunisie ». Un numerus clausus est appliqué aux professions libérales. L’accès à l’enseignement secondaire leur est limitéPaul Sebag, Histoire des Juifs de Tunisie: des origines à nos jours, L'Harmattan, 2000, p. 222-230.Les Juifs de Tunisie pendant la Seconde Guerre mondiale, Actualité juive , 26 décembre 2002.. Au Maroc, par contre, l'application des lois discriminatoires est limitée par NoguèsChristine Levisse-Touzé, L'Afrique du Nord dans la guerre, 1939-1945, Paris, Albin Michel, 1998, p. 304.. Le résident général demande cependant au sultan Mohammed V d'étendre le statut des Juifs aux sujets marocains, mais ce dernier refuseVictor Malka, La mémoire brisée des juifs du Maroc, Entente, 1978, p. 16.. Le sultan, qui affiche par ailleurs une fidélité parfaite au gouvernement de Pétain, refuse en outre tout contact personnel et direct avec l'Italie et l'Allemagne. Des consulats de ces deux pays ayant cependant été ouverts pour contrôler l'application des conditions d'armistice, les autorités du protectorat s'attachent à dissimuler des armements et à camoufler des effectifs militaires marocains, les faisant passer pour des policiersBernard Lugan, Histoire du Maroc des origines à nos jours, Critérion, 1993, p. 361-363.. Plusieurs centaines de Juifs européens se réfugient par ailleurs au Maroc, dans l'espoir de transiter vers l'Amérique du Nord : ils font l'objet de relégation dans des camps de transit, voire parfois dans des centres d'internement gardés par des militairesJamaâ Baida, Les réfugiés juifs européens au Maroc pendant la Seconde Guerre mondiale..
L'équipe Abrial s'attache à refondre les institutions locales de l'Algérie, mettant en place des conseils de notables nommés. Les pouvoirs des conseils généraux sont suspendus et transférés aux préfets. Les équipes dirigeantes des municipalités sont également renouvelées, à hauteur de 30 % environ, pour être remplacées par des administrations nommées. Les institutions locales sont ainsi mises sous un contrôle étroit. La création des Chantiers de la jeunesse française, qui s'implantent également en AFN, participent de cette volonté d'encadrement de la société, à commencer par la de sa jeunesse. La Légion française des combattants, implantée en AFN dès l'automne 1940, constitue un puissant relais d'opinion au service du nouveau régime, et connaît un afflux de membres, comprenant en plus de membres, européens et musulmans.
L'administration Weygand Le , le général Maxime Weygand est nommé Délégué général du gouvernement en Afrique française. Le , il devient également commandant en chef des forces françaises en Afrique. Attaché à protéger l'Empire, Weygand considère en outre qu'après l'attaque britannique sur Mers el-Kébir, la France avec le Royaume-Uni. La Délégation générale dirigée par Weygand, qui s'installe à Alger début , est composée d'un état-major et d'un secrétariat général confié au fonctionnaire colonial Yves Châtel, précédemment en poste en Indochine française. Weygand, opposé à , définit une doctrine militaire consistant à assurer la défense des possessions africaines de la France. Sans condamner ouvertement la politique de collaboration menée par Pétain, le Délégué général déconseille au gouvernement de faire en Afrique des concessions à l'Allemagne et à l'Italie, afin de ne pas affaiblir l'autorité de la puissance impériale. S'il refuse tout contact avec la France libre, Weygand couvre par contre de son autorité des camouflages d'armement par l'Armée d'Afrique. Les États-Unis étant alors neutres, Weygand entretient des contacts avec le diplomate américain Robert Murphy : un mémorandum (dit ) est signé le , par lequel les États-Unis s'engagent à contribuer au ravitaillement de l'Afrique française du Nord, en contrôlant que les produits ne soient pas exportés vers la métropole. Des vice-consuls américains sont installés. Les Allemands et les partisans de la collaboration sont méfiants vis-à-vis de Weygand, qu'ils soupçonnent de préparer des actions de résistance. Cependant, si le Délégué général demeure hostile à l'Allemagne en privé, il tend surtout à imposer l'attentisme, y compris à des officiers français qui souhaiteraient préparer plus activement la revanche.
L'économie et la société de l'AFN, et tout particulièrement celles de l'Algérie, sont touchées par l'interdiction de l'émigration vers la métropole des travailleurs immigrés, et par la pénurie de nombreuses denrées, à laquelle l'équipe Weygand tente de parer. Les populations indigènes donnent des signes de mécontentement : le , 570 soldats se mutinent dans le quartier de Maison-Carrée à Alger, un évènement que Weygand attribue en partie à l'action du Parti du peuple algérien de Messali Hadj, et à la propagande allemande. L'Allemagne nazie mène en effet des opérations de séduction envers le monde musulman, et diffuse des émissions de radio en langue arabe : au début 1941, Younès Bahri, speaker irakien de Radio-Berlin, promet que l'Allemagne apportera la liberté aux Algériens. Une partie de l'opinion musulmane n'est pas insensible à ces efforts de propagande. Dans une moindre mesure, l'Italie et l'Espagne mènent des actions de propagandes revendiquant le Constantinois et l'Oranie.
En juillet 1941, Weygand obtient de l'amiral Darlan le rappel d'Abrial, et assume lui-même la fonction de gouverneur général de l'Algérie, tout en conservant celui de délégué général pour l'ensemble de l'Afrique. Yves Châtel occupe la nouvelle fonction de gouverneur général adjoint, tandis qu'un proche de Darlan, l'amiral Fenard, devient secrétaire général. L'administration de Weygand se signale en Algérie par une volonté réformatrice, s'attachant à développer les services juridiques et sociaux, à industrialiser les départements, et à développer l'agriculture pour la rendre capable de subvenir aux besoins des populations locales.
Concernant la mise en œuvre de l'antisémitisme d'État, l'Algérie est le seul des trois pays de l'AFN à céder aux demandes de Xavier Vallat, en mettant en place un service spécial pour le règlement de la question juive, chargé de veiller à l'application du statut des Juifs.