La peste de Justinien, dite aussi ou en latin, est la première pandémie connue de peste (la nature exacte des « pestes » précédentes restant incertaine), survenue de 541 à 767, dans tout le bassin méditerranéen et le Moyen-Orient.
Elle porte le nom de l'empereur romain d'Orient qui survit à la maladie en 542, lors de la première vague pandémique rapportée par les chroniqueurs byzantins Procope de Césarée et Jean d'Ėphèse. Cette pandémie aurait affaibli les régions de l'Europe méditerranéenne au profit de l'Europe du nord, accéléré le déclin de l'Empire byzantin et favorisé l'expansion de l'Islam à ses débuts.
Depuis 2012, les analyses de génétique moléculaire menées sur des sites archéologiques ont confirmé que l'agent pathogène était bien Yersinia pestis. L'importance de cette pandémie, son impact démographique, ses effets et conséquences historiques restent en cours de discussion.
Historiographie La peste de Justinien désigne, à proprement parler, la première vague (541-544) de la première pandémie de peste, survenue sous le règne de , mais il est d'usage de nommer ainsi cette pandémie qui s'est déroulée sur près de deux cents ans (541-767), en 15 à 20 vagues selon les historiens.
La peste de Justinien est la moins connue des trois pandémies de peste (les deux autres étant la peste noire et la peste de Chine). Les premiers historiens modernes étudiant la peste du haut Moyen Âge sont Jean Noël Biraben et Jacques Le Goff en 1969. En 1975 Biraben utilise le terme de « peste justinienne » pour désigner les deux siècles de peste qui ont suivi, terme repris dans le monde anglophone (Justinianic plague) par l'historienne Pauline Allen en 1979.
En 1989, une étude critique de Jean Durliat constate que les sources des chroniqueurs qui décrivent une situation catastrophique ne concordent guère avec les autres sources historiques (épigraphiques, archéologiques, numismatiques…). Le milieu des historiens est resté divisé sur la question de l'importance réelle (gravité et conséquences) de la première pandémie de peste.
En 2004, l'historien Stathakopoulos présente un tableau complet de la peste de Justinien. Dans les années qui suivent, l'approche de cette pandémie est pluridisciplinaire (climatologie, paléomicrobiologie…). Si la grande majorité des historiens reconnaissent l'importance de cette pandémie (consensus dominant dit « maximaliste ») un courant minoritaire en doute pour en faire une pandémie « sans conséquences » (opposition dite « minimaliste »).
Chroniqueurs Les chroniqueurs contemporains de la pandémie rédigent en grec, en syriaque, en latin, arabe et vieil irlandais. Ils sont issus de divers horizons, de différents milieux sociaux, religieux ou politiques.
Les deux principaux chroniqueurs, témoins indépendants l'un de l'autre, sont ceux du début de la pandémie au : l'historien byzantin Procope de Césarée (Les guerres de Justinien, Histoire secrète de Justinien en grec) et Jean d'Éphèse (Histoire ecclésiastique en syriaque). Ces témoignages, qui paraissent se compléter, concernent surtout la première vague (541-544) dans les grands centres urbains de l'Empire byzantin.
D'autres chroniqueurs mentionnent des aspects particuliers des vagues suivantes. Évagre le Scholastique (Histoire ecclésiastique en grec) et Agathias (Histoires en grec) témoignent de la deuxième vague en Orient. En Occident, Grégoire de Tours (Histoire des Francs) la signale en Arles en 549 : , et à Clairmont (aujourd'hui Clermont-Ferrand) en 567 : Cf. Grégoire de Tours : Histoire des Francs - Livre quatrième : de la mort de Théodebert à celle de Sigebert , roi d’Austrasie (547-575) : … on compta, un dimanche, dans une basilique de saint Pierre [Note : ville de Clermont], trois cents corps morts. La mort était subite ; il naissait dans l’aine ou dans l’aisselle une plaie semblable à la morsure d’un serpent ; et ce venin agissait tellement sur les hommes qu’ils rendaient l’esprit le lendemain ou le troisième jour ; et la force du venin leur ôtait entièrement le sens.. Il la rapporte aussi en 589-590 à Rome, sous le nom de maladie des aines, entrainant la mort du pape Grégoire de Tours sur wikisources. Paul Diacre (Histoire des Lombards) mentionne les dernières vagues de peste en Italie au et .
Les sources arabes apparaissent à partir du , mais elles sont transmises indirectement par des chroniqueurs du comme Al-Asmai et qui rapportent des épidémies survenues en Irak, Palestine et Syrie.
La valeur des témoignages historiques a fait l'objet de discussions : sur le fait que les chroniqueurs byzantins prennent modèle sur la description de la peste d'Athènes par Thucydide (notamment sur les conséquences sociales de l'épidémie), qu'il s'agit d'exagérations littéraires à contextualiser par des motivations religieuses ou politiques (mettre en avant la colère divine ou accuser un parti adverse). D'autres, au contraire, soulignent la convergence des différentes sources, le fait que les chroniqueurs ont conscience d'affronter une maladie différente de la peste d'Athènes.
Identification de la maladie Données littéraires Dans les sources latines, Biraben et Legoff (1969) reconnaissent la peste lorsque la maladie est présentée comme une fièvre mortelle dont la description comporte les adjectifs inguinarius ou glandolarius, ce qui caractérise la peste bubonique. Des termes équivalents existent en grec, syriaque et arabe : Procope et Jean d'Éphèse concordent en notant un gonflement de l'aine pouvant donner un abcès (bubon pesteux).
Sur ces bases, Biraben écarte les textes où ces mots clés ne figurent pas, les termes pestilentia et pestis étant jugés imprécis en pouvant correspondre à d'autres épidémies (variole, typhus…). Il reconnait qu'il prend le risque d'écarter des pestes effectives, mais il préfère rester critique pour être plus près de la réalité. Ce qui l'amène à ne pas reconnaître la peste dans la moitié nord de la France et dans les îles Britanniques.
La plupart des sources antiques paraissent indiquer que la peste touche tout le monde, mais des auteurs notent des particularités. Procope affirme que les femmes enceintes sont plus affectées par la peste, elles meurent en fausse couche ou en donnant naissance à un enfant mort-né. Agathias affirme que ce sont les jeunes et les hommes en général les plus touchés, ce qui mène à un pressentiment de l'apocalypse chez les survivants. Théophane écrit que les jeunes, tous sexes confondus, sont atteints par la peste. L'auteur des Miracles de saint Demetrios affirme la même chose concernant la cinquième vague de la peste justinienne en 597.
Données biologiques Depuis les années 2000, les nouvelles techniques de paléomicrobiologie (archéologie et génomique) permettent d'identifier l'ADN de Yersinia pestis dans des restes humains.
En 2012, Y. pestis a été identifiée sur un site funéraire daté de 500-700 apr. J.-C. en Bavière (Aschheim, près de Munich). Ses éléments génétiques ont été recherchés dans la pulpe dentaire de squelettes inhumés dans des tombes multiples (deux à cinq individus ensemble) de la deuxième moitié du . L'analyse phylogénétique du matériel retrouvé confirme l'origine asiatique de la pandémie (souche génétique d'origine mongole), et infirme l'hypothèse minoritaire d'une origine africaine (à partir d'un foyer angolais). Cette étude apporte aussi un élément nouveau, elle montre que la pandémie (poussées 2 à 5) a franchi les Alpes de l'Italie à la Bavière, prolongeant un axe de pénétration déjà connu Constantinople - Ravenne - Vérone. Elle confirme aussi que les Bavarois étaient les alliés des Lombards lors de l'invasion de l'Italie, et que la peste ne fait pas de distinction entre les belligérants.
De 2012 à 2019, la bactérie a été identifiée (8 génomes distincts) dans des sépultures (21 sites datés autour des ) en Bavière, Espagne, France et Angleterre. En 2025 et 2026, deux découvertes de ce type sont publiées à propos du site de Jerash en Jordanie. Ces études confirment sans ambiguïtés que la peste était bien impliquée dans cette pandémie, toutefois les datations archéologiques ne sont pas assez précises pour associer ces génomes à des vagues différentes.
Ces souches génétiques sont distinctes de celles des autres pandémies de peste et n'ont été retrouvées nulle part par la suite. Ces souches anciennes, contemporaines de la peste de Justinien, sont plus diversifiées que les souches modernes. Il y aurait eu une microdiversité évolutive de Yersinia pestis selon les régions d'Europe occidentale de cette période.
Origines Géographie vignette|L'empire Byzantin, au faîte de sa puissance, sous le règne (525-567) de Justinien Ier. Les témoins historiques donnent l’Éthiopie et l’Égypte comme point de départ de la pandémie, avec une diffusion terrestre via la Palestine et une diffusion maritime vers Constantinople et l'Asie Mineure. Ce qui a fait pencher vers une origine africaine (région des grands lacs, sources du Nil).
Les auteurs modernes penchent pour une origine asiatique (foyer endémique originel d'Asie centrale) parvenant en Méditerranée orientale par la route de la soie. Si la diffusion d'Égypte vers l'Occident est bien documentée, on ne sait pratiquement rien de sa diffusion via la Perse et l'Inde. Un scénario plausible est la route maritime reliant la mer Rouge à l'océan Indien, l'Empire byzantin étant, dès son début, relié à l'Inde par trafic commercial.
L'origine asiatique est renforcée par les études génomiques (phylogénétique) indiquant le nord-ouest de la Chine (région du Xinjiang) ou le Kirghizistan. L'ancêtre commun des souches de Y. pestis de la première pandémie serait daté des , en Asie centrale (montagnes Tian Shan). Il existe une possibilité de diffusion par transport terrestre (des steppes d'Asie centrale à la mer Rouge via l'Iran), mais ceci n'est appuyé par aucune donnée.
Écologie L'origine de la première pandémie reste mal connue. Il semble que la première pandémie n'est pas une évolution linéaire d'une souche microbienne unique, elle serait plutôt le résultat de souches émergeant de façon indépendante de diverses régions, en rapport avec des variations écologiques retentissant sur les réservoirs animaux et les vecteurs (rongeurs sauvages et leurs puces). La première pandémie aurait été précédée d'une diffusion silencieuse dans les réservoirs animaux, avant d'exploser localement dans des populations humaines.
La peste humaine est alors favorisée par des transformations socio-économiques : développement agricole, urbanisation, densité et mobilité humaines, routes commerciales et militaires à longue distance. En retour, les humains deviennent hôtes amplificateurs de l'agent pathogène, accélérant l'évolution de Y. pestis par émergence de nouveaux variants.
Climatologie
Des perturbations climatiques auraient pu déclencher la pandémie. Les sources historiques mentionnent l'année 535-536 comme une année « sans été », le soleil étant assombri par un nuage persistant. Ce phénomène serait un nuage de cendres provenant d'une éruption explosive du volcan Rabaul en Nouvelle-Guinée. D'autres hypothèses ont été avancées comme l'explosion du Krakatoa en Indonésie, de la même époque, ou la chute d'un astéroïde.
À l'échelle planétaire, des études de carottes de glace et de dendrochronologie confirment l'importance des éruptions volcaniques et de la chute des températures des années 530 et 540. Cependant les mécanismes exacts de ces influences climatiques sur l'émergence d'une pandémie de peste restent mal connus.
Le scénario plausible dominant serait : éruptions volcaniques, nuages de cendres, perturbations climatiques (froid, pluies, inondations… ), déséquilibres écologiques (populations de rongeurs sauvages et de rats noirs, comportement des puces…) et humains (mauvaises récoltes, migrations, promiscuité…). Ce scénario est en discussion car il s'agit d'une combinaison de généralités imprécises, voire contradictoires, et qui n'expliquent pas les différences loco-régionales.
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