vignette|Colonisateurs espagnols attaquant un village amérindien, gravure de Théodore de Bry, fin du . Les actes de génocide en Amérique, parfois rassemblés sous le vocable controversé de « génocide de peuples autochtones », désignent certains meurtres collectifs, directs ou indirects, ainsi que d'autres persécutions, perpétrés contre des villages, des tribus ou des ethnies amérindiennes, et qui, sans avoir les modalités des grands génocides du , présentent à tout le moins certains caractères d'un génocide. Ces crimes divers et espacés, commis entre les par des conquérants et colons pour la plupart espagnols ou anglais, puis par des Euro-Américains, ont des causes complexes et ne sont pas la norme coloniale. La majorité des Amérindiens tués depuis 1492 sont les victimes des épidémies, des mauvais traitements infligés sans dessein meurtrier et des guerres internes, européennes, intercoloniales, civiles et d'indépendance (ces causes de mortalité étant par définition exclues de la notion de génocide). L'ethnocide qui, lui, est une constante coloniale même en dehors des Amériques, fait aussi des victimes indirectes.
Au sein du débat public Les recherches sur ces sujets sont difficiles car le déni et la culpabilité compliquent la collecte d'informations. D'abord, les souffrances de descendants de natifs, qui ne forment plus que des minorités dans leur pays, et le déni des exterminations, même s'il est aujourd'hui en général absent des débats en histoire, entraînent une réaction importante des peuples concernés, au premier plan, puis des partisans de l'indigénisme et de certains militants anticolonialistes. Une des manifestations en est l'irruption, au sein des débats, d'analyses et de théories qui amplifient au détriment des faits la dimension génocidaire de la colonisation. De natures très différentes, ces deux causes des difficultés rencontrées par les historiens se rejoignent malgré tout : la thèse d'un « génocide indien » aux proportions continentales tire en effet ses chiffres énormes des données démographiques les plus difficiles à considérer, compte tenu des falsifications des faits par les différents romans nationaux des colons au fil des siècles. Les peuples autochtones vivant le même retrait d'humanité que les peuples noirs, leur considération par les historiens de l'époque avait un point de vue tronqué et négligent.
L'oppression des Amérindiens en général, les actes de génocide en particulier, ont donc laissé des blessures dans la mémoire collective et des tensions dans les études historiques que celle-ci imprègne. Dans certains pays, leur reconnaissance politique a eu lieu, mais reste souvent hésitante ou réservée, comme en France ou aux États-Unis où le mot « génocide » est pratiquement écarté du débat politique alors que le débat scientifique en fait un usage intensif.
Les faits et leur interprétation Les premières définitions du génocide datant seulement du milieu du , des historiens se sont interrogés sur la pertinence d'un emploi rétrospectif du terme, par exemple dans des travaux sur la colonisation américaine, phénomène très long, concernant des populations dont le déclin a commencé au début du , et qui n'est pas, loin de là, seulement meurtrier. Raphael Lemkin, le juriste qui a forgé le terme, n'était pas hostile à cet emploi et travaillait même, peu avant son décès, sur le cas des Indiens d'Amérique.. Certains historiens aujourd'hui usent, souvent avec parcimonie, du mot « génocide », mais ne s'en contentent pas toujours : ils le nuancent parfois, selon les cas l'atténuent plus ou moins en utilisant et si possible en justifiant Norman Naimark, cité dans ., tels que « génocide partiel », « extermination », « massacre génocidaire » ou « violence quasi génocidaire ». Les expressions juridiques « acte de génocide » et « acte génocidaire » sont souvent employées, par exemple pour qualifier des actions de miliciens où l'intention de tuer plusieurs indigènes pour la raison qu'ils appartiennent à une tribu détestée est manifeste. Toutefois, l'emploi de tels dérivés reste controversé et d'autres historiens les évitent pour travailler avec des notions moins polémiques, comme celle de massacre..
Les Espagnols et les habitants des Antilles Aux débuts de la conquête espagnole, les hommes de Christophe Colomb, peu nombreux en 1492 et 1493, sont bien accueillis par les Tainos, des indigènes de langue arawak qui sont majoritaires sur Hispaniola et les îles alentour. Quelques malentendus dus à la barrière des langues mis à part, les deux mondes s'entraident et échangent, et les Tainos laissent les colons installer leurs petites villes fortifiées qui abriteront rapidement les renforts venus d'Espagne. Surviennent les premières épidémies : non immunisés contre les maladies européennes telles que la rougeole, la grippe ou le typhus, des autochtones commencent à mourir sans que, pour l'instant, leurs communautés soient menacées ; la menace pèse en premier lieu sur les colons, qui succombent en grand nombre à des maladies..
Les Espagnols espèrent prendre des territoires riches en ressources et surtout soumettre par l'instruction les habitants qui vont produire les richesses. Ceux-ci doivent être évangélisés et protégés, doivent apprendre des techniques de production, travailler comme de bons chrétiens et accepter de donner en retour une partie des profits à l'Espagne. C'est un projet intenable : eurocentré, il entraîne les indigènes vers une déculturation qu'ils vivent souvent mal ; en outre, les hommes cessent d'être des bienfaiteurs quand ils comprennent qu'une fois armés ils peuvent être des maîtres, et les conquistadors ne font pas exception. Colomb et ses successeurs découvrent les réalités de la colonisation et essaient de s'y adapter : les Indiens, qui n'apprécient pas les abus, veulent se débarrasser des nouveaux venus, lesquels les combattent et en font des esclaves, même si cela irrite le pouvoir en Espagne...
Les guerriers du cacique Caonabo, époux d'Anacaona, intimident les visiteurs devenus envahisseurs, en assassinent certains, assiègent les autres. Mais les Espagnols réussissent une attaque surprise sur un lieu très peuplé en 1495 : cette « bataille de La Vega Real » est un tournant décisif. Durant les années qui suivent, les autochtones qui résistent encore, désunis et affaiblis par les maladies, ne peuvent rien contre des soldats bien équipés qui montent des chevaux et dressent des chiens, et qui ont parfois d'autres indigènes pour alliés. Après les massacres, c'est le travail forcé de l’, accompagné d'abus gratuits et de brutalités qui punissent les tentatives de fuite. Quand la main-d'œuvre vient à manquer, les colons déplacent les tribus des îles voisines : elles subissent le même sort funeste. Les recensements de population alarment les Espagnols qui finalement essaient, mais en vain, de stopper les épidémiesCette préoccupation est propre aux colons espagnols, selon .. On estime la population d'Hispaniola en 1492 à au moins , peut-être Karen Anderson Córdova, Hispaniola and Puerto Rico: Indian Acculturation and Heterogeneity, 1492–1550, thèse de doctorat, Ann Arbor, Michigan, University Microfilms International, 1990. ou davantageBeaucoup d'auteurs reproduisent l'estimation « au moins » en rappelant que Bartolomé de las Casas évoquait plus d'un million d'habitants, un chiffre que les démographes ne tiennent plus pour fiable. ; trente ans plus tard, près de 90 % des Tainos ont déjà disparu, emportés par les maladies principalement, ainsi que par les guerres déséquilibrées et les mauvais traitements..
La population indigène de l'île principale de Porto Rico, nommée San Juan Bautista par Colomb, chute de peut-être en 1508 à lors du recensement de 1530 : le décret royal pris entre-temps pour émanciper les Tainos n'empêche pas les colons de poursuivre leur oppression « Puerto Rico », sur Genocide Studies Program, l'université Yale.. Tous les Arawaks des Grandes Antilles sont concernés par la chute démographique, qui se poursuit pendant plusieurs dizaines d'années jusqu'à leur disparition quasi complète. Les Indiens Caraïbes des Petites Antilles connaîtront un déclin plus lent.
Bien que la plupart des historiens refusent de parler de génocide au plein sens juridique du terme, par exemple, retient pour son analyse des grands dépeuplements américains sous le joug colonial le jugement plus général d'Yves Ternon, spécialiste des génocides, dans L'État criminel. Les Génocides au , Seuil, 1995, : , cette longue série d'événements est dans la littérature souvent appelée « génocide des Tainos » ou « génocide des Arawaks ». L'anthropologue Christian Duverger, par exemple, estime que l'extinction des Tainos, qui rend exceptionnel cet épisode de la , est suffisamment probante et qu'. Le militant anticolonialiste Yves Benot imite pour sa part la formule « homicide involontaire » dans son expression , paradoxale pour qui sait combien l'emploi du mot est justifié par la volonté d'éliminer physiquement un groupe humain : l'extermination des Arawaks, qui représentaient une main-d'œuvre servile précieuse, est de facto et les maladies ont joué un rôle ; les plus hautes autorités en Espagne, malgré leurs préjugés xénophobes, abominaient les meurtres de masse ; mais les premiers colons des Amériques ont répandu la mort, par négligence parfois, par sadisme libéré surtout.
L'historien Ben Kiernan, spécialiste des génocides, rappelle une interprétation non restrictive de la définition juridique, selon laquelle un génocidaire peut viser une population particulière, en sachant que la destruction au moins partielle de celle-ci s'ensuivra, mais sans que cette destruction le motive nécessairement, il peut poursuivre d'autres objectifs ; les formules indépendantes « extermination » et « crime contre l'humanité », dont l'emploi n'exige pas la preuve d'une intention de réduire un groupe (ethnique ou autre) mais celle d'une planification par une puissante autorité, peuvent aussi aider à qualifier les violences et les meurtres de masse, sans être incompatibles avec la notion de génocide, introduction.. Dans le cas des Tainos, des conquérants séduits par une idéologie proche de l'agrarianisme et déçus de ne pas trouver assez d'or, se sont entêtés à disloquer et épuiser une ethnie affaiblie par le choc viral, des hommes et des femmes préjugés inaptes à cultiver la terre à la manière des civilisés, à moins d'avoir ces civilisés comme maîtres ; même sans connaissance scientifique sur les épidémies, ils ne pouvaient pas ignorer qu'un tel traitement entraînerait une hécatombe, ..
Alexander Hinton, anthropologue très engagé dans l'étude et la prévention des génocides, souligne le fait que la Shoah est un génocide « prototype », c'est-à-dire dont l'étude, fondatrice et toujours intensive, affecte la recherche sur tous les événements qu'on veut ranger dans la catégorie du génocide. Il estime qu'il s'agit d'un biais, suggère la possibilité de focaliser sur d'autres prototypes et donne quelques exemples, dont la destruction des Tainos..
La disparition des empires du continent vignette|Conquistadors espagnols marquant au fer les Amérindiens réduits en esclavage. Les événements des Antilles marquent les conquistadors de Tierra Firme et des contrées plus lointaines. Si les intellectuels et les observateurs de l'époque sont partagés entre la dénonciation des atrocités coloniales qui mènent à la destruction massive d'êtres humains qui ont des droits (Bartolomé de las Casas) et l'apologie de l'esclavage d'êtres inférieurs à protéger quand ils s'instruisent, à massacrer quand ils guerroient (Juan Ginés de Sepúlveda), les aventuriers au plus près des échanges cordiaux puis des conflits avec les Amérindiens deviennent souvent brutaux en succombant à la fièvre de l'or et à la détestation de certaines tribus jugées dangereuses. Il en est ainsi de Vasco Núñez de Balboa qui, selon Ben Kiernan, . à Ferdinand le Catholique en 1513 :