La série télévisée de science-fiction britannique Doctor Who comporte de nombreux arcs narratifs.

Première série (1963-1989)

The Key to Time (Saison 16 - 1978-1979) À la demande du Gardien Blanc, le Quatrième Docteur, Romana et K9 partent à la recherche de la Clé du Temps, un artefact cosmique ressemblant à un cube parfait qui maintient l'équilibre de l'univers.

Puisqu'il est trop puissant pour être possédé par un seul être, il a été divisé en six segments différents et dispersés dans l'espace et le temps, déguisé par le pouvoir élémentaire brut en eux dans n'importe quelle forme ou taille. Cependant, comme les forces équilibrant l'univers sont si bouleversées, le Gardien Blanc doit récupérer les segments de la Clé pour arrêter l'univers afin qu'il puisse rétablir l'équilibre. Le Gardien Blanc avertit également le Docteur du Gardien Noir, qui souhaite également obtenir la clé du temps à ses propres fins.

Dans le dernier épisode, le Gardien Noir, déguisé en Gardien Blanc, tente de prendre la clé des mains du Docteur. Cependant, le Docteur voit à travers la mascarade du personnage et ordonne aux segments de la Clé du Temps de se disperser à nouveau dans tout le temps et l'espace, à l'exception du sixième, qu'il réintègre en tant que Princesse Astra.

Par la suite, le Docteur décide d'installer un appareil appelé randomiseur dans le système de navigation du TARDIS pendant un certain temps afin de rendre ses voyages suivants imprévisibles pour échapper au Gardien Noir.

Trial of a Timelord (Saison 23 - 1986) le Sixième Docteur est jugé par le Haut Conseil des Seigneurs du Temps pour avoir enfreint plusieurs des lois de Gallifrey, le monde d'origine des Seigneurs du Temps, y compris l'interférence avec les mondes extérieurs et pour génocide.

Un personnage mystérieux appelé le Valeyard agit en tant que procureur.

Dans les deux premiers chapitres, The Mysterious Planet et Mindwarp, des événements du passé et du présent du Docteur sont présentés comme preuve de sa culpabilité.

Le troisième chapitre, Terror of the Vervoids, présente les événements futurs de la défense du Docteur.

Dans le dernier chapitre, The Ultimate Foe, le procès du Docteur est interrompu et le Docteur affronte le Valeyard et son ancien rival, le Maître, afin d'effacer son nom et de sauver le Haut Conseil.

Deuxième série (2005-Présent)

Bad Wolf 180px|thumb|Le TARDIS Bad Wolf signifie en français Méchant loup. C'est un message envoyé à travers le temps et l'espace par Rose Tyler après qu'elle a acquis d'immenses pouvoirs en regardant le vortex du temps dans le cœur du TARDIS. Le neuvième Docteur, sachant qu'elle ne pourrait survivre à cette expérience si elle se prolongeait, la sauve en l'embrassant et en absorbant ainsi l'énergie mortelle, ce qui provoquera sa régénération..

L'expression apparaît pour la première fois dans le second épisode de la première saison (2005) et dans quasiment tous les épisodes de cette même saison :

La Fin du monde : en arrière-plan, le Moxx de Balhoon parle à Face de Boe du Bad Wolf scenarioBad Wolf Sightings.. Des morts inassouvis : Gwyneth lit dans les pensées de Rose et déclare : « Toutes les choses que vous avez vues, je les vois aussi... les ténèbres, le grand méchant loup ! »En VO : « The things you've seen. The darkness... The Big Bad Wolf. ». L'Humanité en péril/Troisième Guerre mondiale : un jeune garçon tague « Bad Wolf » sur le TARDIS. Dalek : Bad Wolf One est le nom de code de l'hélicoptère du collectionneur Henry Van Statten. Un jeu interminable : le nom d'une des chaînes du Satellite 5 est « BAD WOLF TV ». Fêtes des pères : près du lieu de l'accident de Pete Tyler, une affiche des années 1980 porte les mots Bad Wolf. Drôle de mort/Le Docteur danse : Jack Harkness s'assoie sur une bombe sur laquelle on lit Schlechter Wolf, une expression allemande qui se traduit en anglais par Bad Wolf. L'Explosion de Cardiff : le projet de centrale nucléaire mené par une Slitheen s'appelle le projet Blaidd Drwg, c'est-à-dire Bad Wolf en Gallois. Le Grand Méchant Loup/À la croisée des chemins : le nom de la compagnie qui produit les jeux télévisés est BAD WOLF. Il est de plus tagué sur les murs.

Elle apparaît aussi occasionnellement dans les saisons 2, 3 et 4 : Un loup-garou royal : le loup-garou déclare à Rose « Je vois que vous l'avez vu... le loup ! Il y a quelque chose de spécial en vous. […] Tu brûles tel le soleil, mais je ne recherche que la lune. »Bad Wolf Themes.. L.I.N.D.A : Victor Kennedy dit avoir pris ses informations sur le site de Torchwood et explique qu'un virus du nom de Bad Wolf a effacé certaines informations relatives à Rose Tyler Trivia for "Doctor Who" Love & Monsters (2006).. Adieu Rose : la plage où le Docteur donne rendez-vous à Rose s'appelle la baie du grand méchant loup. L'Embouteillage sans fin : dans le véhicule de deux jeunes filles asiatiques, on trouve un poster avec les caractères . Bibliothèque des ombres, première partie : Dans la maison de CAL, on peut voir le dessin d'un loup et d'une femme blonde, référence à Rose Tyler . Le Choix de Donna : à la fin de l'épisode, l'affichette du TARDIS où il est habituellement inscrit POLICE TELEPHONE, FREE FOR USE OF PUBLIC etc. indique BAD WOLF BAD WOLF....

Torchwood

L'une des premières mentions de l'institut Torchwood est faite dans l'épisode Le Grand Méchant Loup, lorsque Anne Droid interroge l'un des candidats.

Durant la deuxième saison, on peut à plusieurs reprises entendre le terme Torchwood. La première fois que cette expression est entendue est dans l'épisode spécial L'Invasion de Noël où Harriet Jones appelle Torchwood pour détruire le vaisseau Sycorax. On l'entend par la suite dans Un loup-garou royal où il s'agit d'une société créée par la reine Victoria après sa rencontre avec le Docteur afin de lutter contre les envahisseurs extra-terrestres de la Grande Bretagne. Dans Le Règne des Cybermen, un bref instant on entend aux informations « l'institut Torchwood ». Dans l'épisode La planète du Diable - deuxième partie -, on entend un homme de la base dire qu'il est "représentant des archives Torchwood". Dans l'épisode final L'Armée des ombres/Adieu Rose, le Docteur et Rose arrivent dans la société Torchwood du présent et découvrent qu'elle est responsable des fantômes. Après l'incident avec les Cybermen et les Daleks, la société est fermée.

Jack reprendra plus tard les rênes de Torchwood à Cardiff pour surveiller la faille, dans le spin-off de la série, Torchwood.

Saxon Le nom de Saxon apparaît dans la saison trois et fait référence au premier ministre Harold Saxon qui n'est autre que Le Maître sous un pseudonyme. On voit à plusieurs reprises des affiches où il est écrit : « Votez Saxon ». Ce nom est évoqué pour la première fois dans l'épisode L.I.N.D.A où il apparaît sur le journal que lit l'Abzorbaloff. Puis, plus tard, dans Le Mariage de Noël, où un soldat abat le vaisseau de l'impératrice Racnoss sous ordre d'un certain "Monsieur Saxon". On y voit également Donna Noble qui sera un protagoniste de la saison 4.

Les planètes qui disparaissent Tout au long de la saison 4, il est fait référence à plusieurs planètes disparues au cours des siècles passés. Ces planètes seront retrouvées au cours des deux derniers épisodes de cette saison.

La disparition des abeilles Durant la saison 4, Donna s'inquiète à plusieurs reprises de la disparition des abeilles. On apprendra que c'était un signe avant-coureur du vol de la Terre.

Rose Durant la saison 4 Rose Tyler réapparaît plusieurs fois alors que celle-ci est censée être piégée dans un univers parallèle.

Le Retour de Donna Noble : Elle apparaît à Donna dans une rue. A.T.M.O.S./Un passager de trop : Par vidéo. Le choix de Donna : Dans un univers parallèle.

La cascade de Méduse Dans Le Dernier Seigneur du temps, le Maître parle de la cascade de Méduse et le Docteur y fait plusieurs fois référence au cours de discussions (Le Retour de Donna Noble, La Chute de Pompéi, A.T.M.O.S., Un passager de trop).

La Proclamation de l'Ombre

De la saison 1 jusqu’à la 4, on peut entendre à plusieurs reprises le Docteur parler de la Proclamation de l'Ombre ("Shadow Proclamation" en version originale) ou Police de l'Espace, selon ses termes. Dans l'épisode La Terre volée afin de retrouver celle-ci, il se rendra dans le Q.G. de la Proclamation de l'Ombre situé sur une chaîne d'astéroïdes. Elle apparaît dans l'épisode Le Magicien et son disciple, puisque Colony Sarff, engagé par Davros pour retrouver le Docteur, s'y rend pour trouver des informations en vain.

Failles dans l'univers Dans le premier épisode de la cinquième saison, Le Prisonnier Zéro, le onzième Docteur (Matt Smith) rencontre la jeune Amy Pond (Karen Gillan), 7 ans, qui lui montre une effrayante fissure dans le mur de sa chambre, qu'il reconnaît alors comme une faille dans l'univers. Plus tard alors que le docteur et Amy voyagent, ils sont témoins de plusieurs fissures de ce type.

Le fait qu'un individu tombe dans une des failles efface irrémédiablement son existence, de sorte que les personnes l'ayant connu ne se rappellent plus de lui. Ce qui arrivera par exemple à une poignée de clercs soldats dans Le Labyrinthe des Anges ou encore à l'infortuné fiancé d'Amy, Rory Williams, dans l'épisode La Révolte des Intra-Terrestres.

Dans le double épisode La Pandorica s'ouvre, on découvre que les failles que le Docteur n'arrête pas de croiser sont la conséquence de l'explosion du TARDIS et qu'elles menacent l’existence même de l'espace-temps. Le Docteur est tenu responsable de cette destruction de l'univers et est enfermé préventivement dans la Pandorica, une prison infaillible, par une alliance de ses pires ennemis. Heureusement, le Docteur réussit à s'échapper de la Pandorica, et l'utilise pour régénérer l'univers et fermer les failles.

Plus tard on découvre que la destruction du Tardis a été provoquée par le Silence pour empêcher le Docteur d'atteindre Trenzalore.

Le Silence

Dès le premier épisode de la saison 5, le prisonnier zéro évoque le silence qui s'abattra sur l'univers. Dans la saison 6, un ordre religieux appelé le Silence apparaît.

Le Silence est directement lié à "La première question de l'univers" et tombera quand celle-ci aura trouvé une réponse. Cette question n'est autre que : "Doctor Who?" ("Docteur Qui ?" en VF), conduisant à un autre fil rouge lors de la saison 7 sur le véritable nom du Docteur.

Le Silence est un ordre religieux dont le but est d'empêcher à tout prix le Docteur d'atteindre Trenzalore, et de révéler son vrai nom, ce qui pourrait ramener les Seigneurs du Temps et relancer la Guerre du temps. C'est cet ordre qui a provoqué la destruction du TARDIS dans la saison 5, provoquant au passage l'apparition des failles dans l'univers.

Missy Dans les épisodes de la saison 8, une femme apparaît sous le nom de Missy quand les personnages meurent ou non. Dans le double épisodes finales, on apprend que Missy était en réalité le Maître et les personnages morts qu'on voyait dans la Nécrosphère était des Cybermen.

L'hybride